ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48715

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 1, 0, 1, 2, 1, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, -0.001, 0.006, 0.012, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.000, 0.007, 0.014, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.007 std_dev=0.007
N1 A 0, 0.000, 0.011, 0.021, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.011 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.001, 0.013, 0.025, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.000, 0.014, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.014 std_dev=0.013
C1' A 0, -0.001, 0.016, 0.033, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.016 std_dev=0.017
O2 A 0, 0.000, 0.031, 0.061, 0.089 max_d=0.089 avg_d=0.031 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.009, 0.056, 0.104, 0.143 max_d=0.143 avg_d=0.056 std_dev=0.048
P B 0, 0.164, 0.424, 0.684, 0.893 max_d=0.893 avg_d=0.424 std_dev=0.260
O4' A 0, 0.013, 0.310, 0.606, 1.030 max_d=1.030 avg_d=0.310 std_dev=0.296
C2' A 0, 0.012, 0.343, 0.675, 1.203 max_d=1.203 avg_d=0.343 std_dev=0.331
OP1 B 0, 0.296, 0.657, 1.019, 1.012 max_d=1.012 avg_d=0.657 std_dev=0.361
OP2 B 0, 0.339, 0.779, 1.219, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.779 std_dev=0.440
C3' A 0, 0.066, 0.509, 0.953, 1.609 max_d=1.609 avg_d=0.509 std_dev=0.443
O5' B 0, 0.209, 0.659, 1.110, 1.751 max_d=1.751 avg_d=0.659 std_dev=0.451
C4' A 0, 0.025, 0.484, 0.943, 1.651 max_d=1.651 avg_d=0.484 std_dev=0.459
P A 0, 0.184, 0.751, 1.318, 1.966 max_d=1.966 avg_d=0.751 std_dev=0.567
C5' A 0, 0.111, 0.732, 1.353, 2.229 max_d=2.229 avg_d=0.732 std_dev=0.621
O2' A 0, -0.047, 0.581, 1.210, 2.312 max_d=2.312 avg_d=0.581 std_dev=0.629
O5' A 0, 0.194, 0.829, 1.465, 2.175 max_d=2.175 avg_d=0.829 std_dev=0.636
O3' A 0, 0.080, 0.782, 1.484, 2.593 max_d=2.593 avg_d=0.782 std_dev=0.702
OP2 A 0, 0.040, 0.838, 1.636, 2.542 max_d=2.542 avg_d=0.838 std_dev=0.798
O3' B 0, 0.143, 0.947, 1.750, 2.578 max_d=2.578 avg_d=0.947 std_dev=0.804
C3' B 0, -0.075, 0.891, 1.856, 3.651 max_d=3.651 avg_d=0.891 std_dev=0.966
C5' B 0, 0.018, 1.130, 2.242, 4.075 max_d=4.075 avg_d=1.130 std_dev=1.112
OP1 A 0, 0.007, 1.222, 2.437, 4.146 max_d=4.146 avg_d=1.222 std_dev=1.215
C4' B 0, -0.146, 1.291, 2.728, 5.240 max_d=5.240 avg_d=1.291 std_dev=1.437
C2' B 0, -0.337, 1.287, 2.912, 6.013 max_d=6.013 avg_d=1.287 std_dev=1.624
O2' B 0, -0.327, 1.475, 3.277, 6.711 max_d=6.711 avg_d=1.475 std_dev=1.802
O4' B 0, -0.348, 1.727, 3.801, 7.412 max_d=7.412 avg_d=1.727 std_dev=2.074
C1' B 0, -0.510, 1.798, 4.105, 8.240 max_d=8.240 avg_d=1.798 std_dev=2.307
C6 B 0, -0.741, 2.024, 4.788, 9.702 max_d=9.702 avg_d=2.024 std_dev=2.764
N1 B 0, -0.711, 2.140, 4.991, 9.742 max_d=9.742 avg_d=2.140 std_dev=2.851
C5 B 0, -0.928, 2.523, 5.974, 11.718 max_d=11.718 avg_d=2.523 std_dev=3.451
C2 B 0, -0.839, 2.804, 6.448, 11.637 max_d=11.637 avg_d=2.804 std_dev=3.644
O2 B 0, -0.713, 3.113, 6.939, 11.978 max_d=11.978 avg_d=3.113 std_dev=3.826
C4 B 0, -1.221, 3.110, 7.442, 13.750 max_d=13.750 avg_d=3.110 std_dev=4.332
N3 B 0, -1.127, 3.211, 7.549, 13.428 max_d=13.428 avg_d=3.211 std_dev=4.338
O4 B 0, -1.463, 3.630, 8.723, 15.828 max_d=15.828 avg_d=3.630 std_dev=5.093

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.23 0.02 0.00 0.07 0.19 0.32 0.13
C2 0.03 0.00 0.14 0.16 0.01 0.02 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.10 0.21 0.01 0.06 0.08 0.44 0.27 0.18
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.03 0.02 0.10 0.12 0.13 0.02 0.09 0.26 0.00 0.05 0.03 0.02 0.27 0.37 0.69 0.40
C3' 0.02 0.16 0.00 0.00 0.21 0.00 0.22 0.03 0.19 0.13 0.19 0.18 0.03 0.01 0.22 0.02 0.21 0.34 0.35 0.17
C4 0.02 0.01 0.03 0.21 0.00 0.09 0.00 0.15 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.11 0.00 0.03 0.19 0.75 0.38 0.33
C4' 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.00 0.13 0.01 0.13 0.05 0.04 0.06 0.19 0.01 0.10 0.00 0.02 0.19 0.20 0.04
C5 0.02 0.01 0.10 0.22 0.00 0.13 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.01 0.28 0.12 0.00 0.06 0.24 0.76 0.38 0.34
C5' 0.03 0.04 0.12 0.03 0.15 0.01 0.20 0.00 0.17 0.07 0.09 0.03 0.10 0.16 0.17 0.02 0.00 0.29 0.25 0.01
C6 0.01 0.00 0.13 0.19 0.00 0.13 0.00 0.17 0.00 0.00 0.00 0.01 0.25 0.10 0.00 0.08 0.20 0.56 0.28 0.24
N1 0.02 0.00 0.02 0.13 0.00 0.05 0.01 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.13 0.12 0.01 0.02 0.10 0.39 0.25 0.15
N3 0.02 0.00 0.09 0.19 0.00 0.04 0.01 0.09 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.17 0.01 0.05 0.13 0.61 0.31 0.26
O2 0.03 0.00 0.26 0.18 0.01 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.17 0.33 0.01 0.10 0.05 0.35 0.27 0.15
O2' 0.04 0.10 0.00 0.03 0.24 0.19 0.28 0.10 0.25 0.13 0.15 0.17 0.00 0.11 0.25 0.14 0.18 0.35 0.80 0.41
O3' 0.23 0.21 0.05 0.01 0.11 0.01 0.12 0.16 0.10 0.12 0.17 0.33 0.11 0.00 0.13 0.14 0.32 0.58 0.24 0.24
O4 0.02 0.01 0.03 0.22 0.00 0.10 0.00 0.17 0.00 0.01 0.01 0.01 0.25 0.13 0.00 0.03 0.21 0.84 0.43 0.38
O4' 0.00 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.06 0.02 0.08 0.02 0.05 0.10 0.14 0.14 0.03 0.00 0.10 0.23 0.14 0.15
O5' 0.07 0.08 0.27 0.21 0.19 0.02 0.24 0.00 0.20 0.10 0.13 0.05 0.18 0.32 0.21 0.10 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.19 0.44 0.37 0.34 0.75 0.19 0.76 0.29 0.56 0.39 0.61 0.35 0.35 0.58 0.84 0.23 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.32 0.27 0.69 0.35 0.38 0.20 0.38 0.25 0.28 0.25 0.31 0.27 0.80 0.24 0.43 0.14 0.02 0.00 0.00 0.00
P 0.13 0.18 0.40 0.17 0.33 0.04 0.34 0.01 0.24 0.15 0.26 0.15 0.41 0.24 0.38 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.82 2.16 0.65 0.34 2.26 0.19 1.65 0.21 1.26 1.45 2.50 2.34 0.37 0.42 2.50 0.52 0.36 0.48 0.46 0.18
C2 0.87 2.39 0.54 0.27 2.96 0.30 2.27 0.31 1.67 1.68 3.00 2.38 0.27 0.61 3.35 0.59 0.43 0.46 0.37 0.20
C2' 0.36 1.61 0.25 0.28 1.83 0.36 1.27 0.50 0.86 0.96 1.98 1.77 0.42 0.44 2.11 0.23 0.55 0.55 0.54 0.38
C3' 0.36 1.31 0.28 0.14 1.36 0.33 0.87 0.28 0.56 0.75 1.55 1.52 0.52 0.37 1.55 0.30 0.40 0.48 0.56 0.31
C4 0.79 2.07 0.39 0.26 2.86 0.39 2.41 0.41 1.77 1.59 2.65 1.89 0.23 0.70 3.20 0.60 0.48 0.44 0.30 0.21
C4' 0.51 1.45 0.47 0.27 1.29 0.19 0.83 0.16 0.61 0.87 1.58 1.75 0.27 0.26 1.42 0.35 0.31 0.43 0.58 0.23
C5 0.73 1.85 0.42 0.27 2.35 0.28 2.00 0.30 1.55 1.45 2.26 1.71 0.22 0.68 2.54 0.53 0.45 0.46 0.36 0.20
C5' 0.35 0.98 0.37 0.27 0.77 0.19 0.45 0.20 0.34 0.55 1.01 1.26 0.27 0.20 0.84 0.27 0.34 0.41 0.65 0.31
C6 0.77 1.94 0.54 0.31 2.21 0.20 1.77 0.22 1.39 1.44 2.28 1.91 0.28 0.60 2.38 0.51 0.40 0.47 0.42 0.19
N1 0.84 2.22 0.59 0.31 2.53 0.22 1.93 0.23 1.47 1.56 2.66 2.26 0.30 0.55 2.78 0.54 0.40 0.47 0.41 0.19
N3 0.85 2.32 0.46 0.26 3.11 0.38 2.48 0.39 1.80 1.70 2.99 2.21 0.25 0.68 3.55 0.62 0.47 0.44 0.32 0.20
O2 0.89 2.48 0.56 0.27 3.06 0.31 2.29 0.31 1.67 1.71 3.13 2.52 0.28 0.58 3.52 0.60 0.43 0.45 0.37 0.20
O2' 0.47 1.76 0.37 0.33 1.96 0.39 1.33 0.62 0.91 1.05 2.16 1.97 0.46 0.44 2.27 0.28 0.63 0.62 0.62 0.49
O3' 0.54 1.20 0.47 0.30 1.14 0.46 0.68 0.34 0.47 0.71 1.38 1.46 0.75 0.41 1.32 0.50 0.44 0.46 0.60 0.36
O4 0.77 1.96 0.32 0.26 2.90 0.46 2.53 0.49 1.83 1.55 2.57 1.74 0.23 0.72 3.30 0.64 0.50 0.40 0.26 0.21
O4' 0.95 2.05 0.83 0.49 1.91 0.35 1.38 0.20 1.13 1.41 2.22 2.34 0.54 0.40 2.04 0.67 0.28 0.46 0.50 0.13
O5' 0.41 0.96 0.41 0.33 0.89 0.16 0.64 0.20 0.51 0.63 1.04 1.12 0.41 0.02 0.97 0.29 0.44 0.50 0.76 0.41
OP1 0.71 0.59 0.50 0.28 0.44 0.54 0.53 0.52 0.58 0.56 0.50 0.76 0.76 0.03 0.42 0.69 0.76 0.89 1.48 1.05
OP2 0.22 0.45 0.32 0.19 0.73 0.22 0.72 0.46 0.59 0.40 0.62 0.37 0.41 0.01 0.82 0.18 0.70 0.77 0.76 0.71
P 0.22 0.34 0.14 0.01 0.32 0.21 0.25 0.21 0.19 0.13 0.38 0.48 0.36 0.01 0.38 0.22 0.39 0.45 0.82 0.49

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.05 0.01 0.17 0.02 0.00 0.32 0.58 0.50 0.31
C2 0.03 0.00 0.26 0.28 0.01 0.09 0.01 0.17 0.01 0.00 0.00 0.00 0.15 0.23 0.01 0.17 0.50 1.04 0.84 0.57
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.02 0.01 0.19 0.09 0.25 0.02 0.18 0.47 0.00 0.02 0.03 0.02 0.28 0.57 0.41 0.30
C3' 0.01 0.28 0.00 0.00 0.25 0.00 0.19 0.04 0.15 0.16 0.29 0.34 0.02 0.01 0.27 0.02 0.09 0.44 0.18 0.14
C4 0.02 0.01 0.02 0.25 0.00 0.17 0.00 0.31 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.16 0.00 0.04 0.68 1.42 0.84 0.76
C4' 0.00 0.09 0.01 0.00 0.17 0.00 0.23 0.01 0.23 0.10 0.11 0.14 0.17 0.02 0.17 0.00 0.04 0.24 0.27 0.06
C5 0.02 0.01 0.19 0.19 0.00 0.23 0.00 0.41 0.00 0.01 0.01 0.01 0.42 0.12 0.00 0.17 0.71 1.40 0.73 0.75
C5' 0.04 0.17 0.09 0.04 0.31 0.01 0.41 0.00 0.38 0.18 0.22 0.22 0.08 0.12 0.34 0.02 0.01 0.18 0.32 0.01
C6 0.01 0.01 0.25 0.15 0.00 0.23 0.00 0.38 0.00 0.01 0.00 0.01 0.43 0.12 0.00 0.23 0.64 1.17 0.62 0.63
N1 0.02 0.00 0.02 0.16 0.01 0.10 0.01 0.18 0.01 0.00 0.00 0.01 0.13 0.10 0.01 0.03 0.50 0.95 0.65 0.50
N3 0.03 0.00 0.18 0.29 0.01 0.11 0.01 0.22 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.23 0.01 0.11 0.59 1.26 0.89 0.68
O2 0.05 0.00 0.47 0.34 0.01 0.14 0.01 0.22 0.01 0.01 0.00 0.00 0.44 0.33 0.01 0.30 0.44 0.91 0.91 0.55
O2' 0.01 0.15 0.00 0.02 0.23 0.17 0.42 0.08 0.43 0.13 0.07 0.44 0.00 0.05 0.24 0.13 0.14 0.48 0.33 0.22
O3' 0.17 0.23 0.02 0.01 0.16 0.02 0.12 0.12 0.12 0.10 0.23 0.33 0.05 0.00 0.19 0.10 0.29 0.50 0.45 0.35
O4 0.02 0.01 0.03 0.27 0.00 0.17 0.00 0.34 0.00 0.01 0.01 0.01 0.24 0.19 0.00 0.03 0.71 1.52 0.89 0.82
O4' 0.00 0.17 0.02 0.02 0.04 0.00 0.17 0.02 0.23 0.03 0.11 0.30 0.13 0.10 0.03 0.00 0.29 0.42 0.56 0.28
O5' 0.32 0.50 0.28 0.09 0.68 0.04 0.71 0.01 0.64 0.50 0.59 0.44 0.14 0.29 0.71 0.29 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.58 1.04 0.57 0.44 1.42 0.24 1.40 0.18 1.17 0.95 1.26 0.91 0.48 0.50 1.52 0.42 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.50 0.84 0.41 0.18 0.84 0.27 0.73 0.32 0.62 0.65 0.89 0.91 0.33 0.45 0.89 0.56 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.31 0.57 0.30 0.14 0.76 0.06 0.75 0.01 0.63 0.50 0.68 0.55 0.22 0.35 0.82 0.28 0.01 0.00 0.00 0.00