ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48722

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.007, 0.015, 0.022, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.015 std_dev=0.008
N3 A 0, 0.005, 0.013, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.001, 0.010, 0.019, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.010 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.002, 0.018, 0.033, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.018 std_dev=0.016
C1' A 0, 0.004, 0.020, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.020 std_dev=0.016
N1 A 0, 0.001, 0.021, 0.040, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.021 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.006, 0.028, 0.049, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.028 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.003, 0.034, 0.065, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.034 std_dev=0.031
P B 0, 0.143, 0.502, 0.862, 0.989 max_d=0.989 avg_d=0.502 std_dev=0.360
O4' A 0, -0.026, 0.400, 0.826, 1.225 max_d=1.225 avg_d=0.400 std_dev=0.426
C2' A 0, -0.034, 0.432, 0.897, 1.337 max_d=1.337 avg_d=0.432 std_dev=0.466
OP2 B 0, 0.146, 0.692, 1.238, 1.648 max_d=1.648 avg_d=0.692 std_dev=0.546
O5' A 0, -0.121, 0.466, 1.052, 1.621 max_d=1.621 avg_d=0.466 std_dev=0.586
OP1 A 0, 0.288, 0.874, 1.461, 1.789 max_d=1.789 avg_d=0.874 std_dev=0.587
O2' A 0, -0.027, 0.596, 1.219, 1.804 max_d=1.804 avg_d=0.596 std_dev=0.623
OP1 B 0, 0.269, 0.899, 1.530, 1.529 max_d=1.529 avg_d=0.899 std_dev=0.631
P A 0, 0.150, 0.819, 1.488, 2.024 max_d=2.024 avg_d=0.819 std_dev=0.669
C3' A 0, -0.094, 0.619, 1.333, 2.010 max_d=2.010 avg_d=0.619 std_dev=0.714
C4' A 0, -0.140, 0.577, 1.293, 1.987 max_d=1.987 avg_d=0.577 std_dev=0.716
C5' A 0, -0.038, 0.857, 1.752, 2.580 max_d=2.580 avg_d=0.857 std_dev=0.895
OP2 A 0, 0.112, 1.098, 2.084, 2.914 max_d=2.914 avg_d=1.098 std_dev=0.986
O3' A 0, -0.225, 0.781, 1.786, 2.753 max_d=2.753 avg_d=0.781 std_dev=1.005
O5' B 0, 0.096, 1.424, 2.751, 3.523 max_d=3.523 avg_d=1.424 std_dev=1.328
O3' B 0, -0.125, 1.470, 3.065, 4.573 max_d=4.573 avg_d=1.470 std_dev=1.595
C5' B 0, -0.016, 1.917, 3.850, 5.429 max_d=5.429 avg_d=1.917 std_dev=1.933
C3' B 0, -0.171, 1.762, 3.696, 5.466 max_d=5.466 avg_d=1.762 std_dev=1.934
C4' B 0, -0.164, 2.335, 4.834, 6.914 max_d=6.914 avg_d=2.335 std_dev=2.499
C2' B 0, -0.282, 2.566, 5.414, 7.972 max_d=7.972 avg_d=2.566 std_dev=2.848
O4' B 0, -0.247, 3.030, 6.306, 8.844 max_d=8.844 avg_d=3.030 std_dev=3.277
O2' B 0, -0.548, 2.751, 6.051, 9.233 max_d=9.233 avg_d=2.751 std_dev=3.299
C1' B 0, -0.323, 3.262, 6.846, 9.749 max_d=9.749 avg_d=3.262 std_dev=3.584
C6 B 0, -0.183, 3.402, 6.987, 9.139 max_d=9.139 avg_d=3.402 std_dev=3.585
N1 B 0, -0.273, 3.689, 7.651, 10.354 max_d=10.354 avg_d=3.689 std_dev=3.962
C5 B 0, -0.217, 4.067, 8.351, 10.518 max_d=10.518 avg_d=4.067 std_dev=4.284
C2 B 0, -0.315, 4.605, 9.525, 12.710 max_d=12.710 avg_d=4.605 std_dev=4.920
O2 B 0, -0.315, 4.957, 10.229, 13.902 max_d=13.902 avg_d=4.957 std_dev=5.272
C4 B 0, -0.333, 5.032, 10.396, 13.063 max_d=13.063 avg_d=5.032 std_dev=5.364
N3 B 0, -0.344, 5.206, 10.757, 13.879 max_d=13.879 avg_d=5.206 std_dev=5.550
O4 B 0, -0.388, 5.770, 11.928, 14.721 max_d=14.721 avg_d=5.770 std_dev=6.158

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01 0.02 0.05 0.01 0.23 0.03 0.01 0.08 0.14 0.32 0.11
C2 0.02 0.00 0.19 0.26 0.01 0.07 0.02 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.11 0.01 0.06 0.13 0.44 0.48 0.16
C2' 0.01 0.19 0.00 0.01 0.07 0.02 0.11 0.13 0.15 0.04 0.16 0.32 0.01 0.02 0.08 0.02 0.30 0.35 0.50 0.34
C3' 0.02 0.26 0.01 0.00 0.35 0.01 0.31 0.03 0.24 0.20 0.33 0.23 0.02 0.02 0.37 0.02 0.07 0.26 0.20 0.09
C4 0.02 0.01 0.07 0.35 0.00 0.14 0.00 0.17 0.01 0.02 0.01 0.01 0.30 0.20 0.01 0.03 0.23 0.68 0.65 0.26
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.14 0.00 0.16 0.01 0.15 0.09 0.10 0.05 0.25 0.02 0.14 0.00 0.03 0.10 0.22 0.03
C5 0.02 0.02 0.11 0.31 0.00 0.16 0.00 0.19 0.01 0.01 0.02 0.03 0.35 0.21 0.02 0.05 0.24 0.70 0.67 0.26
C5' 0.03 0.09 0.13 0.03 0.17 0.01 0.19 0.00 0.16 0.09 0.12 0.06 0.11 0.19 0.18 0.02 0.01 0.19 0.39 0.02
C6 0.02 0.01 0.15 0.24 0.01 0.15 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.02 0.31 0.13 0.02 0.08 0.19 0.55 0.57 0.20
N1 0.01 0.01 0.04 0.20 0.02 0.09 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.02 0.19 0.08 0.02 0.01 0.11 0.39 0.46 0.14
N3 0.02 0.00 0.16 0.33 0.01 0.10 0.02 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00 0.20 0.14 0.01 0.06 0.18 0.57 0.57 0.21
O2 0.05 0.00 0.32 0.23 0.01 0.05 0.03 0.06 0.02 0.02 0.00 0.00 0.10 0.18 0.01 0.08 0.11 0.36 0.41 0.14
O2' 0.01 0.13 0.01 0.02 0.30 0.25 0.35 0.11 0.31 0.19 0.20 0.10 0.00 0.03 0.31 0.17 0.19 0.29 0.42 0.26
O3' 0.23 0.11 0.02 0.02 0.20 0.02 0.21 0.19 0.13 0.08 0.14 0.18 0.03 0.00 0.24 0.14 0.18 0.21 0.52 0.25
O4 0.03 0.01 0.08 0.37 0.01 0.14 0.02 0.18 0.02 0.02 0.01 0.01 0.31 0.24 0.00 0.03 0.24 0.74 0.69 0.28
O4' 0.01 0.06 0.02 0.02 0.03 0.00 0.05 0.02 0.08 0.01 0.06 0.08 0.17 0.14 0.03 0.00 0.06 0.23 0.12 0.09
O5' 0.08 0.13 0.30 0.07 0.23 0.03 0.24 0.01 0.19 0.11 0.18 0.11 0.19 0.18 0.24 0.06 0.00 0.01 0.03 0.01
OP1 0.14 0.44 0.35 0.26 0.68 0.10 0.70 0.19 0.55 0.39 0.57 0.36 0.29 0.21 0.74 0.23 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.32 0.48 0.50 0.20 0.65 0.22 0.67 0.39 0.57 0.46 0.57 0.41 0.42 0.52 0.69 0.12 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.16 0.34 0.09 0.26 0.03 0.26 0.02 0.20 0.14 0.21 0.14 0.26 0.25 0.28 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 1.37 2.65 1.26 0.70 2.91 0.43 2.35 0.30 1.89 2.00 3.05 2.72 0.93 0.17 3.18 0.92 0.39 0.43 0.17 0.29
C2 1.50 3.12 1.20 0.58 3.78 0.43 3.05 0.43 2.38 2.38 3.79 3.03 0.79 0.26 4.21 1.01 0.34 0.44 0.13 0.23
C2' 1.03 2.20 1.02 0.61 2.61 0.26 2.13 0.22 1.66 1.66 2.63 2.20 0.64 0.16 2.91 0.64 0.47 0.31 0.38 0.46
C3' 0.60 1.61 0.69 0.26 1.90 0.21 1.50 0.35 1.13 1.13 1.95 1.67 0.41 0.20 2.15 0.30 0.13 0.55 0.18 0.11
C4 1.19 2.65 0.82 0.36 3.62 0.44 3.10 0.59 2.33 2.11 3.35 2.39 0.49 0.47 4.04 0.85 0.24 0.41 0.14 0.18
C4' 0.98 1.82 1.01 0.56 1.85 0.36 1.45 0.27 1.18 1.33 2.02 1.99 0.81 0.19 2.00 0.66 0.25 0.45 0.23 0.19
C5 0.99 2.23 0.72 0.33 2.93 0.34 2.57 0.48 1.99 1.80 2.75 2.01 0.43 0.46 3.19 0.69 0.21 0.44 0.11 0.21
C5' 0.66 1.18 0.71 0.44 1.13 0.32 0.87 0.25 0.69 0.82 1.27 1.34 0.63 0.23 1.23 0.48 0.20 0.42 0.29 0.17
C6 1.09 2.30 0.91 0.46 2.77 0.28 2.36 0.34 1.88 1.82 2.73 2.17 0.56 0.30 3.00 0.73 0.29 0.45 0.14 0.26
N1 1.36 2.76 1.16 0.60 3.21 0.38 2.63 0.34 2.10 2.12 3.26 2.71 0.78 0.20 3.50 0.91 0.34 0.45 0.14 0.26
N3 1.42 3.06 1.05 0.48 3.99 0.44 3.27 0.53 2.48 2.37 3.83 2.86 0.65 0.37 4.49 0.98 0.31 0.41 0.13 0.19
O2 1.62 3.31 1.31 0.65 3.95 0.47 3.13 0.43 2.44 2.49 4.02 3.30 0.91 0.22 4.44 1.09 0.37 0.43 0.13 0.23
O2' 1.05 2.35 0.98 0.59 2.89 0.27 2.35 0.25 1.80 1.76 2.87 2.32 0.56 0.13 3.28 0.67 0.56 0.33 0.48 0.59
O3' 0.60 1.65 0.68 0.27 1.99 0.38 1.57 0.48 1.17 1.15 2.04 1.70 0.42 0.37 2.28 0.39 0.15 0.56 0.23 0.14
O4 1.10 2.52 0.69 0.30 3.67 0.52 3.18 0.69 2.32 2.03 3.27 2.23 0.42 0.54 4.19 0.84 0.22 0.37 0.17 0.13
O4' 1.44 2.46 1.37 0.79 2.46 0.59 1.97 0.39 1.66 1.88 2.68 2.63 1.13 0.28 2.61 1.02 0.41 0.45 0.22 0.27
O5' 0.41 0.98 0.48 0.26 1.08 0.11 0.88 0.16 0.67 0.67 1.13 1.05 0.36 0.02 1.19 0.25 0.18 0.46 0.25 0.13
OP1 0.43 0.31 0.39 0.32 0.66 0.23 0.92 0.32 0.86 0.49 0.37 0.41 0.23 0.01 0.71 0.40 0.61 1.06 0.90 0.69
OP2 0.23 0.39 0.44 0.13 0.77 0.48 0.76 0.76 0.58 0.36 0.61 0.27 0.75 0.02 0.88 0.30 0.79 0.60 0.94 0.98
P 0.17 0.24 0.22 0.03 0.50 0.20 0.55 0.23 0.45 0.17 0.38 0.32 0.26 0.01 0.58 0.21 0.15 0.34 0.41 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.02 0.04 0.09 0.02 0.28 0.04 0.01 0.27 0.37 0.11 0.09
C2 0.05 0.00 0.19 0.22 0.02 0.09 0.03 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.20 0.23 0.02 0.16 0.60 0.52 0.46 0.43
C2' 0.00 0.19 0.00 0.01 0.04 0.01 0.08 0.15 0.14 0.03 0.15 0.30 0.00 0.01 0.06 0.02 0.11 0.77 0.24 0.31
C3' 0.02 0.22 0.01 0.00 0.33 0.01 0.34 0.03 0.30 0.19 0.28 0.19 0.03 0.01 0.35 0.01 0.11 0.43 0.19 0.12
C4 0.04 0.02 0.04 0.33 0.00 0.13 0.01 0.15 0.01 0.02 0.01 0.02 0.29 0.14 0.00 0.08 0.87 0.91 0.73 0.71
C4' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.13 0.00 0.15 0.01 0.14 0.09 0.10 0.10 0.26 0.01 0.14 0.01 0.03 0.29 0.19 0.03
C5 0.02 0.03 0.08 0.34 0.01 0.15 0.00 0.15 0.01 0.02 0.01 0.03 0.30 0.19 0.01 0.04 0.90 0.94 0.71 0.72
C5' 0.03 0.12 0.15 0.03 0.15 0.01 0.15 0.00 0.13 0.08 0.13 0.15 0.09 0.20 0.17 0.01 0.01 0.31 0.34 0.01
C6 0.01 0.01 0.14 0.30 0.01 0.14 0.01 0.13 0.00 0.01 0.01 0.03 0.26 0.16 0.01 0.08 0.80 0.68 0.53 0.55
N1 0.02 0.01 0.03 0.19 0.02 0.09 0.02 0.08 0.01 0.00 0.01 0.02 0.17 0.08 0.02 0.03 0.59 0.47 0.38 0.38
N3 0.04 0.01 0.15 0.28 0.01 0.10 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.19 0.01 0.14 0.74 0.72 0.61 0.58
O2 0.09 0.00 0.30 0.19 0.02 0.10 0.03 0.15 0.03 0.02 0.01 0.00 0.19 0.38 0.02 0.24 0.48 0.39 0.39 0.33
O2' 0.02 0.20 0.00 0.03 0.29 0.26 0.30 0.09 0.26 0.17 0.26 0.19 0.00 0.04 0.32 0.18 0.07 0.84 0.13 0.31
O3' 0.28 0.23 0.01 0.01 0.14 0.01 0.19 0.20 0.16 0.08 0.19 0.38 0.04 0.00 0.18 0.19 0.15 0.48 0.45 0.23
O4 0.04 0.02 0.06 0.35 0.00 0.14 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.32 0.18 0.00 0.08 0.92 1.04 0.83 0.80
O4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.08 0.01 0.04 0.01 0.08 0.03 0.14 0.24 0.18 0.19 0.08 0.00 0.34 0.18 0.13 0.18
O5' 0.27 0.60 0.11 0.11 0.87 0.03 0.90 0.01 0.80 0.59 0.74 0.48 0.07 0.15 0.92 0.34 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.37 0.52 0.77 0.43 0.91 0.29 0.94 0.31 0.68 0.47 0.72 0.39 0.84 0.48 1.04 0.18 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.46 0.24 0.19 0.73 0.19 0.71 0.34 0.53 0.38 0.61 0.39 0.13 0.45 0.83 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.09 0.43 0.31 0.12 0.71 0.03 0.72 0.01 0.55 0.38 0.58 0.33 0.31 0.23 0.80 0.18 0.01 0.01 0.00 0.00