ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48712

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 4, 3, 3, 3, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N1 A 0, 0.010, 0.018, 0.027, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.014, 0.023, 0.032, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.023 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.012, 0.021, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.021 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.013, 0.022, 0.032, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.016, 0.026, 0.035, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.026 std_dev=0.010
C5 A 0, 0.004, 0.017, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.031, 0.057, 0.083, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.057 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.039, 0.081, 0.123, 0.222 max_d=0.222 avg_d=0.081 std_dev=0.042
OP1 B 0, 0.527, 0.778, 1.030, 1.119 max_d=1.119 avg_d=0.778 std_dev=0.252
O4' A 0, 0.731, 1.017, 1.304, 1.343 max_d=1.343 avg_d=1.017 std_dev=0.287
P B 0, 0.541, 0.836, 1.130, 1.426 max_d=1.426 avg_d=0.836 std_dev=0.295
C2' A 0, 0.774, 1.079, 1.383, 1.454 max_d=1.454 avg_d=1.079 std_dev=0.305
O2' A 0, 0.848, 1.188, 1.527, 1.630 max_d=1.630 avg_d=1.188 std_dev=0.340
OP2 B 0, 0.525, 0.918, 1.312, 1.568 max_d=1.568 avg_d=0.918 std_dev=0.394
C4' A 0, 1.090, 1.517, 1.944, 2.047 max_d=2.047 avg_d=1.517 std_dev=0.427
C3' A 0, 1.211, 1.682, 2.154, 2.263 max_d=2.263 avg_d=1.682 std_dev=0.472
O5' B 0, 1.566, 2.185, 2.805, 3.228 max_d=3.228 avg_d=2.185 std_dev=0.620
O3' A 0, 1.686, 2.362, 3.038, 3.218 max_d=3.218 avg_d=2.362 std_dev=0.676
C5' A 0, 1.903, 2.639, 3.375, 3.511 max_d=3.511 avg_d=2.639 std_dev=0.736
OP2 A 0, 1.939, 2.733, 3.528, 4.381 max_d=4.381 avg_d=2.733 std_dev=0.795
O5' A 0, 2.235, 3.061, 3.886, 4.288 max_d=4.288 avg_d=3.061 std_dev=0.825
C3' B 0, 2.344, 3.234, 4.124, 4.724 max_d=4.724 avg_d=3.234 std_dev=0.890
C5' B 0, 1.667, 2.574, 3.481, 4.275 max_d=4.275 avg_d=2.574 std_dev=0.907
P A 0, 2.595, 3.515, 4.435, 4.482 max_d=4.482 avg_d=3.515 std_dev=0.920
O3' B 0, 2.739, 3.672, 4.606, 4.214 max_d=4.214 avg_d=3.672 std_dev=0.934
C4' B 0, 2.798, 3.854, 4.911, 5.211 max_d=5.211 avg_d=3.854 std_dev=1.057
OP1 A 0, 3.536, 4.772, 6.009, 6.300 max_d=6.300 avg_d=4.772 std_dev=1.236
C2' B 0, 2.830, 4.132, 5.435, 7.308 max_d=7.308 avg_d=4.132 std_dev=1.302
O4' B 0, 3.855, 5.340, 6.824, 7.793 max_d=7.793 avg_d=5.340 std_dev=1.484
O2' B 0, 3.361, 4.876, 6.391, 8.124 max_d=8.124 avg_d=4.876 std_dev=1.515
C1' B 0, 4.287, 5.969, 7.651, 9.017 max_d=9.017 avg_d=5.969 std_dev=1.682
N1 B 0, 5.040, 7.175, 9.310, 10.810 max_d=10.810 avg_d=7.175 std_dev=2.135
C6 B 0, 6.039, 8.528, 11.017, 10.304 max_d=10.304 avg_d=8.528 std_dev=2.489
C2 B 0, 4.867, 7.498, 10.129, 13.252 max_d=13.252 avg_d=7.498 std_dev=2.631
O2 B 0, 3.949, 6.751, 9.553, 13.913 max_d=13.913 avg_d=6.751 std_dev=2.802
C5 B 0, 7.268, 10.246, 13.223, 12.397 max_d=12.397 avg_d=10.246 std_dev=2.977
N3 B 0, 6.053, 9.209, 12.365, 14.934 max_d=14.934 avg_d=9.209 std_dev=3.156
C4 B 0, 7.430, 10.685, 13.940, 14.411 max_d=14.411 avg_d=10.685 std_dev=3.255
O4 B 0, 8.615, 12.417, 16.220, 16.178 max_d=16.178 avg_d=12.417 std_dev=3.803

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.05 0.02 0.02 0.02 0.00 0.18 0.13 0.17 0.15
C2 0.02 0.00 0.08 0.09 0.01 0.04 0.02 0.10 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.11 0.02 0.02 0.27 0.17 0.21 0.24
C2' 0.01 0.08 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.05 0.02 0.07 0.14 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.15 0.25 0.11
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.02 0.08 0.04 0.08 0.15 0.02 0.01 0.08 0.01 0.09 0.21 0.31 0.17
C4 0.02 0.01 0.05 0.07 0.00 0.07 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.02 0.05 0.09 0.01 0.02 0.32 0.25 0.24 0.30
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.00 0.09 0.01 0.08 0.04 0.05 0.07 0.04 0.02 0.08 0.00 0.02 0.09 0.24 0.06
C5 0.02 0.02 0.05 0.08 0.01 0.09 0.00 0.18 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.09 0.01 0.03 0.32 0.26 0.22 0.29
C5' 0.03 0.10 0.02 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.16 0.10 0.13 0.10 0.04 0.02 0.18 0.01 0.01 0.19 0.26 0.02
C6 0.01 0.02 0.05 0.08 0.01 0.08 0.01 0.16 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.08 0.02 0.03 0.30 0.22 0.18 0.25
N1 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.10 0.01 0.00 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.01 0.26 0.17 0.18 0.22
N3 0.02 0.01 0.07 0.08 0.01 0.05 0.02 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01 0.07 0.11 0.01 0.02 0.30 0.21 0.23 0.28
O2 0.05 0.01 0.14 0.15 0.02 0.07 0.03 0.10 0.03 0.03 0.01 0.00 0.13 0.17 0.02 0.05 0.25 0.15 0.22 0.23
O2' 0.02 0.08 0.01 0.02 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.07 0.13 0.00 0.06 0.06 0.05 0.06 0.19 0.26 0.13
O3' 0.02 0.11 0.03 0.01 0.09 0.02 0.09 0.02 0.08 0.04 0.11 0.17 0.06 0.00 0.10 0.03 0.22 0.37 0.37 0.29
O4 0.02 0.02 0.06 0.08 0.01 0.08 0.01 0.18 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.10 0.00 0.02 0.33 0.27 0.26 0.31
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02 0.00 0.21 0.23 0.13 0.19
O5' 0.18 0.27 0.07 0.09 0.32 0.02 0.32 0.01 0.30 0.26 0.30 0.25 0.06 0.22 0.33 0.21 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.13 0.17 0.15 0.21 0.25 0.09 0.26 0.19 0.22 0.17 0.21 0.15 0.19 0.37 0.27 0.23 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.21 0.25 0.31 0.24 0.24 0.22 0.26 0.18 0.18 0.23 0.22 0.26 0.37 0.26 0.13 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.15 0.24 0.11 0.17 0.30 0.06 0.29 0.02 0.25 0.22 0.28 0.23 0.13 0.29 0.31 0.19 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.66 1.34 0.99 0.76 1.22 0.28 0.80 0.29 0.65 0.82 1.50 1.67 1.44 0.85 1.40 0.32 0.42 0.14 0.38 0.17
C2 0.58 1.39 0.84 0.73 1.38 0.31 0.98 0.26 0.76 0.81 1.63 1.75 1.21 0.90 1.62 0.35 0.48 0.16 0.32 0.20
C2' 0.52 1.14 0.89 0.70 1.02 0.19 0.59 0.35 0.45 0.64 1.29 1.47 1.37 0.82 1.19 0.19 0.37 0.14 0.44 0.20
C3' 0.39 0.93 0.76 0.63 0.75 0.16 0.36 0.44 0.27 0.46 1.03 1.25 1.23 0.77 0.89 0.14 0.30 0.17 0.52 0.25
C4 0.47 1.25 0.64 0.65 1.34 0.33 1.13 0.28 0.93 0.75 1.49 1.61 0.87 0.87 1.56 0.38 0.50 0.18 0.29 0.21
C4' 0.52 0.99 0.85 0.63 0.83 0.15 0.51 0.38 0.45 0.59 1.07 1.28 1.34 0.71 0.93 0.15 0.30 0.17 0.49 0.23
C5 0.46 1.18 0.66 0.67 1.17 0.32 0.97 0.29 0.82 0.70 1.35 1.54 0.88 0.87 1.34 0.35 0.48 0.14 0.35 0.19
C5' 0.42 0.76 0.71 0.56 0.57 0.19 0.40 0.49 0.40 0.45 0.79 1.05 1.15 0.67 0.64 0.16 0.29 0.26 0.56 0.34
C6 0.53 1.23 0.80 0.72 1.12 0.30 0.80 0.30 0.66 0.71 1.37 1.61 1.10 0.90 1.28 0.32 0.45 0.14 0.38 0.18
N1 0.59 1.33 0.88 0.74 1.25 0.29 0.85 0.28 0.67 0.78 1.52 1.70 1.26 0.90 1.44 0.33 0.46 0.15 0.36 0.19
N3 0.52 1.36 0.73 0.69 1.42 0.32 1.11 0.27 0.87 0.79 1.62 1.72 1.04 0.90 1.67 0.37 0.49 0.17 0.29 0.21
O2 0.62 1.45 0.90 0.74 1.46 0.31 1.00 0.26 0.77 0.85 1.71 1.80 1.30 0.89 1.72 0.36 0.48 0.16 0.32 0.20
O2' 0.58 1.16 0.95 0.69 1.08 0.17 0.68 0.32 0.56 0.71 1.33 1.44 1.48 0.75 1.26 0.20 0.37 0.14 0.43 0.18
O3' 0.32 0.78 0.69 0.56 0.62 0.18 0.32 0.49 0.30 0.36 0.87 1.09 1.17 0.70 0.75 0.19 0.29 0.21 0.53 0.27
O4 0.45 1.19 0.55 0.61 1.39 0.35 1.28 0.29 1.07 0.76 1.46 1.53 0.73 0.83 1.63 0.41 0.49 0.21 0.25 0.23
O4' 0.71 1.31 1.02 0.76 1.16 0.27 0.77 0.31 0.65 0.85 1.42 1.62 1.48 0.81 1.29 0.35 0.38 0.14 0.40 0.16
O5' 0.42 0.72 0.76 0.73 0.51 0.21 0.29 0.39 0.30 0.40 0.74 1.00 1.06 0.84 0.58 0.12 0.45 0.35 0.48 0.36
OP1 0.60 0.47 0.79 0.75 0.35 0.38 0.55 0.37 0.63 0.46 0.40 0.73 1.14 1.07 0.34 0.40 0.37 0.47 0.20 0.23
OP2 0.21 0.36 0.40 0.55 0.28 0.19 0.31 0.40 0.28 0.08 0.37 0.64 0.62 0.82 0.34 0.14 0.45 0.43 0.49 0.41
P 0.38 0.35 0.65 0.71 0.10 0.21 0.22 0.32 0.31 0.21 0.31 0.63 0.91 1.00 0.14 0.12 0.36 0.37 0.29 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.04 0.09 0.02 0.31 0.03 0.00 0.36 0.48 0.45 0.41
C2 0.05 0.00 0.18 0.35 0.02 0.32 0.02 0.53 0.01 0.01 0.01 0.01 0.23 0.20 0.03 0.25 0.60 0.56 0.80 0.70
C2' 0.01 0.18 0.00 0.01 0.07 0.02 0.16 0.16 0.20 0.04 0.13 0.33 0.01 0.04 0.08 0.04 0.36 0.61 0.33 0.41
C3' 0.03 0.35 0.01 0.00 0.19 0.01 0.17 0.03 0.20 0.10 0.32 0.58 0.02 0.01 0.21 0.01 0.28 0.45 0.13 0.26
C4 0.03 0.02 0.07 0.19 0.00 0.09 0.01 0.18 0.01 0.02 0.01 0.01 0.33 0.17 0.01 0.03 0.83 1.03 1.16 1.04
C4' 0.01 0.32 0.02 0.01 0.09 0.00 0.21 0.01 0.28 0.06 0.26 0.59 0.18 0.02 0.10 0.01 0.02 0.32 0.18 0.05
C5 0.02 0.02 0.16 0.17 0.01 0.21 0.00 0.47 0.00 0.02 0.02 0.02 0.35 0.31 0.02 0.16 1.06 1.44 1.41 1.33
C5' 0.04 0.53 0.16 0.03 0.18 0.01 0.47 0.00 0.55 0.11 0.45 1.02 0.05 0.16 0.20 0.02 0.01 0.36 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.20 0.20 0.01 0.28 0.00 0.55 0.00 0.01 0.02 0.02 0.31 0.38 0.02 0.22 1.04 1.37 1.28 1.26
N1 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.06 0.02 0.11 0.01 0.00 0.01 0.03 0.20 0.23 0.03 0.01 0.61 0.73 0.77 0.71
N3 0.04 0.01 0.13 0.32 0.01 0.26 0.02 0.45 0.02 0.01 0.00 0.01 0.28 0.18 0.03 0.18 0.69 0.70 0.97 0.84
O2 0.09 0.01 0.33 0.58 0.01 0.59 0.02 1.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.27 0.38 0.03 0.45 0.83 0.81 0.99 0.94
O2' 0.02 0.23 0.01 0.02 0.33 0.18 0.35 0.05 0.31 0.20 0.28 0.27 0.00 0.08 0.35 0.12 0.30 0.59 0.30 0.38
O3' 0.31 0.20 0.04 0.01 0.17 0.02 0.31 0.16 0.38 0.23 0.18 0.38 0.08 0.00 0.16 0.20 0.26 0.38 0.14 0.20
O4 0.03 0.03 0.08 0.21 0.01 0.10 0.02 0.20 0.02 0.03 0.03 0.03 0.35 0.16 0.00 0.04 0.86 1.07 1.26 1.11
O4' 0.00 0.25 0.04 0.01 0.03 0.01 0.16 0.02 0.22 0.01 0.18 0.45 0.12 0.20 0.04 0.00 0.41 0.37 0.47 0.37
O5' 0.36 0.60 0.36 0.28 0.83 0.02 1.06 0.01 1.04 0.61 0.69 0.83 0.30 0.26 0.86 0.41 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.48 0.56 0.61 0.45 1.03 0.32 1.44 0.36 1.37 0.73 0.70 0.81 0.59 0.38 1.07 0.37 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.45 0.80 0.33 0.13 1.16 0.18 1.41 0.39 1.28 0.77 0.97 0.99 0.30 0.14 1.26 0.47 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.41 0.70 0.41 0.26 1.04 0.05 1.33 0.02 1.26 0.71 0.84 0.94 0.38 0.20 1.11 0.37 0.01 0.01 0.01 0.00