ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48691

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.001, 0.002, 0.002 max_d=0.002 avg_d=0.001 std_dev=0.001
C5 A 0, 0.000, 0.006, 0.011, 0.011 max_d=0.011 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.000, 0.008, 0.016, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.000, 0.011, 0.022, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.011 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.028, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.015, 0.030, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.000, 0.033, 0.065, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C4' A 0, 0.000, 0.121, 0.241, 0.241 max_d=0.241 avg_d=0.121 std_dev=0.121
O3' A 0, 0.000, 0.130, 0.261, 0.261 max_d=0.261 avg_d=0.130 std_dev=0.130
C3' A 0, 0.000, 0.170, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.170 std_dev=0.170
O4' A 0, 0.000, 0.184, 0.367, 0.367 max_d=0.367 avg_d=0.184 std_dev=0.184
O5' B 0, 0.000, 0.211, 0.421, 0.421 max_d=0.421 avg_d=0.211 std_dev=0.211
C2' A 0, 0.000, 0.235, 0.470, 0.470 max_d=0.470 avg_d=0.235 std_dev=0.235
C5' A 0, 0.000, 0.250, 0.500, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.250 std_dev=0.250
C2' B 0, 0.000, 0.328, 0.655, 0.655 max_d=0.655 avg_d=0.328 std_dev=0.328
O5' A 0, 0.000, 0.331, 0.661, 0.661 max_d=0.661 avg_d=0.331 std_dev=0.331
C2 B 0, 0.000, 0.338, 0.677, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.338 std_dev=0.338
O2 B 0, 0.000, 0.343, 0.686, 0.686 max_d=0.686 avg_d=0.343 std_dev=0.343
N3 B 0, 0.000, 0.347, 0.693, 0.693 max_d=0.693 avg_d=0.347 std_dev=0.347
O2' B 0, 0.000, 0.348, 0.696, 0.696 max_d=0.696 avg_d=0.348 std_dev=0.348
C4 B 0, 0.000, 0.357, 0.714, 0.714 max_d=0.714 avg_d=0.357 std_dev=0.357
N1 B 0, 0.000, 0.365, 0.730, 0.730 max_d=0.730 avg_d=0.365 std_dev=0.365
P B 0, 0.000, 0.366, 0.732, 0.732 max_d=0.732 avg_d=0.366 std_dev=0.366
C3' B 0, 0.000, 0.371, 0.742, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.371 std_dev=0.371
N4 B 0, 0.000, 0.377, 0.753, 0.753 max_d=0.753 avg_d=0.377 std_dev=0.377
C5 B 0, 0.000, 0.390, 0.780, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.390 std_dev=0.390
C1' B 0, 0.000, 0.397, 0.794, 0.794 max_d=0.794 avg_d=0.397 std_dev=0.397
O2' A 0, 0.000, 0.406, 0.812, 0.812 max_d=0.812 avg_d=0.406 std_dev=0.406
C6 B 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
OP1 A 0, 0.000, 0.409, 0.818, 0.818 max_d=0.818 avg_d=0.409 std_dev=0.409
O3' B 0, 0.000, 0.414, 0.828, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.414 std_dev=0.414
P A 0, 0.000, 0.438, 0.876, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.438 std_dev=0.438
C4' B 0, 0.000, 0.453, 0.906, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.453 std_dev=0.453
O4' B 0, 0.000, 0.460, 0.919, 0.919 max_d=0.919 avg_d=0.460 std_dev=0.460
OP2 B 0, 0.000, 0.481, 0.963, 0.963 max_d=0.963 avg_d=0.481 std_dev=0.481
C5' B 0, 0.000, 0.493, 0.987, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.493 std_dev=0.493
OP2 A 0, 0.000, 0.494, 0.988, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.494 std_dev=0.494
OP1 B 0, 0.000, 0.751, 1.503, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.751 std_dev=0.751

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00
C2 0.02 0.00 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.01 0.01 0.01 0.06 0.04 0.07 0.05
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.07 0.07 0.08 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.03 0.01 0.09 0.09 0.08 0.07
C3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.00
C4 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.03 0.00 0.02 0.12 0.10 0.15 0.12
C4' 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03
C5 0.01 0.01 0.07 0.05 0.00 0.01 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.05 0.00 0.05 0.13 0.10 0.15 0.12
C5' 0.02 0.04 0.07 0.02 0.07 0.00 0.07 0.00 0.06 0.04 0.05 0.03 0.07 0.01 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.05 0.00 0.00 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.13 0.06 0.00 0.06 0.10 0.07 0.10 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.02 0.06 0.04 0.06 0.04
N3 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.07 0.11 0.08
O2 0.02 0.00 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.01 0.02 0.04 0.04 0.02 0.05 0.04
O2' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.13 0.07 0.13 0.05 0.01 0.12 0.00 0.04 0.05 0.02 0.12 0.13 0.15 0.11
O3' 0.05 0.01 0.00 0.00 0.03 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.02 0.01 0.04 0.00 0.03 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02
O4 0.02 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.03 0.00 0.02 0.13 0.12 0.18 0.14
O4' 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.01 0.06 0.02 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.00 0.04 0.06 0.07 0.07
O5' 0.03 0.06 0.09 0.01 0.12 0.01 0.13 0.01 0.10 0.06 0.09 0.04 0.12 0.01 0.13 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02
OP1 0.01 0.04 0.09 0.02 0.10 0.02 0.10 0.03 0.07 0.04 0.07 0.02 0.13 0.01 0.12 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.01 0.07 0.08 0.00 0.15 0.03 0.15 0.02 0.10 0.06 0.11 0.05 0.15 0.01 0.18 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00
P 0.00 0.05 0.07 0.00 0.12 0.03 0.12 0.02 0.08 0.04 0.08 0.04 0.11 0.02 0.14 0.07 0.02 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.05 0.02 0.06 0.03 0.07 0.04 0.09 0.01 0.08 0.04 0.03 0.06 0.02 0.13 0.04 0.06 0.15 0.08 0.09 0.01
C2 0.04 0.09 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.05 0.07 0.02 0.14 0.06 0.02 0.02 0.13 0.13 0.01 0.07
C2' 0.03 0.05 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.04 0.03 0.00 0.08 0.05 0.04 0.03 0.28 0.12 0.00 0.09
C3' 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.05 0.00 0.04 0.02 0.01 0.04 0.02 0.09 0.02 0.03 0.23 0.10 0.09 0.03
C4 0.07 0.12 0.04 0.07 0.05 0.08 0.03 0.13 0.05 0.09 0.10 0.02 0.15 0.02 0.07 0.05 0.12 0.17 0.10 0.13
C4' 0.06 0.04 0.05 0.04 0.08 0.05 0.09 0.04 0.08 0.06 0.05 0.07 0.02 0.11 0.05 0.06 0.16 0.11 0.15 0.01
C5 0.01 0.03 0.01 0.04 0.05 0.04 0.07 0.09 0.03 0.01 0.00 0.07 0.07 0.05 0.05 0.00 0.13 0.13 0.06 0.09
C5' 0.02 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.03 0.02 0.21 0.16 0.14 0.02
C6 0.04 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.09 0.03 0.08 0.04 0.04 0.08 0.03 0.10 0.01 0.05 0.14 0.10 0.01 0.05
N1 0.01 0.02 0.03 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.07 0.10 0.00 0.03 0.14 0.10 0.03 0.04
N3 0.07 0.13 0.04 0.06 0.07 0.07 0.04 0.10 0.06 0.09 0.12 0.05 0.17 0.03 0.05 0.05 0.12 0.15 0.06 0.10
O2 0.05 0.10 0.02 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.03 0.06 0.09 0.04 0.15 0.05 0.02 0.03 0.13 0.13 0.00 0.06
O2' 0.06 0.08 0.04 0.09 0.05 0.10 0.04 0.14 0.05 0.07 0.06 0.04 0.09 0.05 0.07 0.06 0.36 0.17 0.12 0.18
O3' 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.02 0.05 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.02 0.10 0.03 0.04 0.22 0.11 0.08 0.04
O4 0.11 0.16 0.06 0.10 0.11 0.12 0.10 0.17 0.11 0.14 0.15 0.07 0.16 0.01 0.10 0.09 0.11 0.21 0.17 0.17
O4' 0.09 0.06 0.10 0.10 0.10 0.11 0.13 0.09 0.13 0.09 0.07 0.10 0.01 0.15 0.09 0.11 0.06 0.05 0.20 0.08
O5' 0.02 0.05 0.03 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.03 0.07 0.02 0.01 0.01 0.28 0.16 0.11 0.05
OP1 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.24 0.17 0.14 0.04
OP2 0.07 0.10 0.05 0.05 0.08 0.05 0.06 0.05 0.06 0.09 0.10 0.08 0.10 0.02 0.01 0.05 0.35 0.16 0.11 0.08
P 0.04 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.05 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.28 0.18 0.13 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01 0.07 0.32 0.12 0.02
C2 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.06 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.04 0.05 0.33 0.02 0.08
C2' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.06 0.00 0.07 0.01 0.06 0.03 0.05 0.07 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.23 0.16 0.01
C3' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.10 0.21 0.18 0.01
C4 0.04 0.01 0.06 0.03 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.09 0.02 0.05 0.15 0.28 0.03 0.06
C4' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.26 0.18 0.00
C5 0.03 0.02 0.07 0.04 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.03 0.05 0.22 0.29 0.00 0.03
C5' 0.03 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.04 0.05 0.06 0.04 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.25 0.17 0.01
C6 0.03 0.02 0.06 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.04 0.22 0.34 0.05 0.02
N1 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.05 0.00 0.03 0.10 0.34 0.05 0.05
N3 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.01 0.04 0.07 0.30 0.03 0.09
N4 0.04 0.01 0.07 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.10 0.02 0.05 0.15 0.22 0.06 0.06
O2 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.00 0.04 0.01 0.32 0.03 0.09
O2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.09 0.02 0.07 0.02 0.05 0.05 0.09 0.10 0.10 0.00 0.02 0.02 0.04 0.24 0.17 0.01
O3' 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.15 0.20 0.19 0.00
O4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.05 0.00 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.14 0.30 0.16 0.02
O5' 0.07 0.05 0.02 0.10 0.15 0.00 0.22 0.00 0.22 0.10 0.07 0.15 0.01 0.04 0.15 0.14 0.00 0.04 0.02 0.00
OP1 0.32 0.33 0.23 0.21 0.28 0.26 0.29 0.25 0.34 0.34 0.30 0.22 0.32 0.24 0.20 0.30 0.04 0.00 0.03 0.01
OP2 0.12 0.02 0.16 0.18 0.03 0.18 0.00 0.17 0.05 0.05 0.03 0.06 0.03 0.17 0.19 0.16 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.02 0.08 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.01 0.02 0.05 0.09 0.06 0.09 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00