ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48724

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C5 A 0, 0.010, 0.022, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.012
C4 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N3 A 0, 0.007, 0.021, 0.034, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.021 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.013, 0.035, 0.057, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.035 std_dev=0.022
N1 A 0, 0.002, 0.025, 0.048, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.025 std_dev=0.023
C2 A 0, 0.010, 0.033, 0.056, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.033 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.018, 0.045, 0.072, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.045 std_dev=0.027
O2 A 0, 0.012, 0.057, 0.103, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.057 std_dev=0.045
O4' A 0, 0.056, 0.124, 0.192, 0.188 max_d=0.188 avg_d=0.124 std_dev=0.068
O2' A 0, 0.093, 0.217, 0.341, 0.347 max_d=0.347 avg_d=0.217 std_dev=0.124
C2' A 0, 0.099, 0.223, 0.348, 0.350 max_d=0.350 avg_d=0.223 std_dev=0.125
C4' A 0, 0.124, 0.270, 0.415, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.270 std_dev=0.146
P B 0, 0.104, 0.295, 0.487, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.295 std_dev=0.191
C3' A 0, 0.151, 0.344, 0.538, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.344 std_dev=0.193
C5' A 0, 0.217, 0.466, 0.715, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.466 std_dev=0.249
O3' A 0, 0.246, 0.536, 0.827, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.536 std_dev=0.290
O5' B 0, 0.103, 0.415, 0.727, 0.873 max_d=0.873 avg_d=0.415 std_dev=0.312
O5' A 0, 0.207, 0.530, 0.853, 0.923 max_d=0.923 avg_d=0.530 std_dev=0.323
OP2 B 0, 0.262, 0.751, 1.239, 1.284 max_d=1.284 avg_d=0.751 std_dev=0.489
OP1 B 0, 0.433, 0.991, 1.549, 1.476 max_d=1.476 avg_d=0.991 std_dev=0.558
P A 0, 0.159, 0.791, 1.424, 1.712 max_d=1.712 avg_d=0.791 std_dev=0.633
OP1 A 0, 0.275, 0.920, 1.565, 1.841 max_d=1.841 avg_d=0.920 std_dev=0.645
O2' B 0, 0.212, 0.885, 1.558, 1.916 max_d=1.916 avg_d=0.885 std_dev=0.673
O3' B 0, 0.363, 1.040, 1.717, 2.041 max_d=2.041 avg_d=1.040 std_dev=0.677
C2' B 0, 0.492, 1.299, 2.105, 2.397 max_d=2.397 avg_d=1.299 std_dev=0.806
C3' B 0, 0.216, 1.026, 1.835, 2.261 max_d=2.261 avg_d=1.026 std_dev=0.810
OP2 A 0, 0.023, 0.886, 1.749, 2.238 max_d=2.238 avg_d=0.886 std_dev=0.863
C5' B 0, 0.147, 1.380, 2.613, 3.088 max_d=3.088 avg_d=1.380 std_dev=1.233
C4' B 0, 0.357, 1.678, 2.999, 3.547 max_d=3.547 avg_d=1.678 std_dev=1.321
C1' B 0, 1.341, 2.782, 4.223, 4.132 max_d=4.132 avg_d=2.782 std_dev=1.441
O4' B 0, 1.124, 2.585, 4.046, 4.314 max_d=4.314 avg_d=2.585 std_dev=1.461
N1 B 0, 1.989, 4.001, 6.014, 5.204 max_d=5.204 avg_d=4.001 std_dev=2.013
O2 B 0, 2.001, 4.373, 6.745, 6.630 max_d=6.630 avg_d=4.373 std_dev=2.372
C2 B 0, 2.350, 4.729, 7.107, 6.321 max_d=6.321 avg_d=4.729 std_dev=2.378
C6 B 0, 2.410, 5.041, 7.672, 7.141 max_d=7.141 avg_d=5.041 std_dev=2.631
N3 B 0, 3.172, 6.346, 9.520, 8.010 max_d=8.010 avg_d=6.346 std_dev=3.174
C5 B 0, 3.089, 6.484, 9.880, 9.241 max_d=9.241 avg_d=6.484 std_dev=3.395
C4 B 0, 3.538, 7.202, 10.866, 9.778 max_d=9.778 avg_d=7.202 std_dev=3.664
O4 B 0, 4.293, 8.730, 13.166, 11.820 max_d=11.820 avg_d=8.730 std_dev=4.436

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.03 0.05 0.09 0.04
C2 0.03 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.04 0.06 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.03 0.06 0.06 0.10 0.07
C2' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.08 0.00 0.02 0.02 0.01 0.02 0.11 0.19 0.09
C3' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.03 0.07 0.03 0.01 0.05 0.01 0.03 0.12 0.22 0.11
C4 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.02 0.02 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.09 0.03
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.04 0.03 0.02 0.06 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.08 0.07 0.02
C5 0.03 0.04 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.02 0.01 0.04 0.04 0.06 0.02 0.05 0.04 0.07 0.16 0.04
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.05 0.04 0.08 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.03 0.01
C6 0.03 0.02 0.04 0.06 0.02 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.06 0.03 0.05 0.03 0.05 0.14 0.03
N1 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.05 0.09 0.04
N3 0.03 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.04 0.04 0.04 0.08 0.05
O2 0.05 0.01 0.08 0.07 0.02 0.06 0.04 0.08 0.03 0.03 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.05 0.08 0.09 0.14 0.09
O2' 0.02 0.03 0.00 0.03 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.03 0.02 0.06 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.11 0.17 0.07
O3' 0.02 0.03 0.02 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.06 0.02 0.02 0.07 0.04 0.00 0.04 0.03 0.06 0.18 0.32 0.17
O4 0.03 0.01 0.02 0.05 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.03 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.05 0.04 0.06 0.09 0.04
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.03 0.04 0.05 0.04 0.03 0.05 0.00 0.06 0.04 0.16 0.11
O5' 0.03 0.06 0.02 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.05 0.04 0.08 0.03 0.06 0.04 0.06 0.00 0.03 0.02 0.01
OP1 0.05 0.06 0.11 0.12 0.05 0.08 0.07 0.06 0.05 0.05 0.04 0.09 0.11 0.18 0.06 0.04 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.09 0.10 0.19 0.22 0.09 0.07 0.16 0.03 0.14 0.09 0.08 0.14 0.17 0.32 0.09 0.16 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.07 0.09 0.11 0.03 0.02 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.09 0.07 0.17 0.04 0.11 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.34 0.72 0.19 0.14 1.10 0.17 1.20 0.21 1.01 0.65 0.90 0.83 0.05 0.14 1.21 0.25 0.11 0.11 0.10 0.11
C2 0.44 0.90 0.30 0.12 1.50 0.08 1.64 0.13 1.40 0.85 1.20 1.01 0.25 0.07 1.69 0.31 0.13 0.04 0.14 0.06
C2' 0.29 0.67 0.19 0.06 1.04 0.07 1.08 0.10 0.88 0.58 0.86 0.71 0.04 0.07 1.17 0.19 0.09 0.11 0.16 0.12
C3' 0.21 0.54 0.19 0.05 0.84 0.04 0.83 0.10 0.66 0.47 0.71 0.51 0.06 0.04 0.94 0.14 0.12 0.17 0.29 0.19
C4 0.56 0.89 0.51 0.31 1.54 0.25 1.79 0.30 1.61 0.95 1.22 0.97 0.46 0.17 1.70 0.44 0.16 0.05 0.16 0.07
C4' 0.24 0.46 0.20 0.16 0.67 0.17 0.68 0.17 0.56 0.42 0.57 0.44 0.05 0.17 0.74 0.19 0.14 0.15 0.25 0.16
C5 0.54 0.80 0.55 0.33 1.35 0.24 1.59 0.28 1.47 0.89 1.07 0.83 0.51 0.17 1.46 0.41 0.11 0.05 0.15 0.10
C5' 0.14 0.30 0.17 0.10 0.45 0.12 0.43 0.11 0.35 0.27 0.39 0.23 0.08 0.14 0.49 0.11 0.15 0.15 0.31 0.16
C6 0.42 0.73 0.42 0.19 1.20 0.10 1.38 0.14 1.25 0.77 0.96 0.76 0.41 0.09 1.30 0.28 0.07 0.06 0.15 0.10
N1 0.39 0.79 0.28 0.09 1.29 0.06 1.43 0.12 1.24 0.76 1.04 0.87 0.25 0.05 1.42 0.25 0.09 0.06 0.11 0.08
N3 0.49 0.93 0.39 0.20 1.59 0.15 1.77 0.20 1.55 0.91 1.27 1.06 0.34 0.11 1.79 0.36 0.14 0.04 0.18 0.06
O2 0.43 0.92 0.25 0.09 1.53 0.08 1.66 0.13 1.38 0.84 1.22 1.07 0.16 0.06 1.76 0.31 0.14 0.05 0.16 0.06
O2' 0.32 0.66 0.21 0.15 1.00 0.15 1.03 0.16 0.82 0.56 0.83 0.71 0.13 0.15 1.13 0.23 0.11 0.11 0.12 0.11
O3' 0.19 0.49 0.19 0.06 0.77 0.06 0.73 0.13 0.56 0.42 0.65 0.41 0.05 0.03 0.88 0.12 0.13 0.18 0.33 0.20
O4 0.63 0.91 0.58 0.38 1.62 0.34 1.93 0.42 1.74 1.02 1.25 0.99 0.51 0.22 1.79 0.53 0.21 0.08 0.21 0.06
O4' 0.32 0.59 0.22 0.27 0.83 0.30 0.92 0.32 0.79 0.53 0.70 0.68 0.04 0.25 0.89 0.29 0.16 0.17 0.16 0.16
O5' 0.15 0.38 0.26 0.10 0.53 0.02 0.50 0.06 0.42 0.33 0.48 0.32 0.28 0.02 0.59 0.09 0.18 0.19 0.41 0.24
OP1 0.13 0.15 0.11 0.03 0.20 0.07 0.35 0.08 0.35 0.11 0.16 0.38 0.15 0.01 0.23 0.12 0.40 0.37 0.70 0.45
OP2 0.15 0.30 0.03 0.04 0.30 0.19 0.16 0.14 0.05 0.12 0.37 0.38 0.09 0.02 0.36 0.19 0.70 0.66 0.94 0.77
P 0.09 0.20 0.10 0.03 0.25 0.08 0.17 0.07 0.11 0.09 0.27 0.23 0.13 0.01 0.30 0.09 0.38 0.35 0.60 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.05 0.02 0.01 0.04 0.09 0.01 0.14 0.03 0.01 0.56 0.74 0.60 0.70
C2 0.05 0.00 0.21 0.25 0.02 0.24 0.03 0.42 0.02 0.01 0.01 0.00 0.15 0.08 0.02 0.16 0.51 0.61 0.81 0.68
C2' 0.01 0.21 0.00 0.01 0.06 0.02 0.23 0.08 0.29 0.04 0.13 0.41 0.01 0.02 0.05 0.02 0.54 0.58 0.56 0.61
C3' 0.02 0.25 0.01 0.00 0.17 0.01 0.23 0.03 0.25 0.09 0.23 0.42 0.02 0.01 0.18 0.01 0.18 0.22 0.18 0.19
C4 0.02 0.02 0.06 0.17 0.00 0.09 0.01 0.21 0.01 0.02 0.01 0.02 0.13 0.09 0.01 0.03 1.13 1.49 1.62 1.57
C4' 0.01 0.24 0.02 0.01 0.09 0.00 0.25 0.02 0.29 0.05 0.18 0.47 0.10 0.03 0.10 0.01 0.04 0.20 0.08 0.10
C5 0.01 0.03 0.23 0.23 0.01 0.25 0.00 0.58 0.00 0.01 0.03 0.03 0.07 0.11 0.02 0.16 1.55 1.98 2.06 2.09
C5' 0.05 0.42 0.08 0.03 0.21 0.02 0.58 0.00 0.63 0.12 0.31 0.91 0.04 0.10 0.22 0.03 0.02 0.07 0.22 0.03
C6 0.02 0.02 0.29 0.25 0.01 0.29 0.00 0.63 0.00 0.01 0.02 0.02 0.05 0.14 0.02 0.19 1.53 1.84 1.86 1.96
N1 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.05 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.02 0.08 0.07 0.01 0.02 0.87 1.10 1.06 1.12
N3 0.04 0.01 0.13 0.23 0.01 0.18 0.03 0.31 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.10 0.02 0.10 0.71 0.88 1.12 0.97
O2 0.09 0.00 0.41 0.42 0.02 0.47 0.03 0.91 0.02 0.02 0.01 0.00 0.18 0.15 0.02 0.30 0.58 0.30 0.81 0.57
O2' 0.01 0.15 0.01 0.02 0.13 0.10 0.07 0.04 0.05 0.08 0.17 0.18 0.00 0.05 0.14 0.07 0.47 0.55 0.49 0.56
O3' 0.14 0.08 0.02 0.01 0.09 0.03 0.11 0.10 0.14 0.07 0.10 0.15 0.05 0.00 0.10 0.07 0.13 0.16 0.21 0.13
O4 0.03 0.02 0.05 0.18 0.01 0.10 0.02 0.22 0.02 0.01 0.02 0.02 0.14 0.10 0.00 0.04 1.16 1.54 1.75 1.64
O4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.03 0.01 0.16 0.03 0.19 0.02 0.10 0.30 0.07 0.07 0.04 0.00 0.40 0.61 0.45 0.53
O5' 0.56 0.51 0.54 0.18 1.13 0.04 1.55 0.02 1.53 0.87 0.71 0.58 0.47 0.13 1.16 0.40 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.74 0.61 0.58 0.22 1.49 0.20 1.98 0.07 1.84 1.10 0.88 0.30 0.55 0.16 1.54 0.61 0.02 0.00 0.02 0.01
OP2 0.60 0.81 0.56 0.18 1.62 0.08 2.06 0.22 1.86 1.06 1.12 0.81 0.49 0.21 1.75 0.45 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.70 0.68 0.61 0.19 1.57 0.10 2.09 0.03 1.96 1.12 0.97 0.57 0.56 0.13 1.64 0.53 0.01 0.01 0.01 0.00