ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48693

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.000, 0.006, 0.013, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.006 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.011
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.000, 0.023, 0.045, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.023 std_dev=0.023
O2' A 0, 0.000, 0.085, 0.170, 0.170 max_d=0.170 avg_d=0.085 std_dev=0.085
O3' B 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.000, 0.092, 0.184, 0.184 max_d=0.184 avg_d=0.092 std_dev=0.092
O4 A 0, 0.000, 0.102, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.102 std_dev=0.102
O4' A 0, 0.000, 0.123, 0.247, 0.247 max_d=0.247 avg_d=0.123 std_dev=0.123
C3' B 0, 0.000, 0.131, 0.263, 0.263 max_d=0.263 avg_d=0.131 std_dev=0.131
C4' B 0, 0.000, 0.134, 0.269, 0.269 max_d=0.269 avg_d=0.134 std_dev=0.134
O2' B 0, 0.000, 0.140, 0.280, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.140 std_dev=0.140
C5' B 0, 0.000, 0.141, 0.282, 0.282 max_d=0.282 avg_d=0.141 std_dev=0.141
OP1 B 0, 0.000, 0.160, 0.321, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.160 std_dev=0.160
O4' B 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
O5' B 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C2' B 0, 0.000, 0.173, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.173 std_dev=0.173
P B 0, 0.000, 0.176, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C3' A 0, 0.000, 0.178, 0.356, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.178 std_dev=0.178
C4' A 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
C1' B 0, 0.000, 0.191, 0.381, 0.381 max_d=0.381 avg_d=0.191 std_dev=0.191
OP2 B 0, 0.000, 0.205, 0.410, 0.410 max_d=0.410 avg_d=0.205 std_dev=0.205
C5' A 0, 0.000, 0.269, 0.538, 0.538 max_d=0.538 avg_d=0.269 std_dev=0.269
O3' A 0, 0.000, 0.274, 0.549, 0.549 max_d=0.549 avg_d=0.274 std_dev=0.274
O5' A 0, 0.000, 0.280, 0.560, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.280 std_dev=0.280
N1 B 0, 0.000, 0.293, 0.585, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.293 std_dev=0.293
C6 B 0, 0.000, 0.325, 0.651, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.325 std_dev=0.325
C5 B 0, 0.000, 0.400, 0.799, 0.799 max_d=0.799 avg_d=0.400 std_dev=0.400
C2 B 0, 0.000, 0.438, 0.876, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.438 std_dev=0.438
C4 B 0, 0.000, 0.462, 0.924, 0.924 max_d=0.924 avg_d=0.462 std_dev=0.462
P A 0, 0.000, 0.470, 0.940, 0.940 max_d=0.940 avg_d=0.470 std_dev=0.470
N3 B 0, 0.000, 0.503, 1.007, 1.007 max_d=1.007 avg_d=0.503 std_dev=0.503
N4 B 0, 0.000, 0.539, 1.079, 1.079 max_d=1.079 avg_d=0.539 std_dev=0.539
O2 B 0, 0.000, 0.542, 1.083, 1.083 max_d=1.083 avg_d=0.542 std_dev=0.542
OP1 A 0, 0.000, 0.558, 1.116, 1.116 max_d=1.116 avg_d=0.558 std_dev=0.558
OP2 A 0, 0.000, 0.586, 1.172, 1.172 max_d=1.172 avg_d=0.586 std_dev=0.586

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.00 0.00
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.06 0.03 0.02
C4 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03
C4' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.00 0.01
C5 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.07 0.03
C5' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.05 0.01 0.00
C6 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.02 0.02 0.07 0.03
N1 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.03
N3 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.02 0.07 0.04
O2 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.04
O2' 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.00 0.01
O3' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.04 0.00 0.00 0.05 0.01 0.01 0.07 0.05 0.02
O4 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.05 0.00 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.04 0.02
O5' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.03 0.00 0.05 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.02 0.00 0.02 0.01 0.07 0.07 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.04 0.06 0.00 0.03 0.06 0.00 0.07 0.01 0.07 0.06 0.07 0.06 0.00 0.05 0.05 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.02 0.03 0.00 0.02 0.03 0.01 0.03 0.00 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.10 0.17 0.12 0.07 0.24 0.04 0.22 0.02 0.16 0.14 0.22 0.30 0.16 0.09 0.06 0.04 0.03 0.05 0.02 0.02
C2 0.08 0.12 0.11 0.06 0.19 0.03 0.19 0.00 0.15 0.11 0.15 0.24 0.09 0.09 0.06 0.03 0.02 0.04 0.04 0.01
C2' 0.10 0.19 0.12 0.08 0.24 0.04 0.20 0.03 0.15 0.15 0.23 0.30 0.18 0.10 0.07 0.05 0.04 0.05 0.04 0.02
C3' 0.03 0.12 0.05 0.01 0.18 0.02 0.13 0.02 0.08 0.08 0.16 0.23 0.12 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02
C4 0.07 0.08 0.09 0.05 0.16 0.02 0.19 0.01 0.16 0.10 0.11 0.20 0.04 0.07 0.05 0.02 0.01 0.04 0.07 0.01
C4' 0.02 0.12 0.04 0.01 0.18 0.03 0.14 0.03 0.08 0.07 0.16 0.24 0.11 0.01 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.02
C5 0.09 0.13 0.11 0.07 0.21 0.04 0.23 0.02 0.19 0.13 0.16 0.25 0.10 0.08 0.06 0.05 0.05 0.06 0.00 0.03
C5' 0.01 0.10 0.01 0.01 0.16 0.05 0.12 0.05 0.06 0.05 0.14 0.21 0.09 0.02 0.01 0.06 0.02 0.00 0.01 0.02
C6 0.10 0.16 0.12 0.08 0.25 0.05 0.25 0.03 0.19 0.15 0.20 0.29 0.14 0.09 0.06 0.05 0.05 0.06 0.03 0.04
N1 0.09 0.15 0.11 0.07 0.23 0.04 0.22 0.01 0.17 0.13 0.19 0.28 0.13 0.09 0.06 0.04 0.03 0.05 0.00 0.01
N3 0.07 0.09 0.10 0.06 0.17 0.03 0.19 0.00 0.15 0.10 0.12 0.20 0.06 0.08 0.05 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01
O2 0.08 0.12 0.11 0.06 0.18 0.02 0.17 0.00 0.13 0.11 0.15 0.23 0.09 0.10 0.06 0.02 0.01 0.04 0.04 0.01
O2' 0.11 0.21 0.13 0.08 0.26 0.05 0.20 0.04 0.15 0.16 0.25 0.32 0.21 0.11 0.07 0.05 0.04 0.05 0.05 0.03
O3' 0.02 0.12 0.04 0.00 0.15 0.02 0.09 0.01 0.04 0.06 0.15 0.20 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01
O4 0.01 0.02 0.02 0.01 0.07 0.04 0.11 0.07 0.08 0.01 0.01 0.10 0.06 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.14 0.07
O4' 0.05 0.14 0.07 0.04 0.21 0.00 0.18 0.02 0.12 0.10 0.18 0.27 0.12 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01
O5' 0.02 0.07 0.01 0.02 0.14 0.06 0.11 0.06 0.05 0.03 0.11 0.19 0.06 0.04 0.02 0.07 0.03 0.01 0.01 0.03
OP1 0.09 0.00 0.06 0.05 0.05 0.09 0.02 0.07 0.03 0.04 0.03 0.09 0.00 0.10 0.04 0.12 0.05 0.01 0.01 0.03
OP2 0.17 0.09 0.14 0.13 0.01 0.18 0.02 0.18 0.08 0.11 0.04 0.04 0.10 0.19 0.11 0.22 0.13 0.06 0.08 0.11
P 0.10 0.01 0.08 0.08 0.07 0.12 0.04 0.12 0.01 0.04 0.04 0.11 0.02 0.12 0.07 0.14 0.08 0.03 0.04 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3N4O2O2'O3'O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.03
C2 0.01 0.00 0.03 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.03 0.03 0.11 0.06
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.06 0.03
C3' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.03 0.00 0.07 0.00 0.08 0.00 0.02 0.03 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C4 0.02 0.02 0.03 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03 0.09 0.12 0.18 0.12
C4' 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.00
C5 0.02 0.01 0.06 0.07 0.00 0.06 0.00 0.11 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.06 0.08 0.02 0.12 0.15 0.21 0.15
C5' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.09 0.00 0.11 0.00 0.10 0.05 0.06 0.09 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.06 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.06 0.08 0.00 0.06 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.05 0.08 0.01 0.11 0.11 0.17 0.12
N1 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.05 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.04 0.11 0.06
N3 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.03 0.05 0.06 0.14 0.08
N4 0.02 0.02 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.09 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.04 0.03 0.03 0.10 0.14 0.20 0.13
O2 0.02 0.01 0.07 0.08 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.04 0.11 0.05 0.02 0.00 0.09 0.04
O2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.02 0.06 0.02 0.05 0.02 0.01 0.04 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01
O3' 0.00 0.06 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.08 0.00 0.04 0.03 0.11 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
O4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.03 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00
O5' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.09 0.00 0.12 0.00 0.11 0.05 0.05 0.10 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.01 0.03 0.00 0.01 0.12 0.04 0.15 0.06 0.11 0.04 0.06 0.14 0.00 0.04 0.02 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.07 0.11 0.06 0.02 0.18 0.02 0.21 0.02 0.17 0.11 0.14 0.20 0.09 0.04 0.00 0.04 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.03 0.01 0.12 0.00 0.15 0.00 0.12 0.06 0.08 0.13 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00