ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48683

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.001, 0.004, 0.007, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.001, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C4 A 0, -0.001, 0.004, 0.009, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.004 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.000, 0.007, 0.013, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.007 std_dev=0.007
O4 A 0, -0.001, 0.008, 0.017, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.008 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.003, 0.015, 0.026, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.015 std_dev=0.011
O4' A 0, 0.001, 0.050, 0.099, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.050 std_dev=0.049
C2' A 0, -0.001, 0.053, 0.107, 0.127 max_d=0.127 avg_d=0.053 std_dev=0.054
C3' A 0, 0.029, 0.113, 0.197, 0.201 max_d=0.201 avg_d=0.113 std_dev=0.084
O2' A 0, 0.009, 0.101, 0.193, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.101 std_dev=0.092
C4' A 0, -0.008, 0.085, 0.178, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.085 std_dev=0.093
O5' A 0, 0.050, 0.173, 0.295, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.173 std_dev=0.122
O3' A 0, 0.050, 0.179, 0.308, 0.297 max_d=0.297 avg_d=0.179 std_dev=0.129
C5' A 0, 0.038, 0.168, 0.298, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.168 std_dev=0.130
P B 0, 0.058, 0.213, 0.369, 0.368 max_d=0.368 avg_d=0.213 std_dev=0.156
OP1 B 0, 0.058, 0.215, 0.372, 0.371 max_d=0.371 avg_d=0.215 std_dev=0.157
P A 0, 0.081, 0.289, 0.497, 0.482 max_d=0.482 avg_d=0.289 std_dev=0.208
O5' B 0, -0.003, 0.230, 0.462, 0.548 max_d=0.548 avg_d=0.230 std_dev=0.233
OP2 B 0, 0.088, 0.323, 0.557, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.323 std_dev=0.234
C5 B 0, 0.116, 0.398, 0.680, 0.620 max_d=0.620 avg_d=0.398 std_dev=0.282
C5' B 0, 0.119, 0.409, 0.700, 0.647 max_d=0.647 avg_d=0.409 std_dev=0.291
C6 B 0, 0.126, 0.432, 0.738, 0.670 max_d=0.670 avg_d=0.432 std_dev=0.306
OP1 A 0, 0.113, 0.425, 0.736, 0.738 max_d=0.738 avg_d=0.425 std_dev=0.311
OP2 A 0, 0.101, 0.412, 0.724, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.412 std_dev=0.312
C4 B 0, 0.139, 0.474, 0.810, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.474 std_dev=0.336
N4 B 0, 0.147, 0.502, 0.858, 0.761 max_d=0.761 avg_d=0.502 std_dev=0.355
C4' B 0, 0.153, 0.526, 0.900, 0.823 max_d=0.823 avg_d=0.526 std_dev=0.373
N1 B 0, 0.155, 0.530, 0.905, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.530 std_dev=0.375
O4' B 0, 0.159, 0.542, 0.925, 0.825 max_d=0.825 avg_d=0.542 std_dev=0.383
N3 B 0, 0.159, 0.554, 0.949, 0.892 max_d=0.892 avg_d=0.554 std_dev=0.395
C3' B 0, 0.151, 0.549, 0.947, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.549 std_dev=0.398
C2 B 0, 0.167, 0.578, 0.989, 0.917 max_d=0.917 avg_d=0.578 std_dev=0.411
C1' B 0, 0.182, 0.624, 1.066, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.624 std_dev=0.442
O3' B 0, 0.153, 0.612, 1.071, 1.105 max_d=1.105 avg_d=0.612 std_dev=0.459
O2 B 0, 0.192, 0.664, 1.136, 1.053 max_d=1.053 avg_d=0.664 std_dev=0.472
C2' B 0, 0.196, 0.700, 1.203, 1.164 max_d=1.164 avg_d=0.700 std_dev=0.503
O2' B 0, 0.245, 0.881, 1.516, 1.475 max_d=1.475 avg_d=0.881 std_dev=0.635

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.13 0.02 0.06
C2 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.00 0.02 0.03 0.17 0.05 0.08
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.04 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.05 0.01 0.03 0.11 0.02 0.06
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.11 0.02 0.06
C4 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.00 0.01 0.04 0.19 0.09 0.10
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01
C5 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.03 0.00 0.01 0.04 0.19 0.10 0.10
C5' 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.00 0.06 0.00 0.05 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.03 0.00 0.02 0.04 0.18 0.08 0.10
N1 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.03 0.16 0.05 0.08
N3 0.01 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.08 0.02 0.00 0.02 0.03 0.18 0.07 0.09
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.03 0.04 0.16 0.03 0.08
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.09 0.03 0.08 0.01 0.06 0.05 0.08 0.04 0.00 0.01 0.09 0.01 0.04 0.10 0.01 0.05
O3' 0.02 0.02 0.02 0.00 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.07 0.11 0.05 0.08
O4 0.00 0.00 0.05 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.09 0.02 0.00 0.01 0.04 0.19 0.09 0.10
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.11 0.02 0.05
O5' 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.04 0.00 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.13 0.17 0.11 0.11 0.19 0.05 0.19 0.02 0.18 0.16 0.18 0.16 0.10 0.11 0.19 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.02 0.05 0.02 0.02 0.09 0.02 0.10 0.01 0.08 0.05 0.07 0.03 0.01 0.05 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.06 0.06 0.10 0.01 0.10 0.01 0.10 0.08 0.09 0.08 0.05 0.08 0.10 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.18 0.19 0.20 0.16 0.21 0.11 0.22 0.08 0.21 0.20 0.20 0.21 0.19 0.19 0.15 0.13 0.07 0.08 0.08 0.06
C2 0.23 0.21 0.26 0.23 0.21 0.18 0.23 0.14 0.24 0.23 0.20 0.19 0.21 0.26 0.23 0.19 0.11 0.11 0.10 0.10
C2' 0.11 0.14 0.13 0.09 0.17 0.03 0.17 0.01 0.15 0.14 0.16 0.18 0.14 0.12 0.09 0.06 0.01 0.02 0.07 0.05
C3' 0.11 0.14 0.11 0.08 0.16 0.06 0.16 0.06 0.15 0.13 0.15 0.17 0.13 0.10 0.07 0.08 0.05 0.04 0.10 0.06
C4 0.25 0.21 0.28 0.26 0.19 0.22 0.23 0.19 0.26 0.24 0.18 0.16 0.21 0.28 0.26 0.23 0.13 0.12 0.13 0.13
C4' 0.06 0.10 0.08 0.05 0.13 0.03 0.13 0.05 0.11 0.09 0.12 0.15 0.10 0.06 0.04 0.05 0.02 0.01 0.09 0.05
C5 0.25 0.22 0.25 0.23 0.21 0.20 0.25 0.18 0.27 0.25 0.20 0.18 0.21 0.24 0.22 0.22 0.14 0.15 0.13 0.14
C5' 0.02 0.03 0.03 0.04 0.07 0.08 0.07 0.10 0.04 0.02 0.06 0.10 0.03 0.03 0.06 0.06 0.06 0.05 0.11 0.09
C6 0.22 0.22 0.23 0.20 0.22 0.17 0.25 0.14 0.26 0.24 0.21 0.21 0.21 0.22 0.18 0.19 0.12 0.15 0.11 0.12
N1 0.21 0.21 0.23 0.20 0.22 0.16 0.24 0.12 0.24 0.23 0.21 0.21 0.21 0.23 0.19 0.18 0.10 0.12 0.10 0.10
N3 0.25 0.21 0.28 0.25 0.19 0.20 0.22 0.17 0.25 0.24 0.19 0.16 0.21 0.28 0.26 0.21 0.11 0.11 0.12 0.11
O2 0.23 0.21 0.26 0.23 0.21 0.17 0.22 0.13 0.23 0.23 0.20 0.19 0.21 0.26 0.23 0.18 0.10 0.10 0.10 0.09
O2' 0.09 0.13 0.13 0.09 0.14 0.05 0.13 0.05 0.11 0.11 0.14 0.16 0.13 0.12 0.10 0.04 0.06 0.07 0.09 0.08
O3' 0.12 0.15 0.12 0.08 0.17 0.07 0.17 0.07 0.15 0.14 0.16 0.18 0.14 0.11 0.07 0.10 0.06 0.05 0.11 0.06
O4 0.26 0.20 0.29 0.28 0.17 0.24 0.21 0.20 0.25 0.24 0.17 0.14 0.20 0.30 0.29 0.24 0.13 0.12 0.14 0.13
O4' 0.13 0.16 0.15 0.12 0.18 0.08 0.19 0.06 0.18 0.16 0.16 0.18 0.15 0.13 0.10 0.10 0.06 0.08 0.08 0.06
O5' 0.03 0.09 0.05 0.05 0.13 0.04 0.12 0.06 0.08 0.07 0.11 0.16 0.08 0.03 0.06 0.02 0.04 0.08 0.07 0.05
OP1 0.09 0.14 0.11 0.11 0.18 0.05 0.17 0.05 0.14 0.13 0.16 0.19 0.14 0.07 0.11 0.05 0.14 0.21 0.06 0.13
OP2 0.06 0.11 0.09 0.09 0.13 0.05 0.12 0.06 0.10 0.09 0.13 0.15 0.11 0.06 0.09 0.04 0.13 0.14 0.06 0.10
P 0.05 0.11 0.07 0.07 0.14 0.03 0.13 0.05 0.10 0.09 0.13 0.16 0.11 0.04 0.08 0.01 0.09 0.13 0.05 0.08

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.03
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.03
C3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.04 0.02
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01
C5 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.05 0.04 0.04
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.09 0.05 0.04 0.05
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.04 0.04 0.04
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02
N4 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02
O2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.03
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.04 0.02
O3' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.03 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.00 0.00 0.00 0.06 0.02 0.05 0.03
O5' 0.05 0.04 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.00 0.09 0.06 0.04 0.05 0.04 0.01 0.04 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.01 0.05 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.04 0.02 0.02 0.04 0.04 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.03 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.03 0.03 0.02 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.04 0.02 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00