ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48677

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.009 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.017, 0.031, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.031 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.019, 0.034, 0.049, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.034 std_dev=0.015
C6 A 0, 0.021, 0.036, 0.051, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.036 std_dev=0.015
N1 A 0, 0.024, 0.042, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.042 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.027, 0.049, 0.070, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.049 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.019, 0.045, 0.070, 0.080 max_d=0.080 avg_d=0.045 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.056, 0.101, 0.146, 0.140 max_d=0.140 avg_d=0.101 std_dev=0.045
O3' A 0, 0.268, 0.464, 0.660, 0.601 max_d=0.601 avg_d=0.464 std_dev=0.196
C2' A 0, 0.423, 0.734, 1.046, 0.936 max_d=0.936 avg_d=0.734 std_dev=0.312
C3' A 0, 0.482, 0.831, 1.181, 1.046 max_d=1.046 avg_d=0.831 std_dev=0.350
O4' A 0, 0.477, 0.827, 1.177, 1.064 max_d=1.064 avg_d=0.827 std_dev=0.350
OP1 B 0, 0.411, 0.812, 1.213, 1.293 max_d=1.293 avg_d=0.812 std_dev=0.401
P B 0, 0.515, 0.917, 1.319, 1.295 max_d=1.295 avg_d=0.917 std_dev=0.402
C4' A 0, 0.590, 1.018, 1.446, 1.298 max_d=1.298 avg_d=1.018 std_dev=0.428
O2' A 0, 0.674, 1.177, 1.681, 1.540 max_d=1.540 avg_d=1.177 std_dev=0.504
OP2 B 0, 0.692, 1.220, 1.748, 1.630 max_d=1.630 avg_d=1.220 std_dev=0.528
C5' A 0, 0.986, 1.701, 2.416, 2.179 max_d=2.179 avg_d=1.701 std_dev=0.715
O5' B 0, 1.612, 2.737, 3.863, 3.353 max_d=3.353 avg_d=2.737 std_dev=1.125
O5' A 0, 1.888, 3.205, 4.523, 3.945 max_d=3.945 avg_d=3.205 std_dev=1.318
C5' B 0, 2.694, 4.555, 6.415, 5.414 max_d=5.414 avg_d=4.555 std_dev=1.860
OP1 A 0, 2.836, 4.823, 6.810, 5.972 max_d=5.972 avg_d=4.823 std_dev=1.987
P A 0, 2.894, 4.908, 6.922, 5.993 max_d=5.993 avg_d=4.908 std_dev=2.014
OP2 A 0, 3.659, 6.196, 8.733, 7.472 max_d=7.472 avg_d=6.196 std_dev=2.537
C4' B 0, 3.978, 6.726, 9.474, 7.999 max_d=7.999 avg_d=6.726 std_dev=2.748
O4' B 0, 4.589, 7.765, 10.940, 9.323 max_d=9.323 avg_d=7.765 std_dev=3.175
C3' B 0, 4.651, 7.861, 11.070, 9.238 max_d=9.238 avg_d=7.861 std_dev=3.210
O3' B 0, 5.391, 9.110, 12.830, 10.673 max_d=10.673 avg_d=9.110 std_dev=3.719
C6 B 0, 5.699, 9.640, 13.581, 11.512 max_d=11.512 avg_d=9.640 std_dev=3.941
C1' B 0, 5.788, 9.787, 13.785, 11.650 max_d=11.650 avg_d=9.787 std_dev=3.999
C2' B 0, 5.840, 9.869, 13.899, 11.606 max_d=11.606 avg_d=9.869 std_dev=4.030
N1 B 0, 6.254, 10.575, 14.896, 12.602 max_d=12.602 avg_d=10.575 std_dev=4.321
C5 B 0, 6.513, 11.015, 15.517, 13.150 max_d=13.150 avg_d=11.015 std_dev=4.502
O2' B 0, 7.043, 11.903, 16.762, 13.959 max_d=13.959 avg_d=11.903 std_dev=4.860
C2 B 0, 7.514, 12.704, 17.894, 15.124 max_d=15.124 avg_d=12.704 std_dev=5.190
C4 B 0, 7.755, 13.113, 18.471, 15.621 max_d=15.621 avg_d=13.113 std_dev=5.358
O2 B 0, 8.119, 13.725, 19.332, 16.336 max_d=16.336 avg_d=13.725 std_dev=5.606
N3 B 0, 8.174, 13.819, 19.464, 16.453 max_d=16.453 avg_d=13.819 std_dev=5.645
N4 B 0, 8.675, 14.667, 20.658, 17.439 max_d=17.439 avg_d=14.667 std_dev=5.992

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.02 0.00 0.13 0.18 0.08 0.12
C2 0.02 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.04 0.02 0.05 0.17 0.18 0.10 0.14
C2' 0.01 0.05 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.07 0.01 0.01 0.04 0.01 0.14 0.23 0.17 0.18
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.18 0.06 0.08
C4 0.01 0.02 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.26 0.22 0.21 0.24
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.09 0.01
C5 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.01 0.05 0.29 0.24 0.26 0.28
C5' 0.01 0.04 0.03 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.07 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.09 0.14 0.01
C6 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.06 0.03 0.01 0.06 0.28 0.23 0.22 0.26
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.01 0.19 0.20 0.13 0.17
N3 0.02 0.01 0.05 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.03 0.08 0.03 0.02 0.03 0.21 0.20 0.14 0.18
O2 0.04 0.01 0.07 0.03 0.03 0.06 0.02 0.07 0.02 0.02 0.03 0.00 0.14 0.06 0.04 0.09 0.12 0.17 0.06 0.10
O2' 0.02 0.09 0.01 0.01 0.04 0.02 0.05 0.03 0.06 0.02 0.08 0.14 0.00 0.04 0.05 0.02 0.13 0.26 0.24 0.20
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.06 0.04 0.00 0.03 0.03 0.06 0.15 0.03 0.02
O4 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.05 0.03 0.00 0.01 0.27 0.23 0.23 0.26
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.06 0.01 0.03 0.09 0.02 0.03 0.01 0.00 0.10 0.13 0.05 0.06
O5' 0.13 0.17 0.14 0.04 0.26 0.01 0.29 0.01 0.28 0.19 0.21 0.12 0.13 0.06 0.27 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.18 0.18 0.23 0.18 0.22 0.11 0.24 0.09 0.23 0.20 0.20 0.17 0.26 0.15 0.23 0.13 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.08 0.10 0.17 0.06 0.21 0.09 0.26 0.14 0.22 0.13 0.14 0.06 0.24 0.03 0.23 0.05 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.12 0.14 0.18 0.08 0.24 0.01 0.28 0.01 0.26 0.17 0.18 0.10 0.20 0.02 0.26 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.13 0.39 0.45 0.55 0.38 0.52 0.29 0.28 0.08 0.36 0.75 0.07 0.59 0.59 0.21 0.28 0.06 0.15 0.06
C2 0.09 0.44 0.06 0.13 0.78 0.14 0.70 0.13 0.48 0.35 0.65 0.95 0.33 0.21 0.20 0.06 0.24 0.08 0.09 0.05
C2' 0.20 0.18 0.37 0.46 0.63 0.38 0.63 0.25 0.36 0.14 0.42 0.85 0.09 0.56 0.65 0.20 0.26 0.07 0.18 0.05
C3' 0.45 0.12 0.62 0.68 0.38 0.57 0.40 0.39 0.14 0.15 0.14 0.60 0.34 0.84 0.90 0.40 0.32 0.05 0.19 0.05
C4 0.24 0.53 0.15 0.10 0.75 0.07 0.68 0.07 0.51 0.44 0.68 0.86 0.46 0.09 0.10 0.17 0.21 0.10 0.11 0.07
C4' 0.64 0.35 0.81 0.83 0.12 0.71 0.16 0.52 0.15 0.36 0.12 0.32 0.55 1.05 1.01 0.57 0.40 0.07 0.21 0.13
C5 0.08 0.35 0.05 0.08 0.60 0.12 0.56 0.12 0.39 0.28 0.50 0.71 0.26 0.15 0.09 0.06 0.23 0.07 0.09 0.07
C5' 0.86 0.60 1.02 1.01 0.16 0.87 0.14 0.64 0.35 0.59 0.39 0.06 0.80 1.25 1.19 0.76 0.47 0.08 0.24 0.17
C6 0.09 0.22 0.23 0.28 0.54 0.25 0.52 0.21 0.32 0.17 0.40 0.69 0.11 0.36 0.33 0.10 0.27 0.06 0.12 0.06
N1 0.07 0.28 0.22 0.28 0.63 0.25 0.59 0.20 0.37 0.20 0.48 0.81 0.15 0.38 0.37 0.09 0.26 0.06 0.12 0.06
N3 0.22 0.56 0.12 0.05 0.82 0.06 0.74 0.08 0.54 0.45 0.74 0.97 0.47 0.07 0.02 0.16 0.22 0.10 0.09 0.06
O2 0.09 0.47 0.07 0.15 0.82 0.15 0.74 0.13 0.50 0.36 0.69 1.02 0.35 0.23 0.23 0.06 0.25 0.07 0.08 0.05
O2' 0.10 0.44 0.16 0.28 0.93 0.23 0.90 0.14 0.61 0.38 0.71 1.17 0.25 0.34 0.48 0.12 0.25 0.14 0.21 0.15
O3' 0.40 0.05 0.58 0.64 0.47 0.53 0.47 0.36 0.20 0.09 0.22 0.71 0.28 0.82 0.87 0.36 0.29 0.05 0.19 0.04
O4 0.36 0.63 0.31 0.26 0.77 0.17 0.68 0.09 0.56 0.53 0.75 0.86 0.59 0.26 0.31 0.27 0.20 0.12 0.16 0.09
O4' 0.51 0.20 0.67 0.70 0.22 0.60 0.23 0.47 0.10 0.24 0.03 0.41 0.37 0.88 0.82 0.46 0.38 0.09 0.21 0.16
O5' 1.05 0.76 1.20 1.24 0.31 1.12 0.28 0.89 0.52 0.77 0.53 0.11 0.95 1.37 1.42 0.98 0.76 0.34 0.37 0.44
OP1 1.24 1.01 1.31 1.32 0.53 1.22 0.45 0.91 0.67 0.97 0.79 0.34 1.25 1.49 1.58 1.14 0.76 0.30 0.31 0.38
OP2 1.22 0.95 1.26 1.31 0.55 1.33 0.52 1.09 0.73 0.96 0.75 0.37 1.12 1.34 1.43 1.21 0.99 0.54 0.52 0.64
P 1.30 1.03 1.39 1.43 0.57 1.34 0.53 1.06 0.76 1.02 0.80 0.38 1.22 1.52 1.64 1.24 0.91 0.46 0.44 0.55

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.00 0.09 0.01 0.11 0.17 0.21 0.08
C2 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.04 0.19 0.17 0.34 0.18
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.07 0.05 0.01 0.04 0.02 0.08 0.00 0.01 0.01 0.11 0.18 0.14 0.05
C3' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.08 0.01 0.08 0.01 0.07 0.05 0.07 0.09 0.05 0.01 0.01 0.01 0.16 0.19 0.16 0.05
C4 0.02 0.00 0.02 0.08 0.00 0.04 0.01 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.11 0.02 0.03 0.29 0.18 0.50 0.28
C4' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.04 0.00 0.04 0.00 0.04 0.02 0.03 0.04 0.04 0.07 0.01 0.00 0.01 0.15 0.20 0.03
C5 0.01 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.00 0.09 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.03 0.02 0.31 0.19 0.51 0.29
C5' 0.03 0.05 0.07 0.01 0.08 0.00 0.09 0.00 0.08 0.05 0.06 0.09 0.04 0.03 0.06 0.01 0.00 0.20 0.15 0.01
C6 0.01 0.01 0.05 0.07 0.02 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.02 0.02 0.02 0.10 0.03 0.02 0.28 0.18 0.42 0.24
N1 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.04 0.02 0.20 0.17 0.32 0.17
N3 0.02 0.01 0.04 0.07 0.00 0.03 0.01 0.06 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.04 0.24 0.18 0.42 0.23
N4 0.02 0.01 0.02 0.09 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.12 0.02 0.03 0.32 0.18 0.55 0.31
O2 0.03 0.01 0.08 0.05 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.07 0.11 0.05 0.14 0.18 0.27 0.13
O2' 0.00 0.06 0.00 0.01 0.11 0.07 0.12 0.03 0.10 0.06 0.08 0.12 0.07 0.00 0.02 0.05 0.14 0.19 0.13 0.07
O3' 0.09 0.06 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.04 0.04 0.02 0.11 0.02 0.00 0.07 0.14 0.22 0.18 0.06
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.04 0.03 0.05 0.05 0.07 0.00 0.13 0.15 0.22 0.09
O5' 0.11 0.19 0.11 0.16 0.29 0.01 0.31 0.00 0.28 0.20 0.24 0.32 0.14 0.14 0.14 0.13 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.17 0.17 0.18 0.19 0.18 0.15 0.19 0.20 0.18 0.17 0.18 0.18 0.18 0.19 0.22 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.34 0.14 0.16 0.50 0.20 0.51 0.15 0.42 0.32 0.42 0.55 0.27 0.13 0.18 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.18 0.05 0.05 0.28 0.03 0.29 0.01 0.24 0.17 0.23 0.31 0.13 0.07 0.06 0.09 0.01 0.00 0.01 0.00