ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48689

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.034, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.000, 0.020, 0.041, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.020 std_dev=0.020
C2 A 0, 0.000, 0.024, 0.048, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.024 std_dev=0.024
N1 A 0, 0.000, 0.024, 0.049, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.024 std_dev=0.024
C4 A 0, 0.000, 0.026, 0.052, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.000, 0.034, 0.069, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.034 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.000, 0.071, 0.142, 0.142 max_d=0.142 avg_d=0.071 std_dev=0.071
O3' A 0, 0.000, 0.083, 0.165, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.083 std_dev=0.083
O4 A 0, 0.000, 0.085, 0.169, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.085 std_dev=0.085
C3' A 0, 0.000, 0.124, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.124 std_dev=0.124
C4' A 0, 0.000, 0.129, 0.257, 0.257 max_d=0.257 avg_d=0.129 std_dev=0.129
OP1 B 0, 0.000, 0.137, 0.274, 0.274 max_d=0.274 avg_d=0.137 std_dev=0.137
C2' A 0, 0.000, 0.150, 0.300, 0.300 max_d=0.300 avg_d=0.150 std_dev=0.150
P B 0, 0.000, 0.182, 0.365, 0.365 max_d=0.365 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O5' A 0, 0.000, 0.249, 0.497, 0.497 max_d=0.497 avg_d=0.249 std_dev=0.249
O2' A 0, 0.000, 0.249, 0.498, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.249 std_dev=0.249
C5' A 0, 0.000, 0.267, 0.534, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.267 std_dev=0.267
O4' B 0, 0.000, 0.354, 0.709, 0.709 max_d=0.709 avg_d=0.354 std_dev=0.354
C5' B 0, 0.000, 0.384, 0.768, 0.768 max_d=0.768 avg_d=0.384 std_dev=0.384
C6 B 0, 0.000, 0.387, 0.774, 0.774 max_d=0.774 avg_d=0.387 std_dev=0.387
O5' B 0, 0.000, 0.420, 0.840, 0.840 max_d=0.840 avg_d=0.420 std_dev=0.420
N1 B 0, 0.000, 0.427, 0.853, 0.853 max_d=0.853 avg_d=0.427 std_dev=0.427
C4' B 0, 0.000, 0.435, 0.870, 0.870 max_d=0.870 avg_d=0.435 std_dev=0.435
C1' B 0, 0.000, 0.437, 0.873, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.437 std_dev=0.437
C5 B 0, 0.000, 0.451, 0.903, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.451 std_dev=0.451
OP2 B 0, 0.000, 0.464, 0.928, 0.928 max_d=0.928 avg_d=0.464 std_dev=0.464
C2' B 0, 0.000, 0.485, 0.971, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.485 std_dev=0.485
C4 B 0, 0.000, 0.492, 0.984, 0.984 max_d=0.984 avg_d=0.492 std_dev=0.492
C3' B 0, 0.000, 0.516, 1.033, 1.033 max_d=1.033 avg_d=0.516 std_dev=0.516
P A 0, 0.000, 0.537, 1.073, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.537 std_dev=0.537
N4 B 0, 0.000, 0.552, 1.104, 1.104 max_d=1.104 avg_d=0.552 std_dev=0.552
C2 B 0, 0.000, 0.571, 1.142, 1.142 max_d=1.142 avg_d=0.571 std_dev=0.571
N3 B 0, 0.000, 0.572, 1.144, 1.144 max_d=1.144 avg_d=0.572 std_dev=0.572
OP2 A 0, 0.000, 0.634, 1.269, 1.269 max_d=1.269 avg_d=0.634 std_dev=0.634
OP1 A 0, 0.000, 0.641, 1.281, 1.281 max_d=1.281 avg_d=0.641 std_dev=0.641
O2' B 0, 0.000, 0.663, 1.326, 1.326 max_d=1.326 avg_d=0.663 std_dev=0.663
O3' B 0, 0.000, 0.719, 1.438, 1.438 max_d=1.438 avg_d=0.719 std_dev=0.719
O2 B 0, 0.000, 0.733, 1.466, 1.466 max_d=1.466 avg_d=0.733 std_dev=0.733

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02 0.06 0.08 0.04
C2 0.03 0.00 0.06 0.03 0.02 0.01 0.02 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.09 0.04 0.04 0.02 0.02 0.02 0.09 0.05
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.03 0.00 0.06 0.11 0.00 0.00 0.06 0.01 0.04 0.08 0.10 0.05
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.00 0.05 0.00 0.02 0.09 0.08 0.05
C4 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.05 0.04 0.00 0.04 0.05 0.01 0.04 0.01
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.05 0.03 0.02
C5 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.07 0.03
C5' 0.03 0.07 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.06 0.05 0.09 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.10 0.06
N1 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.00 0.07 0.11 0.06
N3 0.03 0.01 0.06 0.04 0.01 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.05 0.03 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02
O2 0.04 0.00 0.11 0.06 0.02 0.00 0.02 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00 0.13 0.07 0.04 0.02 0.02 0.01 0.10 0.04
O2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.08 0.13 0.00 0.01 0.06 0.01 0.04 0.09 0.11 0.05
O3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.05 0.07 0.01 0.00 0.05 0.01 0.01 0.10 0.08 0.05
O4 0.03 0.04 0.06 0.05 0.00 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.04 0.06 0.05 0.00 0.05 0.08 0.06 0.01 0.03
O4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.04 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.05 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01
O5' 0.02 0.02 0.04 0.02 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.04 0.01 0.08 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.06 0.02 0.08 0.09 0.01 0.05 0.04 0.01 0.08 0.07 0.01 0.01 0.09 0.10 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.08 0.09 0.10 0.08 0.04 0.03 0.07 0.02 0.10 0.11 0.06 0.10 0.11 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.04 0.05 0.05 0.05 0.01 0.02 0.03 0.00 0.06 0.06 0.02 0.04 0.05 0.05 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.06 0.04 0.05 0.07 0.15 0.18 0.21 0.16 0.02 0.04 0.09 0.16 0.12 0.05 0.10 0.24 0.09 0.02 0.04
C2 0.07 0.01 0.13 0.05 0.12 0.06 0.22 0.13 0.20 0.09 0.02 0.12 0.06 0.22 0.05 0.03 0.16 0.08 0.12 0.01
C2' 0.03 0.09 0.02 0.08 0.07 0.17 0.19 0.25 0.15 0.01 0.06 0.10 0.19 0.11 0.07 0.12 0.26 0.07 0.03 0.05
C3' 0.02 0.08 0.02 0.07 0.08 0.16 0.20 0.23 0.16 0.02 0.05 0.11 0.19 0.11 0.07 0.11 0.25 0.09 0.04 0.04
C4 0.06 0.02 0.14 0.06 0.09 0.04 0.19 0.11 0.19 0.09 0.01 0.08 0.03 0.21 0.06 0.03 0.12 0.03 0.13 0.01
C4' 0.00 0.05 0.05 0.05 0.10 0.13 0.21 0.20 0.18 0.04 0.02 0.12 0.14 0.13 0.05 0.08 0.21 0.10 0.06 0.01
C5 0.01 0.05 0.08 0.00 0.03 0.09 0.14 0.15 0.14 0.03 0.05 0.03 0.10 0.14 0.01 0.07 0.17 0.08 0.07 0.01
C5' 0.02 0.07 0.03 0.07 0.08 0.15 0.19 0.21 0.16 0.02 0.05 0.10 0.16 0.10 0.06 0.10 0.22 0.05 0.07 0.03
C6 0.01 0.07 0.05 0.03 0.03 0.12 0.14 0.18 0.14 0.01 0.06 0.03 0.14 0.12 0.04 0.09 0.20 0.10 0.04 0.02
N1 0.02 0.04 0.09 0.00 0.07 0.10 0.19 0.17 0.17 0.05 0.03 0.08 0.12 0.16 0.00 0.06 0.19 0.10 0.07 0.01
N3 0.09 0.04 0.16 0.07 0.13 0.03 0.23 0.11 0.21 0.11 0.04 0.12 0.02 0.24 0.08 0.01 0.13 0.05 0.14 0.02
O2 0.08 0.03 0.15 0.06 0.14 0.05 0.24 0.13 0.21 0.11 0.04 0.15 0.04 0.24 0.07 0.02 0.16 0.07 0.13 0.01
O2' 0.05 0.11 0.01 0.11 0.06 0.20 0.16 0.28 0.13 0.02 0.08 0.08 0.22 0.08 0.09 0.14 0.30 0.06 0.02 0.08
O3' 0.03 0.09 0.01 0.09 0.07 0.17 0.19 0.24 0.16 0.01 0.06 0.10 0.20 0.09 0.09 0.12 0.26 0.10 0.00 0.05
O4 0.08 0.06 0.15 0.07 0.11 0.03 0.20 0.09 0.19 0.11 0.06 0.10 0.03 0.22 0.07 0.02 0.10 0.04 0.15 0.00
O4' 0.02 0.01 0.07 0.03 0.12 0.12 0.23 0.18 0.20 0.07 0.01 0.14 0.10 0.15 0.03 0.06 0.20 0.11 0.07 0.01
O5' 0.05 0.00 0.09 0.01 0.15 0.10 0.26 0.17 0.22 0.09 0.02 0.18 0.11 0.17 0.01 0.04 0.18 0.10 0.13 0.02
OP1 0.03 0.08 0.02 0.11 0.11 0.18 0.22 0.27 0.16 0.01 0.04 0.16 0.20 0.07 0.07 0.11 0.25 0.03 0.11 0.03
OP2 0.04 0.10 0.03 0.10 0.07 0.17 0.19 0.25 0.14 0.01 0.07 0.11 0.20 0.05 0.08 0.12 0.22 0.00 0.13 0.02
P 0.02 0.07 0.01 0.08 0.09 0.15 0.21 0.23 0.16 0.02 0.04 0.13 0.18 0.09 0.05 0.10 0.21 0.04 0.12 0.01

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.05 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.07 0.02
C2 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.08 0.02 0.00 0.08 0.20 0.04
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.01 0.00 0.02 0.07 0.06 0.06
C3' 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.05 0.01
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.07 0.05 0.02 0.01 0.09 0.22 0.05
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.05
C5 0.01 0.00 0.05 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.01 0.03 0.04 0.04 0.20 0.08
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.05 0.00 0.01 0.00 0.02 0.02 0.08 0.06 0.08 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.02 0.00 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.00 0.03 0.07 0.01 0.19 0.09
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.05 0.17 0.06
N3 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.01 0.10 0.22 0.04
N4 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.05 0.02 0.00 0.09 0.22 0.05
O2 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.06 0.12 0.04 0.00 0.09 0.20 0.04
O2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.07 0.01 0.06 0.02 0.03 0.08 0.06 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.06 0.06
O3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.07 0.05 0.12 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.12 0.06
O4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.00 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.00 0.03 0.10 0.03 0.02
O5' 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.04 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.04 0.08 0.07 0.03 0.09 0.05 0.04 0.01 0.01 0.05 0.10 0.09 0.09 0.08 0.02 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.20 0.06 0.05 0.22 0.07 0.20 0.02 0.19 0.17 0.22 0.22 0.20 0.06 0.12 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.04 0.06 0.01 0.05 0.05 0.08 0.00 0.09 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00