ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48713

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 3, 4, 3, 2, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.008 std_dev=0.004
C4 A 0, 0.005, 0.010, 0.016, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C2 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5 A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.002, 0.009, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.016, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C1' A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.013 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.015, 0.029, 0.044, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.029 std_dev=0.014
O4 A 0, 0.029, 0.069, 0.109, 0.146 max_d=0.146 avg_d=0.069 std_dev=0.040
P B 0, 0.233, 0.443, 0.653, 0.904 max_d=0.904 avg_d=0.443 std_dev=0.210
C2' A 0, 0.010, 0.242, 0.474, 0.898 max_d=0.898 avg_d=0.242 std_dev=0.232
O4' A 0, -0.020, 0.225, 0.469, 0.915 max_d=0.915 avg_d=0.225 std_dev=0.244
OP2 B 0, 0.201, 0.541, 0.880, 1.468 max_d=1.468 avg_d=0.541 std_dev=0.340
O5' A 0, 0.199, 0.569, 0.939, 1.699 max_d=1.699 avg_d=0.569 std_dev=0.370
C4' A 0, 0.033, 0.419, 0.805, 1.515 max_d=1.515 avg_d=0.419 std_dev=0.386
P A 0, 0.273, 0.719, 1.165, 1.417 max_d=1.417 avg_d=0.719 std_dev=0.446
C5' A 0, 0.080, 0.533, 0.986, 1.806 max_d=1.806 avg_d=0.533 std_dev=0.453
O2' A 0, 0.092, 0.549, 1.007, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.549 std_dev=0.458
C3' B 0, 0.291, 0.775, 1.259, 1.581 max_d=1.581 avg_d=0.775 std_dev=0.484
OP1 B 0, 0.246, 0.766, 1.286, 2.073 max_d=2.073 avg_d=0.766 std_dev=0.520
C4' B 0, 0.387, 0.947, 1.507, 2.044 max_d=2.044 avg_d=0.947 std_dev=0.560
C3' A 0, -0.054, 0.508, 1.070, 1.701 max_d=1.701 avg_d=0.508 std_dev=0.562
OP1 A 0, 0.289, 0.867, 1.446, 1.974 max_d=1.974 avg_d=0.867 std_dev=0.578
O5' B 0, 0.304, 0.891, 1.478, 2.063 max_d=2.063 avg_d=0.891 std_dev=0.587
C2' B 0, 0.204, 0.812, 1.421, 1.840 max_d=1.840 avg_d=0.812 std_dev=0.609
O4' B 0, 0.338, 1.004, 1.669, 2.362 max_d=2.362 avg_d=1.004 std_dev=0.666
O3' B 0, 0.151, 0.817, 1.483, 2.117 max_d=2.117 avg_d=0.817 std_dev=0.666
C1' B 0, 0.220, 0.915, 1.610, 2.250 max_d=2.250 avg_d=0.915 std_dev=0.695
OP2 A 0, 0.307, 1.017, 1.726, 2.177 max_d=2.177 avg_d=1.017 std_dev=0.709
C5' B 0, 0.492, 1.205, 1.917, 2.498 max_d=2.498 avg_d=1.205 std_dev=0.713
O2' B 0, 0.285, 1.010, 1.734, 2.303 max_d=2.303 avg_d=1.010 std_dev=0.725
N1 B 0, 0.200, 1.078, 1.956, 3.005 max_d=3.005 avg_d=1.078 std_dev=0.878
C6 B 0, 0.099, 1.157, 2.214, 3.480 max_d=3.480 avg_d=1.157 std_dev=1.057
O3' A 0, -0.204, 0.869, 1.943, 2.810 max_d=2.810 avg_d=0.869 std_dev=1.074
C2 B 0, 0.289, 1.452, 2.615, 3.671 max_d=3.671 avg_d=1.452 std_dev=1.163
C4 B 0, 0.264, 1.492, 2.719, 4.862 max_d=4.862 avg_d=1.492 std_dev=1.227
C5 B 0, 0.145, 1.381, 2.618, 4.360 max_d=4.360 avg_d=1.381 std_dev=1.236
N3 B 0, 0.285, 1.572, 2.858, 4.514 max_d=4.514 avg_d=1.572 std_dev=1.287
O2 B 0, 0.605, 1.923, 3.242, 4.305 max_d=4.305 avg_d=1.923 std_dev=1.318
O4 B 0, 0.372, 1.723, 3.073, 5.572 max_d=5.572 avg_d=1.723 std_dev=1.351

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.26 0.02 0.01 0.20 0.26 0.45 0.25
C2 0.02 0.00 0.13 0.22 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.14 0.02 0.06 0.21 0.25 0.35 0.26
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.04 0.02 0.08 0.17 0.11 0.02 0.10 0.22 0.01 0.03 0.05 0.02 0.43 0.61 0.84 0.59
C3' 0.01 0.22 0.01 0.00 0.34 0.00 0.35 0.03 0.30 0.21 0.29 0.17 0.02 0.01 0.37 0.02 0.22 0.41 0.47 0.30
C4 0.02 0.01 0.04 0.34 0.00 0.11 0.00 0.15 0.01 0.01 0.01 0.01 0.32 0.16 0.00 0.05 0.28 0.35 0.41 0.36
C4' 0.01 0.06 0.02 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.07 0.08 0.06 0.30 0.02 0.12 0.00 0.03 0.17 0.29 0.10
C5 0.02 0.01 0.08 0.35 0.00 0.13 0.00 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.21 0.01 0.06 0.29 0.37 0.41 0.37
C5' 0.07 0.07 0.17 0.03 0.15 0.01 0.18 0.00 0.16 0.08 0.10 0.07 0.13 0.21 0.16 0.02 0.01 0.11 0.22 0.03
C6 0.02 0.01 0.11 0.30 0.01 0.12 0.01 0.16 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.15 0.01 0.06 0.27 0.28 0.30 0.28
N1 0.01 0.01 0.02 0.21 0.01 0.07 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.19 0.07 0.01 0.03 0.21 0.23 0.33 0.24
N3 0.02 0.00 0.10 0.29 0.01 0.08 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.10 0.01 0.06 0.24 0.28 0.35 0.31
O2 0.02 0.01 0.22 0.17 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.29 0.29 0.03 0.08 0.19 0.26 0.41 0.27
O2' 0.02 0.27 0.01 0.02 0.32 0.30 0.28 0.13 0.23 0.19 0.31 0.29 0.00 0.05 0.34 0.21 0.35 0.56 0.97 0.57
O3' 0.26 0.14 0.03 0.01 0.16 0.02 0.21 0.21 0.15 0.07 0.10 0.29 0.05 0.00 0.19 0.19 0.33 0.37 0.50 0.34
O4 0.02 0.02 0.05 0.37 0.00 0.12 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.03 0.34 0.19 0.00 0.05 0.29 0.40 0.48 0.40
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.05 0.00 0.06 0.02 0.06 0.03 0.06 0.08 0.21 0.19 0.05 0.00 0.11 0.13 0.33 0.18
O5' 0.20 0.21 0.43 0.22 0.28 0.03 0.29 0.01 0.27 0.21 0.24 0.19 0.35 0.33 0.29 0.11 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.26 0.25 0.61 0.41 0.35 0.17 0.37 0.11 0.28 0.23 0.28 0.26 0.56 0.37 0.40 0.13 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.45 0.35 0.84 0.47 0.41 0.29 0.41 0.22 0.30 0.33 0.35 0.41 0.97 0.50 0.48 0.33 0.03 0.02 0.00 0.02
P 0.25 0.26 0.59 0.30 0.36 0.10 0.37 0.03 0.28 0.24 0.31 0.27 0.57 0.34 0.40 0.18 0.01 0.01 0.02 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.22 0.45 0.25 0.24 0.28 0.36 0.39 0.66 0.40 0.26 0.41 0.70 0.48 0.39 0.28 0.27 0.57 0.21 0.16 0.14
C2 0.18 0.41 0.27 0.21 0.22 0.35 0.30 0.68 0.29 0.18 0.38 0.64 0.60 0.51 0.25 0.27 0.57 0.15 0.19 0.16
C2' 0.38 0.39 0.41 0.48 0.38 0.58 0.53 0.83 0.54 0.38 0.37 0.54 0.49 0.44 0.37 0.47 0.67 0.31 0.19 0.22
C3' 0.31 0.43 0.34 0.21 0.39 0.18 0.51 0.35 0.49 0.35 0.41 0.63 0.50 0.33 0.40 0.20 0.32 0.25 0.58 0.29
C4 0.23 0.36 0.36 0.24 0.39 0.33 0.52 0.63 0.46 0.27 0.37 0.51 0.64 0.58 0.43 0.33 0.55 0.19 0.25 0.20
C4' 0.26 0.41 0.32 0.20 0.40 0.24 0.59 0.46 0.57 0.33 0.38 0.67 0.43 0.27 0.42 0.19 0.44 0.27 0.35 0.15
C5 0.21 0.31 0.33 0.24 0.33 0.33 0.47 0.64 0.44 0.24 0.31 0.47 0.60 0.57 0.36 0.32 0.57 0.16 0.17 0.16
C5' 0.33 0.44 0.44 0.25 0.53 0.22 0.70 0.40 0.67 0.42 0.45 0.63 0.61 0.22 0.55 0.20 0.42 0.34 0.40 0.20
C6 0.16 0.31 0.25 0.20 0.19 0.34 0.34 0.66 0.33 0.16 0.26 0.51 0.55 0.53 0.21 0.28 0.58 0.19 0.16 0.14
N1 0.17 0.38 0.23 0.21 0.18 0.35 0.30 0.67 0.31 0.17 0.33 0.61 0.55 0.49 0.19 0.27 0.57 0.17 0.16 0.14
N3 0.20 0.38 0.32 0.22 0.31 0.34 0.40 0.66 0.36 0.22 0.37 0.58 0.64 0.55 0.34 0.30 0.55 0.18 0.24 0.18
O2 0.20 0.46 0.27 0.21 0.25 0.36 0.28 0.68 0.28 0.21 0.44 0.71 0.60 0.48 0.28 0.27 0.56 0.15 0.19 0.16
O2' 0.38 0.53 0.41 0.45 0.42 0.58 0.49 0.90 0.50 0.40 0.52 0.73 0.58 0.46 0.43 0.44 0.74 0.44 0.34 0.36
O3' 0.31 0.45 0.30 0.17 0.35 0.19 0.51 0.29 0.49 0.32 0.39 0.71 0.45 0.39 0.36 0.23 0.30 0.28 0.60 0.31
O4 0.27 0.39 0.41 0.27 0.52 0.33 0.65 0.58 0.58 0.35 0.43 0.52 0.65 0.58 0.57 0.36 0.51 0.25 0.36 0.23
O4' 0.29 0.50 0.30 0.30 0.33 0.37 0.48 0.61 0.47 0.31 0.44 0.79 0.46 0.45 0.33 0.31 0.54 0.30 0.22 0.18
O5' 0.24 0.38 0.33 0.24 0.38 0.20 0.47 0.39 0.46 0.31 0.38 0.53 0.46 0.03 0.41 0.15 0.33 0.26 0.49 0.20
OP1 0.50 0.54 0.52 0.22 0.59 0.39 0.67 0.34 0.65 0.54 0.54 0.60 0.74 0.02 0.60 0.46 0.43 0.56 0.81 0.52
OP2 0.19 0.20 0.15 0.24 0.18 0.40 0.21 0.48 0.22 0.18 0.19 0.25 0.26 0.03 0.18 0.34 0.52 0.70 1.04 0.74
P 0.15 0.23 0.21 0.02 0.20 0.18 0.26 0.21 0.26 0.17 0.21 0.34 0.38 0.01 0.21 0.14 0.33 0.44 0.75 0.44

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.16 0.02 0.00 0.32 0.71 0.36 0.41
C2 0.01 0.00 0.17 0.09 0.01 0.14 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.00 0.34 0.22 0.01 0.21 0.41 0.90 0.50 0.60
C2' 0.01 0.17 0.00 0.00 0.05 0.02 0.14 0.10 0.18 0.02 0.13 0.30 0.00 0.05 0.06 0.02 0.43 0.56 0.53 0.49
C3' 0.02 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.09 0.03 0.10 0.03 0.07 0.16 0.02 0.01 0.05 0.02 0.20 0.30 0.51 0.28
C4 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.05 0.00 0.12 0.00 0.01 0.00 0.01 0.15 0.12 0.00 0.04 0.58 1.14 0.77 0.88
C4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.05 0.00 0.15 0.01 0.17 0.02 0.10 0.27 0.06 0.02 0.06 0.01 0.02 0.38 0.29 0.08
C5 0.01 0.01 0.14 0.09 0.00 0.15 0.00 0.27 0.00 0.01 0.01 0.01 0.30 0.08 0.01 0.17 0.77 1.33 0.93 1.06
C5' 0.04 0.21 0.10 0.03 0.12 0.01 0.27 0.00 0.29 0.08 0.16 0.40 0.05 0.11 0.12 0.02 0.01 0.24 0.25 0.03
C6 0.01 0.01 0.18 0.10 0.00 0.17 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.35 0.09 0.01 0.22 0.77 1.25 0.82 0.98
N1 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.07 0.13 0.01 0.01 0.47 0.93 0.51 0.64
N3 0.01 0.00 0.13 0.07 0.00 0.10 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.27 0.19 0.01 0.14 0.46 0.99 0.60 0.71
O2 0.02 0.00 0.30 0.16 0.01 0.27 0.01 0.40 0.01 0.01 0.01 0.00 0.62 0.32 0.02 0.38 0.54 0.93 0.58 0.66
O2' 0.03 0.34 0.00 0.02 0.15 0.06 0.30 0.05 0.35 0.07 0.27 0.62 0.00 0.06 0.17 0.04 0.39 0.50 0.57 0.47
O3' 0.16 0.22 0.05 0.01 0.12 0.02 0.08 0.11 0.09 0.13 0.19 0.32 0.06 0.00 0.12 0.12 0.32 0.35 0.65 0.36
O4 0.02 0.01 0.06 0.05 0.00 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.02 0.17 0.12 0.00 0.05 0.58 1.16 0.83 0.91
O4' 0.00 0.21 0.02 0.02 0.04 0.01 0.17 0.02 0.22 0.01 0.14 0.38 0.04 0.12 0.05 0.00 0.22 0.75 0.31 0.38
O5' 0.32 0.41 0.43 0.20 0.58 0.02 0.77 0.01 0.77 0.47 0.46 0.54 0.39 0.32 0.58 0.22 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.71 0.90 0.56 0.30 1.14 0.38 1.33 0.24 1.25 0.93 0.99 0.93 0.50 0.35 1.16 0.75 0.03 0.00 0.03 0.01
OP2 0.36 0.50 0.53 0.51 0.77 0.29 0.93 0.25 0.82 0.51 0.60 0.58 0.57 0.65 0.83 0.31 0.02 0.03 0.00 0.02
P 0.41 0.60 0.49 0.28 0.88 0.08 1.06 0.03 0.98 0.64 0.71 0.66 0.47 0.36 0.91 0.38 0.01 0.01 0.02 0.00