ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48668

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 2, 4, 0, 2, 2, 1, 2, 3, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.008, 0.015, 0.021, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.015 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.004, 0.011, 0.018, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.007
N3 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.010, 0.018, 0.025, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.010, 0.019, 0.027, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.011
O2 A 0, 0.020, 0.043, 0.066, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.043 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.029, 0.055, 0.081, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.055 std_dev=0.026
O4' A 0, -0.013, 0.190, 0.392, 0.765 max_d=0.765 avg_d=0.190 std_dev=0.202
OP2 B 0, 0.260, 0.466, 0.672, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.466 std_dev=0.206
C2' A 0, -0.011, 0.195, 0.401, 0.809 max_d=0.809 avg_d=0.195 std_dev=0.206
O5' B 0, 0.205, 0.432, 0.659, 0.965 max_d=0.965 avg_d=0.432 std_dev=0.227
O2' A 0, 0.048, 0.283, 0.518, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.283 std_dev=0.235
P B 0, 0.216, 0.471, 0.726, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.471 std_dev=0.255
C4' A 0, -0.004, 0.285, 0.573, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.285 std_dev=0.288
C3' A 0, -0.006, 0.318, 0.642, 1.270 max_d=1.270 avg_d=0.318 std_dev=0.324
C3' B 0, 0.144, 0.490, 0.836, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.490 std_dev=0.346
C4' B 0, 0.190, 0.551, 0.911, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.551 std_dev=0.361
O3' B 0, 0.172, 0.554, 0.936, 1.389 max_d=1.389 avg_d=0.554 std_dev=0.382
O3' A 0, 0.019, 0.432, 0.844, 1.754 max_d=1.754 avg_d=0.432 std_dev=0.412
O4' B 0, 0.172, 0.590, 1.007, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.590 std_dev=0.418
C2' B 0, 0.136, 0.591, 1.045, 1.637 max_d=1.637 avg_d=0.591 std_dev=0.455
C1' B 0, 0.153, 0.646, 1.138, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.646 std_dev=0.493
C5' B 0, 0.126, 0.632, 1.137, 1.851 max_d=1.851 avg_d=0.632 std_dev=0.506
O2' B 0, 0.182, 0.729, 1.275, 2.014 max_d=2.014 avg_d=0.729 std_dev=0.546
OP1 B 0, 0.305, 0.852, 1.399, 1.639 max_d=1.639 avg_d=0.852 std_dev=0.547
N1 B 0, 0.158, 0.707, 1.257, 1.886 max_d=1.886 avg_d=0.707 std_dev=0.550
C5' A 0, -0.044, 0.506, 1.056, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.506 std_dev=0.550
O5' A 0, -0.075, 0.492, 1.059, 2.752 max_d=2.752 avg_d=0.492 std_dev=0.567
C6 B 0, 0.125, 0.755, 1.384, 2.031 max_d=2.031 avg_d=0.755 std_dev=0.629
C2 B 0, 0.173, 0.842, 1.510, 2.219 max_d=2.219 avg_d=0.842 std_dev=0.668
O2 B 0, 0.195, 0.899, 1.603, 2.374 max_d=2.374 avg_d=0.899 std_dev=0.704
C5 B 0, 0.131, 0.888, 1.644, 2.487 max_d=2.487 avg_d=0.888 std_dev=0.757
N3 B 0, 0.158, 0.988, 1.818, 2.524 max_d=2.524 avg_d=0.988 std_dev=0.830
C4 B 0, 0.141, 0.986, 1.830, 2.598 max_d=2.598 avg_d=0.986 std_dev=0.844
P A 0, -0.271, 0.702, 1.676, 4.884 max_d=4.884 avg_d=0.702 std_dev=0.974
N4 B 0, 0.141, 1.153, 2.165, 3.066 max_d=3.066 avg_d=1.153 std_dev=1.012
OP1 A 0, -0.239, 0.886, 2.012, 5.634 max_d=5.634 avg_d=0.886 std_dev=1.126
OP2 A 0, -0.345, 0.806, 1.957, 5.710 max_d=5.710 avg_d=0.806 std_dev=1.151

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.17 0.07 0.31 0.17
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.09 0.01 0.03 0.33 0.17 0.53 0.36
C2' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.03 0.07 0.02 0.06 0.14 0.01 0.02 0.04 0.01 0.20 0.18 0.22 0.11
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.08 0.01 0.13 0.04 0.15 0.05 0.08 0.15 0.02 0.01 0.09 0.01 0.25 0.21 0.15 0.12
C4 0.02 0.01 0.04 0.08 0.00 0.06 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.01 0.05 0.49 0.45 0.81 0.62
C4' 0.01 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.01 0.08 0.04 0.06 0.07 0.06 0.03 0.07 0.00 0.02 0.14 0.21 0.05
C5 0.02 0.01 0.06 0.13 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.15 0.01 0.05 0.53 0.53 0.85 0.68
C5' 0.03 0.10 0.03 0.04 0.13 0.01 0.13 0.00 0.12 0.08 0.12 0.11 0.06 0.06 0.14 0.01 0.01 0.11 0.27 0.02
C6 0.02 0.01 0.07 0.15 0.01 0.08 0.00 0.12 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.15 0.01 0.05 0.48 0.42 0.69 0.57
N1 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.03 0.34 0.20 0.51 0.37
N3 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.06 0.09 0.01 0.04 0.41 0.29 0.67 0.49
O2 0.03 0.01 0.14 0.15 0.01 0.07 0.02 0.11 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.17 0.01 0.04 0.25 0.08 0.43 0.25
O2' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.03 0.06 0.04 0.06 0.04 0.02 0.06 0.12 0.00 0.04 0.04 0.06 0.07 0.30 0.16 0.08
O3' 0.01 0.09 0.02 0.01 0.10 0.03 0.15 0.06 0.15 0.05 0.09 0.17 0.04 0.00 0.10 0.02 0.18 0.35 0.18 0.17
O4 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.00 0.05 0.52 0.52 0.88 0.68
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.04 0.06 0.02 0.05 0.00 0.12 0.08 0.28 0.16
O5' 0.17 0.33 0.20 0.25 0.49 0.02 0.53 0.01 0.48 0.34 0.41 0.25 0.07 0.18 0.52 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.07 0.17 0.18 0.21 0.45 0.14 0.53 0.11 0.42 0.20 0.29 0.08 0.30 0.35 0.52 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.31 0.53 0.22 0.15 0.81 0.21 0.85 0.27 0.69 0.51 0.67 0.43 0.16 0.18 0.88 0.28 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.36 0.11 0.12 0.62 0.05 0.68 0.02 0.57 0.37 0.49 0.25 0.08 0.17 0.68 0.16 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.23 0.33 0.27 0.42 0.32 0.68 0.47 0.63 0.34 0.23 0.44 0.50 0.43 0.20 0.33 0.22 0.29 0.23 0.18
C2 0.34 0.51 0.36 0.27 0.29 0.33 0.51 0.54 0.47 0.32 0.55 0.29 0.73 0.43 0.23 0.31 0.23 0.29 0.22 0.17
C2' 0.36 0.21 0.38 0.32 0.42 0.34 0.66 0.44 0.61 0.34 0.23 0.47 0.42 0.48 0.30 0.34 0.22 0.30 0.21 0.16
C3' 0.46 0.25 0.52 0.44 0.37 0.42 0.60 0.43 0.60 0.39 0.23 0.38 0.40 0.62 0.45 0.43 0.28 0.31 0.25 0.20
C4 0.34 0.66 0.37 0.27 0.60 0.31 0.34 0.54 0.33 0.39 0.79 0.68 0.77 0.38 0.26 0.27 0.24 0.30 0.22 0.18
C4' 0.50 0.27 0.53 0.41 0.42 0.40 0.63 0.37 0.64 0.45 0.25 0.42 0.36 0.65 0.37 0.44 0.24 0.31 0.21 0.17
C5 0.30 0.58 0.35 0.27 0.47 0.30 0.30 0.52 0.32 0.33 0.68 0.52 0.71 0.37 0.27 0.23 0.23 0.31 0.23 0.18
C5' 0.61 0.33 0.68 0.54 0.37 0.52 0.58 0.40 0.64 0.50 0.26 0.34 0.42 0.82 0.55 0.55 0.30 0.36 0.24 0.23
C6 0.29 0.46 0.36 0.28 0.29 0.32 0.40 0.50 0.43 0.25 0.50 0.32 0.65 0.40 0.26 0.26 0.23 0.30 0.23 0.18
N1 0.32 0.41 0.36 0.27 0.26 0.32 0.55 0.51 0.52 0.28 0.41 0.29 0.65 0.43 0.23 0.30 0.23 0.29 0.23 0.17
N3 0.35 0.63 0.37 0.27 0.47 0.33 0.37 0.55 0.38 0.37 0.74 0.52 0.78 0.42 0.24 0.30 0.24 0.29 0.23 0.17
O2 0.35 0.45 0.35 0.26 0.32 0.33 0.59 0.53 0.51 0.33 0.45 0.33 0.69 0.45 0.22 0.33 0.23 0.28 0.23 0.17
O2' 0.35 0.23 0.31 0.27 0.58 0.30 0.75 0.42 0.65 0.39 0.33 0.66 0.31 0.42 0.23 0.33 0.22 0.29 0.21 0.16
O3' 0.47 0.23 0.52 0.45 0.40 0.44 0.62 0.42 0.61 0.41 0.24 0.43 0.32 0.64 0.48 0.44 0.30 0.34 0.27 0.22
O4 0.36 0.70 0.37 0.27 0.74 0.30 0.43 0.52 0.35 0.45 0.86 0.88 0.78 0.37 0.27 0.28 0.26 0.30 0.23 0.19
O4' 0.44 0.26 0.44 0.33 0.42 0.35 0.66 0.42 0.66 0.42 0.25 0.41 0.44 0.54 0.24 0.39 0.22 0.30 0.23 0.18
O5' 0.64 0.42 0.67 0.61 0.51 0.59 0.71 0.55 0.76 0.59 0.40 0.47 0.40 0.68 0.54 0.62 0.56 0.54 0.63 0.54
OP1 0.87 0.45 0.87 0.94 0.54 1.02 0.80 1.01 0.90 0.73 0.39 0.46 0.34 0.94 1.03 0.96 0.95 1.02 0.93 0.95
OP2 0.92 0.65 0.86 0.95 0.81 1.02 1.06 1.08 1.11 0.89 0.64 0.77 0.50 0.80 0.85 1.01 1.13 1.10 1.20 1.14
P 0.90 0.56 0.88 0.95 0.68 0.99 0.92 0.97 1.00 0.81 0.53 0.62 0.44 0.87 0.96 0.96 0.97 0.95 0.97 0.95

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.02 0.02 0.04 0.04 0.06 0.02 0.02 0.01 0.26 0.30 0.23 0.28
C2 0.04 0.00 0.11 0.19 0.01 0.10 0.01 0.26 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.10 0.20 0.05 0.48 0.51 0.56 0.54
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.05 0.02 0.12 0.04 0.13 0.03 0.08 0.05 0.22 0.00 0.02 0.01 0.20 0.27 0.17 0.19
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.09 0.01 0.16 0.03 0.19 0.06 0.16 0.10 0.30 0.02 0.01 0.02 0.19 0.31 0.15 0.15
C4 0.04 0.01 0.05 0.09 0.00 0.12 0.01 0.32 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.04 0.48 0.57 0.62 0.61
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.12 0.00 0.14 0.00 0.14 0.07 0.11 0.13 0.13 0.05 0.03 0.00 0.02 0.18 0.17 0.04
C5 0.03 0.01 0.12 0.16 0.01 0.14 0.00 0.31 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.09 0.18 0.04 0.42 0.50 0.47 0.54
C5' 0.07 0.26 0.04 0.03 0.32 0.00 0.31 0.00 0.27 0.20 0.31 0.35 0.25 0.05 0.06 0.02 0.01 0.28 0.30 0.03
C6 0.02 0.01 0.13 0.19 0.01 0.14 0.01 0.27 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.19 0.04 0.39 0.43 0.33 0.45
N1 0.02 0.01 0.03 0.06 0.02 0.07 0.02 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.05 0.03 0.39 0.41 0.38 0.43
N3 0.04 0.01 0.08 0.16 0.00 0.11 0.01 0.31 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.18 0.05 0.52 0.58 0.66 0.62
N4 0.04 0.02 0.05 0.10 0.01 0.13 0.01 0.35 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.08 0.11 0.05 0.49 0.63 0.68 0.65
O2 0.06 0.01 0.22 0.30 0.01 0.13 0.02 0.25 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.18 0.34 0.06 0.49 0.52 0.57 0.53
O2' 0.02 0.10 0.00 0.02 0.08 0.05 0.09 0.05 0.09 0.05 0.10 0.08 0.18 0.00 0.06 0.05 0.09 0.21 0.14 0.09
O3' 0.02 0.20 0.02 0.01 0.10 0.03 0.18 0.06 0.19 0.05 0.18 0.11 0.34 0.06 0.00 0.02 0.16 0.39 0.23 0.19
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.05 0.02 0.00 0.22 0.30 0.15 0.24
O5' 0.26 0.48 0.20 0.19 0.48 0.02 0.42 0.01 0.39 0.39 0.52 0.49 0.49 0.09 0.16 0.22 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.30 0.51 0.27 0.31 0.57 0.18 0.50 0.28 0.43 0.41 0.58 0.63 0.52 0.21 0.39 0.30 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.23 0.56 0.17 0.15 0.62 0.17 0.47 0.30 0.33 0.38 0.66 0.68 0.57 0.14 0.23 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.28 0.54 0.19 0.15 0.61 0.04 0.54 0.03 0.45 0.43 0.62 0.65 0.53 0.09 0.19 0.24 0.00 0.01 0.00 0.00