ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48717

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 2, 2, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.006, 0.014, 0.021, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.009
C2 A 0, 0.012, 0.022, 0.033, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.022 std_dev=0.011
N3 A 0, 0.006, 0.018, 0.031, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.013, 0.026, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.026 std_dev=0.013
O4 A 0, 0.016, 0.038, 0.061, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.038 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.023, 0.046, 0.070, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.046 std_dev=0.024
OP1 B 0, 0.295, 0.640, 0.986, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.640 std_dev=0.346
P B 0, 0.352, 0.701, 1.051, 1.228 max_d=1.228 avg_d=0.701 std_dev=0.349
OP2 B 0, 0.438, 0.795, 1.151, 1.353 max_d=1.353 avg_d=0.795 std_dev=0.356
O4' A 0, 0.258, 0.782, 1.306, 1.613 max_d=1.613 avg_d=0.782 std_dev=0.524
C2' A 0, 0.350, 0.909, 1.467, 1.696 max_d=1.696 avg_d=0.909 std_dev=0.559
O5' B 0, 0.858, 1.424, 1.990, 2.186 max_d=2.186 avg_d=1.424 std_dev=0.566
C4' B 0, 0.774, 1.428, 2.082, 2.125 max_d=2.125 avg_d=1.428 std_dev=0.654
C3' A 0, 0.588, 1.290, 1.992, 2.106 max_d=2.106 avg_d=1.290 std_dev=0.702
C5' B 0, 0.903, 1.610, 2.316, 2.457 max_d=2.457 avg_d=1.610 std_dev=0.707
O4' B 0, 1.178, 1.959, 2.740, 2.782 max_d=2.782 avg_d=1.959 std_dev=0.781
C4' A 0, 0.473, 1.275, 2.077, 2.217 max_d=2.217 avg_d=1.275 std_dev=0.802
C1' B 0, 1.383, 2.227, 3.071, 3.099 max_d=3.099 avg_d=2.227 std_dev=0.844
O5' A 0, 1.049, 1.938, 2.827, 2.952 max_d=2.952 avg_d=1.938 std_dev=0.889
O2' A 0, 0.669, 1.632, 2.595, 2.624 max_d=2.624 avg_d=1.632 std_dev=0.963
O3' A 0, 0.868, 1.840, 2.812, 2.773 max_d=2.773 avg_d=1.840 std_dev=0.972
C3' B 0, 0.242, 1.338, 2.434, 3.136 max_d=3.136 avg_d=1.338 std_dev=1.096
C5' A 0, 0.712, 1.840, 2.969, 3.268 max_d=3.268 avg_d=1.840 std_dev=1.128
C2' B 0, 1.086, 2.241, 3.396, 3.996 max_d=3.996 avg_d=2.241 std_dev=1.155
P A 0, 1.142, 2.351, 3.559, 4.140 max_d=4.140 avg_d=2.351 std_dev=1.208
O3' B 0, 1.128, 2.412, 3.696, 4.440 max_d=4.440 avg_d=2.412 std_dev=1.284
OP2 A 0, 1.388, 2.675, 3.961, 4.467 max_d=4.467 avg_d=2.675 std_dev=1.286
N1 B 0, 1.895, 3.228, 4.562, 4.361 max_d=4.361 avg_d=3.228 std_dev=1.334
C6 B 0, 1.655, 3.059, 4.463, 5.691 max_d=5.691 avg_d=3.059 std_dev=1.404
OP1 A 0, 1.509, 2.919, 4.329, 4.796 max_d=4.796 avg_d=2.919 std_dev=1.410
O2' B 0, 1.500, 3.025, 4.551, 5.427 max_d=5.427 avg_d=3.025 std_dev=1.525
C5 B 0, 2.142, 4.097, 6.053, 7.741 max_d=7.741 avg_d=4.097 std_dev=1.956
C2 B 0, 2.588, 4.769, 6.950, 6.499 max_d=6.499 avg_d=4.769 std_dev=2.181
O2 B 0, 3.133, 5.475, 7.817, 7.283 max_d=7.283 avg_d=5.475 std_dev=2.342
C4 B 0, 2.647, 5.433, 8.220, 8.783 max_d=8.783 avg_d=5.433 std_dev=2.787
N3 B 0, 2.790, 5.719, 8.647, 7.986 max_d=7.986 avg_d=5.719 std_dev=2.929
O4 B 0, 3.044, 6.538, 10.031, 10.757 max_d=10.757 avg_d=6.538 std_dev=3.494

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.31 0.01 0.00 0.17 0.19 0.22 0.18
C2 0.02 0.00 0.15 0.16 0.01 0.07 0.01 0.21 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.26 0.01 0.14 0.30 0.11 0.36 0.15
C2' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.07 0.01 0.18 0.17 0.21 0.04 0.09 0.30 0.00 0.03 0.07 0.03 0.48 0.55 0.56 0.54
C3' 0.03 0.16 0.00 0.00 0.29 0.01 0.31 0.03 0.28 0.16 0.22 0.13 0.01 0.01 0.30 0.02 0.29 0.45 0.18 0.24
C4 0.01 0.01 0.07 0.29 0.00 0.15 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.01 0.38 0.14 0.00 0.05 0.49 0.31 0.65 0.35
C4' 0.02 0.07 0.01 0.01 0.15 0.00 0.20 0.01 0.19 0.08 0.09 0.11 0.26 0.01 0.15 0.00 0.03 0.18 0.20 0.05
C5 0.01 0.01 0.18 0.31 0.01 0.20 0.00 0.33 0.00 0.01 0.01 0.01 0.43 0.19 0.00 0.13 0.53 0.36 0.65 0.38
C5' 0.08 0.21 0.17 0.03 0.30 0.01 0.33 0.00 0.28 0.19 0.25 0.21 0.12 0.22 0.32 0.02 0.01 0.15 0.22 0.02
C6 0.01 0.01 0.21 0.28 0.01 0.19 0.00 0.28 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.16 0.00 0.17 0.45 0.24 0.45 0.26
N1 0.01 0.01 0.04 0.16 0.01 0.08 0.01 0.19 0.01 0.00 0.01 0.02 0.21 0.16 0.01 0.03 0.30 0.12 0.31 0.15
N3 0.02 0.00 0.09 0.22 0.00 0.09 0.01 0.25 0.01 0.01 0.00 0.02 0.30 0.18 0.01 0.09 0.39 0.18 0.51 0.24
O2 0.04 0.01 0.30 0.13 0.01 0.11 0.01 0.21 0.02 0.02 0.02 0.00 0.29 0.41 0.02 0.24 0.25 0.13 0.29 0.11
O2' 0.02 0.23 0.00 0.01 0.38 0.26 0.43 0.12 0.38 0.21 0.30 0.29 0.00 0.04 0.41 0.17 0.33 0.47 0.66 0.46
O3' 0.31 0.26 0.03 0.01 0.14 0.01 0.19 0.22 0.16 0.16 0.18 0.41 0.04 0.00 0.15 0.19 0.24 0.52 0.21 0.23
O4 0.01 0.01 0.07 0.30 0.00 0.15 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.02 0.41 0.15 0.00 0.05 0.52 0.38 0.75 0.41
O4' 0.00 0.14 0.03 0.02 0.05 0.00 0.13 0.02 0.17 0.03 0.09 0.24 0.17 0.19 0.05 0.00 0.22 0.18 0.37 0.27
O5' 0.17 0.30 0.48 0.29 0.49 0.03 0.53 0.01 0.45 0.30 0.39 0.25 0.33 0.24 0.52 0.22 0.00 0.02 0.03 0.01
OP1 0.19 0.11 0.55 0.45 0.31 0.18 0.36 0.15 0.24 0.12 0.18 0.13 0.47 0.52 0.38 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.22 0.36 0.56 0.18 0.65 0.20 0.65 0.22 0.45 0.31 0.51 0.29 0.66 0.21 0.75 0.37 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.15 0.54 0.24 0.35 0.05 0.38 0.02 0.26 0.15 0.24 0.11 0.46 0.23 0.41 0.27 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.04 2.20 0.74 0.26 2.62 0.24 2.22 0.46 1.78 1.72 2.61 2.18 0.61 0.70 2.85 0.67 0.32 0.30 0.22 0.19
C2 1.10 2.53 0.59 0.29 3.03 0.32 2.40 0.49 1.83 1.85 3.07 2.56 0.48 0.68 3.38 0.84 0.35 0.30 0.18 0.19
C2' 0.55 1.72 0.38 0.30 2.31 0.50 1.92 0.84 1.41 1.26 2.21 1.65 0.43 0.84 2.63 0.23 0.55 0.49 0.54 0.56
C3' 0.56 1.52 0.50 0.12 2.03 0.24 1.75 0.55 1.34 1.18 1.91 1.44 0.34 0.49 2.28 0.28 0.22 0.24 0.56 0.30
C4 0.91 2.16 0.46 0.38 2.40 0.33 1.97 0.44 1.48 1.50 2.49 2.40 0.53 0.69 2.66 0.80 0.39 0.27 0.14 0.17
C4' 0.63 1.41 0.59 0.22 1.72 0.23 1.53 0.47 1.24 1.12 1.68 1.41 0.40 0.41 1.89 0.40 0.22 0.16 0.41 0.19
C5 0.81 1.88 0.54 0.45 1.98 0.28 1.66 0.42 1.29 1.32 2.09 2.10 0.63 0.73 2.14 0.66 0.40 0.30 0.17 0.19
C5' 0.23 0.78 0.36 0.36 1.01 0.35 0.89 0.61 0.68 0.57 0.96 0.80 0.32 0.29 1.12 0.27 0.27 0.29 0.51 0.39
C6 0.89 1.96 0.63 0.41 2.12 0.25 1.73 0.45 1.38 1.45 2.21 2.04 0.65 0.77 2.27 0.63 0.38 0.31 0.21 0.20
N1 1.03 2.29 0.65 0.31 2.64 0.26 2.14 0.48 1.69 1.72 2.70 2.30 0.56 0.73 2.87 0.73 0.35 0.31 0.21 0.19
N3 1.05 2.47 0.51 0.33 2.90 0.35 2.28 0.47 1.72 1.75 2.96 2.59 0.47 0.68 3.26 0.88 0.38 0.27 0.15 0.17
O2 1.16 2.66 0.62 0.26 3.31 0.33 2.62 0.50 1.99 1.96 3.29 2.67 0.43 0.65 3.77 0.88 0.34 0.30 0.18 0.19
O2' 0.81 2.03 0.63 0.21 2.69 0.42 2.30 0.87 1.75 1.55 2.55 1.97 0.56 0.73 3.05 0.34 0.68 0.72 0.70 0.77
O3' 0.61 1.50 0.57 0.19 2.02 0.21 1.78 0.51 1.38 1.18 1.88 1.44 0.39 0.42 2.28 0.33 0.27 0.26 0.67 0.31
O4 0.84 2.02 0.41 0.39 2.23 0.35 1.87 0.42 1.39 1.36 2.32 2.36 0.53 0.66 2.51 0.80 0.40 0.22 0.10 0.16
O4' 1.01 1.88 0.82 0.40 2.07 0.37 1.80 0.39 1.52 1.51 2.12 1.91 0.66 0.67 2.20 0.71 0.36 0.24 0.34 0.11
O5' 0.33 0.80 0.55 0.42 1.06 0.28 0.96 0.57 0.77 0.66 0.98 0.71 0.46 0.03 1.16 0.22 0.42 0.51 0.74 0.60
OP1 0.98 0.81 0.63 0.29 0.77 0.60 0.80 0.35 0.83 0.85 0.77 0.84 0.81 0.02 0.76 1.01 0.43 0.55 0.85 0.58
OP2 0.26 0.36 0.13 0.15 0.65 0.41 0.66 0.35 0.52 0.31 0.52 0.37 0.22 0.01 0.74 0.46 0.48 0.87 1.07 0.87
P 0.32 0.25 0.19 0.05 0.44 0.29 0.42 0.21 0.32 0.23 0.35 0.22 0.37 0.01 0.51 0.44 0.30 0.43 0.73 0.51

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.02 0.02 0.10 0.02 0.02 0.04 0.08 0.02 0.27 0.03 0.01 0.16 0.42 0.92 0.42
C2 0.05 0.00 0.26 0.26 0.01 0.15 0.01 0.30 0.01 0.01 0.00 0.00 0.35 0.31 0.02 0.23 0.33 0.49 1.21 0.55
C2' 0.00 0.26 0.00 0.00 0.07 0.04 0.21 0.21 0.26 0.04 0.19 0.47 0.00 0.03 0.08 0.03 0.38 0.72 0.96 0.60
C3' 0.04 0.26 0.00 0.00 0.26 0.00 0.29 0.03 0.27 0.16 0.27 0.36 0.01 0.01 0.28 0.02 0.41 0.46 0.66 0.41
C4 0.03 0.01 0.07 0.26 0.00 0.14 0.00 0.38 0.00 0.02 0.01 0.01 0.24 0.22 0.00 0.08 0.43 0.89 1.61 0.89
C4' 0.02 0.15 0.04 0.00 0.14 0.00 0.28 0.01 0.29 0.08 0.10 0.34 0.23 0.04 0.15 0.00 0.03 0.19 0.38 0.09
C5 0.02 0.01 0.21 0.29 0.00 0.28 0.00 0.58 0.00 0.02 0.01 0.01 0.36 0.20 0.01 0.25 0.74 1.36 1.77 1.21
C5' 0.10 0.30 0.21 0.03 0.38 0.01 0.58 0.00 0.57 0.23 0.29 0.58 0.15 0.17 0.40 0.02 0.01 0.32 0.35 0.03
C6 0.02 0.01 0.26 0.27 0.00 0.29 0.00 0.57 0.00 0.01 0.01 0.01 0.38 0.17 0.01 0.31 0.74 1.25 1.62 1.12
N1 0.02 0.01 0.04 0.16 0.02 0.08 0.02 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01 0.14 0.19 0.02 0.04 0.29 0.59 1.24 0.62
N3 0.04 0.00 0.19 0.27 0.01 0.10 0.01 0.29 0.01 0.01 0.00 0.01 0.30 0.28 0.01 0.14 0.29 0.55 1.39 0.64
O2 0.08 0.00 0.47 0.36 0.01 0.34 0.01 0.58 0.01 0.01 0.01 0.00 0.65 0.43 0.01 0.44 0.71 0.88 1.15 0.78
O2' 0.02 0.35 0.00 0.01 0.24 0.23 0.36 0.15 0.38 0.14 0.30 0.65 0.00 0.07 0.25 0.16 0.37 0.77 0.88 0.56
O3' 0.27 0.31 0.03 0.01 0.22 0.04 0.20 0.17 0.17 0.19 0.28 0.43 0.07 0.00 0.25 0.20 0.44 0.50 0.64 0.47
O4 0.03 0.02 0.08 0.28 0.00 0.15 0.01 0.40 0.01 0.02 0.01 0.01 0.25 0.25 0.00 0.08 0.44 0.94 1.67 0.94
O4' 0.01 0.23 0.03 0.02 0.08 0.00 0.25 0.02 0.31 0.04 0.14 0.44 0.16 0.20 0.08 0.00 0.26 0.32 0.70 0.30
O5' 0.16 0.33 0.38 0.41 0.43 0.03 0.74 0.01 0.74 0.29 0.29 0.71 0.37 0.44 0.44 0.26 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.42 0.49 0.72 0.46 0.89 0.19 1.36 0.32 1.25 0.59 0.55 0.88 0.77 0.50 0.94 0.32 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.92 1.21 0.96 0.66 1.61 0.38 1.77 0.35 1.62 1.24 1.39 1.15 0.88 0.64 1.67 0.70 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.42 0.55 0.60 0.41 0.89 0.09 1.21 0.03 1.12 0.62 0.64 0.78 0.56 0.47 0.94 0.30 0.01 0.00 0.01 0.00