ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48676

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.006, 0.011, 0.016, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.011 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.012, 0.020, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.020 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.011, 0.019, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.019 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.020 std_dev=0.011
C1' A 0, 0.015, 0.029, 0.042, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.029 std_dev=0.014
O2 A 0, 0.029, 0.052, 0.074, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.052 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.040, 0.064, 0.089, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.064 std_dev=0.025
P B 0, 0.188, 0.388, 0.588, 0.630 max_d=0.630 avg_d=0.388 std_dev=0.200
C4' B 0, 0.448, 0.778, 1.109, 1.120 max_d=1.120 avg_d=0.778 std_dev=0.330
O5' B 0, 0.295, 0.645, 0.994, 1.017 max_d=1.017 avg_d=0.645 std_dev=0.349
C5' B 0, 0.259, 0.634, 1.009, 1.050 max_d=1.050 avg_d=0.634 std_dev=0.375
C6 B 0, 0.591, 0.978, 1.364, 1.299 max_d=1.299 avg_d=0.978 std_dev=0.387
OP1 B 0, 0.358, 0.767, 1.176, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.767 std_dev=0.409
O4' A 0, 0.043, 0.470, 0.896, 1.246 max_d=1.246 avg_d=0.470 std_dev=0.427
C3' B 0, 0.395, 0.850, 1.305, 1.592 max_d=1.592 avg_d=0.850 std_dev=0.455
C2' A 0, 0.060, 0.516, 0.972, 1.315 max_d=1.315 avg_d=0.516 std_dev=0.456
C5 B 0, 0.758, 1.233, 1.709, 1.511 max_d=1.511 avg_d=1.233 std_dev=0.476
O4' B 0, 0.449, 0.944, 1.440, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.944 std_dev=0.495
OP2 B 0, 0.453, 0.960, 1.467, 1.527 max_d=1.527 avg_d=0.960 std_dev=0.507
O3' B 0, 0.415, 0.981, 1.547, 2.001 max_d=2.001 avg_d=0.981 std_dev=0.566
OP2 A 0, 0.279, 0.861, 1.444, 1.945 max_d=1.945 avg_d=0.861 std_dev=0.582
C4 B 0, 0.968, 1.563, 2.158, 1.888 max_d=1.888 avg_d=1.563 std_dev=0.595
N1 B 0, 0.558, 1.158, 1.757, 1.905 max_d=1.905 avg_d=1.158 std_dev=0.599
O5' A 0, 0.408, 1.080, 1.752, 2.250 max_d=2.250 avg_d=1.080 std_dev=0.672
C3' A 0, 0.099, 0.774, 1.449, 1.963 max_d=1.963 avg_d=0.774 std_dev=0.675
P A 0, 0.368, 1.050, 1.732, 2.302 max_d=2.302 avg_d=1.050 std_dev=0.682
C4' A 0, 0.039, 0.730, 1.421, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.730 std_dev=0.691
C1' B 0, 0.411, 1.104, 1.796, 2.074 max_d=2.074 avg_d=1.104 std_dev=0.692
C2' B 0, 0.374, 1.106, 1.838, 2.264 max_d=2.264 avg_d=1.106 std_dev=0.732
N4 B 0, 1.079, 1.823, 2.567, 2.420 max_d=2.420 avg_d=1.823 std_dev=0.744
N3 B 0, 1.063, 1.820, 2.577, 2.512 max_d=2.512 avg_d=1.820 std_dev=0.757
O2' A 0, -0.033, 0.727, 1.488, 2.058 max_d=2.058 avg_d=0.727 std_dev=0.761
C5' A 0, 0.226, 1.061, 1.896, 2.592 max_d=2.592 avg_d=1.061 std_dev=0.835
C2 B 0, 0.810, 1.660, 2.510, 2.719 max_d=2.719 avg_d=1.660 std_dev=0.850
O2' B 0, 0.444, 1.307, 2.171, 2.677 max_d=2.677 avg_d=1.307 std_dev=0.863
OP1 A 0, 0.507, 1.411, 2.315, 3.080 max_d=3.080 avg_d=1.411 std_dev=0.904
O3' A 0, 0.170, 1.139, 2.108, 2.781 max_d=2.781 avg_d=1.139 std_dev=0.969
O2 B 0, 0.850, 2.049, 3.248, 3.672 max_d=3.672 avg_d=2.049 std_dev=1.199

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.09 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.31 0.03 0.01 0.20 0.22 0.30 0.20
C2 0.02 0.00 0.15 0.21 0.01 0.04 0.02 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.16 0.02 0.12 0.10 0.13 0.17 0.10
C2' 0.00 0.15 0.00 0.01 0.02 0.01 0.12 0.21 0.15 0.02 0.10 0.27 0.00 0.03 0.02 0.01 0.45 0.54 0.63 0.51
C3' 0.01 0.21 0.01 0.00 0.32 0.00 0.32 0.01 0.26 0.20 0.27 0.13 0.03 0.01 0.34 0.02 0.07 0.14 0.04 0.03
C4 0.03 0.01 0.02 0.32 0.00 0.06 0.00 0.03 0.02 0.03 0.00 0.01 0.33 0.10 0.01 0.06 0.05 0.06 0.08 0.05
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.00 0.11 0.00 0.12 0.05 0.03 0.10 0.28 0.02 0.07 0.00 0.02 0.05 0.03 0.01
C5 0.02 0.02 0.12 0.32 0.00 0.11 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.03 0.37 0.17 0.01 0.03 0.07 0.05 0.09 0.05
C5' 0.09 0.08 0.21 0.01 0.03 0.00 0.05 0.00 0.05 0.06 0.06 0.13 0.06 0.21 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01
C6 0.01 0.02 0.15 0.26 0.02 0.12 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.03 0.33 0.10 0.02 0.06 0.06 0.09 0.18 0.07
N1 0.01 0.01 0.02 0.20 0.03 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.02 0.02 0.19 0.09 0.03 0.03 0.11 0.14 0.22 0.12
N3 0.02 0.01 0.10 0.27 0.00 0.03 0.01 0.06 0.00 0.02 0.00 0.01 0.22 0.05 0.02 0.11 0.06 0.08 0.11 0.06
O2 0.06 0.00 0.27 0.13 0.01 0.10 0.03 0.13 0.03 0.02 0.01 0.00 0.06 0.33 0.03 0.18 0.14 0.18 0.20 0.14
O2' 0.02 0.12 0.00 0.03 0.33 0.28 0.37 0.06 0.33 0.19 0.22 0.06 0.00 0.07 0.35 0.20 0.33 0.44 0.72 0.45
O3' 0.31 0.16 0.03 0.01 0.10 0.02 0.17 0.21 0.10 0.09 0.05 0.33 0.07 0.00 0.14 0.20 0.26 0.32 0.32 0.31
O4 0.03 0.02 0.02 0.34 0.01 0.07 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.35 0.14 0.00 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07
O4' 0.01 0.12 0.01 0.02 0.06 0.00 0.03 0.01 0.06 0.03 0.11 0.18 0.20 0.20 0.06 0.00 0.05 0.03 0.09 0.04
O5' 0.20 0.10 0.45 0.07 0.05 0.02 0.07 0.01 0.06 0.11 0.06 0.14 0.33 0.26 0.07 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.22 0.13 0.54 0.14 0.06 0.05 0.05 0.03 0.09 0.14 0.08 0.18 0.44 0.32 0.07 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.30 0.17 0.63 0.04 0.08 0.03 0.09 0.02 0.18 0.22 0.11 0.20 0.72 0.32 0.08 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.20 0.10 0.51 0.03 0.05 0.01 0.05 0.01 0.07 0.12 0.06 0.14 0.45 0.31 0.07 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.62 0.94 0.63 0.21 0.24 0.22 0.18 0.21 0.09 0.53 0.75 0.14 1.43 0.80 0.13 0.37 0.25 0.28 0.16 0.12
C2 0.53 0.99 0.52 0.17 0.39 0.17 0.15 0.16 0.07 0.52 0.95 0.32 1.36 0.64 0.08 0.29 0.25 0.24 0.09 0.09
C2' 0.39 0.80 0.40 0.26 0.23 0.31 0.28 0.55 0.21 0.35 0.69 0.18 1.25 0.56 0.36 0.22 0.56 0.40 0.28 0.34
C3' 0.50 0.72 0.52 0.23 0.22 0.19 0.10 0.08 0.09 0.42 0.59 0.15 1.09 0.63 0.10 0.32 0.14 0.55 0.55 0.32
C4 0.36 0.81 0.39 0.15 0.49 0.11 0.15 0.14 0.07 0.41 0.87 0.48 1.01 0.43 0.08 0.16 0.26 0.24 0.09 0.10
C4' 0.42 0.50 0.46 0.18 0.17 0.19 0.29 0.09 0.14 0.26 0.32 0.27 0.88 0.66 0.11 0.29 0.11 0.46 0.38 0.20
C5 0.38 0.78 0.43 0.17 0.37 0.12 0.14 0.16 0.06 0.41 0.76 0.32 0.97 0.45 0.09 0.17 0.26 0.20 0.10 0.10
C5' 0.22 0.25 0.27 0.09 0.27 0.10 0.37 0.11 0.26 0.10 0.19 0.35 0.52 0.45 0.07 0.15 0.15 0.48 0.38 0.19
C6 0.50 0.87 0.55 0.20 0.29 0.15 0.15 0.18 0.07 0.47 0.75 0.20 1.17 0.60 0.09 0.26 0.26 0.23 0.14 0.11
N1 0.56 0.97 0.58 0.19 0.32 0.18 0.16 0.18 0.08 0.52 0.85 0.22 1.37 0.69 0.09 0.31 0.26 0.24 0.13 0.11
N3 0.44 0.92 0.45 0.16 0.48 0.14 0.15 0.14 0.07 0.47 0.96 0.45 1.20 0.53 0.08 0.22 0.26 0.24 0.09 0.10
O2 0.55 0.99 0.52 0.16 0.39 0.17 0.15 0.16 0.09 0.53 0.95 0.32 1.41 0.67 0.08 0.32 0.25 0.25 0.09 0.09
O2' 0.51 0.91 0.55 0.19 0.23 0.25 0.33 0.59 0.21 0.43 0.76 0.18 1.46 0.80 0.24 0.23 0.68 0.57 0.52 0.54
O3' 0.46 0.57 0.52 0.31 0.22 0.28 0.24 0.13 0.09 0.31 0.44 0.32 0.92 0.68 0.28 0.34 0.23 0.72 0.63 0.43
O4 0.26 0.68 0.31 0.12 0.52 0.09 0.17 0.11 0.09 0.33 0.80 0.59 0.83 0.33 0.07 0.10 0.25 0.30 0.15 0.12
O4' 0.60 0.68 0.64 0.27 0.15 0.30 0.27 0.15 0.10 0.41 0.42 0.27 1.14 0.85 0.18 0.42 0.13 0.37 0.26 0.16
O5' 0.19 0.24 0.27 0.08 0.16 0.04 0.33 0.14 0.26 0.08 0.13 0.22 0.49 0.36 0.04 0.10 0.18 0.50 0.42 0.22
OP1 0.04 0.11 0.06 0.02 0.17 0.05 0.26 0.17 0.22 0.07 0.11 0.21 0.22 0.09 0.02 0.02 0.28 0.62 0.49 0.28
OP2 0.03 0.19 0.07 0.02 0.14 0.15 0.23 0.30 0.23 0.07 0.20 0.16 0.31 0.05 0.02 0.12 0.32 0.60 0.51 0.28
P 0.05 0.14 0.10 0.02 0.15 0.05 0.26 0.18 0.23 0.05 0.12 0.18 0.28 0.12 0.00 0.03 0.25 0.57 0.47 0.26

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.03 0.07 0.02 0.01 0.00 0.19 0.21 0.26 0.13
C2 0.04 0.00 0.03 0.07 0.02 0.02 0.01 0.10 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.05 0.08 0.04 0.29 0.15 0.30 0.10
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.08 0.03 0.11 0.02 0.10 0.04 0.04 0.08 0.07 0.00 0.01 0.01 0.09 0.24 0.32 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.12 0.00 0.17 0.02 0.16 0.08 0.10 0.13 0.09 0.01 0.00 0.02 0.08 0.32 0.31 0.14
C4 0.02 0.02 0.08 0.12 0.00 0.06 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.08 0.16 0.03 0.38 0.17 0.22 0.16
C4' 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.04 0.06 0.03 0.07 0.01 0.01 0.03 0.24 0.15 0.07
C5 0.01 0.01 0.11 0.17 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.07 0.21 0.05 0.40 0.17 0.30 0.14
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.18 0.01 0.18 0.00 0.14 0.09 0.15 0.20 0.07 0.09 0.06 0.03 0.01 0.21 0.06 0.02
C6 0.01 0.01 0.10 0.16 0.00 0.06 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.18 0.05 0.37 0.17 0.38 0.18
N1 0.01 0.01 0.04 0.08 0.01 0.03 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.08 0.02 0.29 0.14 0.27 0.10
N3 0.04 0.01 0.04 0.10 0.00 0.04 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.12 0.03 0.35 0.18 0.29 0.16
N4 0.03 0.03 0.08 0.13 0.00 0.06 0.00 0.20 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.09 0.18 0.04 0.40 0.22 0.19 0.20
O2 0.07 0.00 0.07 0.09 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.08 0.11 0.09 0.25 0.18 0.36 0.10
O2' 0.02 0.05 0.00 0.01 0.08 0.07 0.07 0.09 0.06 0.03 0.07 0.09 0.08 0.00 0.02 0.04 0.04 0.29 0.26 0.03
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.16 0.01 0.21 0.06 0.18 0.08 0.12 0.18 0.11 0.02 0.00 0.02 0.18 0.48 0.38 0.22
O4' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.05 0.03 0.05 0.02 0.03 0.04 0.09 0.04 0.02 0.00 0.19 0.32 0.33 0.27
O5' 0.19 0.29 0.09 0.08 0.38 0.03 0.40 0.01 0.37 0.29 0.35 0.40 0.25 0.04 0.18 0.19 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.21 0.15 0.24 0.32 0.17 0.24 0.17 0.21 0.17 0.14 0.18 0.22 0.18 0.29 0.48 0.32 0.01 0.00 0.02 0.00
OP2 0.26 0.30 0.32 0.31 0.22 0.15 0.30 0.06 0.38 0.27 0.29 0.19 0.36 0.26 0.38 0.33 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.13 0.10 0.07 0.14 0.16 0.07 0.14 0.02 0.18 0.10 0.16 0.20 0.10 0.03 0.22 0.27 0.01 0.00 0.01 0.00