ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48687

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.001, 0.003, 0.003 max_d=0.003 avg_d=0.001 std_dev=0.001
N3 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.000, 0.030, 0.060, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.030 std_dev=0.030
C4 A 0, 0.000, 0.031, 0.062, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.031 std_dev=0.031
C2 A 0, 0.000, 0.031, 0.063, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.031
N1 A 0, 0.000, 0.041, 0.082, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O4' A 0, 0.000, 0.073, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.073 std_dev=0.073
O2 A 0, 0.000, 0.076, 0.153, 0.153 max_d=0.153 avg_d=0.076 std_dev=0.076
O4 A 0, 0.000, 0.140, 0.279, 0.279 max_d=0.279 avg_d=0.140 std_dev=0.139
C4' A 0, 0.000, 0.172, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.172 std_dev=0.172
P B 0, 0.000, 0.181, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.181 std_dev=0.181
C5' A 0, 0.000, 0.191, 0.382, 0.382 max_d=0.382 avg_d=0.191 std_dev=0.191
C2' A 0, 0.000, 0.196, 0.393, 0.393 max_d=0.393 avg_d=0.196 std_dev=0.196
C3' A 0, 0.000, 0.238, 0.477, 0.477 max_d=0.477 avg_d=0.238 std_dev=0.238
OP1 B 0, 0.000, 0.293, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.293 std_dev=0.293
O5' A 0, 0.000, 0.330, 0.660, 0.660 max_d=0.660 avg_d=0.330 std_dev=0.330
O3' A 0, 0.000, 0.532, 1.063, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.532 std_dev=0.532
O2' A 0, 0.000, 0.698, 1.395, 1.395 max_d=1.395 avg_d=0.698 std_dev=0.698
OP2 B 0, 0.000, 0.885, 1.770, 1.770 max_d=1.770 avg_d=0.885 std_dev=0.885
P A 0, 0.000, 0.993, 1.986, 1.986 max_d=1.986 avg_d=0.993 std_dev=0.993
OP1 A 0, 0.000, 1.092, 2.184, 2.184 max_d=2.184 avg_d=1.092 std_dev=1.092
O5' B 0, 0.000, 1.552, 3.105, 3.105 max_d=3.105 avg_d=1.552 std_dev=1.552
OP2 A 0, 0.000, 1.742, 3.483, 3.483 max_d=3.483 avg_d=1.742 std_dev=1.742
C5' B 0, 0.000, 2.526, 5.051, 5.051 max_d=5.051 avg_d=2.526 std_dev=2.526
C6 B 0, 0.000, 2.877, 5.754, 5.754 max_d=5.754 avg_d=2.877 std_dev=2.877
C5 B 0, 0.000, 3.064, 6.128, 6.128 max_d=6.128 avg_d=3.064 std_dev=3.064
C4' B 0, 0.000, 3.575, 7.151, 7.151 max_d=7.151 avg_d=3.575 std_dev=3.575
O4' B 0, 0.000, 3.723, 7.447, 7.447 max_d=7.447 avg_d=3.723 std_dev=3.723
C3' B 0, 0.000, 3.784, 7.568, 7.568 max_d=7.568 avg_d=3.784 std_dev=3.784
N1 B 0, 0.000, 4.041, 8.082, 8.082 max_d=8.082 avg_d=4.041 std_dev=4.041
O3' B 0, 0.000, 4.055, 8.110, 8.110 max_d=8.110 avg_d=4.055 std_dev=4.055
C4 B 0, 0.000, 4.307, 8.615, 8.615 max_d=8.615 avg_d=4.307 std_dev=4.307
C1' B 0, 0.000, 4.496, 8.993, 8.993 max_d=8.993 avg_d=4.496 std_dev=4.496
N4 B 0, 0.000, 4.866, 9.732, 9.732 max_d=9.732 avg_d=4.866 std_dev=4.866
C2' B 0, 0.000, 4.954, 9.907, 9.907 max_d=9.907 avg_d=4.954 std_dev=4.954
C2 B 0, 0.000, 5.114, 10.228, 10.228 max_d=10.228 avg_d=5.114 std_dev=5.114
N3 B 0, 0.000, 5.172, 10.344, 10.344 max_d=10.344 avg_d=5.172 std_dev=5.172
O2' B 0, 0.000, 6.057, 12.114, 12.114 max_d=12.114 avg_d=6.057 std_dev=6.057
O2 B 0, 0.000, 6.175, 12.349, 12.349 max_d=12.349 avg_d=6.175 std_dev=6.175

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.03 0.19 0.14 0.04
C2 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.17 0.06 0.01 0.01 0.03 0.32 0.49 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.08 0.02 0.10 0.06 0.08 0.04 0.05 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.17 0.35 0.11 0.31
C3' 0.02 0.05 0.00 0.00 0.11 0.00 0.13 0.02 0.13 0.08 0.08 0.00 0.01 0.00 0.11 0.01 0.05 0.06 0.16 0.22
C4 0.00 0.00 0.08 0.11 0.00 0.07 0.00 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.05 0.00 0.03 0.11 0.40 0.85 0.23
C4' 0.00 0.01 0.02 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.03 0.04 0.04 0.18 0.03 0.08 0.00 0.01 0.12 0.19 0.06
C5 0.00 0.00 0.10 0.13 0.00 0.08 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.20 0.10 0.01 0.04 0.12 0.41 0.84 0.22
C5' 0.02 0.01 0.06 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.03 0.05 0.11 0.09 0.09 0.01 0.01 0.27 0.32 0.01
C6 0.00 0.00 0.08 0.13 0.01 0.07 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.10 0.01 0.02 0.07 0.35 0.60 0.13
N1 0.00 0.00 0.04 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.02 0.29 0.42 0.06
N3 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.02 0.00 0.02 0.08 0.36 0.69 0.17
O2 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.14 0.01 0.05 0.01 0.30 0.37 0.02
O2' 0.02 0.17 0.00 0.01 0.24 0.18 0.20 0.11 0.14 0.11 0.22 0.14 0.00 0.02 0.26 0.13 0.07 0.24 0.10 0.23
O3' 0.07 0.06 0.00 0.00 0.05 0.03 0.10 0.09 0.10 0.01 0.02 0.14 0.02 0.00 0.05 0.02 0.05 0.19 0.21 0.14
O4 0.01 0.01 0.09 0.11 0.00 0.08 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.05 0.00 0.06 0.14 0.41 0.97 0.29
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.13 0.02 0.06 0.00 0.01 0.01 0.07 0.06
O5' 0.03 0.03 0.17 0.05 0.11 0.01 0.12 0.01 0.07 0.02 0.08 0.01 0.07 0.05 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.19 0.32 0.35 0.06 0.40 0.12 0.41 0.27 0.35 0.29 0.36 0.30 0.24 0.19 0.41 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.14 0.49 0.11 0.16 0.85 0.19 0.84 0.32 0.60 0.42 0.69 0.37 0.10 0.21 0.97 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.08 0.31 0.22 0.23 0.06 0.22 0.01 0.13 0.06 0.17 0.02 0.23 0.14 0.29 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 2.53 3.12 2.96 2.26 2.33 1.63 1.69 0.84 1.80 2.51 3.01 2.14 3.60 3.13 2.26 1.76 0.63 0.12 0.24 0.04
C2 2.10 3.02 2.42 1.81 2.71 1.15 1.96 0.47 1.82 2.34 3.21 2.74 3.29 2.41 1.72 1.33 0.51 0.06 0.09 0.07
C2' 2.35 2.93 2.80 2.12 2.19 1.47 1.55 0.67 1.63 2.32 2.84 2.06 3.43 3.02 2.17 1.60 0.44 0.22 0.32 0.14
C3' 2.51 2.84 3.00 2.39 1.99 1.79 1.45 1.01 1.65 2.35 2.64 1.76 3.34 3.30 2.52 1.84 0.65 0.01 0.19 0.09
C4 1.41 2.29 1.66 1.24 2.44 0.61 1.86 0.09 1.54 1.78 2.60 2.60 2.34 1.50 1.12 0.75 0.31 0.02 0.09 0.06
C4' 2.68 2.83 3.21 2.56 1.81 2.00 1.32 1.19 1.63 2.41 2.51 1.47 3.39 3.59 2.70 2.04 0.75 0.06 0.29 0.07
C5 1.49 2.16 1.78 1.39 2.07 0.77 1.60 0.22 1.43 1.74 2.31 2.09 2.26 1.65 1.29 0.87 0.30 0.04 0.04 0.08
C5' 2.54 2.43 3.09 2.56 1.40 2.07 1.03 1.30 1.42 2.15 2.04 1.03 2.95 3.51 2.81 2.03 0.74 0.07 0.33 0.10
C6 1.90 2.49 2.27 1.79 2.09 1.15 1.57 0.50 1.55 2.03 2.51 2.00 2.71 2.23 1.73 1.24 0.43 0.11 0.17 0.08
N1 2.19 2.91 2.57 1.96 2.40 1.32 1.75 0.61 1.74 2.32 2.94 2.30 3.23 2.60 1.91 1.45 0.52 0.10 0.18 0.07
N3 1.75 2.72 2.02 1.50 2.74 0.85 2.01 0.25 1.73 2.10 3.04 2.91 2.86 1.92 1.39 1.02 0.43 0.00 0.04 0.06
O2 2.24 3.21 2.56 1.89 2.81 1.24 2.00 0.53 1.88 2.46 3.40 2.87 3.56 2.61 1.82 1.43 0.55 0.07 0.11 0.07
O2' 2.55 3.19 3.00 2.24 2.39 1.58 1.69 0.72 1.77 2.51 3.10 2.26 3.77 3.28 2.28 1.74 0.50 0.23 0.29 0.13
O3' 2.62 2.89 3.14 2.51 1.96 1.93 1.43 1.13 1.66 2.40 2.65 1.71 3.45 3.53 2.71 1.96 0.72 0.04 0.18 0.14
O4 1.06 1.99 1.27 0.91 2.39 0.30 1.87 0.14 1.41 1.51 2.39 2.70 1.95 1.05 0.78 0.44 0.23 0.11 0.27 0.02
O4' 2.71 3.02 3.19 2.48 2.02 1.90 1.49 1.09 1.75 2.53 2.74 1.71 3.55 3.44 2.51 2.00 0.76 0.10 0.29 0.02
O5' 2.28 2.23 2.77 2.41 1.41 1.89 1.08 1.21 1.38 2.00 1.93 1.11 2.61 3.00 2.62 1.83 0.71 0.02 0.18 0.19
OP1 1.55 1.36 1.91 1.70 0.67 1.40 0.44 0.82 0.71 1.22 1.09 0.43 1.69 2.23 2.09 1.28 0.17 0.42 0.44 0.14
OP2 2.22 1.97 2.45 2.44 1.36 2.22 1.25 1.90 1.56 1.95 1.70 1.06 2.19 2.57 2.56 2.08 1.35 1.01 0.67 1.13
P 2.28 2.06 2.65 2.49 1.33 2.13 1.12 1.57 1.44 1.95 1.76 1.03 2.37 2.87 2.80 2.01 0.97 0.33 0.20 0.57

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.17 0.41 0.30 0.00
C2 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.25 0.60 0.32 0.08
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.04 0.51 0.31 0.05
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.01 0.05 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.44 0.29 0.04
C4 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.01 0.29 0.59 0.28 0.11
C4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.03 0.00 0.01 0.21 0.19 0.02
C5 0.00 0.00 0.05 0.07 0.00 0.01 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.11 0.02 0.29 0.48 0.30 0.08
C5' 0.03 0.07 0.02 0.02 0.10 0.00 0.10 0.00 0.09 0.07 0.09 0.09 0.04 0.04 0.01 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.05 0.08 0.00 0.00 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.10 0.02 0.28 0.43 0.33 0.03
N1 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.25 0.50 0.32 0.04
N3 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.28 0.64 0.30 0.11
N4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.01 0.00 0.02 0.09 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.00 0.27 0.58 0.26 0.11
O2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.03 0.22 0.60 0.32 0.06
O2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.05 0.03 0.04 0.04 0.00 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.01 0.42 0.30 0.00
O3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.07 0.03 0.11 0.01 0.10 0.03 0.03 0.09 0.03 0.03 0.00 0.02 0.20 0.37 0.28 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.00 0.16 0.21 0.25 0.07
O5' 0.17 0.25 0.04 0.07 0.29 0.01 0.29 0.00 0.28 0.25 0.28 0.27 0.22 0.01 0.20 0.16 0.00 0.00 0.02 0.00
OP1 0.41 0.60 0.51 0.44 0.59 0.21 0.48 0.05 0.43 0.50 0.64 0.58 0.60 0.42 0.37 0.21 0.00 0.00 0.02 0.00
OP2 0.30 0.32 0.31 0.29 0.28 0.19 0.30 0.03 0.33 0.32 0.30 0.26 0.32 0.30 0.28 0.25 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.00 0.08 0.05 0.04 0.11 0.02 0.08 0.00 0.03 0.04 0.11 0.11 0.06 0.00 0.03 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00