ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48711

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 4, 3, 5, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.010, 0.016, 0.021, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.010, 0.018, 0.025, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.018 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.008, 0.017, 0.025, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.013, 0.027, 0.040, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.027 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.028, 0.048, 0.068, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.048 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.026, 0.057, 0.088, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.057 std_dev=0.031
P B 0, 0.376, 0.559, 0.742, 0.833 max_d=0.833 avg_d=0.559 std_dev=0.183
O4' A 0, -0.038, 0.154, 0.347, 0.872 max_d=0.872 avg_d=0.154 std_dev=0.193
C2' A 0, -0.043, 0.159, 0.362, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.159 std_dev=0.203
C4' A 0, 0.127, 0.359, 0.590, 1.151 max_d=1.151 avg_d=0.359 std_dev=0.232
OP2 B 0, 0.240, 0.511, 0.781, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.511 std_dev=0.270
C3' A 0, 0.217, 0.488, 0.758, 1.454 max_d=1.454 avg_d=0.488 std_dev=0.270
O2' A 0, -0.010, 0.332, 0.673, 1.399 max_d=1.399 avg_d=0.332 std_dev=0.342
OP1 A 0, 0.065, 0.431, 0.797, 1.670 max_d=1.670 avg_d=0.431 std_dev=0.366
P A 0, 0.048, 0.423, 0.799, 1.702 max_d=1.702 avg_d=0.423 std_dev=0.376
O3' A 0, 0.776, 1.154, 1.531, 2.166 max_d=2.166 avg_d=1.154 std_dev=0.377
C3' B 0, 0.110, 0.520, 0.931, 1.797 max_d=1.797 avg_d=0.520 std_dev=0.411
C2' B 0, 0.116, 0.552, 0.987, 1.746 max_d=1.746 avg_d=0.552 std_dev=0.436
O4' B 0, 0.480, 0.934, 1.388, 2.361 max_d=2.361 avg_d=0.934 std_dev=0.454
O5' B 0, 0.732, 1.196, 1.660, 2.398 max_d=2.398 avg_d=1.196 std_dev=0.464
C1' B 0, 0.249, 0.713, 1.178, 2.130 max_d=2.130 avg_d=0.713 std_dev=0.465
OP1 B 0, 0.467, 0.962, 1.456, 2.449 max_d=2.449 avg_d=0.962 std_dev=0.494
C4' B 0, 0.126, 0.625, 1.124, 2.277 max_d=2.277 avg_d=0.625 std_dev=0.499
C5' A 0, 0.057, 0.563, 1.069, 2.346 max_d=2.346 avg_d=0.563 std_dev=0.506
O5' A 0, 0.228, 0.740, 1.251, 2.513 max_d=2.513 avg_d=0.740 std_dev=0.511
N1 B 0, 0.207, 0.721, 1.234, 2.112 max_d=2.112 avg_d=0.721 std_dev=0.514
OP2 A 0, -0.060, 0.458, 0.976, 2.223 max_d=2.223 avg_d=0.458 std_dev=0.518
C5' B 0, 0.248, 0.790, 1.331, 2.300 max_d=2.300 avg_d=0.790 std_dev=0.542
O2' B 0, 0.046, 0.614, 1.181, 2.005 max_d=2.005 avg_d=0.614 std_dev=0.567
C6 B 0, 0.472, 1.043, 1.613, 2.144 max_d=2.144 avg_d=1.043 std_dev=0.570
C5 B 0, 0.518, 1.141, 1.764, 2.169 max_d=2.169 avg_d=1.141 std_dev=0.623
O3' B 0, 0.045, 0.677, 1.309, 2.807 max_d=2.807 avg_d=0.677 std_dev=0.632
C4 B 0, 0.259, 0.925, 1.591, 2.641 max_d=2.641 avg_d=0.925 std_dev=0.666
C2 B 0, 0.084, 0.764, 1.443, 2.685 max_d=2.685 avg_d=0.764 std_dev=0.679
O4 B 0, 0.230, 0.994, 1.759, 3.031 max_d=3.031 avg_d=0.994 std_dev=0.764
N3 B 0, 0.051, 0.821, 1.591, 2.800 max_d=2.800 avg_d=0.821 std_dev=0.770
O2 B 0, 0.280, 1.066, 1.851, 3.221 max_d=3.221 avg_d=1.066 std_dev=0.785

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.13 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.16 0.03 0.00 0.19 0.19 0.20 0.13
C2 0.02 0.00 0.06 0.04 0.01 0.04 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.15 0.01 0.07 0.28 0.17 0.25 0.12
C2' 0.01 0.06 0.00 0.00 0.04 0.02 0.09 0.18 0.10 0.02 0.04 0.12 0.00 0.02 0.05 0.02 0.14 0.13 0.23 0.09
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.05 0.05 0.08 0.01 0.00 0.09 0.01 0.03 0.18 0.26 0.10
C4 0.03 0.01 0.04 0.09 0.00 0.09 0.01 0.37 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.06 0.00 0.04 0.38 0.17 0.31 0.14
C4' 0.01 0.04 0.02 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.06 0.06 0.04 0.07 0.01 0.10 0.00 0.02 0.21 0.21 0.06
C5 0.02 0.01 0.09 0.13 0.01 0.12 0.00 0.40 0.00 0.01 0.01 0.01 0.15 0.07 0.01 0.04 0.41 0.17 0.34 0.14
C5' 0.13 0.25 0.18 0.01 0.37 0.01 0.40 0.00 0.37 0.27 0.30 0.18 0.11 0.12 0.38 0.02 0.00 0.32 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.10 0.13 0.01 0.11 0.00 0.37 0.00 0.01 0.01 0.02 0.14 0.08 0.01 0.05 0.37 0.18 0.32 0.12
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.01 0.06 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.10 0.02 0.02 0.28 0.18 0.26 0.11
N3 0.02 0.00 0.04 0.05 0.00 0.06 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.12 0.01 0.06 0.33 0.17 0.28 0.12
O2 0.03 0.00 0.12 0.08 0.01 0.04 0.01 0.18 0.02 0.02 0.00 0.00 0.22 0.23 0.01 0.11 0.24 0.17 0.22 0.13
O2' 0.01 0.15 0.00 0.01 0.15 0.07 0.15 0.11 0.14 0.08 0.15 0.22 0.00 0.03 0.16 0.03 0.13 0.18 0.25 0.10
O3' 0.16 0.15 0.02 0.00 0.06 0.01 0.07 0.12 0.08 0.10 0.12 0.23 0.03 0.00 0.05 0.17 0.07 0.34 0.41 0.24
O4 0.03 0.01 0.05 0.09 0.00 0.10 0.01 0.38 0.01 0.02 0.01 0.01 0.16 0.05 0.00 0.05 0.40 0.17 0.32 0.15
O4' 0.00 0.07 0.02 0.01 0.04 0.00 0.04 0.02 0.05 0.02 0.06 0.11 0.03 0.17 0.05 0.00 0.24 0.38 0.14 0.26
O5' 0.19 0.28 0.14 0.03 0.38 0.02 0.41 0.00 0.37 0.28 0.33 0.24 0.13 0.07 0.40 0.24 0.00 0.02 0.01 0.00
OP1 0.19 0.17 0.13 0.18 0.17 0.21 0.17 0.32 0.18 0.18 0.17 0.17 0.18 0.34 0.17 0.38 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.20 0.25 0.23 0.26 0.31 0.21 0.34 0.27 0.32 0.26 0.28 0.22 0.25 0.41 0.32 0.14 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.13 0.12 0.09 0.10 0.14 0.06 0.14 0.01 0.12 0.11 0.12 0.13 0.10 0.24 0.15 0.26 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.28 0.44 0.28 0.31 0.39 0.32 0.49 0.34 0.48 0.32 0.44 0.63 0.25 0.50 0.39 0.30 0.37 0.39 0.10 0.11
C2 0.22 0.39 0.20 0.28 0.32 0.28 0.45 0.32 0.43 0.24 0.39 0.60 0.21 0.48 0.34 0.27 0.37 0.34 0.08 0.13
C2' 0.18 0.29 0.18 0.25 0.22 0.31 0.32 0.38 0.32 0.17 0.28 0.48 0.19 0.40 0.22 0.25 0.44 0.32 0.11 0.18
C3' 0.16 0.35 0.21 0.11 0.27 0.15 0.35 0.18 0.35 0.22 0.34 0.54 0.24 0.27 0.27 0.13 0.25 0.51 0.21 0.14
C4 0.20 0.33 0.18 0.24 0.30 0.22 0.40 0.26 0.37 0.21 0.33 0.49 0.26 0.43 0.33 0.25 0.32 0.30 0.13 0.14
C4' 0.16 0.38 0.21 0.15 0.27 0.18 0.39 0.20 0.39 0.22 0.36 0.61 0.23 0.28 0.26 0.16 0.28 0.40 0.12 0.13
C5 0.22 0.34 0.20 0.25 0.33 0.22 0.42 0.26 0.39 0.25 0.35 0.48 0.25 0.41 0.35 0.26 0.32 0.34 0.07 0.12
C5' 0.13 0.34 0.21 0.22 0.22 0.17 0.30 0.25 0.32 0.19 0.32 0.56 0.22 0.18 0.21 0.15 0.40 0.47 0.22 0.38
C6 0.25 0.37 0.23 0.28 0.34 0.26 0.44 0.29 0.43 0.28 0.37 0.53 0.23 0.44 0.36 0.28 0.35 0.38 0.08 0.11
N1 0.24 0.40 0.23 0.29 0.35 0.29 0.46 0.32 0.44 0.27 0.40 0.59 0.21 0.48 0.35 0.28 0.37 0.37 0.07 0.12
N3 0.20 0.36 0.18 0.27 0.30 0.25 0.42 0.29 0.40 0.21 0.36 0.55 0.23 0.47 0.32 0.26 0.35 0.31 0.12 0.14
O2 0.21 0.41 0.20 0.29 0.33 0.29 0.47 0.33 0.45 0.24 0.41 0.64 0.20 0.49 0.34 0.27 0.37 0.34 0.08 0.13
O2' 0.18 0.32 0.18 0.26 0.26 0.33 0.34 0.44 0.33 0.18 0.32 0.50 0.18 0.39 0.27 0.25 0.52 0.25 0.24 0.28
O3' 0.22 0.42 0.28 0.15 0.31 0.16 0.41 0.17 0.41 0.28 0.39 0.64 0.32 0.27 0.29 0.17 0.22 0.53 0.28 0.15
O4 0.19 0.30 0.19 0.23 0.29 0.19 0.38 0.23 0.34 0.19 0.31 0.45 0.29 0.42 0.33 0.24 0.28 0.26 0.19 0.15
O4' 0.35 0.51 0.36 0.37 0.44 0.39 0.55 0.36 0.55 0.39 0.50 0.72 0.30 0.56 0.43 0.37 0.36 0.44 0.27 0.16
O5' 0.18 0.36 0.30 0.16 0.35 0.12 0.35 0.20 0.33 0.28 0.37 0.45 0.27 0.02 0.35 0.09 0.10 0.67 0.42 0.35
OP1 0.45 0.52 0.51 0.18 0.48 0.27 0.43 0.25 0.42 0.46 0.52 0.56 0.76 0.02 0.49 0.31 0.23 0.52 0.34 0.16
OP2 0.19 0.17 0.11 0.26 0.16 0.33 0.21 0.36 0.21 0.16 0.15 0.24 0.12 0.02 0.16 0.29 0.55 0.46 0.26 0.37
P 0.11 0.18 0.18 0.03 0.13 0.14 0.12 0.17 0.12 0.11 0.17 0.25 0.31 0.01 0.13 0.11 0.20 0.52 0.28 0.16

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.14 0.01 0.01 0.03 0.05 0.01 0.19 0.04 0.00 0.19 0.19 0.48 0.20
C2 0.03 0.00 0.18 0.08 0.03 0.14 0.02 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.24 0.05 0.21 0.20 0.32 0.66 0.25
C2' 0.01 0.18 0.00 0.00 0.05 0.02 0.14 0.19 0.19 0.03 0.13 0.31 0.00 0.04 0.06 0.02 0.16 0.23 0.32 0.16
C3' 0.02 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.10 0.02 0.11 0.03 0.06 0.15 0.01 0.01 0.05 0.01 0.07 0.34 0.33 0.16
C4 0.03 0.03 0.05 0.05 0.00 0.10 0.00 0.38 0.00 0.02 0.01 0.04 0.18 0.12 0.01 0.03 0.23 0.50 0.70 0.33
C4' 0.01 0.14 0.02 0.00 0.10 0.00 0.20 0.01 0.23 0.06 0.11 0.25 0.07 0.02 0.10 0.00 0.02 0.22 0.26 0.06
C5 0.01 0.02 0.14 0.10 0.00 0.20 0.00 0.48 0.00 0.01 0.01 0.02 0.29 0.03 0.01 0.17 0.34 0.56 0.70 0.41
C5' 0.14 0.29 0.19 0.02 0.38 0.01 0.48 0.00 0.47 0.27 0.33 0.34 0.10 0.14 0.39 0.02 0.01 0.31 0.18 0.02
C6 0.01 0.01 0.19 0.11 0.00 0.23 0.00 0.47 0.00 0.01 0.01 0.01 0.32 0.05 0.00 0.22 0.36 0.48 0.64 0.38
N1 0.01 0.01 0.03 0.03 0.02 0.06 0.01 0.27 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.14 0.03 0.01 0.22 0.30 0.57 0.24
N3 0.03 0.01 0.13 0.06 0.01 0.11 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.02 0.26 0.21 0.04 0.14 0.19 0.42 0.70 0.29
O2 0.05 0.01 0.31 0.15 0.04 0.25 0.02 0.34 0.01 0.01 0.02 0.00 0.58 0.35 0.06 0.37 0.26 0.29 0.70 0.29
O2' 0.01 0.32 0.00 0.01 0.18 0.07 0.29 0.10 0.32 0.09 0.26 0.58 0.00 0.05 0.20 0.04 0.15 0.26 0.31 0.17
O3' 0.19 0.24 0.04 0.01 0.12 0.02 0.03 0.14 0.05 0.14 0.21 0.35 0.05 0.00 0.13 0.18 0.15 0.61 0.53 0.35
O4 0.04 0.05 0.06 0.05 0.01 0.10 0.01 0.39 0.00 0.03 0.04 0.06 0.20 0.13 0.00 0.05 0.23 0.56 0.73 0.36
O4' 0.00 0.21 0.02 0.01 0.03 0.00 0.17 0.02 0.22 0.01 0.14 0.37 0.04 0.18 0.05 0.00 0.22 0.10 0.52 0.24
O5' 0.19 0.20 0.16 0.07 0.23 0.02 0.34 0.01 0.36 0.22 0.19 0.26 0.15 0.15 0.23 0.22 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.19 0.32 0.23 0.34 0.50 0.22 0.56 0.31 0.48 0.30 0.42 0.29 0.26 0.61 0.56 0.10 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.48 0.66 0.32 0.33 0.70 0.26 0.70 0.18 0.64 0.57 0.70 0.70 0.31 0.53 0.73 0.52 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.25 0.16 0.16 0.33 0.06 0.41 0.02 0.38 0.24 0.29 0.29 0.17 0.35 0.36 0.24 0.01 0.01 0.01 0.00