ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48686

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C1' A 0, 0.000, 0.020, 0.040, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C6 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.000, 0.024, 0.047, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.024 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O4 A 0, 0.000, 0.047, 0.093, 0.093 max_d=0.093 avg_d=0.047 std_dev=0.047
P B 0, 0.000, 0.400, 0.800, 0.800 max_d=0.800 avg_d=0.400 std_dev=0.400
OP1 B 0, 0.000, 0.617, 1.233, 1.233 max_d=1.233 avg_d=0.617 std_dev=0.617
C2' A 0, 0.000, 0.795, 1.590, 1.590 max_d=1.590 avg_d=0.795 std_dev=0.795
O4' A 0, 0.000, 0.942, 1.883, 1.883 max_d=1.883 avg_d=0.942 std_dev=0.942
C3' A 0, 0.000, 1.057, 2.114, 2.114 max_d=2.114 avg_d=1.057 std_dev=1.057
C4' A 0, 0.000, 1.123, 2.246, 2.246 max_d=2.246 avg_d=1.123 std_dev=1.123
OP2 B 0, 0.000, 1.124, 2.248, 2.248 max_d=2.248 avg_d=1.124 std_dev=1.124
O3' A 0, 0.000, 1.176, 2.351, 2.351 max_d=2.351 avg_d=1.176 std_dev=1.176
O2' A 0, 0.000, 1.242, 2.485, 2.485 max_d=2.485 avg_d=1.242 std_dev=1.242
OP2 A 0, 0.000, 1.311, 2.622, 2.622 max_d=2.622 avg_d=1.311 std_dev=1.311
O5' A 0, 0.000, 1.349, 2.697, 2.697 max_d=2.697 avg_d=1.349 std_dev=1.349
O5' B 0, 0.000, 1.698, 3.396, 3.396 max_d=3.396 avg_d=1.698 std_dev=1.698
C5' A 0, 0.000, 1.704, 3.409, 3.409 max_d=3.409 avg_d=1.704 std_dev=1.704
C5' B 0, 0.000, 1.979, 3.958, 3.958 max_d=3.958 avg_d=1.979 std_dev=1.979
P A 0, 0.000, 2.066, 4.131, 4.131 max_d=4.131 avg_d=2.066 std_dev=2.066
O4' B 0, 0.000, 2.761, 5.522, 5.522 max_d=5.522 avg_d=2.761 std_dev=2.761
C4' B 0, 0.000, 2.855, 5.710, 5.710 max_d=5.710 avg_d=2.855 std_dev=2.855
OP1 A 0, 0.000, 3.113, 6.226, 6.226 max_d=6.226 avg_d=3.113 std_dev=3.113
C1' B 0, 0.000, 3.931, 7.862, 7.862 max_d=7.862 avg_d=3.931 std_dev=3.931
C3' B 0, 0.000, 4.027, 8.054, 8.054 max_d=8.054 avg_d=4.027 std_dev=4.027
C6 B 0, 0.000, 4.426, 8.853, 8.853 max_d=8.853 avg_d=4.426 std_dev=4.426
N1 B 0, 0.000, 4.622, 9.244, 9.244 max_d=9.244 avg_d=4.622 std_dev=4.622
O3' B 0, 0.000, 4.670, 9.340, 9.340 max_d=9.340 avg_d=4.670 std_dev=4.670
C2' B 0, 0.000, 4.693, 9.386, 9.386 max_d=9.386 avg_d=4.693 std_dev=4.693
O2' B 0, 0.000, 4.941, 9.882, 9.882 max_d=9.882 avg_d=4.941 std_dev=4.941
C5 B 0, 0.000, 5.434, 10.869, 10.869 max_d=10.869 avg_d=5.434 std_dev=5.434
C2 B 0, 0.000, 5.737, 11.473, 11.473 max_d=11.473 avg_d=5.737 std_dev=5.737
O2 B 0, 0.000, 6.046, 12.093, 12.093 max_d=12.093 avg_d=6.046 std_dev=6.046
C4 B 0, 0.000, 6.525, 13.050, 13.050 max_d=13.050 avg_d=6.525 std_dev=6.525
N3 B 0, 0.000, 6.611, 13.222, 13.222 max_d=13.222 avg_d=6.611 std_dev=6.611
N4 B 0, 0.000, 7.628, 15.256, 15.256 max_d=15.256 avg_d=7.628 std_dev=7.628

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.00 0.21 0.01 0.01 0.03 0.22 0.17 0.04
C2 0.01 0.00 0.17 0.17 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.09 0.01 0.13 0.00 0.44 0.13 0.01
C2' 0.00 0.17 0.00 0.01 0.00 0.05 0.13 0.10 0.18 0.00 0.12 0.30 0.00 0.02 0.01 0.04 0.33 0.01 0.58 0.30
C3' 0.00 0.17 0.01 0.00 0.27 0.03 0.26 0.05 0.21 0.15 0.23 0.11 0.04 0.02 0.30 0.11 0.06 0.23 0.16 0.04
C4 0.01 0.00 0.00 0.27 0.00 0.09 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.08 0.00 0.09 0.18 0.73 0.01 0.17
C4' 0.02 0.04 0.05 0.03 0.09 0.00 0.18 0.00 0.19 0.05 0.00 0.14 0.32 0.04 0.09 0.02 0.00 0.06 0.02 0.03
C5 0.02 0.01 0.13 0.26 0.00 0.18 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.43 0.13 0.00 0.24 0.26 0.78 0.05 0.24
C5' 0.02 0.11 0.10 0.05 0.05 0.00 0.16 0.00 0.16 0.01 0.06 0.21 0.18 0.23 0.05 0.05 0.01 0.07 0.04 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.21 0.01 0.19 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.41 0.07 0.01 0.29 0.21 0.62 0.04 0.17
N1 0.00 0.01 0.00 0.15 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.06 0.01 0.05 0.04 0.42 0.13 0.02
N3 0.01 0.00 0.12 0.23 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.01 0.00 0.05 0.07 0.59 0.07 0.06
O2 0.03 0.00 0.30 0.11 0.01 0.14 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.21 0.19 0.01 0.28 0.09 0.31 0.19 0.09
O2' 0.00 0.02 0.00 0.04 0.31 0.32 0.43 0.18 0.41 0.18 0.14 0.21 0.00 0.05 0.31 0.16 0.19 0.05 0.55 0.19
O3' 0.21 0.09 0.02 0.02 0.08 0.04 0.13 0.23 0.07 0.06 0.01 0.19 0.05 0.00 0.12 0.07 0.10 0.45 0.05 0.28
O4 0.01 0.01 0.01 0.30 0.00 0.09 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.12 0.00 0.08 0.19 0.80 0.05 0.19
O4' 0.01 0.13 0.04 0.11 0.09 0.02 0.24 0.05 0.29 0.05 0.05 0.28 0.16 0.07 0.08 0.00 0.20 0.33 0.15 0.18
O5' 0.03 0.00 0.33 0.06 0.18 0.00 0.26 0.01 0.21 0.04 0.07 0.09 0.19 0.10 0.19 0.20 0.00 0.04 0.02 0.00
OP1 0.22 0.44 0.01 0.23 0.73 0.06 0.78 0.07 0.62 0.42 0.59 0.31 0.05 0.45 0.80 0.33 0.04 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.13 0.58 0.16 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04 0.13 0.07 0.19 0.55 0.05 0.05 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.04 0.01 0.30 0.04 0.17 0.03 0.24 0.02 0.17 0.02 0.06 0.09 0.19 0.28 0.19 0.18 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.99 2.64 2.56 2.32 2.47 1.37 2.05 0.83 1.94 2.24 2.74 2.49 2.78 2.22 2.41 1.27 0.92 0.14 0.52 0.06
C2 2.05 3.06 2.33 2.06 3.42 1.23 2.93 0.80 2.52 2.60 3.45 3.63 3.00 1.82 1.91 1.34 0.86 0.09 0.39 0.11
C2' 2.14 2.63 2.79 2.62 2.38 1.66 2.01 1.13 1.97 2.29 2.66 2.35 2.81 2.50 2.82 1.48 1.21 0.10 0.18 0.40
C3' 1.98 2.38 2.71 2.44 1.90 1.47 1.48 0.82 1.54 2.00 2.31 1.81 2.69 2.56 2.73 1.29 0.85 0.29 0.65 0.03
C4 1.48 2.40 1.56 1.41 3.04 0.75 2.82 0.51 2.29 2.10 2.83 3.33 2.20 0.97 1.15 0.95 0.58 0.12 0.33 0.09
C4' 2.13 2.46 2.91 2.57 1.83 1.60 1.42 0.89 1.55 2.09 2.31 1.68 2.82 2.81 2.86 1.41 0.91 0.19 0.67 0.03
C5 1.31 1.99 1.51 1.43 2.37 0.74 2.20 0.48 1.87 1.77 2.27 2.52 1.87 0.99 1.27 0.81 0.61 0.19 0.44 0.06
C5' 2.12 2.15 2.96 2.66 1.35 1.73 1.01 0.97 1.28 1.88 1.87 1.11 2.56 2.98 3.07 1.47 0.96 0.12 0.64 0.01
C6 1.53 2.13 1.91 1.81 2.27 1.00 2.02 0.63 1.82 1.88 2.31 2.34 2.10 1.44 1.76 0.97 0.77 0.17 0.50 0.06
N1 1.90 2.66 2.31 2.10 2.77 1.23 2.39 0.78 2.15 2.29 2.88 2.85 2.66 1.85 2.05 1.23 0.88 0.12 0.46 0.09
N3 1.84 2.90 1.97 1.74 3.55 1.01 3.14 0.67 2.58 2.49 3.39 3.87 2.73 1.39 1.50 1.20 0.72 0.08 0.34 0.11
O2 2.25 3.39 2.56 2.22 3.70 1.36 3.08 0.88 2.66 2.81 3.82 3.96 3.38 2.08 2.09 1.48 0.91 0.06 0.38 0.12
O2' 2.01 2.51 2.66 2.52 2.34 1.58 1.98 1.11 1.90 2.17 2.58 2.36 2.66 2.36 2.75 1.38 1.27 0.27 0.05 0.52
O3' 2.04 2.52 2.75 2.40 2.00 1.44 1.52 0.75 1.56 2.06 2.47 1.94 2.89 2.66 2.68 1.31 0.81 0.26 0.72 0.04
O4 1.29 2.26 1.24 1.10 3.08 0.54 2.90 0.39 2.27 1.97 2.76 3.46 2.00 0.61 0.76 0.82 0.42 0.08 0.23 0.09
O4' 2.06 2.60 2.69 2.34 2.16 1.39 1.72 0.72 1.73 2.18 2.56 2.08 2.85 2.44 2.45 1.30 0.78 0.29 0.80 0.16
O5' 1.69 1.67 2.46 2.37 1.03 1.45 0.75 0.79 0.98 1.48 1.44 0.83 1.98 2.38 2.79 1.15 0.80 0.27 0.72 0.09
OP1 1.53 1.33 2.25 2.12 0.55 1.38 0.27 0.67 0.58 1.15 1.02 0.31 1.74 2.45 2.79 1.08 0.47 0.62 0.87 0.33
OP2 0.84 0.57 1.45 1.57 0.03 0.97 0.19 0.52 0.09 0.51 0.31 0.23 0.83 1.48 2.11 0.58 0.58 0.18 0.59 0.03
P 1.55 1.29 2.27 2.28 0.55 1.53 0.33 0.88 0.66 1.18 0.98 0.30 1.63 2.35 2.91 1.16 0.81 0.17 0.59 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.22 0.34 0.08 0.02
C2 0.02 0.00 0.00 0.08 0.01 0.05 0.02 0.12 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.08 0.01 0.40 0.75 0.09 0.24
C2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.00 0.03 0.03 0.20 0.22 0.03 0.07
C3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.13 0.00 0.14 0.02 0.13 0.09 0.11 0.14 0.03 0.03 0.00 0.01 0.25 0.25 0.14 0.18
C4 0.01 0.01 0.02 0.13 0.00 0.08 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.15 0.02 0.55 1.19 0.07 0.48
C4' 0.01 0.05 0.03 0.00 0.08 0.00 0.09 0.00 0.09 0.05 0.07 0.09 0.03 0.12 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03 0.13
C5 0.01 0.02 0.03 0.14 0.00 0.09 0.00 0.18 0.00 0.02 0.02 0.00 0.03 0.02 0.16 0.03 0.56 1.25 0.07 0.51
C5' 0.04 0.12 0.02 0.02 0.16 0.00 0.18 0.00 0.16 0.11 0.14 0.17 0.08 0.11 0.04 0.01 0.02 0.08 0.00 0.05
C6 0.00 0.01 0.02 0.13 0.00 0.09 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.13 0.04 0.50 1.00 0.08 0.38
N1 0.00 0.01 0.00 0.09 0.01 0.05 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.08 0.02 0.39 0.72 0.08 0.22
N3 0.01 0.00 0.01 0.11 0.01 0.07 0.02 0.14 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.07 0.11 0.00 0.48 0.98 0.08 0.36
N4 0.01 0.02 0.03 0.14 0.00 0.09 0.00 0.17 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.03 0.17 0.03 0.58 1.33 0.06 0.55
O2 0.02 0.00 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.08 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.15 0.02 0.03 0.33 0.56 0.09 0.14
O2' 0.01 0.08 0.00 0.03 0.03 0.12 0.02 0.11 0.03 0.02 0.07 0.03 0.15 0.00 0.04 0.14 0.15 0.25 0.16 0.29
O3' 0.02 0.08 0.03 0.00 0.15 0.00 0.16 0.04 0.13 0.08 0.11 0.17 0.02 0.04 0.00 0.01 0.07 0.01 0.20 0.10
O4' 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.03 0.03 0.14 0.01 0.00 0.10 0.19 0.12 0.12
O5' 0.22 0.40 0.20 0.25 0.55 0.04 0.56 0.02 0.50 0.39 0.48 0.58 0.33 0.15 0.07 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.34 0.75 0.22 0.25 1.19 0.02 1.25 0.08 1.00 0.72 0.98 1.33 0.56 0.25 0.01 0.19 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.09 0.03 0.14 0.07 0.03 0.07 0.00 0.08 0.08 0.08 0.06 0.09 0.16 0.20 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.02 0.24 0.07 0.18 0.48 0.13 0.51 0.05 0.38 0.22 0.36 0.55 0.14 0.29 0.10 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00