ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48670

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 4, 3, 4, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.002, 0.004, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.005, 0.008, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.008 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.013, 0.018, 0.023, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.018 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.018, 0.026, 0.033, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.026 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.015, 0.023, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.023 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.016, 0.024, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.024 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.017, 0.025, 0.032, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.025 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.028, 0.045, 0.061, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.045 std_dev=0.016
O4 A 0, 0.080, 0.118, 0.156, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.118 std_dev=0.038
O4' A 0, 0.414, 0.571, 0.728, 0.763 max_d=0.763 avg_d=0.571 std_dev=0.157
OP1 B 0, 0.541, 0.736, 0.932, 1.025 max_d=1.025 avg_d=0.736 std_dev=0.195
C2' A 0, 0.558, 0.754, 0.950, 0.951 max_d=0.951 avg_d=0.754 std_dev=0.196
P B 0, 0.630, 0.874, 1.117, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.874 std_dev=0.244
O5' A 0, 0.652, 0.904, 1.157, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.904 std_dev=0.252
C4' A 0, 0.746, 0.999, 1.252, 1.264 max_d=1.264 avg_d=0.999 std_dev=0.253
P A 0, 0.532, 0.787, 1.042, 1.249 max_d=1.249 avg_d=0.787 std_dev=0.255
OP2 A 0, 0.688, 0.958, 1.228, 1.424 max_d=1.424 avg_d=0.958 std_dev=0.270
O5' B 0, 0.738, 1.015, 1.292, 1.366 max_d=1.366 avg_d=1.015 std_dev=0.277
OP2 B 0, 0.716, 0.994, 1.271, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.994 std_dev=0.277
C3' A 0, 0.919, 1.198, 1.477, 1.392 max_d=1.392 avg_d=1.198 std_dev=0.279
C5' B 0, 0.823, 1.102, 1.381, 1.392 max_d=1.392 avg_d=1.102 std_dev=0.279
C5' A 0, 0.725, 1.037, 1.350, 1.468 max_d=1.468 avg_d=1.037 std_dev=0.312
C4' B 0, 0.863, 1.186, 1.509, 1.715 max_d=1.715 avg_d=1.186 std_dev=0.323
O4' B 0, 0.859, 1.191, 1.522, 1.773 max_d=1.773 avg_d=1.191 std_dev=0.331
C6 B 0, 0.908, 1.252, 1.597, 1.815 max_d=1.815 avg_d=1.252 std_dev=0.344
C3' B 0, 0.926, 1.278, 1.629, 1.910 max_d=1.910 avg_d=1.278 std_dev=0.351
C5 B 0, 0.913, 1.275, 1.636, 1.803 max_d=1.803 avg_d=1.275 std_dev=0.362
N1 B 0, 0.969, 1.334, 1.700, 2.034 max_d=2.034 avg_d=1.334 std_dev=0.365
C1' B 0, 0.910, 1.280, 1.651, 2.033 max_d=2.033 avg_d=1.280 std_dev=0.370
O3' B 0, 0.957, 1.329, 1.701, 2.053 max_d=2.053 avg_d=1.329 std_dev=0.372
C4 B 0, 1.010, 1.392, 1.774, 2.037 max_d=2.037 avg_d=1.392 std_dev=0.382
O2' A 0, 1.252, 1.638, 2.024, 1.895 max_d=1.895 avg_d=1.638 std_dev=0.386
C2' B 0, 0.952, 1.342, 1.732, 2.160 max_d=2.160 avg_d=1.342 std_dev=0.390
N4 B 0, 1.004, 1.401, 1.798, 2.028 max_d=2.028 avg_d=1.401 std_dev=0.397
OP1 A 0, 0.446, 0.851, 1.256, 1.733 max_d=1.733 avg_d=0.851 std_dev=0.405
N3 B 0, 1.086, 1.495, 1.903, 2.264 max_d=2.264 avg_d=1.495 std_dev=0.409
C2 B 0, 1.060, 1.470, 1.880, 2.264 max_d=2.264 avg_d=1.470 std_dev=0.410
O2' B 0, 0.917, 1.345, 1.774, 2.333 max_d=2.333 avg_d=1.345 std_dev=0.429
O2 B 0, 1.102, 1.566, 2.031, 2.459 max_d=2.459 avg_d=1.566 std_dev=0.465
O3' A 0, 1.832, 2.383, 2.934, 2.666 max_d=2.666 avg_d=2.383 std_dev=0.551

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.04 0.12 0.05
C2 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.00 0.03 0.05 0.05 0.19 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.07 0.13 0.08
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.04 0.05 0.04
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.07 0.08 0.20 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.02 0.08 0.08 0.17 0.09
C5' 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.06 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.05 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.00 0.02 0.07 0.06 0.15 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.00 0.05 0.05 0.16 0.07
N3 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.02 0.06 0.06 0.21 0.09
O2 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.04 0.04 0.04 0.19 0.07
O2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.05 0.03 0.07 0.02 0.07 0.03 0.04 0.08 0.00 0.02 0.06 0.02 0.07 0.07 0.15 0.09
O3' 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.02 0.03 0.05 0.06 0.07 0.05
O4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.01 0.07 0.08 0.21 0.10
O4' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.05 0.09 0.03
O5' 0.03 0.05 0.07 0.03 0.07 0.01 0.08 0.00 0.07 0.05 0.06 0.04 0.07 0.05 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.05 0.07 0.04 0.08 0.05 0.08 0.06 0.06 0.05 0.06 0.04 0.07 0.06 0.08 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.19 0.13 0.05 0.20 0.04 0.17 0.01 0.15 0.16 0.21 0.19 0.15 0.07 0.21 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.08 0.08 0.04 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.05 0.10 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.09 0.08 0.09 0.08 0.09 0.08 0.10 0.08 0.09 0.08 0.08 0.10 0.09 0.13 0.09 0.10 0.09 0.12 0.13 0.10
C2 0.08 0.08 0.06 0.08 0.10 0.06 0.11 0.08 0.10 0.08 0.09 0.11 0.08 0.08 0.11 0.08 0.10 0.14 0.12 0.11
C2' 0.12 0.11 0.12 0.11 0.11 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.10 0.11 0.12 0.15 0.11 0.12 0.11 0.15 0.16 0.13
C3' 0.10 0.08 0.11 0.10 0.08 0.10 0.09 0.09 0.08 0.08 0.07 0.09 0.10 0.15 0.11 0.11 0.09 0.12 0.14 0.11
C4 0.07 0.08 0.06 0.07 0.11 0.06 0.11 0.07 0.10 0.08 0.09 0.12 0.08 0.08 0.10 0.07 0.08 0.14 0.11 0.10
C4' 0.07 0.05 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.07 0.05 0.06 0.10 0.06 0.12 0.09 0.08 0.07 0.08 0.10 0.07
C5 0.08 0.07 0.07 0.06 0.10 0.07 0.10 0.06 0.09 0.07 0.08 0.11 0.08 0.11 0.07 0.08 0.07 0.13 0.13 0.10
C5' 0.06 0.06 0.06 0.06 0.10 0.07 0.11 0.06 0.08 0.06 0.08 0.13 0.06 0.11 0.08 0.07 0.06 0.04 0.08 0.04
C6 0.08 0.08 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.07 0.08 0.07 0.08 0.11 0.08 0.12 0.08 0.09 0.07 0.13 0.13 0.10
N1 0.08 0.08 0.07 0.06 0.09 0.07 0.10 0.07 0.09 0.08 0.08 0.11 0.08 0.11 0.08 0.09 0.08 0.13 0.12 0.10
N3 0.07 0.08 0.06 0.09 0.11 0.07 0.12 0.09 0.10 0.08 0.09 0.11 0.08 0.08 0.13 0.08 0.10 0.14 0.11 0.11
O2 0.08 0.09 0.07 0.10 0.10 0.08 0.11 0.10 0.10 0.09 0.09 0.11 0.09 0.09 0.14 0.09 0.11 0.14 0.12 0.11
O2' 0.19 0.18 0.19 0.18 0.17 0.19 0.16 0.17 0.17 0.18 0.17 0.16 0.20 0.22 0.18 0.19 0.16 0.19 0.19 0.17
O3' 0.13 0.11 0.13 0.12 0.09 0.12 0.09 0.10 0.09 0.10 0.09 0.10 0.13 0.18 0.14 0.12 0.10 0.13 0.15 0.12
O4 0.09 0.10 0.09 0.10 0.12 0.10 0.13 0.10 0.12 0.10 0.11 0.13 0.10 0.11 0.13 0.09 0.09 0.14 0.11 0.11
O4' 0.07 0.06 0.07 0.06 0.09 0.06 0.09 0.06 0.07 0.06 0.07 0.11 0.07 0.11 0.08 0.07 0.07 0.09 0.11 0.08
O5' 0.08 0.07 0.09 0.08 0.10 0.10 0.10 0.09 0.09 0.07 0.08 0.12 0.08 0.13 0.09 0.10 0.08 0.06 0.09 0.06
OP1 0.14 0.18 0.14 0.15 0.24 0.12 0.23 0.12 0.20 0.17 0.21 0.26 0.17 0.13 0.15 0.12 0.15 0.10 0.13 0.11
OP2 0.20 0.21 0.19 0.19 0.23 0.19 0.24 0.19 0.23 0.21 0.22 0.24 0.20 0.18 0.18 0.19 0.20 0.16 0.12 0.15
P 0.11 0.13 0.10 0.11 0.17 0.10 0.17 0.10 0.15 0.12 0.15 0.19 0.12 0.11 0.11 0.10 0.11 0.07 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.04 0.10 0.06
C2 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.07 0.07 0.14 0.09
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.09 0.05
C3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.01 0.05 0.03 0.06 0.05 0.08 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.06 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.12 0.17 0.12
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.01 0.09 0.12 0.18 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.03 0.05 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.02 0.08 0.09 0.15 0.10
N1 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.06 0.13 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.01 0.08 0.09 0.16 0.11
N4 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.09 0.13 0.18 0.13
O2 0.01 0.00 0.07 0.08 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.05 0.09 0.01 0.06 0.06 0.12 0.08
O2' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.07 0.04
O3' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.07 0.06 0.09 0.01 0.00 0.01 0.04 0.04 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.07 0.05
O5' 0.02 0.07 0.02 0.03 0.09 0.01 0.09 0.00 0.08 0.05 0.08 0.09 0.06 0.02 0.04 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.04 0.07 0.02 0.02 0.12 0.04 0.12 0.05 0.09 0.06 0.09 0.13 0.06 0.05 0.04 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.10 0.14 0.09 0.06 0.17 0.03 0.18 0.01 0.15 0.13 0.16 0.18 0.12 0.07 0.05 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.09 0.05 0.04 0.12 0.02 0.12 0.01 0.10 0.08 0.11 0.13 0.08 0.04 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00