ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48709

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 7, 9, 3, 1, 5, 3, 1, 1, 0, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.013, 0.019, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.011, 0.018, 0.025, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.015, 0.024, 0.032, 0.060 max_d=0.060 avg_d=0.024 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.011, 0.021, 0.030, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.021 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.022, 0.032, 0.043, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.032 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.020, 0.031, 0.042, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.031 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.007, 0.024, 0.042, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.024 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.044, 0.069, 0.094, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.069 std_dev=0.025
O4 A 0, 0.034, 0.068, 0.102, 0.159 max_d=0.159 avg_d=0.068 std_dev=0.034
O4' A 0, 0.070, 0.132, 0.194, 0.280 max_d=0.280 avg_d=0.132 std_dev=0.062
C2' A 0, 0.030, 0.101, 0.171, 0.286 max_d=0.286 avg_d=0.101 std_dev=0.070
O2' A 0, 0.043, 0.167, 0.292, 0.522 max_d=0.522 avg_d=0.167 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.034, 0.201, 0.368, 0.743 max_d=0.743 avg_d=0.201 std_dev=0.167
C4' A 0, 0.066, 0.246, 0.427, 0.780 max_d=0.780 avg_d=0.246 std_dev=0.180
P A 0, 0.150, 0.370, 0.590, 1.217 max_d=1.217 avg_d=0.370 std_dev=0.220
P B 0, 0.067, 0.288, 0.510, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.288 std_dev=0.221
OP1 B 0, 0.101, 0.360, 0.620, 0.987 max_d=0.987 avg_d=0.360 std_dev=0.259
OP2 A 0, 0.143, 0.412, 0.682, 1.430 max_d=1.430 avg_d=0.412 std_dev=0.270
O3' B 0, 0.110, 0.414, 0.718, 1.301 max_d=1.301 avg_d=0.414 std_dev=0.304
O4' B 0, 0.057, 0.375, 0.693, 1.734 max_d=1.734 avg_d=0.375 std_dev=0.318
O3' A 0, -0.020, 0.302, 0.624, 1.559 max_d=1.559 avg_d=0.302 std_dev=0.322
C4' B 0, 0.069, 0.399, 0.728, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.399 std_dev=0.330
O5' A 0, 0.096, 0.428, 0.760, 1.213 max_d=1.213 avg_d=0.428 std_dev=0.332
C3' B 0, 0.047, 0.381, 0.716, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.381 std_dev=0.335
C1' B 0, 0.100, 0.452, 0.804, 1.818 max_d=1.818 avg_d=0.452 std_dev=0.352
C5' A 0, 0.002, 0.362, 0.722, 1.441 max_d=1.441 avg_d=0.362 std_dev=0.360
O5' B 0, 0.105, 0.481, 0.857, 1.343 max_d=1.343 avg_d=0.481 std_dev=0.376
C2' B 0, 0.033, 0.430, 0.828, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.430 std_dev=0.398
OP1 A 0, 0.174, 0.573, 0.971, 1.722 max_d=1.722 avg_d=0.573 std_dev=0.399
N1 B 0, 0.187, 0.612, 1.036, 2.071 max_d=2.071 avg_d=0.612 std_dev=0.424
OP2 B 0, 0.131, 0.578, 1.025, 1.689 max_d=1.689 avg_d=0.578 std_dev=0.447
N3 B 0, 0.312, 0.783, 1.254, 2.755 max_d=2.755 avg_d=0.783 std_dev=0.471
C5' B 0, 0.046, 0.521, 0.997, 1.954 max_d=1.954 avg_d=0.521 std_dev=0.475
O2' B 0, 0.013, 0.491, 0.970, 2.053 max_d=2.053 avg_d=0.491 std_dev=0.479
C2 B 0, 0.366, 0.855, 1.345, 2.557 max_d=2.557 avg_d=0.855 std_dev=0.490
C4 B 0, 0.381, 1.004, 1.627, 2.665 max_d=2.665 avg_d=1.004 std_dev=0.623
O4 B 0, 0.492, 1.176, 1.861, 2.958 max_d=2.958 avg_d=1.176 std_dev=0.685
C6 B 0, 0.499, 1.498, 2.496, 3.643 max_d=3.643 avg_d=1.498 std_dev=0.999
O2 B 0, 0.690, 1.698, 2.707, 3.840 max_d=3.840 avg_d=1.698 std_dev=1.009
C5 B 0, 0.576, 1.713, 2.850, 4.176 max_d=4.176 avg_d=1.713 std_dev=1.137

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.14 0.02 0.00 0.23 0.24 0.36 0.14
C2 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.02 0.20 0.01 0.01 0.00 0.01 0.11 0.17 0.02 0.04 0.28 0.20 0.36 0.12
C2' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.05 0.02 0.05 0.10 0.04 0.02 0.05 0.07 0.00 0.05 0.06 0.02 0.20 0.25 0.36 0.14
C3' 0.02 0.05 0.01 0.00 0.06 0.00 0.09 0.03 0.09 0.03 0.05 0.10 0.03 0.01 0.07 0.02 0.10 0.25 0.30 0.12
C4 0.02 0.01 0.05 0.06 0.00 0.09 0.01 0.31 0.01 0.01 0.01 0.02 0.11 0.11 0.00 0.03 0.32 0.14 0.32 0.11
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.12 0.06 0.06 0.06 0.02 0.03 0.10 0.00 0.02 0.23 0.29 0.06
C5 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.12 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.02 0.08 0.08 0.01 0.03 0.32 0.13 0.32 0.11
C5' 0.09 0.20 0.10 0.03 0.31 0.01 0.34 0.00 0.31 0.22 0.25 0.14 0.08 0.04 0.33 0.02 0.01 0.26 0.28 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.09 0.01 0.12 0.00 0.31 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.08 0.02 0.03 0.31 0.15 0.35 0.11
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.22 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.11 0.02 0.01 0.28 0.19 0.36 0.12
N3 0.03 0.00 0.05 0.05 0.01 0.06 0.01 0.25 0.01 0.02 0.00 0.02 0.12 0.15 0.02 0.04 0.30 0.17 0.35 0.11
O2 0.05 0.01 0.07 0.10 0.02 0.06 0.02 0.14 0.01 0.01 0.02 0.00 0.13 0.24 0.03 0.07 0.25 0.22 0.37 0.14
O2' 0.01 0.11 0.00 0.03 0.11 0.02 0.08 0.08 0.07 0.07 0.12 0.13 0.00 0.07 0.11 0.02 0.18 0.26 0.36 0.15
O3' 0.14 0.17 0.05 0.01 0.11 0.03 0.08 0.04 0.08 0.11 0.15 0.24 0.07 0.00 0.11 0.14 0.13 0.34 0.31 0.18
O4 0.02 0.02 0.06 0.07 0.00 0.10 0.01 0.33 0.02 0.02 0.02 0.03 0.11 0.11 0.00 0.03 0.32 0.13 0.31 0.11
O4' 0.00 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.04 0.07 0.02 0.14 0.03 0.00 0.22 0.28 0.33 0.17
O5' 0.23 0.28 0.20 0.10 0.32 0.02 0.32 0.01 0.31 0.28 0.30 0.25 0.18 0.13 0.32 0.22 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.24 0.20 0.25 0.25 0.14 0.23 0.13 0.26 0.15 0.19 0.17 0.22 0.26 0.34 0.13 0.28 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.36 0.36 0.36 0.30 0.32 0.29 0.32 0.28 0.35 0.36 0.35 0.37 0.36 0.31 0.31 0.33 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.14 0.12 0.14 0.12 0.11 0.06 0.11 0.02 0.11 0.12 0.11 0.14 0.15 0.18 0.11 0.17 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.13 0.45 0.15 0.12 0.18 0.22 0.55 0.42 0.57 0.15 0.37 0.89 0.32 0.15 0.18 0.18 0.18 0.25 0.10 0.12
C2 0.13 0.51 0.20 0.07 0.25 0.17 0.74 0.37 0.74 0.17 0.41 1.07 0.40 0.14 0.25 0.16 0.14 0.23 0.11 0.13
C2' 0.14 0.35 0.17 0.11 0.19 0.19 0.49 0.38 0.51 0.16 0.29 0.72 0.32 0.11 0.18 0.15 0.23 0.24 0.11 0.13
C3' 0.17 0.31 0.18 0.13 0.20 0.18 0.42 0.36 0.43 0.18 0.27 0.60 0.31 0.14 0.18 0.13 0.20 0.26 0.15 0.11
C4 0.18 0.56 0.29 0.14 0.33 0.14 0.87 0.31 0.85 0.23 0.45 1.18 0.47 0.15 0.34 0.17 0.12 0.22 0.20 0.16
C4' 0.18 0.34 0.19 0.13 0.22 0.16 0.47 0.32 0.48 0.20 0.29 0.65 0.33 0.12 0.21 0.14 0.19 0.32 0.09 0.12
C5 0.17 0.53 0.28 0.14 0.29 0.14 0.79 0.34 0.79 0.21 0.42 1.12 0.46 0.16 0.29 0.17 0.12 0.24 0.13 0.14
C5' 0.20 0.30 0.24 0.16 0.24 0.15 0.44 0.25 0.46 0.23 0.26 0.55 0.33 0.12 0.23 0.16 0.30 0.46 0.20 0.27
C6 0.13 0.48 0.22 0.08 0.23 0.17 0.68 0.38 0.69 0.17 0.38 1.02 0.42 0.14 0.23 0.16 0.14 0.25 0.09 0.12
N1 0.12 0.48 0.18 0.07 0.21 0.18 0.66 0.39 0.67 0.16 0.38 0.99 0.38 0.14 0.21 0.16 0.15 0.24 0.09 0.12
N3 0.16 0.54 0.24 0.10 0.30 0.14 0.83 0.34 0.82 0.21 0.44 1.15 0.44 0.13 0.31 0.16 0.12 0.22 0.17 0.15
O2 0.13 0.50 0.18 0.08 0.24 0.18 0.73 0.38 0.73 0.17 0.41 1.05 0.38 0.14 0.23 0.16 0.14 0.22 0.11 0.13
O2' 0.14 0.36 0.17 0.11 0.19 0.19 0.51 0.40 0.51 0.16 0.30 0.74 0.32 0.11 0.19 0.16 0.27 0.23 0.15 0.16
O3' 0.20 0.33 0.19 0.15 0.22 0.21 0.45 0.37 0.46 0.21 0.28 0.61 0.33 0.19 0.21 0.16 0.20 0.27 0.17 0.12
O4 0.21 0.58 0.32 0.17 0.39 0.14 0.95 0.28 0.91 0.26 0.48 1.23 0.49 0.17 0.40 0.19 0.13 0.23 0.27 0.19
O4' 0.16 0.48 0.16 0.21 0.19 0.29 0.51 0.47 0.52 0.17 0.40 0.89 0.29 0.22 0.18 0.23 0.21 0.28 0.16 0.14
O5' 0.10 0.23 0.12 0.14 0.12 0.23 0.26 0.46 0.28 0.11 0.19 0.44 0.27 0.02 0.12 0.10 0.19 0.22 0.39 0.26
OP1 0.13 0.19 0.06 0.06 0.14 0.16 0.12 0.22 0.11 0.14 0.18 0.24 0.09 0.02 0.14 0.20 0.30 0.34 0.24 0.21
OP2 0.09 0.24 0.10 0.07 0.08 0.22 0.20 0.37 0.20 0.07 0.18 0.43 0.19 0.02 0.09 0.17 0.24 0.27 0.26 0.15
P 0.05 0.12 0.05 0.01 0.05 0.12 0.13 0.26 0.14 0.05 0.10 0.24 0.13 0.01 0.05 0.05 0.17 0.26 0.21 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.07 0.01 0.00 0.22 0.33 0.21 0.13
C2 0.01 0.00 0.30 0.22 0.01 0.19 0.01 0.24 0.01 0.01 0.00 0.00 0.33 0.08 0.01 0.22 0.66 0.42 0.52 0.52
C2' 0.00 0.30 0.00 0.00 0.03 0.01 0.22 0.12 0.30 0.02 0.21 0.53 0.00 0.03 0.05 0.02 0.18 0.51 0.15 0.25
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.06 0.00 0.23 0.02 0.26 0.03 0.15 0.44 0.02 0.01 0.05 0.01 0.16 0.41 0.11 0.19
C4 0.01 0.01 0.03 0.06 0.00 0.12 0.01 0.41 0.01 0.01 0.00 0.01 0.10 0.06 0.00 0.02 0.25 0.51 0.31 0.27
C4' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.12 0.00 0.30 0.01 0.33 0.07 0.12 0.41 0.02 0.01 0.12 0.00 0.02 0.27 0.16 0.03
C5 0.01 0.01 0.22 0.23 0.01 0.30 0.00 0.70 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.11 0.01 0.16 0.38 1.04 0.70 0.69
C5' 0.11 0.24 0.12 0.02 0.41 0.01 0.70 0.00 0.71 0.27 0.22 0.57 0.10 0.08 0.41 0.02 0.01 0.32 0.16 0.02
C6 0.01 0.01 0.30 0.26 0.01 0.33 0.00 0.71 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.12 0.01 0.22 0.42 1.04 0.64 0.69
N1 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.06 0.01 0.01 0.23 0.42 0.18 0.17
N3 0.01 0.00 0.21 0.15 0.00 0.12 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.07 0.01 0.15 0.55 0.36 0.39 0.40
O2 0.02 0.00 0.53 0.44 0.01 0.41 0.01 0.57 0.01 0.01 0.01 0.00 0.57 0.15 0.01 0.38 1.10 0.96 1.00 1.04
O2' 0.01 0.33 0.00 0.02 0.10 0.02 0.25 0.10 0.31 0.05 0.26 0.57 0.00 0.05 0.13 0.02 0.18 0.57 0.15 0.29
O3' 0.07 0.08 0.03 0.01 0.06 0.01 0.11 0.08 0.12 0.06 0.07 0.15 0.05 0.00 0.06 0.11 0.15 0.35 0.13 0.12
O4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.12 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.01 0.13 0.06 0.00 0.03 0.27 0.51 0.35 0.30
O4' 0.00 0.22 0.02 0.01 0.02 0.00 0.16 0.02 0.22 0.01 0.15 0.38 0.02 0.11 0.03 0.00 0.32 0.15 0.35 0.23
O5' 0.22 0.66 0.18 0.16 0.25 0.02 0.38 0.01 0.42 0.23 0.55 1.10 0.18 0.15 0.27 0.32 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.33 0.42 0.51 0.41 0.51 0.27 1.04 0.32 1.04 0.42 0.36 0.96 0.57 0.35 0.51 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.21 0.52 0.15 0.11 0.31 0.16 0.70 0.16 0.64 0.18 0.39 1.00 0.15 0.13 0.35 0.35 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.52 0.25 0.19 0.27 0.03 0.69 0.02 0.69 0.17 0.40 1.04 0.29 0.12 0.30 0.23 0.00 0.00 0.01 0.00