Doublet Group distance statistics: 48718

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 3, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances from reference structure (by atoms)

Atom	Chain	Distances
C6	A	0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C2	A	0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C5	A	0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N3	A	0, 0.003, 0.011, 0.020, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4	A	0, 0.003, 0.013, 0.023, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.010
C1'	A	0, 0.007, 0.018, 0.029, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.011
N1	A	0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.020 std_dev=0.012
O2	A	0, 0.011, 0.025, 0.038, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.025 std_dev=0.013
O4	A	0, 0.009, 0.023, 0.036, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.014
O4'	A	0, 0.059, 0.127, 0.195, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.127 std_dev=0.068
C2'	A	0, 0.083, 0.187, 0.292, 0.315 max_d=0.315 avg_d=0.187 std_dev=0.105
C3'	A	0, 0.083, 0.246, 0.410, 0.425 max_d=0.425 avg_d=0.246 std_dev=0.164
C5	B	0, 0.156, 0.332, 0.507, 0.537 max_d=0.537 avg_d=0.332 std_dev=0.176
C4	B	0, 0.124, 0.313, 0.502, 0.559 max_d=0.559 avg_d=0.313 std_dev=0.189
O4	B	0, 0.117, 0.311, 0.505, 0.557 max_d=0.557 avg_d=0.311 std_dev=0.194
C6	B	0, 0.175, 0.370, 0.564, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.370 std_dev=0.195
OP2	B	0, 0.138, 0.340, 0.542, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.340 std_dev=0.202
O2'	A	0, 0.185, 0.388, 0.590, 0.534 max_d=0.534 avg_d=0.388 std_dev=0.203
N3	B	0, 0.138, 0.344, 0.550, 0.598 max_d=0.598 avg_d=0.344 std_dev=0.206
N1	B	0, 0.189, 0.395, 0.601, 0.594 max_d=0.594 avg_d=0.395 std_dev=0.206
C2	B	0, 0.182, 0.393, 0.604, 0.627 max_d=0.627 avg_d=0.393 std_dev=0.211
O2	B	0, 0.209, 0.441, 0.673, 0.672 max_d=0.672 avg_d=0.441 std_dev=0.232
O3'	A	0, 0.165, 0.410, 0.655, 0.651 max_d=0.651 avg_d=0.410 std_dev=0.245
O4'	B	0, 0.211, 0.472, 0.732, 0.675 max_d=0.675 avg_d=0.472 std_dev=0.260
C1'	B	0, 0.222, 0.483, 0.745, 0.715 max_d=0.715 avg_d=0.483 std_dev=0.262
C2'	B	0, 0.216, 0.500, 0.783, 0.827 max_d=0.827 avg_d=0.500 std_dev=0.284
C3'	B	0, 0.213, 0.509, 0.804, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.509 std_dev=0.296
OP2	A	0, 0.145, 0.454, 0.763, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.454 std_dev=0.309
C4'	B	0, 0.241, 0.557, 0.873, 0.793 max_d=0.793 avg_d=0.557 std_dev=0.316
O3'	B	0, 0.256, 0.574, 0.891, 0.956 max_d=0.956 avg_d=0.574 std_dev=0.318
P	B	0, 0.251, 0.572, 0.894, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.572 std_dev=0.322
C5'	B	0, 0.218, 0.542, 0.866, 0.868 max_d=0.868 avg_d=0.542 std_dev=0.324
P	A	0, 0.215, 0.545, 0.875, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.545 std_dev=0.330
O5'	A	0, 0.292, 0.646, 0.999, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.646 std_dev=0.354
O5'	B	0, 0.187, 0.557, 0.927, 0.977 max_d=0.977 avg_d=0.557 std_dev=0.370
C4'	A	0, 0.257, 0.631, 1.005, 0.946 max_d=0.946 avg_d=0.631 std_dev=0.374
O2'	B	0, 0.313, 0.723, 1.132, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.723 std_dev=0.409
OP1	B	0, 0.400, 0.882, 1.365, 1.286 max_d=1.286 avg_d=0.882 std_dev=0.482
OP1	A	0, 0.389, 0.889, 1.389, 1.363 max_d=1.363 avg_d=0.889 std_dev=0.500
C5'	A	0, 0.561, 1.336, 2.111, 1.955 max_d=1.955 avg_d=1.336 std_dev=0.775

Atoms distances (summary)

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.01	0.02	0.02	0.01	0.11	0.01	0.00	0.01	0.02	0.01	0.04	0.02	0.00	0.26	0.26	0.27	0.20
C2	0.01	0.00	0.02	0.02	0.01	0.03	0.01	0.23	0.01	0.00	0.00	0.00	0.06	0.08	0.01	0.02	0.24	0.21	0.27	0.20
C2'	0.00	0.02	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.12	0.02	0.00	0.01	0.03	0.00	0.01	0.02	0.03	0.32	0.32	0.22	0.23
C3'	0.01	0.02	0.00	0.00	0.05	0.00	0.08	0.01	0.07	0.03	0.02	0.05	0.01	0.01	0.05	0.01	0.22	0.30	0.07	0.16
C4	0.02	0.01	0.01	0.05	0.00	0.12	0.01	0.42	0.01	0.01	0.00	0.01	0.10	0.04	0.00	0.02	0.20	0.13	0.20	0.12
C4'	0.02	0.03	0.01	0.00	0.12	0.00	0.16	0.01	0.15	0.07	0.07	0.07	0.02	0.01	0.13	0.01	0.01	0.16	0.19	0.02
C5	0.01	0.01	0.02	0.08	0.01	0.16	0.00	0.48	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.01	0.01	0.03	0.22	0.11	0.17	0.09
C5'	0.11	0.23	0.12	0.01	0.42	0.01	0.48	0.00	0.43	0.28	0.32	0.12	0.10	0.05	0.44	0.02	0.00	0.30	0.30	0.01
C6	0.01	0.01	0.02	0.07	0.01	0.15	0.00	0.43	0.00	0.01	0.01	0.01	0.11	0.02	0.01	0.03	0.23	0.15	0.19	0.11
N1	0.00	0.00	0.00	0.03	0.01	0.07	0.01	0.28	0.01	0.00	0.01	0.01	0.06	0.04	0.02	0.02	0.23	0.20	0.25	0.17
N3	0.01	0.00	0.01	0.02	0.00	0.07	0.01	0.32	0.01	0.01	0.00	0.01	0.08	0.07	0.01	0.01	0.22	0.17	0.24	0.17
O2	0.02	0.00	0.03	0.05	0.01	0.07	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.06	0.12	0.02	0.03	0.28	0.26	0.30	0.24
O2'	0.01	0.06	0.00	0.01	0.10	0.02	0.11	0.10	0.11	0.06	0.08	0.06	0.00	0.03	0.10	0.02	0.32	0.33	0.23	0.23
O3'	0.04	0.08	0.01	0.01	0.04	0.01	0.01	0.05	0.02	0.04	0.07	0.12	0.03	0.00	0.05	0.09	0.14	0.27	0.05	0.12
O4	0.02	0.01	0.02	0.05	0.00	0.13	0.01	0.44	0.01	0.02	0.01	0.02	0.10	0.05	0.00	0.02	0.19	0.11	0.19	0.11
O4'	0.00	0.02	0.03	0.01	0.02	0.01	0.03	0.02	0.03	0.02	0.01	0.03	0.02	0.09	0.02	0.00	0.27	0.27	0.32	0.24
O5'	0.26	0.24	0.32	0.22	0.20	0.01	0.22	0.00	0.23	0.23	0.22	0.28	0.32	0.14	0.19	0.27	0.00	0.01	0.01	0.01
OP1	0.26	0.21	0.32	0.30	0.13	0.16	0.11	0.30	0.15	0.20	0.17	0.26	0.33	0.27	0.11	0.27	0.01	0.00	0.00	0.01
OP2	0.27	0.27	0.22	0.07	0.20	0.19	0.17	0.30	0.19	0.25	0.24	0.30	0.23	0.05	0.19	0.32	0.01	0.00	0.00	0.01
P	0.20	0.20	0.23	0.16	0.12	0.02	0.09	0.01	0.11	0.17	0.17	0.24	0.23	0.12	0.11	0.24	0.01	0.01	0.01	0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.12	0.12	0.13	0.06	0.13	0.04	0.12	0.14	0.12	0.12	0.13	0.12	0.14	0.07	0.14	0.10	0.10	0.20	0.12	0.13
C2	0.14	0.12	0.17	0.11	0.09	0.06	0.10	0.13	0.12	0.13	0.10	0.11	0.18	0.11	0.08	0.10	0.12	0.23	0.15	0.15
C2'	0.14	0.13	0.14	0.07	0.15	0.07	0.16	0.12	0.15	0.14	0.14	0.13	0.14	0.07	0.15	0.13	0.09	0.17	0.11	0.12
C3'	0.14	0.10	0.14	0.08	0.10	0.08	0.13	0.09	0.14	0.13	0.09	0.09	0.14	0.09	0.09	0.14	0.10	0.11	0.10	0.11
C4	0.10	0.07	0.12	0.10	0.10	0.08	0.10	0.15	0.10	0.08	0.09	0.06	0.12	0.09	0.11	0.09	0.13	0.25	0.17	0.17
C4'	0.17	0.12	0.19	0.14	0.11	0.12	0.14	0.11	0.17	0.15	0.11	0.12	0.18	0.15	0.11	0.19	0.12	0.09	0.14	0.13
C5	0.05	0.04	0.07	0.04	0.07	0.06	0.08	0.16	0.06	0.04	0.06	0.04	0.06	0.04	0.09	0.04	0.12	0.23	0.16	0.16
C5'	0.47	0.35	0.48	0.45	0.31	0.45	0.39	0.41	0.45	0.43	0.30	0.34	0.47	0.46	0.24	0.51	0.45	0.39	0.48	0.45
C6	0.07	0.05	0.09	0.04	0.07	0.04	0.08	0.15	0.07	0.06	0.05	0.05	0.08	0.04	0.08	0.06	0.11	0.21	0.14	0.14
N1	0.10	0.09	0.13	0.07	0.10	0.04	0.10	0.14	0.10	0.10	0.09	0.09	0.13	0.07	0.10	0.08	0.11	0.21	0.14	0.14
N3	0.14	0.09	0.17	0.12	0.09	0.08	0.09	0.14	0.12	0.12	0.08	0.09	0.18	0.12	0.10	0.11	0.12	0.25	0.16	0.16
O2	0.16	0.15	0.20	0.13	0.11	0.08	0.10	0.12	0.13	0.15	0.13	0.16	0.22	0.13	0.08	0.12	0.12	0.24	0.15	0.15
O2'	0.10	0.10	0.09	0.08	0.12	0.10	0.11	0.20	0.11	0.11	0.11	0.10	0.10	0.08	0.14	0.09	0.15	0.25	0.20	0.19
O3'	0.06	0.03	0.06	0.04	0.03	0.06	0.05	0.13	0.06	0.05	0.03	0.03	0.06	0.04	0.02	0.06	0.10	0.16	0.12	0.13
O4	0.12	0.11	0.14	0.14	0.12	0.13	0.11	0.16	0.12	0.10	0.13	0.10	0.14	0.11	0.13	0.12	0.15	0.27	0.17	0.17
O4'	0.11	0.12	0.14	0.07	0.13	0.04	0.12	0.16	0.12	0.12	0.13	0.12	0.14	0.07	0.15	0.09	0.10	0.20	0.11	0.13
O5'	0.21	0.22	0.23	0.26	0.22	0.23	0.23	0.25	0.22	0.21	0.22	0.22	0.23	0.25	0.23	0.21	0.28	0.40	0.32	0.35
OP1	0.09	0.15	0.10	0.12	0.19	0.12	0.15	0.20	0.12	0.12	0.18	0.16	0.11	0.11	0.22	0.07	0.15	0.21	0.11	0.15
OP2	0.15	0.17	0.11	0.12	0.16	0.18	0.14	0.24	0.14	0.15	0.17	0.17	0.12	0.12	0.16	0.15	0.16	0.18	0.08	0.11
P	0.06	0.11	0.08	0.11	0.12	0.11	0.10	0.19	0.08	0.08	0.12	0.12	0.08	0.11	0.13	0.06	0.14	0.24	0.12	0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom	C1'	C2	C2'	C3'	C4	C4'	C5	C5'	C6	N1	N3	O2	O2'	O3'	O4	O4'	O5'	OP1	OP2	P
C1'	0.00	0.01	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.01	0.01	0.00	0.08	0.07	0.03	0.01
C2	0.01	0.00	0.03	0.08	0.01	0.05	0.01	0.12	0.01	0.01	0.01	0.00	0.04	0.07	0.02	0.02	0.08	0.12	0.10	0.06
C2'	0.00	0.03	0.00	0.00	0.01	0.01	0.01	0.01	0.02	0.01	0.03	0.06	0.00	0.02	0.02	0.01	0.03	0.10	0.03	0.01
C3'	0.00	0.08	0.00	0.00	0.07	0.00	0.05	0.01	0.04	0.03	0.09	0.11	0.01	0.01	0.08	0.02	0.02	0.13	0.03	0.02
C4	0.01	0.01	0.01	0.07	0.00	0.06	0.00	0.14	0.00	0.01	0.01	0.02	0.03	0.06	0.00	0.01	0.13	0.17	0.16	0.12
C4'	0.01	0.05	0.01	0.00	0.06	0.00	0.05	0.01	0.04	0.03	0.06	0.06	0.03	0.01	0.07	0.00	0.01	0.06	0.04	0.04
C5	0.01	0.01	0.01	0.05	0.00	0.05	0.00	0.11	0.00	0.00	0.01	0.01	0.02	0.04	0.01	0.02	0.16	0.16	0.16	0.13
C5'	0.01	0.12	0.01	0.01	0.14	0.01	0.11	0.00	0.08	0.08	0.14	0.12	0.02	0.03	0.16	0.01	0.01	0.13	0.06	0.01
C6	0.01	0.01	0.02	0.04	0.00	0.04	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.04	0.00	0.02	0.15	0.13	0.12	0.09
N1	0.01	0.01	0.01	0.03	0.01	0.03	0.00	0.08	0.00	0.00	0.01	0.02	0.02	0.03	0.01	0.01	0.10	0.10	0.08	0.05
N3	0.01	0.01	0.03	0.09	0.01	0.06	0.01	0.14	0.01	0.01	0.00	0.01	0.04	0.08	0.02	0.01	0.10	0.15	0.13	0.09
O2	0.03	0.00	0.06	0.11	0.02	0.06	0.01	0.12	0.02	0.02	0.01	0.00	0.06	0.10	0.03	0.03	0.07	0.11	0.09	0.05
O2'	0.01	0.04	0.00	0.01	0.03	0.03	0.02	0.02	0.02	0.02	0.04	0.06	0.00	0.03	0.03	0.04	0.03	0.06	0.04	0.05
O3'	0.01	0.07	0.02	0.01	0.06	0.01	0.04	0.03	0.04	0.03	0.08	0.10	0.03	0.00	0.07	0.01	0.07	0.11	0.02	0.03
O4	0.01	0.02	0.02	0.08	0.00	0.07	0.01	0.16	0.00	0.01	0.02	0.03	0.03	0.07	0.00	0.02	0.14	0.19	0.17	0.14
O4'	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.00	0.02	0.01	0.02	0.01	0.01	0.03	0.04	0.01	0.02	0.00	0.10	0.06	0.02	0.02
O5'	0.08	0.08	0.03	0.02	0.13	0.01	0.16	0.01	0.15	0.10	0.10	0.07	0.03	0.07	0.14	0.10	0.00	0.01	0.02	0.00
OP1	0.07	0.12	0.10	0.13	0.17	0.06	0.16	0.13	0.13	0.10	0.15	0.11	0.06	0.11	0.19	0.06	0.01	0.00	0.02	0.01
OP2	0.03	0.10	0.03	0.03	0.16	0.04	0.16	0.06	0.12	0.08	0.13	0.09	0.04	0.02	0.17	0.02	0.02	0.02	0.00	0.01
P	0.01	0.06	0.01	0.02	0.12	0.04	0.13	0.01	0.09	0.05	0.09	0.05	0.05	0.03	0.14	0.02	0.00	0.01	0.01	0.00