ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48669

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 3, 1, 0, 1, 2, 7, 4, 0, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.009, 0.014, 0.019, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.011, 0.019, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.012, 0.019, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.026, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.024, 0.042, 0.060, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.042 std_dev=0.018
O4 A 0, 0.085, 0.143, 0.202, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.143 std_dev=0.059
O4' A 0, -0.061, 0.192, 0.444, 1.060 max_d=1.060 avg_d=0.192 std_dev=0.253
C2' A 0, -0.060, 0.194, 0.449, 1.080 max_d=1.080 avg_d=0.194 std_dev=0.255
P B 0, 0.277, 0.543, 0.810, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.543 std_dev=0.266
OP2 B 0, 0.333, 0.610, 0.886, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.610 std_dev=0.277
OP1 B 0, 0.263, 0.575, 0.887, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.575 std_dev=0.312
O2' A 0, 0.014, 0.354, 0.695, 1.713 max_d=1.713 avg_d=0.354 std_dev=0.341
C4' A 0, -0.074, 0.307, 0.689, 1.714 max_d=1.714 avg_d=0.307 std_dev=0.382
C3' A 0, -0.090, 0.319, 0.727, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.319 std_dev=0.409
O5' B 0, 0.341, 0.770, 1.199, 1.477 max_d=1.477 avg_d=0.770 std_dev=0.429
O5' A 0, 0.120, 0.578, 1.036, 1.819 max_d=1.819 avg_d=0.578 std_dev=0.458
C5' A 0, -0.036, 0.473, 0.982, 2.131 max_d=2.131 avg_d=0.473 std_dev=0.509
OP2 A 0, 0.265, 0.865, 1.465, 2.332 max_d=2.332 avg_d=0.865 std_dev=0.600
O3' A 0, -0.146, 0.469, 1.084, 2.853 max_d=2.853 avg_d=0.469 std_dev=0.615
P A 0, 0.255, 0.914, 1.574, 2.672 max_d=2.672 avg_d=0.914 std_dev=0.660
C5' B 0, 0.350, 1.015, 1.680, 2.642 max_d=2.642 avg_d=1.015 std_dev=0.665
C3' B 0, 0.324, 0.994, 1.665, 2.657 max_d=2.657 avg_d=0.994 std_dev=0.671
O3' B 0, 0.308, 1.047, 1.787, 3.051 max_d=3.051 avg_d=1.047 std_dev=0.739
C4' B 0, 0.325, 1.068, 1.811, 3.020 max_d=3.020 avg_d=1.068 std_dev=0.743
O4' B 0, 0.385, 1.158, 1.931, 3.137 max_d=3.137 avg_d=1.158 std_dev=0.773
C2' B 0, 0.433, 1.247, 2.060, 3.224 max_d=3.224 avg_d=1.247 std_dev=0.813
C1' B 0, 0.456, 1.302, 2.149, 3.373 max_d=3.373 avg_d=1.302 std_dev=0.847
C6 B 0, 0.422, 1.291, 2.159, 3.712 max_d=3.712 avg_d=1.291 std_dev=0.868
OP1 A 0, 0.318, 1.237, 2.156, 3.613 max_d=3.613 avg_d=1.237 std_dev=0.919
N1 B 0, 0.479, 1.416, 2.353, 3.523 max_d=3.523 avg_d=1.416 std_dev=0.937
O2' B 0, 0.467, 1.420, 2.372, 3.850 max_d=3.850 avg_d=1.420 std_dev=0.953
C5 B 0, 0.375, 1.496, 2.618, 5.277 max_d=5.277 avg_d=1.496 std_dev=1.122
C2 B 0, 0.528, 1.729, 2.930, 4.975 max_d=4.975 avg_d=1.729 std_dev=1.201
O2 B 0, 0.610, 1.875, 3.141, 4.863 max_d=4.863 avg_d=1.875 std_dev=1.265
C4 B 0, 0.384, 1.805, 3.227, 6.699 max_d=6.699 avg_d=1.805 std_dev=1.422
N3 B 0, 0.469, 1.905, 3.341, 6.531 max_d=6.531 avg_d=1.905 std_dev=1.436
N4 B 0, 0.330, 2.050, 3.769, 8.301 max_d=8.301 avg_d=2.050 std_dev=1.720

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.01 0.08 0.09 0.09 0.10
C2 0.01 0.00 0.10 0.15 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.12 0.01 0.05 0.10 0.11 0.20 0.16
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.03 0.01 0.06 0.09 0.09 0.02 0.08 0.17 0.01 0.01 0.03 0.01 0.20 0.24 0.27 0.22
C3' 0.01 0.15 0.01 0.00 0.21 0.00 0.19 0.02 0.16 0.13 0.19 0.14 0.02 0.01 0.22 0.02 0.04 0.12 0.06 0.06
C4 0.01 0.01 0.03 0.21 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.14 0.00 0.03 0.18 0.25 0.35 0.26
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.08 0.00 0.10 0.00 0.09 0.05 0.05 0.03 0.16 0.02 0.08 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.01 0.06 0.19 0.01 0.10 0.00 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.18 0.14 0.01 0.06 0.20 0.27 0.34 0.28
C5' 0.04 0.04 0.09 0.02 0.09 0.00 0.11 0.00 0.09 0.04 0.06 0.05 0.08 0.10 0.09 0.02 0.01 0.05 0.02 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.16 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.15 0.09 0.01 0.07 0.17 0.19 0.23 0.21
N1 0.00 0.01 0.02 0.13 0.01 0.05 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.06 0.01 0.02 0.10 0.11 0.16 0.15
N3 0.01 0.00 0.08 0.19 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.13 0.01 0.04 0.14 0.17 0.28 0.21
O2 0.02 0.00 0.17 0.14 0.01 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.18 0.02 0.09 0.08 0.07 0.16 0.13
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.16 0.16 0.18 0.08 0.15 0.09 0.12 0.06 0.00 0.05 0.16 0.12 0.14 0.19 0.30 0.18
O3' 0.14 0.12 0.01 0.01 0.14 0.02 0.14 0.10 0.09 0.06 0.13 0.18 0.05 0.00 0.16 0.10 0.12 0.19 0.14 0.14
O4 0.01 0.01 0.03 0.22 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.16 0.16 0.00 0.03 0.20 0.29 0.39 0.29
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.07 0.02 0.04 0.09 0.12 0.10 0.03 0.00 0.08 0.09 0.11 0.12
O5' 0.08 0.10 0.20 0.04 0.18 0.01 0.20 0.01 0.17 0.10 0.14 0.08 0.14 0.12 0.20 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.09 0.11 0.24 0.12 0.25 0.05 0.27 0.05 0.19 0.11 0.17 0.07 0.19 0.19 0.29 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.20 0.27 0.06 0.35 0.03 0.34 0.02 0.23 0.16 0.28 0.16 0.30 0.14 0.39 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.10 0.16 0.22 0.06 0.26 0.02 0.28 0.01 0.21 0.15 0.21 0.13 0.18 0.14 0.29 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.38 0.88 0.33 0.11 1.17 0.11 1.01 0.31 0.74 0.67 1.10 1.34 0.83 0.44 0.17 0.21 0.16 0.13 0.20 0.17
C2 0.53 1.03 0.51 0.28 1.26 0.22 1.04 0.35 0.77 0.78 1.23 1.44 1.02 0.58 0.27 0.29 0.10 0.10 0.13 0.09
C2' 0.20 0.72 0.20 0.17 1.06 0.26 0.89 0.44 0.61 0.51 0.97 1.26 0.64 0.37 0.18 0.12 0.20 0.13 0.18 0.17
C3' 0.21 0.61 0.14 0.09 0.92 0.14 0.82 0.25 0.61 0.49 0.82 1.06 0.50 0.27 0.04 0.17 0.24 0.28 0.21 0.23
C4 0.51 0.90 0.51 0.33 1.13 0.27 0.99 0.37 0.76 0.73 1.07 1.26 0.85 0.52 0.29 0.29 0.12 0.13 0.10 0.08
C4' 0.24 0.61 0.15 0.12 0.84 0.14 0.75 0.25 0.58 0.49 0.78 0.95 0.51 0.27 0.06 0.21 0.24 0.22 0.19 0.20
C5 0.36 0.69 0.41 0.27 0.90 0.21 0.83 0.37 0.63 0.57 0.83 1.00 0.64 0.41 0.27 0.17 0.09 0.11 0.14 0.11
C5' 0.24 0.47 0.18 0.21 0.63 0.20 0.57 0.24 0.46 0.40 0.58 0.69 0.38 0.23 0.05 0.24 0.23 0.24 0.15 0.17
C6 0.32 0.70 0.36 0.19 0.94 0.16 0.87 0.35 0.66 0.57 0.85 1.04 0.63 0.40 0.23 0.15 0.14 0.12 0.18 0.16
N1 0.41 0.87 0.41 0.20 1.12 0.15 0.98 0.34 0.72 0.67 1.05 1.27 0.83 0.49 0.23 0.20 0.12 0.11 0.17 0.14
N3 0.57 1.04 0.55 0.33 1.28 0.27 1.07 0.37 0.80 0.81 1.25 1.45 1.02 0.59 0.29 0.34 0.12 0.12 0.09 0.07
O2 0.57 1.11 0.53 0.28 1.34 0.23 1.07 0.35 0.78 0.82 1.34 1.56 1.13 0.63 0.27 0.33 0.10 0.10 0.13 0.09
O2' 0.35 0.95 0.26 0.11 1.26 0.21 1.02 0.43 0.73 0.68 1.22 1.48 0.90 0.33 0.10 0.19 0.21 0.16 0.22 0.20
O3' 0.22 0.58 0.15 0.14 0.85 0.16 0.75 0.26 0.57 0.47 0.77 1.00 0.49 0.21 0.12 0.21 0.27 0.31 0.19 0.24
O4 0.54 0.91 0.53 0.36 1.16 0.31 1.03 0.38 0.78 0.75 1.09 1.30 0.86 0.52 0.30 0.35 0.18 0.17 0.14 0.12
O4' 0.35 0.76 0.28 0.10 0.99 0.09 0.88 0.24 0.68 0.61 0.93 1.08 0.69 0.40 0.19 0.24 0.23 0.19 0.23 0.21
O5' 0.11 0.31 0.09 0.10 0.52 0.14 0.51 0.16 0.39 0.27 0.43 0.60 0.21 0.20 0.01 0.13 0.20 0.33 0.15 0.20
OP1 0.16 0.21 0.06 0.02 0.24 0.06 0.24 0.18 0.17 0.10 0.23 0.30 0.32 0.14 0.02 0.10 0.26 0.60 0.30 0.35
OP2 0.08 0.17 0.11 0.08 0.42 0.07 0.48 0.18 0.39 0.20 0.28 0.49 0.09 0.09 0.01 0.07 0.31 0.62 0.47 0.45
P 0.08 0.12 0.04 0.01 0.30 0.05 0.33 0.10 0.25 0.11 0.21 0.36 0.14 0.11 0.01 0.07 0.24 0.50 0.26 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.14 0.01 0.13 0.09 0.16 0.10
C2 0.01 0.00 0.06 0.10 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.15 0.12 0.03 0.23 0.15 0.20 0.16
C2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.05 0.02 0.04 0.10 0.04 0.02 0.06 0.06 0.08 0.01 0.01 0.01 0.12 0.13 0.24 0.11
C3' 0.01 0.10 0.01 0.00 0.17 0.00 0.18 0.02 0.16 0.10 0.14 0.19 0.08 0.02 0.00 0.02 0.17 0.25 0.10 0.11
C4 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.12 0.03 0.32 0.21 0.28 0.22
C4' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.02 0.15 0.01 0.00 0.02 0.10 0.16 0.06
C5 0.01 0.01 0.04 0.18 0.00 0.07 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.13 0.02 0.34 0.22 0.27 0.23
C5' 0.04 0.06 0.10 0.02 0.09 0.01 0.10 0.00 0.09 0.06 0.07 0.10 0.06 0.07 0.09 0.02 0.01 0.17 0.21 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.06 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.10 0.10 0.02 0.31 0.18 0.20 0.18
N1 0.00 0.01 0.02 0.10 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.09 0.06 0.02 0.23 0.14 0.17 0.14
N3 0.01 0.00 0.06 0.14 0.00 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.12 0.03 0.28 0.18 0.24 0.19
N4 0.01 0.01 0.06 0.19 0.00 0.06 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.15 0.03 0.34 0.23 0.32 0.25
O2 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.20 0.04 0.18 0.13 0.19 0.14
O2' 0.02 0.15 0.01 0.02 0.17 0.15 0.14 0.07 0.10 0.09 0.18 0.19 0.13 0.00 0.05 0.10 0.15 0.19 0.18 0.04
O3' 0.14 0.12 0.01 0.00 0.12 0.01 0.13 0.09 0.10 0.06 0.12 0.15 0.20 0.05 0.00 0.10 0.17 0.35 0.11 0.16
O4' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.03 0.04 0.10 0.10 0.00 0.10 0.11 0.18 0.14
O5' 0.13 0.23 0.12 0.17 0.32 0.02 0.34 0.01 0.31 0.23 0.28 0.34 0.18 0.15 0.17 0.10 0.00 0.03 0.01 0.01
OP1 0.09 0.15 0.13 0.25 0.21 0.10 0.22 0.17 0.18 0.14 0.18 0.23 0.13 0.19 0.35 0.11 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.16 0.20 0.24 0.10 0.28 0.16 0.27 0.21 0.20 0.17 0.24 0.32 0.19 0.18 0.11 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.16 0.11 0.11 0.22 0.06 0.23 0.01 0.18 0.14 0.19 0.25 0.14 0.04 0.16 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00