ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48723

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.023 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.015, 0.031, 0.048, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.031 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.015, 0.034, 0.053, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.034 std_dev=0.019
C1' A 0, 0.019, 0.039, 0.059, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.039 std_dev=0.020
O4 A 0, 0.020, 0.044, 0.067, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.044 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.036, 0.076, 0.117, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.076 std_dev=0.040
O2' A 0, 0.167, 0.426, 0.685, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.426 std_dev=0.259
C2' A 0, 0.102, 0.367, 0.631, 0.803 max_d=0.803 avg_d=0.367 std_dev=0.264
O4' A 0, 0.139, 0.430, 0.722, 0.903 max_d=0.903 avg_d=0.430 std_dev=0.291
C3' B 0, 0.230, 0.526, 0.822, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.526 std_dev=0.296
P B 0, 0.231, 0.595, 0.959, 1.091 max_d=1.091 avg_d=0.595 std_dev=0.364
OP1 B 0, 0.313, 0.701, 1.089, 1.195 max_d=1.195 avg_d=0.701 std_dev=0.388
C4' A 0, 0.223, 0.647, 1.071, 1.339 max_d=1.339 avg_d=0.647 std_dev=0.424
O5' B 0, 0.261, 0.685, 1.109, 1.332 max_d=1.332 avg_d=0.685 std_dev=0.424
C3' A 0, 0.225, 0.657, 1.088, 1.362 max_d=1.362 avg_d=0.657 std_dev=0.432
C4' B 0, 0.352, 0.801, 1.249, 1.239 max_d=1.239 avg_d=0.801 std_dev=0.449
O3' B 0, 0.213, 0.736, 1.260, 1.325 max_d=1.325 avg_d=0.736 std_dev=0.523
C2' B 0, 0.495, 1.038, 1.581, 1.434 max_d=1.434 avg_d=1.038 std_dev=0.543
O3' A 0, 0.326, 0.951, 1.577, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.951 std_dev=0.626
O2' B 0, 0.614, 1.290, 1.967, 1.844 max_d=1.844 avg_d=1.290 std_dev=0.677
OP2 B 0, 0.277, 0.959, 1.641, 1.842 max_d=1.842 avg_d=0.959 std_dev=0.682
C5' A 0, 0.396, 1.081, 1.766, 2.157 max_d=2.157 avg_d=1.081 std_dev=0.685
O4' B 0, 0.696, 1.401, 2.107, 1.901 max_d=1.901 avg_d=1.401 std_dev=0.705
O5' A 0, 0.634, 1.351, 2.069, 2.054 max_d=2.054 avg_d=1.351 std_dev=0.717
C1' B 0, 0.747, 1.503, 2.260, 2.010 max_d=2.010 avg_d=1.503 std_dev=0.756
C5' B 0, 0.416, 1.363, 2.309, 2.539 max_d=2.539 avg_d=1.363 std_dev=0.946
OP1 A 0, 1.128, 2.279, 3.431, 3.109 max_d=3.109 avg_d=2.279 std_dev=1.152
N1 B 0, 1.138, 2.454, 3.769, 3.604 max_d=3.604 avg_d=2.454 std_dev=1.315
C6 B 0, 1.245, 2.609, 3.973, 3.713 max_d=3.713 avg_d=2.609 std_dev=1.364
P A 0, 1.404, 2.847, 4.290, 3.910 max_d=3.910 avg_d=2.847 std_dev=1.443
C2 B 0, 1.386, 3.306, 5.226, 5.241 max_d=5.241 avg_d=3.306 std_dev=1.920
C5 B 0, 1.538, 3.465, 5.391, 5.285 max_d=5.285 avg_d=3.465 std_dev=1.926
O2 B 0, 1.434, 3.433, 5.433, 5.460 max_d=5.460 avg_d=3.433 std_dev=2.000
OP2 A 0, 2.347, 4.741, 7.136, 6.213 max_d=6.213 avg_d=4.741 std_dev=2.394
N3 B 0, 1.636, 4.135, 6.635, 6.756 max_d=6.756 avg_d=4.135 std_dev=2.499
C4 B 0, 1.710, 4.254, 6.797, 6.895 max_d=6.895 avg_d=4.254 std_dev=2.543
O4 B 0, 1.947, 5.070, 8.192, 8.404 max_d=8.404 avg_d=5.070 std_dev=3.123

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.10 0.09 0.19 0.05
C2 0.02 0.00 0.09 0.10 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.11 0.13 0.00 0.05 0.23 0.17 0.21 0.22
C2' 0.00 0.09 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.15 0.00 0.03 0.03 0.01 0.19 0.26 0.35 0.17
C3' 0.01 0.10 0.00 0.00 0.12 0.00 0.13 0.01 0.13 0.08 0.11 0.12 0.03 0.01 0.12 0.01 0.25 0.36 0.34 0.23
C4 0.01 0.00 0.02 0.12 0.00 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.15 0.00 0.03 0.34 0.29 0.51 0.40
C4' 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.05 0.03 0.02 0.02 0.12 0.00 0.04 0.01 0.01 0.12 0.32 0.07
C5 0.02 0.01 0.05 0.13 0.00 0.05 0.00 0.11 0.00 0.01 0.00 0.01 0.06 0.17 0.01 0.03 0.36 0.32 0.57 0.43
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.10 0.01 0.11 0.00 0.08 0.06 0.08 0.05 0.11 0.02 0.11 0.02 0.00 0.19 0.24 0.01
C6 0.02 0.01 0.07 0.13 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.15 0.01 0.04 0.32 0.26 0.42 0.34
N1 0.01 0.00 0.02 0.08 0.01 0.03 0.01 0.06 0.00 0.00 0.00 0.01 0.04 0.08 0.01 0.01 0.23 0.17 0.23 0.21
N3 0.01 0.00 0.07 0.11 0.00 0.02 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.14 0.00 0.04 0.29 0.22 0.35 0.31
O2 0.03 0.00 0.15 0.12 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01 0.01 0.00 0.00 0.17 0.17 0.00 0.08 0.18 0.12 0.12 0.14
O2' 0.01 0.11 0.00 0.03 0.07 0.12 0.06 0.11 0.06 0.04 0.10 0.17 0.00 0.06 0.08 0.08 0.10 0.23 0.45 0.18
O3' 0.02 0.13 0.03 0.01 0.15 0.00 0.17 0.02 0.15 0.08 0.14 0.17 0.06 0.00 0.17 0.01 0.25 0.46 0.46 0.30
O4 0.01 0.00 0.03 0.12 0.00 0.04 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.17 0.00 0.03 0.36 0.32 0.59 0.44
O4' 0.00 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.08 0.08 0.01 0.03 0.00 0.12 0.06 0.26 0.15
O5' 0.10 0.23 0.19 0.25 0.34 0.01 0.36 0.00 0.32 0.23 0.29 0.18 0.10 0.25 0.36 0.12 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.09 0.17 0.26 0.36 0.29 0.12 0.32 0.19 0.26 0.17 0.22 0.12 0.23 0.46 0.32 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00
OP2 0.19 0.21 0.35 0.34 0.51 0.32 0.57 0.24 0.42 0.23 0.35 0.12 0.45 0.46 0.59 0.26 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.22 0.17 0.23 0.40 0.07 0.43 0.01 0.34 0.21 0.31 0.14 0.18 0.30 0.44 0.15 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.51 1.81 0.22 0.16 1.80 0.19 1.18 0.45 0.83 1.05 2.10 2.13 0.31 0.23 2.02 0.32 0.30 0.33 0.52 0.07
C2 0.75 2.34 0.24 0.08 2.61 0.15 1.78 0.51 1.22 1.45 2.86 2.54 0.25 0.15 2.98 0.48 0.26 0.37 0.57 0.10
C2' 0.47 1.73 0.26 0.08 1.82 0.10 1.24 0.30 0.85 1.02 2.05 2.01 0.24 0.22 2.10 0.29 0.36 0.29 0.41 0.11
C3' 0.38 1.45 0.33 0.16 1.52 0.17 1.04 0.24 0.70 0.85 1.71 1.73 0.20 0.30 1.74 0.21 0.51 0.16 0.40 0.20
C4 0.95 2.45 0.40 0.15 3.05 0.14 2.39 0.39 1.72 1.74 3.04 2.44 0.10 0.12 3.43 0.67 0.18 0.39 0.49 0.09
C4' 0.29 1.24 0.27 0.12 1.16 0.13 0.74 0.24 0.49 0.67 1.39 1.57 0.18 0.28 1.31 0.14 0.41 0.26 0.39 0.12
C5 0.89 2.22 0.45 0.18 2.65 0.12 2.17 0.33 1.64 1.63 2.67 2.22 0.10 0.14 2.90 0.62 0.22 0.30 0.45 0.05
C5' 0.33 0.97 0.43 0.20 0.87 0.23 0.57 0.15 0.37 0.54 1.05 1.24 0.33 0.31 0.99 0.25 0.50 0.25 0.33 0.19
C6 0.75 2.06 0.40 0.07 2.28 0.11 1.77 0.37 1.34 1.42 2.41 2.17 0.05 0.07 2.50 0.48 0.27 0.29 0.47 0.05
N1 0.68 2.11 0.28 0.07 2.26 0.15 1.60 0.46 1.14 1.33 2.50 2.34 0.21 0.14 2.52 0.42 0.28 0.32 0.53 0.08
N3 0.88 2.49 0.30 0.06 3.00 0.13 2.16 0.48 1.50 1.65 3.11 2.58 0.16 0.09 3.44 0.59 0.21 0.41 0.55 0.10
O2 0.68 2.27 0.16 0.14 2.49 0.17 1.58 0.56 1.04 1.33 2.80 2.55 0.35 0.21 2.90 0.43 0.27 0.38 0.60 0.11
O2' 0.37 1.57 0.16 0.20 1.64 0.21 1.05 0.40 0.71 0.86 1.90 1.89 0.44 0.31 1.93 0.25 0.35 0.30 0.46 0.09
O3' 0.33 1.33 0.35 0.21 1.41 0.22 0.96 0.23 0.63 0.76 1.58 1.59 0.22 0.36 1.65 0.20 0.58 0.09 0.40 0.26
O4 1.02 2.48 0.42 0.21 3.26 0.18 2.62 0.35 1.88 1.82 3.12 2.42 0.13 0.17 3.72 0.75 0.12 0.44 0.44 0.12
O4' 0.38 1.49 0.21 0.21 1.34 0.19 0.85 0.42 0.60 0.82 1.65 1.87 0.27 0.31 1.49 0.20 0.32 0.34 0.49 0.10
O5' 0.28 0.99 0.44 0.20 0.96 0.21 0.69 0.25 0.51 0.61 1.10 1.17 0.28 0.27 1.06 0.16 0.59 0.35 0.52 0.41
OP1 0.25 0.31 0.20 0.23 0.25 0.32 0.20 0.37 0.15 0.12 0.32 0.51 0.33 0.40 0.31 0.29 0.63 0.50 0.51 0.48
OP2 0.33 0.39 0.25 0.61 0.64 0.84 0.62 0.88 0.50 0.26 0.58 0.48 0.11 0.69 0.76 0.62 1.23 1.02 1.07 1.08
P 0.25 0.37 0.26 0.48 0.46 0.57 0.41 0.59 0.34 0.21 0.46 0.49 0.17 0.61 0.53 0.43 0.84 0.67 0.73 0.70

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.06 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.29 0.02 0.01 0.36 1.12 0.36 0.57
C2 0.01 0.00 0.27 0.30 0.01 0.07 0.01 0.10 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.17 0.01 0.14 0.66 1.90 0.83 1.08
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.03 0.01 0.21 0.18 0.27 0.02 0.19 0.50 0.00 0.01 0.03 0.02 0.12 0.80 0.17 0.28
C3' 0.02 0.30 0.00 0.00 0.29 0.00 0.24 0.01 0.19 0.17 0.33 0.38 0.02 0.01 0.32 0.01 0.22 0.64 0.18 0.26
C4 0.01 0.01 0.03 0.29 0.00 0.14 0.00 0.19 0.01 0.01 0.00 0.02 0.34 0.04 0.01 0.03 0.99 2.42 1.31 1.53
C4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.14 0.00 0.19 0.01 0.19 0.07 0.09 0.14 0.25 0.01 0.14 0.00 0.01 0.45 0.21 0.11
C5 0.01 0.01 0.21 0.24 0.00 0.19 0.00 0.25 0.00 0.01 0.01 0.01 0.49 0.12 0.01 0.14 1.06 2.31 1.34 1.54
C5' 0.06 0.10 0.18 0.01 0.19 0.01 0.25 0.00 0.22 0.09 0.13 0.15 0.07 0.18 0.21 0.01 0.00 0.29 0.38 0.01
C6 0.02 0.01 0.27 0.19 0.01 0.19 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.46 0.14 0.01 0.19 0.95 1.98 1.05 1.30
N1 0.01 0.00 0.02 0.17 0.01 0.07 0.01 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.20 0.12 0.01 0.02 0.67 1.72 0.75 1.01
N3 0.01 0.01 0.19 0.33 0.00 0.09 0.01 0.13 0.01 0.01 0.00 0.02 0.14 0.12 0.01 0.09 0.83 2.24 1.09 1.33
O2 0.03 0.00 0.50 0.38 0.02 0.14 0.01 0.15 0.01 0.01 0.02 0.00 0.30 0.31 0.02 0.25 0.51 1.69 0.66 0.90
O2' 0.01 0.01 0.00 0.02 0.34 0.25 0.49 0.07 0.46 0.20 0.14 0.30 0.00 0.04 0.36 0.17 0.18 0.67 0.18 0.27
O3' 0.29 0.17 0.01 0.01 0.04 0.01 0.12 0.18 0.14 0.12 0.12 0.31 0.04 0.00 0.07 0.18 0.33 0.51 0.22 0.25
O4 0.02 0.01 0.03 0.32 0.01 0.14 0.01 0.21 0.01 0.01 0.01 0.02 0.36 0.07 0.00 0.03 1.05 2.56 1.44 1.64
O4' 0.01 0.14 0.02 0.01 0.03 0.00 0.14 0.01 0.19 0.02 0.09 0.25 0.17 0.18 0.03 0.00 0.40 0.93 0.36 0.49
O5' 0.36 0.66 0.12 0.22 0.99 0.01 1.06 0.00 0.95 0.67 0.83 0.51 0.18 0.33 1.05 0.40 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 1.12 1.90 0.80 0.64 2.42 0.45 2.31 0.29 1.98 1.72 2.24 1.69 0.67 0.51 2.56 0.93 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.36 0.83 0.17 0.18 1.31 0.21 1.34 0.38 1.05 0.75 1.09 0.66 0.18 0.22 1.44 0.36 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.57 1.08 0.28 0.26 1.53 0.11 1.54 0.01 1.30 1.01 1.33 0.90 0.27 0.25 1.64 0.49 0.01 0.01 0.00 0.00