Doublet Group distance statistics: 48681

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C1'	A	0, 0.001, 0.003, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.003 std_dev=0.002
C2	A	0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4	A	0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
N3	A	0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.003
C5	A	0, 0.002, 0.007, 0.011, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1	A	0, 0.001, 0.006, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
O2	A	0, 0.002, 0.010, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.008
O4	A	0, 0.010, 0.026, 0.042, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.016
O5'	A	0, 0.017, 0.164, 0.310, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.164 std_dev=0.146
O4'	B	0, 0.024, 0.223, 0.423, 0.422 max_d=0.422 avg_d=0.223 std_dev=0.199
O3'	A	0, 0.017, 0.242, 0.467, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.242 std_dev=0.225
O2	B	0, 0.039, 0.306, 0.573, 0.572 max_d=0.572 avg_d=0.306 std_dev=0.267
C2	B	0, 0.032, 0.318, 0.603, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.318 std_dev=0.285
C1'	B	0, 0.030, 0.321, 0.612, 0.628 max_d=0.628 avg_d=0.321 std_dev=0.291
N1	B	0, 0.031, 0.325, 0.620, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.325 std_dev=0.294
N3	B	0, 0.031, 0.337, 0.644, 0.645 max_d=0.645 avg_d=0.337 std_dev=0.307
C6	B	0, 0.028, 0.344, 0.661, 0.665 max_d=0.665 avg_d=0.344 std_dev=0.317
C4'	B	0, 0.019, 0.337, 0.655, 0.658 max_d=0.658 avg_d=0.337 std_dev=0.318
C4	B	0, 0.027, 0.349, 0.672, 0.674 max_d=0.674 avg_d=0.349 std_dev=0.323
C5	B	0, 0.024, 0.351, 0.678, 0.682 max_d=0.682 avg_d=0.351 std_dev=0.327
N4	B	0, 0.027, 0.370, 0.713, 0.713 max_d=0.713 avg_d=0.370 std_dev=0.343
C5'	B	0, 0.018, 0.365, 0.713, 0.722 max_d=0.722 avg_d=0.365 std_dev=0.348
P	B	0, 0.030, 0.380, 0.730, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.380 std_dev=0.350
OP1	B	0, 0.034, 0.393, 0.753, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.393 std_dev=0.359
C2'	B	0, 0.029, 0.423, 0.817, 0.830 max_d=0.830 avg_d=0.423 std_dev=0.394
P	A	0, 0.023, 0.418, 0.814, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.418 std_dev=0.396
C3'	A	0, 0.003, 0.404, 0.804, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.404 std_dev=0.400
C3'	B	0, 0.020, 0.422, 0.824, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.422 std_dev=0.402
C2'	A	0, 0.002, 0.406, 0.811, 0.831 max_d=0.831 avg_d=0.406 std_dev=0.405
O3'	B	0, 0.027, 0.438, 0.850, 0.865 max_d=0.865 avg_d=0.438 std_dev=0.411
O4'	A	0, 0.007, 0.436, 0.865, 0.877 max_d=0.877 avg_d=0.436 std_dev=0.429
C4'	A	0, 0.006, 0.448, 0.890, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.448 std_dev=0.442
OP2	B	0, 0.024, 0.491, 0.957, 0.974 max_d=0.974 avg_d=0.491 std_dev=0.467
O2'	B	0, 0.034, 0.509, 0.983, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.509 std_dev=0.474
OP2	A	0, 0.033, 0.588, 1.142, 1.157 max_d=1.157 avg_d=0.588 std_dev=0.555
O5'	B	0, 0.031, 0.607, 1.183, 1.205 max_d=1.205 avg_d=0.607 std_dev=0.576
OP1	A	0, 0.033, 0.654, 1.276, 1.320 max_d=1.320 avg_d=0.654 std_dev=0.622
O2'	A	0, 0.011, 0.659, 1.307, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.659 std_dev=0.648
C5'	A	0, 0.020, 0.827, 1.635, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.827 std_dev=0.807

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.00	0.01	0.01	0.09	0.00	0.00	0.10	0.21	0.03	0.11
C2	0.00	0.00	0.05	0.02	0.00	0.08	0.01	0.06	0.00	0.01	0.00	0.00	0.14	0.07	0.00	0.14	0.12	0.35	0.15	0.22
C2'	0.00	0.05	0.00	0.00	0.02	0.01	0.06	0.04	0.07	0.02	0.02	0.13	0.00	0.03	0.02	0.01	0.43	0.61	0.35	0.49
C3'	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.00	0.02	0.00	0.00	0.02	0.04	0.01	0.01	0.01	0.00	0.32	0.38	0.24	0.34
C4	0.01	0.00	0.02	0.01	0.00	0.03	0.01	0.10	0.00	0.00	0.01	0.00	0.04	0.08	0.00	0.01	0.12	0.32	0.15	0.20
C4'	0.01	0.08	0.01	0.00	0.03	0.00	0.09	0.00	0.09	0.01	0.05	0.18	0.00	0.01	0.02	0.00	0.02	0.03	0.06	0.05
C5	0.01	0.01	0.06	0.00	0.01	0.09	0.00	0.18	0.00	0.00	0.01	0.00	0.15	0.08	0.00	0.11	0.12	0.26	0.07	0.16
C5'	0.02	0.06	0.04	0.02	0.10	0.00	0.18	0.00	0.18	0.06	0.02	0.22	0.03	0.07	0.10	0.02	0.01	0.10	0.18	0.04
C6	0.00	0.00	0.07	0.00	0.00	0.09	0.00	0.18	0.00	0.00	0.00	0.00	0.17	0.08	0.00	0.14	0.11	0.23	0.02	0.13
N1	0.01	0.01	0.02	0.00	0.00	0.01	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.02	0.09	0.00	0.01	0.12	0.27	0.05	0.16
N3	0.00	0.00	0.02	0.02	0.01	0.05	0.01	0.02	0.00	0.00	0.00	0.00	0.09	0.07	0.01	0.09	0.12	0.36	0.18	0.23
O2	0.01	0.00	0.13	0.04	0.00	0.18	0.00	0.22	0.00	0.01	0.00	0.00	0.31	0.06	0.01	0.26	0.12	0.41	0.20	0.26
O2'	0.01	0.14	0.00	0.01	0.04	0.00	0.15	0.03	0.17	0.02	0.09	0.31	0.00	0.04	0.03	0.01	0.45	0.74	0.35	0.56
O3'	0.09	0.07	0.03	0.01	0.08	0.01	0.08	0.07	0.08	0.09	0.07	0.06	0.04	0.00	0.07	0.10	0.19	0.26	0.03	0.17
O4	0.00	0.00	0.02	0.01	0.00	0.02	0.00	0.10	0.00	0.00	0.01	0.01	0.03	0.07	0.00	0.01	0.12	0.32	0.17	0.21
O4'	0.00	0.14	0.01	0.00	0.01	0.00	0.11	0.02	0.14	0.01	0.09	0.26	0.01	0.10	0.01	0.00	0.20	0.18	0.24	0.21
O5'	0.10	0.12	0.43	0.32	0.12	0.02	0.12	0.01	0.11	0.12	0.12	0.12	0.45	0.19	0.12	0.20	0.00	0.01	0.01	0.00
OP1	0.21	0.35	0.61	0.38	0.32	0.03	0.26	0.10	0.23	0.27	0.36	0.41	0.74	0.26	0.32	0.18	0.01	0.00	0.01	0.01
OP2	0.03	0.15	0.35	0.24	0.15	0.06	0.07	0.18	0.02	0.05	0.18	0.20	0.35	0.03	0.17	0.24	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.11	0.22	0.49	0.34	0.20	0.05	0.16	0.04	0.13	0.16	0.23	0.26	0.56	0.17	0.21	0.21	0.00	0.01	0.00	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.21	0.25	0.26	0.25	0.27	0.19	0.27	0.18	0.25	0.24	0.26	0.27	0.24	0.27	0.20	0.11	0.26	0.08	0.30	0.06
C2	0.24	0.26	0.30	0.32	0.28	0.25	0.29	0.24	0.28	0.26	0.27	0.27	0.25	0.33	0.29	0.15	0.24	0.14	0.22	0.16
C2'	0.37	0.43	0.36	0.34	0.48	0.33	0.49	0.34	0.44	0.42	0.45	0.49	0.41	0.36	0.25	0.29	0.48	0.32	0.17	0.27
C3'	0.17	0.22	0.15	0.13	0.29	0.13	0.29	0.14	0.24	0.21	0.26	0.33	0.20	0.15	0.04	0.09	0.30	0.18	0.27	0.12
C4	0.24	0.25	0.32	0.34	0.25	0.28	0.27	0.26	0.27	0.25	0.25	0.24	0.24	0.36	0.33	0.17	0.17	0.14	0.11	0.21
C4'	0.05	0.01	0.05	0.08	0.07	0.09	0.07	0.08	0.03	0.01	0.03	0.11	0.03	0.05	0.15	0.13	0.04	0.04	0.37	0.08
C5	0.25	0.25	0.32	0.34	0.25	0.28	0.27	0.26	0.28	0.26	0.25	0.24	0.24	0.35	0.32	0.17	0.19	0.09	0.19	0.14
C5'	0.18	0.12	0.21	0.25	0.01	0.24	0.01	0.23	0.05	0.12	0.06	0.07	0.16	0.22	0.35	0.26	0.12	0.12	0.44	0.15
C6	0.24	0.26	0.30	0.31	0.26	0.24	0.28	0.22	0.28	0.26	0.26	0.25	0.25	0.32	0.27	0.15	0.22	0.07	0.26	0.08
N1	0.23	0.25	0.29	0.29	0.27	0.23	0.28	0.22	0.27	0.25	0.26	0.26	0.24	0.31	0.26	0.14	0.24	0.10	0.26	0.11
N3	0.24	0.25	0.31	0.33	0.27	0.27	0.28	0.25	0.28	0.26	0.26	0.26	0.24	0.35	0.32	0.16	0.20	0.16	0.16	0.20
O2	0.24	0.26	0.30	0.31	0.29	0.25	0.29	0.24	0.28	0.26	0.27	0.29	0.25	0.33	0.28	0.15	0.25	0.16	0.21	0.17
O2'	0.64	0.72	0.62	0.59	0.76	0.59	0.76	0.59	0.71	0.69	0.74	0.75	0.71	0.63	0.50	0.56	0.76	0.52	0.07	0.45
O3'	0.11	0.19	0.10	0.07	0.24	0.06	0.19	0.07	0.15	0.15	0.23	0.29	0.18	0.10	0.01	0.02	0.25	0.05	0.39	0.02
O4	0.24	0.24	0.33	0.35	0.25	0.29	0.26	0.26	0.27	0.25	0.24	0.24	0.24	0.37	0.36	0.18	0.13	0.16	0.02	0.25
O4'	0.13	0.10	0.09	0.10	0.05	0.15	0.04	0.15	0.07	0.10	0.08	0.02	0.12	0.07	0.14	0.22	0.07	0.13	0.41	0.16
O5'	0.16	0.19	0.22	0.19	0.19	0.10	0.18	0.04	0.18	0.18	0.19	0.19	0.19	0.25	0.15	0.04	0.05	0.04	0.30	0.03
OP1	0.19	0.22	0.31	0.27	0.18	0.12	0.15	0.01	0.16	0.19	0.21	0.18	0.24	0.36	0.26	0.03	0.07	0.17	0.36	0.12
OP2	0.43	0.49	0.50	0.41	0.46	0.29	0.43	0.16	0.42	0.45	0.49	0.46	0.50	0.53	0.35	0.26	0.12	0.02	0.18	0.04
P	0.25	0.29	0.34	0.28	0.27	0.16	0.24	0.07	0.24	0.26	0.29	0.26	0.30	0.37	0.25	0.10	0.04	0.06	0.29	0.04

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	N4	O2	O2'	O3'	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.00	0.01	0.03	0.00	0.01	0.01	0.02	0.00	0.01	0.04	0.00	0.15	0.10	0.04	0.13
C2	0.01	0.00	0.09	0.06	0.00	0.01	0.00	0.06	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.13	0.06	0.01	0.27	0.02	0.06	0.08
C2'	0.00	0.09	0.00	0.00	0.05	0.01	0.00	0.02	0.02	0.03	0.09	0.06	0.13	0.00	0.05	0.01	0.06	0.07	0.16	0.07
C3'	0.00	0.06	0.00	0.00	0.02	0.00	0.05	0.01	0.07	0.00	0.06	0.02	0.10	0.03	0.01	0.01	0.02	0.04	0.21	0.03
C4	0.01	0.00	0.05	0.02	0.00	0.03	0.00	0.12	0.01	0.01	0.00	0.00	0.00	0.09	0.03	0.00	0.38	0.07	0.14	0.02
C4'	0.00	0.01	0.01	0.00	0.03	0.00	0.07	0.00	0.07	0.02	0.01	0.03	0.03	0.04	0.02	0.00	0.02	0.05	0.19	0.06
C5	0.01	0.00	0.00	0.05	0.00	0.07	0.00	0.16	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.40	0.07	0.14	0.02
C5'	0.03	0.06	0.02	0.01	0.12	0.00	0.16	0.00	0.15	0.08	0.09	0.13	0.02	0.03	0.05	0.01	0.01	0.01	0.15	0.01
C6	0.00	0.00	0.02	0.07	0.01	0.07	0.00	0.15	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.07	0.01	0.36	0.02	0.10	0.05
N1	0.01	0.00	0.03	0.00	0.01	0.02	0.00	0.08	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.05	0.01	0.00	0.27	0.04	0.05	0.09
N3	0.01	0.00	0.09	0.06	0.00	0.01	0.01	0.09	0.00	0.00	0.00	0.01	0.01	0.13	0.07	0.01	0.33	0.04	0.10	0.05
N4	0.02	0.01	0.06	0.02	0.00	0.03	0.01	0.13	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.10	0.04	0.01	0.40	0.10	0.17	0.01
O2	0.00	0.01	0.13	0.10	0.00	0.03	0.01	0.02	0.01	0.01	0.01	0.01	0.00	0.18	0.10	0.03	0.21	0.04	0.03	0.09
O2'	0.01	0.13	0.00	0.03	0.09	0.04	0.02	0.03	0.01	0.05	0.13	0.10	0.18	0.00	0.12	0.05	0.03	0.06	0.28	0.05
O3'	0.04	0.06	0.05	0.01	0.03	0.02	0.04	0.05	0.07	0.01	0.07	0.04	0.10	0.12	0.00	0.04	0.12	0.03	0.32	0.02
O4'	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.00	0.01	0.01	0.03	0.05	0.04	0.00	0.15	0.10	0.03	0.15
O5'	0.15	0.27	0.06	0.02	0.38	0.02	0.40	0.01	0.36	0.27	0.33	0.40	0.21	0.03	0.12	0.15	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.10	0.02	0.07	0.04	0.07	0.05	0.07	0.01	0.02	0.04	0.04	0.10	0.04	0.06	0.03	0.10	0.01	0.00	0.01	0.00
OP2	0.04	0.06	0.16	0.21	0.14	0.19	0.14	0.15	0.10	0.05	0.10	0.17	0.03	0.28	0.32	0.03	0.01	0.01	0.00	0.00
P	0.13	0.08	0.07	0.03	0.02	0.06	0.02	0.01	0.05	0.09	0.05	0.01	0.09	0.05	0.02	0.15	0.01	0.00	0.00	0.00