ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48721

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N3 A 0, 0.006, 0.013, 0.020, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.008, 0.018, 0.027, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.008, 0.019, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.019 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.012, 0.024, 0.036, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.024 std_dev=0.012
O2 A 0, 0.022, 0.044, 0.066, 0.061 max_d=0.061 avg_d=0.044 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.003, 0.037, 0.071, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.037 std_dev=0.034
O4 A 0, 0.042, 0.090, 0.137, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.090 std_dev=0.047
C2' A 0, 0.045, 0.292, 0.540, 0.699 max_d=0.699 avg_d=0.292 std_dev=0.248
O4' A 0, 0.025, 0.318, 0.611, 0.779 max_d=0.779 avg_d=0.318 std_dev=0.293
C4' A 0, 0.235, 0.570, 0.905, 1.045 max_d=1.045 avg_d=0.570 std_dev=0.335
P B 0, 0.327, 0.698, 1.070, 1.014 max_d=1.014 avg_d=0.698 std_dev=0.371
OP2 B 0, 0.361, 0.771, 1.181, 1.161 max_d=1.161 avg_d=0.771 std_dev=0.410
OP1 B 0, 0.108, 0.642, 1.177, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.642 std_dev=0.534
O5' B 0, 0.392, 0.954, 1.515, 1.706 max_d=1.706 avg_d=0.954 std_dev=0.562
O2' A 0, 0.065, 0.643, 1.222, 1.497 max_d=1.497 avg_d=0.643 std_dev=0.579
C3' A 0, 0.274, 0.874, 1.474, 1.642 max_d=1.642 avg_d=0.874 std_dev=0.600
C5' A 0, 0.401, 1.142, 1.883, 2.218 max_d=2.218 avg_d=1.142 std_dev=0.741
C5' B 0, 0.376, 1.262, 2.148, 2.537 max_d=2.537 avg_d=1.262 std_dev=0.886
O5' A 0, 0.335, 1.245, 2.156, 2.573 max_d=2.573 avg_d=1.245 std_dev=0.911
C3' B 0, 0.353, 1.328, 2.302, 2.760 max_d=2.760 avg_d=1.328 std_dev=0.974
O3' B 0, 0.356, 1.346, 2.337, 2.762 max_d=2.762 avg_d=1.346 std_dev=0.990
O3' A 0, 0.440, 1.550, 2.659, 2.794 max_d=2.794 avg_d=1.550 std_dev=1.110
O2' B 0, 0.393, 1.505, 2.616, 3.161 max_d=3.161 avg_d=1.505 std_dev=1.111
P A 0, 0.393, 1.573, 2.752, 3.289 max_d=3.289 avg_d=1.573 std_dev=1.180
C4' B 0, 0.229, 1.409, 2.590, 3.164 max_d=3.164 avg_d=1.409 std_dev=1.180
C2' B 0, 0.281, 1.514, 2.748, 3.325 max_d=3.325 avg_d=1.514 std_dev=1.233
OP2 A 0, 0.560, 1.796, 3.031, 3.508 max_d=3.508 avg_d=1.796 std_dev=1.236
O4' B 0, 0.034, 1.627, 3.220, 3.963 max_d=3.963 avg_d=1.627 std_dev=1.593
C1' B 0, 0.003, 1.822, 3.641, 4.456 max_d=4.456 avg_d=1.822 std_dev=1.819
O2 B 0, 1.610, 3.463, 5.315, 5.246 max_d=5.246 avg_d=3.463 std_dev=1.852
OP1 A 0, 0.750, 2.626, 4.503, 5.193 max_d=5.193 avg_d=2.626 std_dev=1.876
C2 B 0, 0.753, 2.635, 4.517, 5.204 max_d=5.204 avg_d=2.635 std_dev=1.882
N1 B 0, -0.069, 2.138, 4.345, 5.279 max_d=5.279 avg_d=2.138 std_dev=2.207
N3 B 0, 0.591, 2.829, 5.068, 5.939 max_d=5.939 avg_d=2.829 std_dev=2.239
C6 B 0, 1.055, 3.525, 5.994, 6.752 max_d=6.752 avg_d=3.525 std_dev=2.470
C5 B 0, 1.064, 4.008, 6.953, 7.879 max_d=7.879 avg_d=4.008 std_dev=2.944
C4 B 0, -0.144, 2.947, 6.038, 7.255 max_d=7.255 avg_d=2.947 std_dev=3.091
O4 B 0, -0.133, 3.263, 6.659, 7.988 max_d=7.988 avg_d=3.263 std_dev=3.396

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.02 0.01 0.03 0.05 0.01 0.21 0.01 0.00 0.30 0.17 0.42 0.04
C2 0.03 0.00 0.10 0.03 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.01 0.00 0.00 0.31 0.24 0.02 0.14 0.35 0.27 0.57 0.09
C2' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.06 0.02 0.03 0.13 0.06 0.01 0.10 0.13 0.00 0.03 0.07 0.02 0.36 0.31 0.43 0.13
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.16 0.01 0.24 0.02 0.24 0.11 0.08 0.05 0.00 0.02 0.16 0.01 0.05 0.13 0.44 0.20
C4 0.02 0.01 0.06 0.16 0.00 0.07 0.00 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.05 0.01 0.05 0.42 0.32 0.66 0.14
C4' 0.01 0.10 0.02 0.01 0.07 0.00 0.07 0.01 0.07 0.05 0.10 0.14 0.12 0.05 0.09 0.01 0.02 0.14 0.32 0.07
C5 0.02 0.01 0.03 0.24 0.00 0.07 0.00 0.21 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.17 0.01 0.07 0.43 0.25 0.62 0.12
C5' 0.06 0.14 0.13 0.02 0.17 0.01 0.21 0.00 0.21 0.12 0.15 0.17 0.02 0.17 0.19 0.02 0.01 0.26 0.27 0.01
C6 0.02 0.01 0.06 0.24 0.01 0.07 0.00 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.16 0.01 0.10 0.41 0.18 0.55 0.08
N1 0.01 0.01 0.01 0.11 0.01 0.05 0.01 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.11 0.01 0.02 0.35 0.20 0.51 0.05
N3 0.03 0.00 0.10 0.08 0.01 0.10 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.32 0.16 0.02 0.12 0.39 0.32 0.64 0.12
O2 0.05 0.00 0.13 0.05 0.02 0.14 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.00 0.36 0.39 0.03 0.23 0.30 0.28 0.54 0.09
O2' 0.01 0.31 0.00 0.00 0.26 0.12 0.14 0.02 0.08 0.14 0.32 0.36 0.00 0.04 0.29 0.08 0.27 0.33 0.39 0.13
O3' 0.21 0.24 0.03 0.02 0.05 0.05 0.17 0.17 0.16 0.11 0.16 0.39 0.04 0.00 0.04 0.14 0.43 0.19 0.77 0.50
O4 0.01 0.02 0.07 0.16 0.01 0.09 0.01 0.19 0.01 0.01 0.02 0.03 0.29 0.04 0.00 0.06 0.43 0.38 0.70 0.17
O4' 0.00 0.14 0.02 0.01 0.05 0.01 0.07 0.02 0.10 0.02 0.12 0.23 0.08 0.14 0.06 0.00 0.20 0.25 0.33 0.06
O5' 0.30 0.35 0.36 0.05 0.42 0.02 0.43 0.01 0.41 0.35 0.39 0.30 0.27 0.43 0.43 0.20 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.17 0.27 0.31 0.13 0.32 0.14 0.25 0.26 0.18 0.20 0.32 0.28 0.33 0.19 0.38 0.25 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.42 0.57 0.43 0.44 0.66 0.32 0.62 0.27 0.55 0.51 0.64 0.54 0.39 0.77 0.70 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.13 0.20 0.14 0.07 0.12 0.01 0.08 0.05 0.12 0.09 0.13 0.50 0.17 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.39 0.66 0.45 0.35 0.60 0.33 0.57 0.30 0.52 0.52 0.67 0.79 0.34 0.57 0.61 0.37 0.27 0.46 0.32 0.35
C2 0.71 1.15 0.66 0.53 1.17 0.44 1.03 0.32 0.92 0.94 1.24 1.25 0.45 0.73 1.22 0.59 0.31 0.48 0.25 0.31
C2' 0.28 0.47 0.37 0.28 0.49 0.26 0.50 0.29 0.45 0.40 0.49 0.53 0.30 0.55 0.50 0.28 0.26 0.50 0.35 0.39
C3' 0.35 0.48 0.48 0.42 0.41 0.47 0.42 0.53 0.41 0.41 0.47 0.58 0.41 0.66 0.40 0.43 0.45 0.65 0.56 0.59
C4 0.75 1.18 0.58 0.53 1.35 0.44 1.30 0.30 1.16 1.05 1.32 1.19 0.33 0.71 1.41 0.62 0.32 0.47 0.23 0.28
C4' 0.17 0.33 0.30 0.16 0.20 0.21 0.34 0.22 0.34 0.21 0.27 0.52 0.29 0.32 0.19 0.19 0.13 0.31 0.21 0.24
C5 0.54 0.84 0.41 0.44 0.95 0.38 0.95 0.30 0.87 0.76 0.92 0.87 0.21 0.67 0.97 0.49 0.31 0.47 0.29 0.34
C5' 0.08 0.24 0.19 0.03 0.09 0.08 0.28 0.06 0.29 0.10 0.18 0.45 0.28 0.07 0.07 0.09 0.10 0.16 0.05 0.09
C6 0.43 0.68 0.38 0.39 0.70 0.35 0.69 0.31 0.63 0.58 0.72 0.75 0.22 0.67 0.72 0.41 0.29 0.46 0.33 0.36
N1 0.52 0.84 0.51 0.44 0.82 0.39 0.75 0.32 0.68 0.69 0.88 0.94 0.33 0.68 0.84 0.47 0.30 0.48 0.31 0.35
N3 0.81 1.30 0.68 0.56 1.40 0.46 1.28 0.31 1.12 1.10 1.42 1.35 0.44 0.74 1.47 0.65 0.32 0.46 0.22 0.28
O2 0.75 1.25 0.72 0.54 1.23 0.46 1.05 0.32 0.93 0.99 1.34 1.38 0.53 0.73 1.29 0.61 0.31 0.47 0.23 0.30
O2' 0.28 0.47 0.37 0.26 0.50 0.24 0.51 0.25 0.46 0.40 0.51 0.55 0.33 0.55 0.52 0.26 0.25 0.44 0.31 0.34
O3' 0.42 0.50 0.53 0.53 0.37 0.66 0.41 0.75 0.41 0.42 0.45 0.65 0.48 0.78 0.34 0.57 0.60 0.73 0.77 0.73
O4 0.85 1.34 0.61 0.55 1.62 0.46 1.58 0.30 1.38 1.21 1.53 1.32 0.35 0.69 1.71 0.69 0.34 0.42 0.22 0.24
O4' 0.34 0.56 0.42 0.27 0.43 0.28 0.48 0.25 0.47 0.41 0.53 0.75 0.35 0.41 0.43 0.31 0.23 0.33 0.24 0.26
O5' 0.05 0.14 0.13 0.19 0.12 0.09 0.23 0.16 0.23 0.06 0.12 0.28 0.26 0.01 0.13 0.06 0.28 0.27 0.31 0.28
OP1 0.60 0.63 0.73 0.29 0.55 0.43 0.52 0.33 0.52 0.59 0.60 0.67 1.09 0.06 0.55 0.56 0.29 0.34 0.18 0.24
OP2 0.12 0.22 0.14 0.32 0.15 0.14 0.08 0.19 0.07 0.13 0.21 0.31 0.14 0.02 0.15 0.11 0.36 0.41 0.42 0.41
P 0.09 0.10 0.21 0.04 0.07 0.12 0.10 0.08 0.12 0.10 0.10 0.15 0.43 0.02 0.06 0.14 0.02 0.08 0.10 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.04 0.06 0.01 0.32 0.03 0.01 0.05 0.21 0.02 0.10
C2 0.04 0.00 0.13 0.07 0.02 0.26 0.02 0.38 0.02 0.02 0.02 0.01 0.20 0.33 0.02 0.33 0.36 0.44 0.42 0.36
C2' 0.01 0.13 0.00 0.01 0.10 0.02 0.23 0.12 0.26 0.05 0.06 0.27 0.00 0.08 0.11 0.04 0.21 0.08 0.16 0.12
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.10 0.01 0.18 0.03 0.19 0.07 0.04 0.18 0.02 0.01 0.09 0.01 0.04 0.24 0.09 0.15
C4 0.03 0.02 0.10 0.10 0.00 0.06 0.01 0.16 0.01 0.03 0.00 0.03 0.37 0.22 0.00 0.02 0.34 0.65 0.40 0.47
C4' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.06 0.00 0.26 0.00 0.31 0.03 0.17 0.51 0.13 0.02 0.06 0.00 0.01 0.10 0.05 0.04
C5 0.02 0.02 0.23 0.18 0.01 0.26 0.00 0.47 0.01 0.02 0.01 0.03 0.63 0.14 0.01 0.23 0.67 0.96 0.82 0.80
C5' 0.02 0.38 0.12 0.03 0.16 0.00 0.47 0.00 0.51 0.07 0.28 0.76 0.02 0.19 0.18 0.01 0.01 0.02 0.08 0.01
C6 0.02 0.02 0.26 0.19 0.01 0.31 0.01 0.51 0.00 0.01 0.01 0.03 0.64 0.15 0.01 0.30 0.68 0.89 0.76 0.77
N1 0.01 0.02 0.05 0.07 0.03 0.03 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.03 0.20 0.24 0.03 0.01 0.19 0.40 0.18 0.27
N3 0.04 0.02 0.06 0.04 0.00 0.17 0.01 0.28 0.01 0.02 0.00 0.03 0.16 0.30 0.01 0.22 0.30 0.50 0.35 0.36
O2 0.06 0.01 0.27 0.18 0.03 0.51 0.03 0.76 0.03 0.03 0.03 0.00 0.54 0.43 0.04 0.61 0.72 0.72 0.88 0.72
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.37 0.13 0.63 0.02 0.64 0.20 0.16 0.54 0.00 0.10 0.39 0.07 0.21 0.18 0.15 0.16
O3' 0.32 0.33 0.08 0.01 0.22 0.02 0.14 0.19 0.15 0.24 0.30 0.43 0.10 0.00 0.22 0.18 0.20 0.48 0.37 0.43
O4 0.03 0.02 0.11 0.09 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.03 0.01 0.04 0.39 0.22 0.00 0.03 0.37 0.70 0.46 0.51
O4' 0.01 0.33 0.04 0.01 0.02 0.00 0.23 0.01 0.30 0.01 0.22 0.61 0.07 0.18 0.03 0.00 0.07 0.15 0.02 0.08
O5' 0.05 0.36 0.21 0.04 0.34 0.01 0.67 0.01 0.68 0.19 0.30 0.72 0.21 0.20 0.37 0.07 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.21 0.44 0.08 0.24 0.65 0.10 0.96 0.02 0.89 0.40 0.50 0.72 0.18 0.48 0.70 0.15 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.02 0.42 0.16 0.09 0.40 0.05 0.82 0.08 0.76 0.18 0.35 0.88 0.15 0.37 0.46 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.10 0.36 0.12 0.15 0.47 0.04 0.80 0.01 0.77 0.27 0.36 0.72 0.16 0.43 0.51 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00