ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48714

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 2, 0, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.002, 0.008, 0.014, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.008 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.010 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.003, 0.015, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.015 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.003, 0.018, 0.032, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.018 std_dev=0.014
C2 A 0, 0.004, 0.019, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.015
O2 A 0, 0.013, 0.045, 0.078, 0.096 max_d=0.096 avg_d=0.045 std_dev=0.033
O4 A 0, 0.005, 0.091, 0.178, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.091 std_dev=0.087
O4' A 0, 0.054, 0.146, 0.238, 0.270 max_d=0.270 avg_d=0.146 std_dev=0.092
C2' A 0, 0.088, 0.189, 0.289, 0.346 max_d=0.346 avg_d=0.189 std_dev=0.101
O2' A 0, 0.123, 0.243, 0.363, 0.434 max_d=0.434 avg_d=0.243 std_dev=0.120
C4' A 0, 0.106, 0.236, 0.365, 0.418 max_d=0.418 avg_d=0.236 std_dev=0.129
C3' A 0, 0.142, 0.286, 0.429, 0.519 max_d=0.519 avg_d=0.286 std_dev=0.144
O3' A 0, 0.225, 0.437, 0.648, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.437 std_dev=0.211
C5' A 0, 0.180, 0.407, 0.634, 0.744 max_d=0.744 avg_d=0.407 std_dev=0.227
O5' A 0, 0.225, 0.520, 0.814, 0.907 max_d=0.907 avg_d=0.520 std_dev=0.295
OP2 B 0, 0.496, 0.834, 1.171, 1.244 max_d=1.244 avg_d=0.834 std_dev=0.337
P B 0, 0.440, 0.836, 1.231, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.836 std_dev=0.396
C2' B 0, 0.527, 0.928, 1.328, 1.313 max_d=1.313 avg_d=0.928 std_dev=0.400
P A 0, 0.407, 0.815, 1.223, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.815 std_dev=0.408
C3' B 0, 0.439, 0.861, 1.282, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.861 std_dev=0.422
O3' B 0, 0.480, 0.911, 1.342, 1.451 max_d=1.451 avg_d=0.911 std_dev=0.431
O5' B 0, 0.670, 1.136, 1.602, 1.690 max_d=1.690 avg_d=1.136 std_dev=0.466
OP2 A 0, 0.511, 0.980, 1.449, 1.573 max_d=1.573 avg_d=0.980 std_dev=0.469
OP1 B 0, 0.826, 1.302, 1.778, 1.788 max_d=1.788 avg_d=1.302 std_dev=0.476
O4' B 0, 0.766, 1.253, 1.739, 1.733 max_d=1.733 avg_d=1.253 std_dev=0.487
OP1 A 0, 0.444, 0.950, 1.456, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.950 std_dev=0.506
O2' B 0, 0.533, 1.040, 1.547, 1.666 max_d=1.666 avg_d=1.040 std_dev=0.507
C5' B 0, 0.759, 1.271, 1.783, 1.846 max_d=1.846 avg_d=1.271 std_dev=0.512
C4' B 0, 0.428, 1.003, 1.579, 1.717 max_d=1.717 avg_d=1.003 std_dev=0.576
C1' B 0, 0.646, 1.266, 1.886, 2.517 max_d=2.517 avg_d=1.266 std_dev=0.620
N1 B 0, 0.232, 1.462, 2.692, 4.170 max_d=4.170 avg_d=1.462 std_dev=1.230
C6 B 0, 0.093, 1.359, 2.624, 3.983 max_d=3.983 avg_d=1.359 std_dev=1.266
C5 B 0, -0.297, 1.673, 3.643, 5.781 max_d=5.781 avg_d=1.673 std_dev=1.970
C2 B 0, -0.113, 1.912, 3.938, 6.396 max_d=6.396 avg_d=1.912 std_dev=2.025
O2 B 0, 0.009, 2.197, 4.384, 7.106 max_d=7.106 avg_d=2.197 std_dev=2.188
N3 B 0, -0.598, 2.120, 4.838, 7.974 max_d=7.974 avg_d=2.120 std_dev=2.718
C4 B 0, -0.692, 2.038, 4.767, 7.811 max_d=7.811 avg_d=2.038 std_dev=2.730
O4 B 0, -1.003, 2.409, 5.820, 9.548 max_d=9.548 avg_d=2.409 std_dev=3.411

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.08 0.08 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.10 0.02 0.02 0.05 0.07 0.14 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.10 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.17 0.18 0.09
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.08 0.11 0.00 0.01 0.07 0.01 0.06 0.21 0.18 0.12
C4 0.02 0.01 0.04 0.06 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.08 0.01 0.02 0.08 0.11 0.20 0.12
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.05 0.03 0.02 0.04 0.00 0.01 0.10 0.05 0.02
C5 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.01 0.02 0.09 0.11 0.20 0.12
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.07 0.03 0.04 0.04 0.03 0.02 0.07 0.01 0.01 0.07 0.02 0.02
C6 0.01 0.01 0.04 0.06 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.07 0.02 0.02 0.07 0.07 0.15 0.09
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.02 0.00 0.04 0.06 0.12 0.06
N3 0.02 0.01 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.10 0.01 0.02 0.07 0.09 0.17 0.09
O2 0.03 0.01 0.10 0.11 0.02 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.06 0.14 0.03 0.04 0.05 0.07 0.13 0.06
O2' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.06 0.00 0.03 0.06 0.02 0.03 0.16 0.15 0.06
O3' 0.02 0.10 0.02 0.01 0.08 0.02 0.07 0.02 0.07 0.05 0.10 0.14 0.03 0.00 0.08 0.02 0.08 0.27 0.19 0.15
O4 0.03 0.02 0.06 0.07 0.01 0.04 0.01 0.07 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.08 0.00 0.03 0.09 0.14 0.22 0.13
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.09 0.05 0.09
O5' 0.03 0.05 0.05 0.06 0.08 0.01 0.09 0.01 0.07 0.04 0.07 0.05 0.03 0.08 0.09 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.08 0.07 0.17 0.21 0.11 0.10 0.11 0.07 0.07 0.06 0.09 0.07 0.16 0.27 0.14 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.14 0.18 0.18 0.20 0.05 0.20 0.02 0.15 0.12 0.17 0.13 0.15 0.19 0.22 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.03 0.07 0.09 0.12 0.12 0.02 0.12 0.02 0.09 0.06 0.09 0.06 0.06 0.15 0.13 0.09 0.00 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.67 1.85 0.42 0.20 1.93 0.13 1.28 0.17 0.92 1.18 2.19 2.02 0.46 0.19 2.17 0.44 0.47 0.26 0.23 0.30
C2 0.79 2.17 0.41 0.18 2.65 0.10 1.88 0.25 1.31 1.46 2.73 2.19 0.47 0.15 3.06 0.52 0.46 0.24 0.27 0.27
C2' 0.54 1.71 0.35 0.12 1.91 0.08 1.30 0.20 0.89 1.08 2.09 1.85 0.36 0.10 2.21 0.33 0.40 0.22 0.23 0.25
C3' 0.37 1.37 0.28 0.10 1.58 0.09 1.11 0.18 0.75 0.86 1.69 1.45 0.24 0.07 1.83 0.22 0.36 0.25 0.24 0.27
C4 0.69 1.90 0.29 0.13 2.64 0.07 2.13 0.31 1.48 1.40 2.45 1.77 0.39 0.10 3.01 0.47 0.42 0.23 0.30 0.25
C4' 0.36 1.21 0.31 0.13 1.22 0.11 0.80 0.14 0.55 0.73 1.40 1.36 0.21 0.14 1.39 0.24 0.40 0.29 0.21 0.29
C5 0.58 1.65 0.26 0.12 2.18 0.07 1.80 0.29 1.31 1.24 2.07 1.52 0.37 0.10 2.40 0.39 0.44 0.23 0.26 0.29
C5' 0.15 0.78 0.26 0.14 0.84 0.11 0.58 0.17 0.39 0.46 0.93 0.86 0.16 0.10 0.96 0.12 0.34 0.32 0.18 0.28
C6 0.60 1.69 0.31 0.15 2.00 0.07 1.53 0.23 1.12 1.20 2.05 1.65 0.41 0.14 2.19 0.39 0.46 0.25 0.23 0.30
N1 0.71 1.96 0.39 0.18 2.24 0.09 1.60 0.22 1.14 1.31 2.39 2.00 0.46 0.16 2.51 0.46 0.47 0.24 0.24 0.29
N3 0.78 2.13 0.36 0.16 2.83 0.08 2.11 0.29 1.46 1.49 2.74 2.07 0.44 0.13 3.30 0.52 0.44 0.24 0.29 0.25
O2 0.84 2.27 0.45 0.20 2.70 0.12 1.85 0.23 1.29 1.49 2.84 2.36 0.48 0.17 3.17 0.56 0.47 0.24 0.27 0.26
O2' 0.59 1.74 0.41 0.16 1.83 0.12 1.18 0.17 0.82 1.06 2.08 1.96 0.39 0.15 2.13 0.38 0.43 0.23 0.23 0.27
O3' 0.28 1.23 0.25 0.11 1.47 0.10 1.02 0.18 0.67 0.75 1.55 1.31 0.20 0.08 1.73 0.17 0.33 0.26 0.26 0.27
O4 0.70 1.86 0.28 0.12 2.71 0.09 2.28 0.32 1.57 1.41 2.43 1.70 0.36 0.09 3.14 0.49 0.37 0.26 0.31 0.22
O4' 0.58 1.54 0.42 0.21 1.45 0.17 0.93 0.13 0.68 0.96 1.72 1.75 0.39 0.25 1.59 0.40 0.48 0.31 0.22 0.33
O5' 0.06 0.69 0.12 0.08 0.90 0.11 0.69 0.14 0.46 0.43 0.90 0.67 0.24 0.01 1.04 0.05 0.27 0.31 0.16 0.25
OP1 0.27 0.13 0.05 0.02 0.35 0.08 0.36 0.27 0.22 0.07 0.23 0.26 0.13 0.03 0.45 0.21 0.29 0.47 0.24 0.33
OP2 0.10 0.48 0.07 0.07 0.92 0.15 0.89 0.21 0.66 0.41 0.73 0.32 0.07 0.02 1.06 0.12 0.32 0.43 0.28 0.34
P 0.13 0.32 0.05 0.01 0.61 0.07 0.56 0.18 0.39 0.23 0.51 0.25 0.10 0.00 0.72 0.12 0.28 0.40 0.20 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.24 0.02 0.01 0.34 0.27 0.25 0.29
C2 0.02 0.00 0.23 0.31 0.01 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.11 0.01 0.15 0.64 0.72 0.82 0.71
C2' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.03 0.02 0.17 0.14 0.22 0.01 0.16 0.40 0.00 0.01 0.04 0.01 0.23 0.19 0.27 0.18
C3' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.38 0.00 0.32 0.02 0.25 0.23 0.38 0.29 0.02 0.00 0.42 0.02 0.27 0.23 0.17 0.20
C4 0.02 0.01 0.03 0.38 0.00 0.18 0.00 0.24 0.01 0.02 0.01 0.01 0.35 0.22 0.00 0.04 1.06 1.26 1.42 1.24
C4' 0.01 0.09 0.02 0.00 0.18 0.00 0.24 0.01 0.23 0.11 0.12 0.14 0.28 0.01 0.20 0.01 0.01 0.12 0.22 0.03
C5 0.01 0.01 0.17 0.32 0.00 0.24 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.46 0.21 0.01 0.13 1.17 1.28 1.41 1.31
C5' 0.05 0.13 0.14 0.02 0.24 0.01 0.30 0.00 0.26 0.11 0.17 0.17 0.13 0.17 0.27 0.02 0.01 0.20 0.36 0.01
C6 0.01 0.01 0.22 0.25 0.01 0.23 0.00 0.26 0.00 0.01 0.01 0.01 0.43 0.13 0.01 0.18 1.04 1.01 1.03 1.05
N1 0.01 0.01 0.01 0.23 0.02 0.11 0.01 0.11 0.01 0.00 0.01 0.02 0.20 0.06 0.02 0.02 0.70 0.69 0.70 0.70
N3 0.02 0.01 0.16 0.38 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.01 0.00 0.01 0.19 0.17 0.01 0.11 0.84 1.00 1.15 0.98
O2 0.04 0.00 0.40 0.29 0.01 0.14 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.00 0.22 0.17 0.02 0.26 0.42 0.49 0.62 0.48
O2' 0.01 0.09 0.00 0.02 0.35 0.28 0.46 0.13 0.43 0.20 0.19 0.22 0.00 0.01 0.37 0.21 0.32 0.23 0.29 0.23
O3' 0.24 0.11 0.01 0.00 0.22 0.01 0.21 0.17 0.13 0.06 0.17 0.17 0.01 0.00 0.28 0.16 0.22 0.32 0.10 0.22
O4 0.02 0.01 0.04 0.42 0.00 0.20 0.01 0.27 0.01 0.02 0.01 0.02 0.37 0.28 0.00 0.04 1.13 1.42 1.62 1.38
O4' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.04 0.01 0.13 0.02 0.18 0.02 0.11 0.26 0.21 0.16 0.04 0.00 0.23 0.23 0.11 0.19
O5' 0.34 0.64 0.23 0.27 1.06 0.01 1.17 0.01 1.04 0.70 0.84 0.42 0.32 0.22 1.13 0.23 0.00 0.03 0.02 0.00
OP1 0.27 0.72 0.19 0.23 1.26 0.12 1.28 0.20 1.01 0.69 1.00 0.49 0.23 0.32 1.42 0.23 0.03 0.00 0.02 0.01
OP2 0.25 0.82 0.27 0.17 1.42 0.22 1.41 0.36 1.03 0.70 1.15 0.62 0.29 0.10 1.62 0.11 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.29 0.71 0.18 0.20 1.24 0.03 1.31 0.01 1.05 0.70 0.98 0.48 0.23 0.22 1.38 0.19 0.00 0.01 0.01 0.00