ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48716

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 2, 1, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.008, 0.012, 0.013 max_d=0.013 avg_d=0.008 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.009, 0.019, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.016, 0.027, 0.037, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.027 std_dev=0.010
N1 A 0, 0.015, 0.026, 0.036, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.026 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.016, 0.027, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.027 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.002, 0.016, 0.029, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.016 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.015, 0.032, 0.050, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.032 std_dev=0.018
O2 A 0, 0.000, 0.030, 0.061, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.039, 0.073, 0.107, 0.138 max_d=0.138 avg_d=0.073 std_dev=0.034
P B 0, 0.335, 0.595, 0.855, 0.829 max_d=0.829 avg_d=0.595 std_dev=0.260
O5' A 0, 0.390, 0.670, 0.949, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.670 std_dev=0.279
O4' A 0, 0.276, 0.569, 0.861, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.569 std_dev=0.292
C3' A 0, 0.411, 0.708, 1.005, 1.093 max_d=1.093 avg_d=0.708 std_dev=0.297
C2' A 0, 0.193, 0.511, 0.828, 1.016 max_d=1.016 avg_d=0.511 std_dev=0.317
O2' A 0, 0.590, 1.000, 1.409, 1.616 max_d=1.616 avg_d=1.000 std_dev=0.410
C4' A 0, 0.354, 0.813, 1.272, 1.503 max_d=1.503 avg_d=0.813 std_dev=0.459
OP2 B 0, 0.366, 0.846, 1.326, 1.551 max_d=1.551 avg_d=0.846 std_dev=0.480
OP1 B 0, 0.650, 1.195, 1.740, 1.996 max_d=1.996 avg_d=1.195 std_dev=0.545
O2' B 0, 1.013, 1.630, 2.247, 2.188 max_d=2.188 avg_d=1.630 std_dev=0.617
P A 0, 0.660, 1.287, 1.914, 1.901 max_d=1.901 avg_d=1.287 std_dev=0.627
C5' A 0, 0.828, 1.477, 2.126, 2.504 max_d=2.504 avg_d=1.477 std_dev=0.649
O3' B 0, 0.835, 1.539, 2.244, 2.417 max_d=2.417 avg_d=1.539 std_dev=0.705
O3' A 0, 0.069, 0.820, 1.570, 2.233 max_d=2.233 avg_d=0.820 std_dev=0.750
C3' B 0, 0.992, 1.816, 2.639, 2.682 max_d=2.682 avg_d=1.816 std_dev=0.823
O5' B 0, 1.160, 2.042, 2.925, 3.277 max_d=3.277 avg_d=2.042 std_dev=0.883
C2' B 0, 1.171, 2.064, 2.956, 2.823 max_d=2.823 avg_d=2.064 std_dev=0.893
OP2 A 0, 1.203, 2.118, 3.033, 2.909 max_d=2.909 avg_d=2.118 std_dev=0.915
OP1 A 0, 1.170, 2.099, 3.027, 2.821 max_d=2.821 avg_d=2.099 std_dev=0.928
C5' B 0, 1.578, 2.947, 4.317, 4.092 max_d=4.092 avg_d=2.947 std_dev=1.369
C4' B 0, 1.508, 2.891, 4.274, 4.162 max_d=4.162 avg_d=2.891 std_dev=1.383
C1' B 0, 1.684, 3.356, 5.028, 4.774 max_d=4.774 avg_d=3.356 std_dev=1.672
O4' B 0, 1.753, 3.447, 5.140, 4.901 max_d=4.901 avg_d=3.447 std_dev=1.694
N1 B 0, 1.799, 3.971, 6.143, 5.756 max_d=5.756 avg_d=3.971 std_dev=2.172
C6 B 0, 1.629, 4.074, 6.518, 6.939 max_d=6.939 avg_d=4.074 std_dev=2.445
C2 B 0, 2.109, 4.860, 7.611, 7.265 max_d=7.265 avg_d=4.860 std_dev=2.751
O2 B 0, 2.207, 4.985, 7.763, 7.544 max_d=7.544 avg_d=4.985 std_dev=2.778
C5 B 0, 1.907, 5.078, 8.249, 8.758 max_d=8.758 avg_d=5.078 std_dev=3.171
N3 B 0, 2.387, 5.856, 9.326, 8.789 max_d=8.789 avg_d=5.856 std_dev=3.470
C4 B 0, 2.374, 6.059, 9.744, 9.344 max_d=9.344 avg_d=6.059 std_dev=3.685
O4 B 0, 2.776, 7.189, 11.601, 11.127 max_d=11.127 avg_d=7.189 std_dev=4.412

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.29 0.01 0.00 0.08 0.08 0.24 0.11
C2 0.02 0.00 0.11 0.16 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.16 0.19 0.01 0.04 0.14 0.15 0.31 0.18
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.02 0.01 0.07 0.15 0.09 0.01 0.08 0.21 0.00 0.04 0.02 0.02 0.32 0.30 0.48 0.37
C3' 0.01 0.16 0.00 0.00 0.26 0.00 0.28 0.02 0.24 0.16 0.21 0.11 0.02 0.01 0.27 0.01 0.10 0.17 0.21 0.11
C4 0.01 0.00 0.02 0.26 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.26 0.06 0.01 0.01 0.24 0.30 0.52 0.33
C4' 0.00 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.01 0.11 0.07 0.07 0.04 0.18 0.03 0.09 0.00 0.02 0.08 0.16 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.28 0.00 0.12 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.26 0.13 0.00 0.04 0.26 0.32 0.53 0.35
C5' 0.03 0.07 0.15 0.02 0.12 0.01 0.14 0.00 0.12 0.07 0.10 0.05 0.02 0.19 0.13 0.03 0.00 0.08 0.11 0.01
C6 0.00 0.01 0.09 0.24 0.00 0.11 0.00 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.22 0.08 0.01 0.06 0.22 0.23 0.40 0.26
N1 0.01 0.00 0.01 0.16 0.00 0.07 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.01 0.15 0.11 0.01 0.01 0.14 0.14 0.29 0.16
N3 0.02 0.00 0.08 0.21 0.00 0.07 0.01 0.10 0.00 0.00 0.00 0.01 0.21 0.10 0.01 0.03 0.19 0.23 0.41 0.25
O2 0.04 0.00 0.21 0.11 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.15 0.31 0.01 0.07 0.11 0.11 0.27 0.13
O2' 0.00 0.16 0.00 0.02 0.26 0.18 0.26 0.02 0.22 0.15 0.21 0.15 0.00 0.07 0.28 0.13 0.28 0.28 0.64 0.40
O3' 0.29 0.19 0.04 0.01 0.06 0.03 0.13 0.19 0.08 0.11 0.10 0.31 0.07 0.00 0.07 0.21 0.22 0.44 0.37 0.32
O4 0.01 0.01 0.02 0.27 0.01 0.09 0.00 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.07 0.00 0.01 0.25 0.34 0.57 0.37
O4' 0.00 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.01 0.03 0.07 0.13 0.21 0.01 0.00 0.11 0.09 0.24 0.13
O5' 0.08 0.14 0.32 0.10 0.24 0.02 0.26 0.00 0.22 0.14 0.19 0.11 0.28 0.22 0.25 0.11 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.15 0.30 0.17 0.30 0.08 0.32 0.08 0.23 0.14 0.23 0.11 0.28 0.44 0.34 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.24 0.31 0.48 0.21 0.52 0.16 0.53 0.11 0.40 0.29 0.41 0.27 0.64 0.37 0.57 0.24 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.11 0.18 0.37 0.11 0.33 0.04 0.35 0.01 0.26 0.16 0.25 0.13 0.40 0.32 0.37 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.59 1.67 0.30 0.08 1.92 0.10 1.48 0.32 1.12 1.15 2.02 1.73 0.27 0.10 2.14 0.35 0.42 0.35 0.17 0.12
C2 0.73 1.89 0.27 0.13 2.50 0.13 2.07 0.30 1.58 1.40 2.43 1.84 0.32 0.13 2.83 0.49 0.46 0.28 0.13 0.13
C2' 0.21 1.31 0.09 0.34 1.66 0.41 1.21 0.65 0.81 0.80 1.72 1.36 0.43 0.37 1.94 0.10 0.49 0.38 0.30 0.21
C3' 0.37 1.23 0.29 0.07 1.45 0.07 1.10 0.19 0.81 0.83 1.51 1.30 0.17 0.06 1.64 0.23 0.38 0.49 0.20 0.29
C4 0.65 1.57 0.16 0.19 2.29 0.16 2.15 0.24 1.69 1.28 2.02 1.57 0.36 0.24 2.52 0.48 0.45 0.27 0.14 0.14
C4' 0.35 1.09 0.30 0.09 1.12 0.09 0.82 0.15 0.62 0.70 1.26 1.25 0.18 0.10 1.25 0.24 0.34 0.40 0.17 0.16
C5 0.53 1.36 0.12 0.17 1.80 0.13 1.71 0.24 1.40 1.11 1.66 1.39 0.36 0.24 1.91 0.38 0.46 0.31 0.13 0.13
C5' 0.15 0.69 0.22 0.11 0.64 0.12 0.46 0.14 0.35 0.37 0.76 0.89 0.21 0.14 0.71 0.13 0.32 0.43 0.21 0.20
C6 0.54 1.45 0.18 0.11 1.75 0.10 1.51 0.27 1.21 1.10 1.74 1.44 0.34 0.16 1.87 0.35 0.44 0.34 0.15 0.12
N1 0.65 1.73 0.26 0.10 2.11 0.11 1.72 0.30 1.33 1.26 2.13 1.71 0.31 0.11 2.32 0.41 0.44 0.32 0.14 0.12
N3 0.73 1.81 0.22 0.17 2.59 0.16 2.26 0.27 1.72 1.41 2.37 1.75 0.35 0.19 2.94 0.52 0.46 0.27 0.14 0.14
O2 0.78 1.99 0.30 0.13 2.63 0.14 2.12 0.31 1.60 1.45 2.57 1.95 0.30 0.11 3.04 0.52 0.45 0.28 0.13 0.13
O2' 0.30 1.51 0.12 0.36 1.87 0.48 1.34 0.82 0.90 0.91 1.95 1.61 0.28 0.37 2.20 0.13 0.64 0.44 0.47 0.41
O3' 0.40 1.15 0.36 0.18 1.31 0.15 0.99 0.15 0.75 0.78 1.39 1.24 0.13 0.24 1.49 0.29 0.43 0.46 0.24 0.34
O4 0.62 1.45 0.16 0.21 2.26 0.19 2.27 0.21 1.77 1.22 1.88 1.56 0.37 0.27 2.53 0.49 0.43 0.29 0.18 0.16
O4' 0.60 1.46 0.40 0.17 1.48 0.20 1.13 0.17 0.90 1.00 1.65 1.61 0.21 0.15 1.60 0.43 0.38 0.37 0.17 0.13
O5' 0.19 0.74 0.26 0.08 0.81 0.06 0.63 0.12 0.47 0.49 0.86 0.79 0.26 0.01 0.89 0.12 0.36 0.42 0.19 0.24
OP1 0.27 0.30 0.13 0.02 0.15 0.10 0.35 0.16 0.37 0.11 0.24 0.62 0.21 0.02 0.19 0.18 0.47 0.49 0.43 0.47
OP2 0.11 0.48 0.12 0.07 0.78 0.23 0.70 0.19 0.50 0.36 0.69 0.38 0.13 0.01 0.90 0.15 0.59 0.77 0.60 0.72
P 0.12 0.33 0.13 0.01 0.44 0.10 0.38 0.10 0.27 0.17 0.43 0.40 0.15 0.01 0.52 0.09 0.46 0.53 0.38 0.46

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.28 0.02 0.00 0.11 0.43 0.54 0.30
C2 0.03 0.00 0.16 0.23 0.00 0.20 0.01 0.40 0.00 0.00 0.00 0.00 0.26 0.14 0.01 0.25 0.57 0.59 1.01 0.67
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.04 0.01 0.11 0.13 0.14 0.02 0.11 0.29 0.00 0.01 0.04 0.03 0.32 0.65 0.60 0.46
C3' 0.02 0.23 0.00 0.00 0.31 0.00 0.31 0.01 0.27 0.18 0.28 0.24 0.01 0.00 0.33 0.01 0.25 0.40 0.22 0.16
C4 0.02 0.00 0.04 0.31 0.00 0.15 0.00 0.25 0.00 0.01 0.00 0.00 0.34 0.08 0.00 0.04 0.35 0.66 0.58 0.34
C4' 0.02 0.20 0.01 0.00 0.15 0.00 0.28 0.00 0.30 0.09 0.15 0.40 0.25 0.02 0.15 0.00 0.01 0.34 0.25 0.11
C5 0.01 0.01 0.11 0.31 0.00 0.28 0.00 0.54 0.00 0.01 0.01 0.01 0.40 0.15 0.00 0.23 0.72 1.27 0.93 0.94
C5' 0.03 0.40 0.13 0.01 0.25 0.00 0.54 0.00 0.55 0.12 0.29 0.80 0.11 0.16 0.26 0.01 0.00 0.27 0.27 0.01
C6 0.02 0.00 0.14 0.27 0.00 0.30 0.00 0.55 0.00 0.00 0.00 0.01 0.36 0.16 0.01 0.29 0.71 1.22 0.94 0.95
N1 0.01 0.00 0.02 0.18 0.01 0.09 0.01 0.12 0.00 0.00 0.00 0.01 0.20 0.10 0.01 0.02 0.16 0.44 0.57 0.24
N3 0.03 0.00 0.11 0.28 0.00 0.15 0.01 0.29 0.00 0.00 0.00 0.00 0.29 0.10 0.01 0.16 0.43 0.48 0.86 0.47
O2 0.05 0.00 0.29 0.24 0.00 0.40 0.01 0.80 0.01 0.01 0.00 0.00 0.40 0.27 0.01 0.45 1.14 1.37 1.62 1.41
O2' 0.01 0.26 0.00 0.01 0.34 0.25 0.40 0.11 0.36 0.20 0.29 0.40 0.00 0.03 0.36 0.16 0.28 0.71 0.46 0.41
O3' 0.28 0.14 0.01 0.00 0.08 0.02 0.15 0.16 0.16 0.10 0.10 0.27 0.03 0.00 0.11 0.15 0.39 0.44 0.25 0.31
O4 0.02 0.01 0.04 0.33 0.00 0.15 0.00 0.26 0.01 0.01 0.01 0.01 0.36 0.11 0.00 0.03 0.38 0.69 0.57 0.36
O4' 0.00 0.25 0.03 0.01 0.04 0.00 0.23 0.01 0.29 0.02 0.16 0.45 0.16 0.15 0.03 0.00 0.15 0.36 0.48 0.27
O5' 0.11 0.57 0.32 0.25 0.35 0.01 0.72 0.00 0.71 0.16 0.43 1.14 0.28 0.39 0.38 0.15 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.43 0.59 0.65 0.40 0.66 0.34 1.27 0.27 1.22 0.44 0.48 1.37 0.71 0.44 0.69 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.54 1.01 0.60 0.22 0.58 0.25 0.93 0.27 0.94 0.57 0.86 1.62 0.46 0.25 0.57 0.48 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.30 0.67 0.46 0.16 0.34 0.11 0.94 0.01 0.95 0.24 0.47 1.41 0.41 0.31 0.36 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00