ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48679

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.008, 0.017, 0.027, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.020 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.004, 0.015, 0.026, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.015 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.017, 0.028, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.017 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.025, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.020, 0.035, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.020 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.007, 0.027, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.027 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.007, 0.033, 0.059, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.033 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.008, 0.045, 0.081, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.045 std_dev=0.037
P B 0, 0.347, 0.656, 0.964, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.656 std_dev=0.309
O5' B 0, 0.214, 0.542, 0.870, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.542 std_dev=0.328
OP1 B 0, 0.297, 0.701, 1.104, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.701 std_dev=0.404
C5' B 0, 0.293, 0.715, 1.137, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.715 std_dev=0.422
OP2 B 0, 0.396, 0.821, 1.245, 1.253 max_d=1.253 avg_d=0.821 std_dev=0.424
O4' A 0, -0.099, 0.380, 0.859, 1.062 max_d=1.062 avg_d=0.380 std_dev=0.479
C2' A 0, -0.040, 0.459, 0.958, 1.168 max_d=1.168 avg_d=0.459 std_dev=0.499
N3 B 0, 0.375, 0.955, 1.534, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.955 std_dev=0.579
C4' B 0, 0.351, 0.977, 1.604, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.977 std_dev=0.627
C3' B 0, 0.308, 0.993, 1.679, 1.925 max_d=1.925 avg_d=0.993 std_dev=0.685
C3' A 0, 0.114, 0.811, 1.507, 1.774 max_d=1.774 avg_d=0.811 std_dev=0.696
C4' A 0, 0.203, 0.911, 1.619, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.911 std_dev=0.708
C2 B 0, 0.331, 1.052, 1.772, 1.997 max_d=1.997 avg_d=1.052 std_dev=0.720
O3' B 0, 0.347, 1.082, 1.816, 2.077 max_d=2.077 avg_d=1.082 std_dev=0.735
O4' B 0, 0.358, 1.110, 1.862, 2.110 max_d=2.110 avg_d=1.110 std_dev=0.752
N1 B 0, 0.291, 1.112, 1.933, 2.214 max_d=2.214 avg_d=1.112 std_dev=0.821
C4 B 0, 0.300, 1.123, 1.946, 2.221 max_d=2.221 avg_d=1.123 std_dev=0.823
P A 0, 0.719, 1.556, 2.394, 2.524 max_d=2.524 avg_d=1.556 std_dev=0.837
N4 B 0, 0.367, 1.245, 2.123, 2.406 max_d=2.406 avg_d=1.245 std_dev=0.878
OP1 A 0, 0.872, 1.763, 2.654, 2.714 max_d=2.714 avg_d=1.763 std_dev=0.891
C5' A 0, 0.496, 1.390, 2.284, 2.553 max_d=2.553 avg_d=1.390 std_dev=0.894
C1' B 0, 0.344, 1.243, 2.143, 2.463 max_d=2.463 avg_d=1.243 std_dev=0.900
OP2 A 0, 0.876, 1.777, 2.677, 2.712 max_d=2.712 avg_d=1.777 std_dev=0.900
C2' B 0, 0.340, 1.245, 2.149, 2.481 max_d=2.481 avg_d=1.245 std_dev=0.905
O2' A 0, -0.029, 0.888, 1.804, 2.184 max_d=2.184 avg_d=0.888 std_dev=0.917
O3' A 0, 0.149, 1.172, 2.194, 2.586 max_d=2.586 avg_d=1.172 std_dev=1.022
O5' A 0, 1.037, 2.078, 3.119, 3.155 max_d=3.155 avg_d=2.078 std_dev=1.041
O2' B 0, 0.459, 1.619, 2.779, 3.189 max_d=3.189 avg_d=1.619 std_dev=1.160
O2 B 0, 0.214, 1.690, 3.166, 3.732 max_d=3.732 avg_d=1.690 std_dev=1.476
C6 B 0, 0.038, 1.710, 3.382, 4.041 max_d=4.041 avg_d=1.710 std_dev=1.672
C5 B 0, -0.002, 1.772, 3.547, 4.250 max_d=4.250 avg_d=1.772 std_dev=1.774

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.13 0.02 0.02 0.04 0.06 0.01 0.28 0.03 0.01 0.26 0.23 0.52 0.31
C2 0.05 0.00 0.13 0.23 0.01 0.02 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.10 0.01 0.13 0.21 0.27 0.53 0.33
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.07 0.01 0.19 0.25 0.21 0.03 0.07 0.27 0.01 0.02 0.06 0.02 0.60 0.62 0.85 0.67
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.28 0.00 0.23 0.03 0.17 0.17 0.28 0.19 0.02 0.01 0.31 0.02 0.17 0.20 0.23 0.17
C4 0.04 0.01 0.07 0.28 0.00 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.39 0.08 0.00 0.05 0.16 0.29 0.51 0.31
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.03 0.05 0.28 0.02 0.06 0.00 0.05 0.04 0.19 0.07
C5 0.02 0.01 0.19 0.23 0.01 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.01 0.41 0.08 0.01 0.03 0.17 0.30 0.54 0.32
C5' 0.13 0.15 0.25 0.03 0.16 0.01 0.17 0.00 0.18 0.16 0.15 0.15 0.05 0.18 0.16 0.03 0.01 0.12 0.10 0.03
C6 0.02 0.01 0.21 0.17 0.01 0.06 0.01 0.18 0.00 0.01 0.01 0.02 0.34 0.02 0.01 0.05 0.21 0.30 0.57 0.35
N1 0.02 0.01 0.03 0.17 0.01 0.02 0.01 0.16 0.01 0.00 0.01 0.02 0.22 0.10 0.01 0.05 0.23 0.27 0.55 0.34
N3 0.04 0.00 0.07 0.28 0.00 0.03 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.04 0.01 0.11 0.18 0.28 0.52 0.32
O2 0.06 0.00 0.27 0.19 0.00 0.05 0.01 0.15 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.20 0.01 0.19 0.23 0.26 0.53 0.33
O2' 0.01 0.20 0.01 0.02 0.39 0.28 0.41 0.05 0.34 0.22 0.30 0.06 0.00 0.04 0.41 0.19 0.47 0.46 0.88 0.55
O3' 0.28 0.10 0.02 0.01 0.08 0.02 0.08 0.18 0.02 0.10 0.04 0.20 0.04 0.00 0.12 0.22 0.09 0.21 0.22 0.11
O4 0.03 0.01 0.06 0.31 0.00 0.06 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.41 0.12 0.00 0.05 0.14 0.28 0.47 0.28
O4' 0.01 0.13 0.02 0.02 0.05 0.00 0.03 0.03 0.05 0.05 0.11 0.19 0.19 0.22 0.05 0.00 0.06 0.11 0.28 0.12
O5' 0.26 0.21 0.60 0.17 0.16 0.05 0.17 0.01 0.21 0.23 0.18 0.23 0.47 0.09 0.14 0.06 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.23 0.27 0.62 0.20 0.29 0.04 0.30 0.12 0.30 0.27 0.28 0.26 0.46 0.21 0.28 0.11 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.52 0.53 0.85 0.23 0.51 0.19 0.54 0.10 0.57 0.55 0.52 0.53 0.88 0.22 0.47 0.28 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.31 0.33 0.67 0.17 0.31 0.07 0.32 0.03 0.35 0.34 0.32 0.33 0.55 0.11 0.28 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.16 0.22 0.07 0.48 0.11 0.86 0.06 0.81 0.43 0.19 0.44 0.32 0.25 0.21 0.28 0.07 0.42 0.22 0.20
C2 0.10 0.12 0.13 0.18 0.11 0.13 0.15 0.13 0.15 0.10 0.14 0.11 0.16 0.15 0.27 0.12 0.16 0.37 0.19 0.16
C2' 0.15 0.16 0.06 0.30 0.48 0.23 0.78 0.34 0.67 0.28 0.20 0.53 0.40 0.11 0.54 0.04 0.38 0.15 0.14 0.16
C3' 0.23 0.19 0.16 0.07 0.40 0.08 0.76 0.06 0.72 0.32 0.18 0.40 0.52 0.15 0.20 0.20 0.05 0.64 0.40 0.36
C4 0.16 0.36 0.16 0.20 0.30 0.19 0.90 0.19 0.78 0.19 0.34 0.32 0.79 0.16 0.24 0.14 0.23 0.31 0.16 0.14
C4' 0.18 0.35 0.14 0.08 0.23 0.08 0.68 0.07 0.69 0.22 0.30 0.21 0.79 0.16 0.17 0.15 0.07 0.54 0.26 0.24
C5 0.07 0.49 0.10 0.16 0.13 0.13 0.67 0.14 0.62 0.05 0.44 0.15 0.90 0.11 0.22 0.09 0.19 0.37 0.21 0.18
C5' 0.17 0.44 0.17 0.20 0.17 0.21 0.33 0.21 0.36 0.18 0.39 0.15 0.76 0.15 0.26 0.18 0.24 0.43 0.17 0.16
C6 0.17 0.42 0.12 0.11 0.16 0.08 0.14 0.09 0.14 0.18 0.39 0.14 0.57 0.13 0.23 0.17 0.12 0.41 0.22 0.20
N1 0.18 0.22 0.12 0.13 0.27 0.09 0.32 0.09 0.30 0.23 0.24 0.25 0.22 0.15 0.25 0.17 0.12 0.40 0.21 0.18
N3 0.14 0.19 0.16 0.21 0.20 0.17 0.53 0.17 0.45 0.14 0.20 0.21 0.42 0.17 0.26 0.13 0.20 0.33 0.17 0.15
O2 0.11 0.10 0.15 0.19 0.17 0.13 0.33 0.13 0.27 0.12 0.10 0.19 0.21 0.17 0.28 0.12 0.16 0.37 0.19 0.16
O2' 0.43 0.19 0.30 0.12 0.62 0.06 1.06 0.28 0.98 0.52 0.23 0.62 0.32 0.43 0.34 0.23 0.40 0.22 0.32 0.30
O3' 0.11 0.44 0.12 0.07 0.09 0.08 0.59 0.07 0.60 0.11 0.42 0.08 0.88 0.17 0.08 0.12 0.05 0.70 0.32 0.34
O4 0.25 0.36 0.20 0.22 0.49 0.23 1.26 0.22 1.07 0.32 0.33 0.53 0.94 0.20 0.23 0.22 0.26 0.25 0.14 0.14
O4' 0.31 0.24 0.25 0.13 0.25 0.18 0.71 0.14 0.78 0.33 0.25 0.20 0.62 0.28 0.10 0.29 0.08 0.58 0.28 0.30
O5' 0.20 0.21 0.22 0.12 0.10 0.10 0.14 0.07 0.18 0.15 0.19 0.10 0.33 0.26 0.01 0.17 0.09 0.56 0.23 0.26
OP1 0.17 0.15 0.23 0.05 0.07 0.03 0.09 0.18 0.11 0.09 0.14 0.09 0.25 0.37 0.01 0.06 0.30 0.13 0.18 0.11
OP2 0.13 0.13 0.04 0.09 0.46 0.16 0.70 0.27 0.65 0.29 0.21 0.50 0.34 0.11 0.03 0.17 0.48 0.22 0.34 0.21
P 0.06 0.14 0.12 0.02 0.18 0.04 0.24 0.14 0.20 0.07 0.15 0.21 0.25 0.22 0.00 0.01 0.27 0.29 0.14 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.03 0.06 0.01 0.02 0.01 0.03 0.24 0.07 0.05
C2 0.04 0.00 0.22 0.12 0.01 0.33 0.01 0.55 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.34 0.08 0.40 0.74 0.95 0.94 0.84
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.15 0.03 0.17 0.06 0.38 0.00 0.02 0.00 0.03 0.37 0.11 0.11
C3' 0.02 0.12 0.00 0.00 0.15 0.00 0.31 0.01 0.33 0.10 0.06 0.15 0.31 0.01 0.00 0.00 0.08 0.37 0.09 0.11
C4 0.03 0.01 0.05 0.15 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.16 0.04 0.18 0.06 0.16 0.17
C4' 0.01 0.33 0.01 0.00 0.10 0.00 0.43 0.01 0.51 0.08 0.22 0.10 0.72 0.05 0.01 0.00 0.01 0.18 0.04 0.03
C5 0.01 0.01 0.10 0.31 0.00 0.43 0.00 0.73 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.27 0.24 0.36 0.91 0.75 1.12 1.05
C5' 0.02 0.55 0.01 0.01 0.16 0.01 0.73 0.00 0.81 0.11 0.40 0.16 1.21 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.15 0.33 0.01 0.51 0.00 0.81 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.33 0.23 0.47 0.99 0.74 1.06 1.06
N1 0.02 0.01 0.03 0.10 0.01 0.08 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.08 0.04 0.10 0.15 0.05 0.08
N3 0.04 0.01 0.17 0.06 0.00 0.22 0.00 0.40 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.26 0.08 0.27 0.55 0.80 0.81 0.68
N4 0.03 0.01 0.06 0.15 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.17 0.03 0.18 0.05 0.18 0.19
O2 0.06 0.00 0.38 0.31 0.01 0.72 0.01 1.21 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.66 0.20 0.76 1.58 1.72 1.83 1.73
O2' 0.01 0.34 0.00 0.01 0.04 0.05 0.27 0.04 0.33 0.02 0.26 0.04 0.66 0.00 0.07 0.06 0.05 0.32 0.09 0.07
O3' 0.02 0.08 0.02 0.00 0.16 0.01 0.24 0.01 0.23 0.08 0.08 0.17 0.20 0.07 0.00 0.02 0.13 0.36 0.08 0.11
O4' 0.01 0.40 0.00 0.00 0.04 0.00 0.36 0.01 0.47 0.04 0.27 0.03 0.76 0.06 0.02 0.00 0.09 0.16 0.08 0.06
O5' 0.03 0.74 0.03 0.08 0.18 0.01 0.91 0.01 0.99 0.10 0.55 0.18 1.58 0.05 0.13 0.09 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.24 0.95 0.37 0.37 0.06 0.18 0.75 0.07 0.74 0.15 0.80 0.05 1.72 0.32 0.36 0.16 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.07 0.94 0.11 0.09 0.16 0.04 1.12 0.01 1.06 0.05 0.81 0.18 1.83 0.09 0.08 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.84 0.11 0.11 0.17 0.03 1.05 0.01 1.06 0.08 0.68 0.19 1.73 0.07 0.11 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00