ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48708

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 10, 9, 7, 10, 6, 3, 3, 2, 4, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.009, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.009 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.006, 0.015, 0.023, 0.043 max_d=0.043 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.011, 0.020, 0.029, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.020 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.011, 0.021, 0.031, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.010, 0.020, 0.030, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.020 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.023, 0.046, 0.069, 0.098 max_d=0.098 avg_d=0.046 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.035, 0.109, 0.182, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.109 std_dev=0.074
O4' A 0, -0.006, 0.125, 0.256, 0.890 max_d=0.890 avg_d=0.125 std_dev=0.131
C2' A 0, 0.009, 0.141, 0.272, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.141 std_dev=0.131
P B 0, 0.265, 0.445, 0.625, 0.798 max_d=0.798 avg_d=0.445 std_dev=0.180
C4' A 0, -0.024, 0.219, 0.461, 1.624 max_d=1.624 avg_d=0.219 std_dev=0.243
O2' A 0, -0.041, 0.221, 0.483, 1.618 max_d=1.618 avg_d=0.221 std_dev=0.262
C3' A 0, -0.061, 0.243, 0.547, 1.808 max_d=1.808 avg_d=0.243 std_dev=0.304
C5' A 0, 0.018, 0.331, 0.645, 1.888 max_d=1.888 avg_d=0.331 std_dev=0.313
O5' B 0, 0.192, 0.563, 0.933, 1.601 max_d=1.601 avg_d=0.563 std_dev=0.371
OP1 B 0, 0.250, 0.637, 1.024, 1.575 max_d=1.575 avg_d=0.637 std_dev=0.387
O3' B 0, 0.110, 0.542, 0.975, 3.063 max_d=3.063 avg_d=0.542 std_dev=0.433
O5' A 0, -0.025, 0.415, 0.855, 2.491 max_d=2.491 avg_d=0.415 std_dev=0.440
P A 0, 0.112, 0.553, 0.993, 2.459 max_d=2.459 avg_d=0.553 std_dev=0.441
C3' B 0, 0.088, 0.543, 0.997, 3.066 max_d=3.066 avg_d=0.543 std_dev=0.454
OP2 B 0, 0.085, 0.589, 1.092, 1.932 max_d=1.932 avg_d=0.589 std_dev=0.504
C5' B 0, 0.093, 0.606, 1.120, 3.026 max_d=3.026 avg_d=0.606 std_dev=0.514
O3' A 0, -0.142, 0.378, 0.897, 3.142 max_d=3.142 avg_d=0.378 std_dev=0.519
OP1 A 0, 0.058, 0.653, 1.248, 4.038 max_d=4.038 avg_d=0.653 std_dev=0.595
OP2 A 0, 0.113, 0.729, 1.345, 3.641 max_d=3.641 avg_d=0.729 std_dev=0.616
C4' B 0, 0.006, 0.695, 1.385, 3.828 max_d=3.828 avg_d=0.695 std_dev=0.689
C2' B 0, -0.130, 0.635, 1.399, 5.541 max_d=5.541 avg_d=0.635 std_dev=0.765
O2' B 0, -0.165, 0.709, 1.583, 6.326 max_d=6.326 avg_d=0.709 std_dev=0.874
O4' B 0, -0.200, 0.955, 2.109, 6.485 max_d=6.485 avg_d=0.955 std_dev=1.155
C1' B 0, -0.322, 0.989, 2.299, 7.620 max_d=7.620 avg_d=0.989 std_dev=1.311
N1 B 0, -0.650, 1.247, 3.144, 9.362 max_d=9.362 avg_d=1.247 std_dev=1.897
C6 B 0, -0.704, 1.242, 3.188, 9.815 max_d=9.815 avg_d=1.242 std_dev=1.946
C2 B 0, -1.009, 1.631, 4.271, 11.148 max_d=11.148 avg_d=1.631 std_dev=2.640
C5 B 0, -1.093, 1.583, 4.259, 11.965 max_d=11.965 avg_d=1.583 std_dev=2.676
O2 B 0, -0.994, 1.785, 4.565, 11.570 max_d=11.570 avg_d=1.785 std_dev=2.780
N3 B 0, -1.394, 1.933, 5.260, 12.936 max_d=12.936 avg_d=1.933 std_dev=3.327
C4 B 0, -1.432, 1.959, 5.350, 13.521 max_d=13.521 avg_d=1.959 std_dev=3.391
O4 B 0, -1.697, 2.389, 6.475, 15.537 max_d=15.537 avg_d=2.389 std_dev=4.086

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.03 0.02 0.11 0.02 0.00 0.06 0.12 0.17 0.09
C2 0.02 0.00 0.07 0.09 0.01 0.03 0.01 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.11 0.09 0.02 0.03 0.12 0.21 0.31 0.16
C2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.07 0.06 0.02 0.06 0.11 0.00 0.02 0.06 0.01 0.16 0.16 0.25 0.18
C3' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.18 0.00 0.20 0.02 0.18 0.10 0.13 0.09 0.02 0.01 0.19 0.01 0.11 0.11 0.14 0.09
C4 0.02 0.01 0.05 0.18 0.00 0.09 0.01 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.11 0.01 0.03 0.24 0.34 0.47 0.27
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.05 0.05 0.05 0.13 0.02 0.10 0.00 0.01 0.09 0.08 0.04
C5 0.02 0.01 0.06 0.20 0.01 0.12 0.00 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.16 0.01 0.04 0.28 0.34 0.47 0.28
C5' 0.03 0.06 0.07 0.02 0.14 0.01 0.16 0.00 0.14 0.07 0.09 0.05 0.07 0.09 0.15 0.01 0.01 0.14 0.09 0.01
C6 0.01 0.01 0.06 0.18 0.01 0.11 0.00 0.14 0.00 0.01 0.01 0.01 0.11 0.13 0.01 0.04 0.23 0.25 0.35 0.20
N1 0.01 0.01 0.02 0.10 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.08 0.04 0.02 0.01 0.13 0.18 0.27 0.14
N3 0.02 0.00 0.06 0.13 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.07 0.01 0.03 0.18 0.28 0.39 0.21
O2 0.03 0.00 0.11 0.09 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.13 0.19 0.02 0.06 0.07 0.18 0.27 0.13
O2' 0.02 0.11 0.00 0.02 0.15 0.13 0.14 0.07 0.11 0.08 0.14 0.13 0.00 0.03 0.16 0.10 0.11 0.12 0.25 0.14
O3' 0.11 0.09 0.02 0.01 0.11 0.02 0.16 0.09 0.13 0.04 0.07 0.19 0.03 0.00 0.13 0.07 0.17 0.22 0.19 0.14
O4 0.02 0.02 0.06 0.19 0.01 0.10 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.16 0.13 0.00 0.04 0.27 0.38 0.51 0.30
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.06 0.10 0.07 0.04 0.00 0.08 0.14 0.12 0.10
O5' 0.06 0.12 0.16 0.11 0.24 0.01 0.28 0.01 0.23 0.13 0.18 0.07 0.11 0.17 0.27 0.08 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.12 0.21 0.16 0.11 0.34 0.09 0.34 0.14 0.25 0.18 0.28 0.18 0.12 0.22 0.38 0.14 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.17 0.31 0.25 0.14 0.47 0.08 0.47 0.09 0.35 0.27 0.39 0.27 0.25 0.19 0.51 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.09 0.16 0.18 0.09 0.27 0.04 0.28 0.01 0.20 0.14 0.21 0.13 0.14 0.14 0.30 0.10 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.61 1.83 0.36 0.19 2.00 0.16 1.38 0.14 0.98 1.17 2.20 1.95 0.34 0.23 2.25 0.43 0.16 0.29 0.20 0.14
C2 0.82 2.24 0.36 0.23 2.80 0.21 2.05 0.13 1.46 1.54 2.84 2.22 0.31 0.28 3.22 0.62 0.25 0.37 0.28 0.17
C2' 0.45 1.62 0.27 0.15 1.88 0.22 1.28 0.24 0.86 1.00 2.02 1.72 0.42 0.27 2.19 0.31 0.15 0.33 0.24 0.17
C3' 0.37 1.31 0.33 0.16 1.57 0.20 1.12 0.14 0.77 0.83 1.64 1.35 0.46 0.24 1.83 0.28 0.17 0.36 0.35 0.25
C4 0.78 1.99 0.28 0.25 2.80 0.22 2.32 0.14 1.65 1.51 2.57 1.82 0.28 0.32 3.18 0.62 0.29 0.42 0.37 0.20
C4' 0.29 1.14 0.27 0.11 1.22 0.10 0.82 0.09 0.55 0.68 1.36 1.26 0.30 0.14 1.39 0.20 0.12 0.30 0.21 0.17
C5 0.63 1.70 0.24 0.23 2.30 0.19 1.94 0.15 1.42 1.30 2.15 1.54 0.31 0.32 2.54 0.50 0.22 0.36 0.30 0.17
C5' 0.14 0.72 0.22 0.09 0.83 0.07 0.58 0.11 0.38 0.42 0.90 0.78 0.28 0.08 0.96 0.09 0.13 0.38 0.22 0.21
C6 0.59 1.69 0.27 0.21 2.10 0.17 1.65 0.15 1.21 1.23 2.09 1.61 0.32 0.30 2.31 0.44 0.17 0.31 0.23 0.15
N1 0.69 1.98 0.34 0.21 2.35 0.18 1.73 0.14 1.24 1.35 2.44 1.98 0.32 0.27 2.63 0.50 0.20 0.32 0.24 0.15
N3 0.85 2.23 0.34 0.25 3.02 0.23 2.33 0.13 1.64 1.61 2.88 2.13 0.29 0.31 3.50 0.67 0.29 0.41 0.34 0.19
O2 0.85 2.33 0.40 0.23 2.85 0.22 2.01 0.13 1.42 1.56 2.95 2.38 0.33 0.27 3.33 0.64 0.26 0.37 0.28 0.17
O2' 0.49 1.66 0.34 0.14 1.82 0.19 1.19 0.24 0.79 0.99 2.03 1.85 0.40 0.21 2.13 0.32 0.16 0.37 0.22 0.20
O3' 0.39 1.18 0.40 0.22 1.45 0.24 1.04 0.18 0.72 0.76 1.50 1.22 0.51 0.24 1.71 0.31 0.19 0.39 0.36 0.28
O4 0.80 1.96 0.27 0.26 2.87 0.25 2.47 0.16 1.75 1.53 2.55 1.77 0.27 0.34 3.31 0.67 0.33 0.47 0.45 0.23
O4' 0.53 1.52 0.39 0.21 1.52 0.18 1.03 0.13 0.76 0.97 1.74 1.68 0.32 0.19 1.68 0.38 0.14 0.25 0.16 0.13
O5' 0.16 0.76 0.19 0.12 1.01 0.08 0.79 0.10 0.55 0.51 0.98 0.71 0.28 0.01 1.16 0.10 0.21 0.49 0.35 0.33
OP1 0.42 0.25 0.24 0.12 0.33 0.25 0.34 0.37 0.24 0.22 0.25 0.39 0.35 0.02 0.42 0.38 0.38 0.70 0.53 0.47
OP2 0.11 0.45 0.07 0.10 0.91 0.20 0.89 0.24 0.65 0.40 0.71 0.28 0.12 0.02 1.05 0.16 0.38 0.84 0.61 0.60
P 0.17 0.30 0.09 0.01 0.61 0.12 0.55 0.20 0.37 0.21 0.49 0.24 0.20 0.01 0.72 0.16 0.22 0.60 0.37 0.37

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.25 0.02 0.00 0.34 0.41 0.18 0.27
C2 0.02 0.00 0.25 0.31 0.01 0.05 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.01 0.08 0.14 0.01 0.15 0.65 0.73 0.71 0.63
C2' 0.00 0.25 0.00 0.00 0.05 0.01 0.14 0.15 0.20 0.02 0.20 0.41 0.00 0.02 0.07 0.01 0.18 0.25 0.25 0.14
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.39 0.00 0.32 0.01 0.24 0.22 0.38 0.28 0.02 0.01 0.43 0.02 0.11 0.26 0.11 0.09
C4 0.01 0.01 0.05 0.39 0.00 0.18 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.22 0.00 0.02 1.08 1.16 1.32 1.15
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.18 0.00 0.24 0.01 0.23 0.10 0.10 0.10 0.26 0.01 0.20 0.00 0.02 0.27 0.19 0.08
C5 0.01 0.01 0.14 0.32 0.00 0.24 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.43 0.19 0.01 0.14 1.18 1.18 1.34 1.22
C5' 0.04 0.08 0.15 0.01 0.25 0.01 0.33 0.00 0.29 0.11 0.14 0.13 0.11 0.17 0.28 0.01 0.01 0.27 0.32 0.02
C6 0.01 0.01 0.20 0.24 0.01 0.23 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.41 0.11 0.01 0.18 1.04 0.94 0.98 0.98
N1 0.01 0.01 0.02 0.22 0.01 0.10 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.07 0.01 0.01 0.71 0.69 0.63 0.63
N3 0.01 0.00 0.20 0.38 0.00 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.18 0.01 0.10 0.86 0.96 1.03 0.88
O2 0.03 0.01 0.41 0.28 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.27 0.22 0.02 0.27 0.43 0.61 0.50 0.42
O2' 0.02 0.08 0.00 0.02 0.30 0.26 0.43 0.11 0.41 0.18 0.14 0.27 0.00 0.05 0.31 0.20 0.15 0.37 0.28 0.19
O3' 0.25 0.14 0.02 0.01 0.22 0.01 0.19 0.17 0.11 0.07 0.18 0.22 0.05 0.00 0.28 0.16 0.13 0.47 0.21 0.24
O4 0.02 0.01 0.07 0.43 0.00 0.20 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.02 0.31 0.28 0.00 0.02 1.15 1.30 1.50 1.27
O4' 0.00 0.15 0.01 0.02 0.02 0.00 0.14 0.01 0.18 0.01 0.10 0.27 0.20 0.16 0.02 0.00 0.31 0.40 0.12 0.24
O5' 0.34 0.65 0.18 0.11 1.08 0.02 1.18 0.01 1.04 0.71 0.86 0.43 0.15 0.13 1.15 0.31 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.41 0.73 0.25 0.26 1.16 0.27 1.18 0.27 0.94 0.69 0.96 0.61 0.37 0.47 1.30 0.40 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.18 0.71 0.25 0.11 1.32 0.19 1.34 0.32 0.98 0.63 1.03 0.50 0.28 0.21 1.50 0.12 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.27 0.63 0.14 0.09 1.15 0.08 1.22 0.02 0.98 0.63 0.88 0.42 0.19 0.24 1.27 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00