ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48710

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 4, 1, 4, 8, 0, 1, 2, 1, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.014, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.014, 0.022, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.012, 0.023, 0.035, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.023 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.008, 0.020, 0.033, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.020 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.009, 0.021, 0.034, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.021 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.014, 0.029, 0.043, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.029 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.039, 0.065, 0.091, 0.125 max_d=0.125 avg_d=0.065 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.014, 0.041, 0.067, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.041 std_dev=0.027
O3' A 0, 0.192, 0.339, 0.485, 0.790 max_d=0.790 avg_d=0.339 std_dev=0.147
C2' A 0, 0.107, 0.354, 0.602, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.354 std_dev=0.247
C3' A 0, 0.231, 0.483, 0.734, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.483 std_dev=0.251
P B 0, 0.160, 0.443, 0.725, 1.078 max_d=1.078 avg_d=0.443 std_dev=0.283
OP2 B 0, 0.206, 0.489, 0.771, 1.185 max_d=1.185 avg_d=0.489 std_dev=0.283
O5' B 0, 0.260, 0.620, 0.981, 1.429 max_d=1.429 avg_d=0.620 std_dev=0.361
O4' A 0, 0.131, 0.505, 0.879, 1.289 max_d=1.289 avg_d=0.505 std_dev=0.374
C4' A 0, 0.274, 0.659, 1.044, 1.344 max_d=1.344 avg_d=0.659 std_dev=0.385
O2' A 0, 0.096, 0.511, 0.926, 2.051 max_d=2.051 avg_d=0.511 std_dev=0.415
OP1 B 0, 0.151, 0.664, 1.178, 1.968 max_d=1.968 avg_d=0.664 std_dev=0.514
O5' A 0, 0.282, 0.905, 1.528, 1.999 max_d=1.999 avg_d=0.905 std_dev=0.623
C5' A 0, 0.334, 0.966, 1.599, 2.007 max_d=2.007 avg_d=0.966 std_dev=0.632
P A 0, 0.260, 1.199, 2.139, 2.821 max_d=2.821 avg_d=1.199 std_dev=0.939
OP2 A 0, 0.301, 1.261, 2.220, 2.892 max_d=2.892 avg_d=1.261 std_dev=0.960
C5' B 0, 0.159, 1.187, 2.215, 3.323 max_d=3.323 avg_d=1.187 std_dev=1.028
C3' B 0, 0.232, 1.264, 2.295, 3.279 max_d=3.279 avg_d=1.264 std_dev=1.031
O3' B 0, 0.345, 1.379, 2.413, 3.173 max_d=3.173 avg_d=1.379 std_dev=1.034
C4' B 0, 0.146, 1.209, 2.272, 3.455 max_d=3.455 avg_d=1.209 std_dev=1.063
C2' B 0, 0.376, 1.463, 2.550, 3.407 max_d=3.407 avg_d=1.463 std_dev=1.087
O2' B 0, 0.477, 1.602, 2.727, 3.682 max_d=3.682 avg_d=1.602 std_dev=1.125
O4' B 0, 0.163, 1.411, 2.658, 3.946 max_d=3.946 avg_d=1.411 std_dev=1.247
C1' B 0, 0.265, 1.546, 2.826, 3.762 max_d=3.762 avg_d=1.546 std_dev=1.280
OP1 A 0, 0.098, 1.526, 2.954, 4.835 max_d=4.835 avg_d=1.526 std_dev=1.428
C6 B 0, 0.216, 1.775, 3.334, 4.426 max_d=4.426 avg_d=1.775 std_dev=1.559
N1 B 0, 0.187, 1.767, 3.347, 4.576 max_d=4.576 avg_d=1.767 std_dev=1.580
C5 B 0, 0.179, 2.063, 3.946, 6.111 max_d=6.111 avg_d=2.063 std_dev=1.883
C2 B 0, 0.137, 2.095, 4.053, 6.582 max_d=6.582 avg_d=2.095 std_dev=1.958
O2 B 0, 0.245, 2.237, 4.229, 6.901 max_d=6.901 avg_d=2.237 std_dev=1.992
C4 B 0, 0.051, 2.352, 4.652, 8.176 max_d=8.176 avg_d=2.352 std_dev=2.300
N3 B 0, 0.027, 2.350, 4.673, 8.308 max_d=8.308 avg_d=2.350 std_dev=2.323
O4 B 0, -0.026, 2.664, 5.355, 9.937 max_d=9.937 avg_d=2.664 std_dev=2.690

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.12 0.02 0.01 0.12 0.16 0.20 0.15
C2 0.02 0.00 0.11 0.03 0.02 0.08 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.14 0.02 0.13 0.16 0.23 0.39 0.23
C2' 0.01 0.11 0.00 0.01 0.07 0.02 0.10 0.12 0.11 0.04 0.09 0.17 0.01 0.04 0.07 0.03 0.18 0.31 0.24 0.18
C3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.02 0.01 0.04 0.01 0.10 0.35 0.27 0.17
C4 0.02 0.02 0.07 0.04 0.00 0.06 0.01 0.24 0.01 0.01 0.01 0.02 0.13 0.12 0.01 0.03 0.22 0.43 0.62 0.35
C4' 0.02 0.08 0.02 0.01 0.06 0.00 0.08 0.00 0.09 0.04 0.07 0.13 0.07 0.03 0.06 0.01 0.02 0.24 0.19 0.06
C5 0.01 0.01 0.10 0.05 0.01 0.08 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.02 0.18 0.11 0.01 0.11 0.25 0.47 0.65 0.38
C5' 0.09 0.21 0.12 0.01 0.24 0.00 0.25 0.00 0.23 0.18 0.23 0.22 0.08 0.10 0.25 0.01 0.01 0.24 0.21 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.05 0.01 0.09 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.19 0.10 0.01 0.14 0.24 0.39 0.52 0.33
N1 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.04 0.01 0.18 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.12 0.01 0.02 0.18 0.25 0.37 0.24
N3 0.02 0.00 0.09 0.03 0.01 0.07 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.13 0.01 0.10 0.18 0.31 0.50 0.27
O2 0.04 0.01 0.17 0.06 0.02 0.13 0.02 0.22 0.02 0.01 0.01 0.00 0.30 0.16 0.01 0.22 0.15 0.17 0.30 0.19
O2' 0.03 0.17 0.01 0.02 0.13 0.07 0.18 0.08 0.19 0.07 0.15 0.30 0.00 0.05 0.14 0.04 0.19 0.36 0.32 0.22
O3' 0.12 0.14 0.04 0.01 0.12 0.03 0.11 0.10 0.10 0.12 0.13 0.16 0.05 0.00 0.12 0.11 0.10 0.44 0.34 0.20
O4 0.02 0.02 0.07 0.04 0.01 0.06 0.01 0.25 0.01 0.01 0.01 0.01 0.14 0.12 0.00 0.04 0.22 0.47 0.68 0.36
O4' 0.01 0.13 0.03 0.01 0.03 0.01 0.11 0.01 0.14 0.02 0.10 0.22 0.04 0.11 0.04 0.00 0.18 0.17 0.29 0.25
O5' 0.12 0.16 0.18 0.10 0.22 0.02 0.25 0.01 0.24 0.18 0.18 0.15 0.19 0.10 0.22 0.18 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.16 0.23 0.31 0.35 0.43 0.24 0.47 0.24 0.39 0.25 0.31 0.17 0.36 0.44 0.47 0.17 0.02 0.00 0.03 0.00
OP2 0.20 0.39 0.24 0.27 0.62 0.19 0.65 0.21 0.52 0.37 0.50 0.30 0.32 0.34 0.68 0.29 0.03 0.03 0.00 0.01
P 0.15 0.23 0.18 0.17 0.35 0.06 0.38 0.02 0.33 0.24 0.27 0.19 0.22 0.20 0.36 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.64 1.44 0.59 0.34 1.57 0.44 1.19 0.77 0.93 1.02 1.68 1.52 0.71 0.36 1.72 0.51 0.19 0.55 0.17 0.24
C2 0.86 1.72 0.68 0.46 2.06 0.59 1.64 0.87 1.29 1.31 2.08 1.70 0.75 0.44 2.29 0.78 0.31 0.53 0.16 0.20
C2' 0.46 1.17 0.45 0.31 1.37 0.48 1.05 0.82 0.79 0.81 1.42 1.22 0.54 0.16 1.54 0.44 0.36 0.70 0.32 0.45
C3' 0.31 0.99 0.34 0.22 1.12 0.36 0.81 0.68 0.59 0.63 1.20 1.09 0.48 0.12 1.27 0.26 0.21 0.59 0.19 0.32
C4 0.84 1.53 0.63 0.46 1.97 0.58 1.71 0.82 1.34 1.26 1.84 1.44 0.71 0.49 2.16 0.83 0.36 0.51 0.15 0.17
C4' 0.39 1.00 0.41 0.22 0.99 0.30 0.71 0.59 0.54 0.64 1.12 1.15 0.59 0.22 1.10 0.26 0.13 0.51 0.22 0.23
C5 0.71 1.31 0.57 0.41 1.61 0.51 1.41 0.78 1.15 1.09 1.54 1.23 0.68 0.49 1.72 0.70 0.32 0.55 0.15 0.20
C5' 0.22 0.59 0.26 0.27 0.61 0.31 0.46 0.56 0.36 0.36 0.68 0.72 0.47 0.12 0.67 0.22 0.23 0.55 0.31 0.32
C6 0.66 1.32 0.58 0.39 1.53 0.48 1.27 0.80 1.03 1.04 1.53 1.29 0.70 0.47 1.63 0.60 0.25 0.56 0.16 0.23
N1 0.74 1.53 0.63 0.41 1.74 0.52 1.39 0.83 1.10 1.15 1.80 1.53 0.72 0.43 1.90 0.65 0.26 0.55 0.17 0.23
N3 0.90 1.71 0.68 0.47 2.17 0.61 1.78 0.86 1.39 1.35 2.09 1.64 0.75 0.46 2.43 0.84 0.35 0.51 0.16 0.18
O2 0.90 1.81 0.71 0.49 2.13 0.61 1.66 0.88 1.30 1.34 2.19 1.83 0.77 0.43 2.41 0.79 0.30 0.53 0.16 0.21
O2' 0.48 1.25 0.45 0.31 1.53 0.51 1.18 0.87 0.87 0.87 1.56 1.29 0.54 0.18 1.77 0.47 0.46 0.79 0.49 0.58
O3' 0.38 1.15 0.38 0.20 1.27 0.33 0.91 0.67 0.66 0.73 1.38 1.28 0.51 0.14 1.46 0.25 0.19 0.59 0.20 0.32
O4 0.86 1.49 0.62 0.46 1.97 0.59 1.77 0.78 1.38 1.26 1.80 1.39 0.70 0.49 2.20 0.87 0.40 0.46 0.16 0.16
O4' 0.65 1.32 0.64 0.38 1.28 0.40 0.95 0.63 0.77 0.92 1.45 1.47 0.80 0.46 1.38 0.47 0.27 0.50 0.31 0.28
O5' 0.16 0.53 0.23 0.20 0.65 0.28 0.51 0.48 0.38 0.35 0.66 0.57 0.39 0.04 0.73 0.17 0.18 0.45 0.28 0.25
OP1 0.35 0.29 0.25 0.23 0.32 0.42 0.33 0.54 0.31 0.28 0.29 0.36 0.36 0.04 0.34 0.40 0.52 0.54 0.88 0.66
OP2 0.17 0.31 0.13 0.22 0.51 0.41 0.50 0.65 0.40 0.27 0.41 0.31 0.20 0.03 0.57 0.31 0.64 0.58 0.85 0.67
P 0.14 0.24 0.09 0.02 0.37 0.16 0.31 0.29 0.21 0.14 0.32 0.26 0.18 0.01 0.42 0.13 0.18 0.17 0.49 0.25

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.21 0.02 0.01 0.24 0.20 0.22 0.21
C2 0.02 0.00 0.18 0.20 0.02 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.17 0.02 0.10 0.33 0.32 0.24 0.31
C2' 0.00 0.18 0.00 0.01 0.06 0.02 0.13 0.14 0.16 0.03 0.13 0.32 0.01 0.03 0.07 0.03 0.54 0.49 0.53 0.53
C3' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.23 0.00 0.19 0.02 0.15 0.14 0.23 0.23 0.03 0.01 0.24 0.02 0.40 0.25 0.52 0.40
C4 0.02 0.02 0.06 0.23 0.00 0.10 0.01 0.22 0.01 0.02 0.01 0.02 0.24 0.15 0.01 0.03 0.54 0.53 0.42 0.54
C4' 0.02 0.06 0.02 0.00 0.10 0.00 0.13 0.01 0.13 0.05 0.05 0.11 0.22 0.03 0.10 0.01 0.02 0.22 0.22 0.03
C5 0.02 0.01 0.13 0.19 0.01 0.13 0.00 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.12 0.01 0.08 0.63 0.58 0.54 0.62
C5' 0.05 0.11 0.14 0.02 0.22 0.01 0.27 0.00 0.24 0.13 0.15 0.12 0.11 0.14 0.24 0.02 0.01 0.36 0.42 0.03
C6 0.02 0.01 0.16 0.15 0.01 0.13 0.01 0.24 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.09 0.01 0.11 0.59 0.47 0.50 0.55
N1 0.01 0.01 0.03 0.14 0.02 0.05 0.01 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.10 0.02 0.02 0.40 0.32 0.30 0.35
N3 0.02 0.00 0.13 0.23 0.01 0.05 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.01 0.17 0.16 0.01 0.08 0.41 0.41 0.29 0.40
O2 0.04 0.00 0.32 0.23 0.02 0.11 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.26 0.25 0.02 0.16 0.25 0.26 0.23 0.24
O2' 0.02 0.14 0.01 0.03 0.24 0.22 0.32 0.11 0.30 0.15 0.17 0.26 0.00 0.07 0.26 0.13 0.54 0.57 0.57 0.57
O3' 0.21 0.17 0.03 0.01 0.15 0.03 0.12 0.14 0.09 0.10 0.16 0.25 0.07 0.00 0.16 0.15 0.25 0.18 0.49 0.31
O4 0.02 0.02 0.07 0.24 0.01 0.10 0.01 0.24 0.01 0.02 0.01 0.02 0.26 0.16 0.00 0.04 0.56 0.58 0.44 0.58
O4' 0.01 0.10 0.03 0.02 0.03 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.08 0.16 0.13 0.15 0.04 0.00 0.16 0.34 0.15 0.18
O5' 0.24 0.33 0.54 0.40 0.54 0.02 0.63 0.01 0.59 0.40 0.41 0.25 0.54 0.25 0.56 0.16 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.20 0.32 0.49 0.25 0.53 0.22 0.58 0.36 0.47 0.32 0.41 0.26 0.57 0.18 0.58 0.34 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.24 0.53 0.52 0.42 0.22 0.54 0.42 0.50 0.30 0.29 0.23 0.57 0.49 0.44 0.15 0.03 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.31 0.53 0.40 0.54 0.03 0.62 0.03 0.55 0.35 0.40 0.24 0.57 0.31 0.58 0.18 0.01 0.01 0.01 0.00