ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48725

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.003, 0.011, 0.018, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.005, 0.013, 0.022, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.005, 0.014, 0.024, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.014 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.006, 0.018, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.018 std_dev=0.012
N1 A 0, 0.001, 0.015, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.015
C2 A 0, 0.002, 0.018, 0.035, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.018 std_dev=0.017
C1' A 0, 0.003, 0.025, 0.048, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.025 std_dev=0.023
O4 A 0, 0.011, 0.036, 0.061, 0.062 max_d=0.062 avg_d=0.036 std_dev=0.025
O2 A 0, 0.010, 0.048, 0.086, 0.105 max_d=0.105 avg_d=0.048 std_dev=0.038
OP1 B 0, 0.083, 0.467, 0.850, 1.047 max_d=1.047 avg_d=0.467 std_dev=0.384
OP2 B 0, 0.020, 0.418, 0.816, 0.948 max_d=0.948 avg_d=0.418 std_dev=0.398
O4' A 0, -0.016, 0.384, 0.783, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.384 std_dev=0.399
C2' A 0, 0.000, 0.448, 0.896, 0.995 max_d=0.995 avg_d=0.448 std_dev=0.448
P B 0, 0.118, 0.572, 1.027, 1.107 max_d=1.107 avg_d=0.572 std_dev=0.454
C4' A 0, -0.007, 0.455, 0.916, 1.073 max_d=1.073 avg_d=0.455 std_dev=0.462
C5 B 0, 0.099, 0.760, 1.420, 1.662 max_d=1.662 avg_d=0.760 std_dev=0.660
C6 B 0, 0.103, 0.786, 1.470, 1.709 max_d=1.709 avg_d=0.786 std_dev=0.683
C4 B 0, 0.087, 0.806, 1.525, 1.856 max_d=1.856 avg_d=0.806 std_dev=0.719
O5' B 0, 0.166, 0.890, 1.614, 1.691 max_d=1.691 avg_d=0.890 std_dev=0.724
O4 B 0, 0.093, 0.834, 1.575, 1.921 max_d=1.921 avg_d=0.834 std_dev=0.741
N3 B 0, 0.088, 0.853, 1.618, 2.010 max_d=2.010 avg_d=0.853 std_dev=0.765
N1 B 0, 0.100, 0.878, 1.656, 1.979 max_d=1.979 avg_d=0.878 std_dev=0.778
C2 B 0, 0.096, 0.903, 1.711, 2.103 max_d=2.103 avg_d=0.903 std_dev=0.807
C2' B 0, 0.135, 0.978, 1.821, 2.114 max_d=2.114 avg_d=0.978 std_dev=0.843
O2' A 0, -0.027, 0.817, 1.662, 1.909 max_d=1.909 avg_d=0.817 std_dev=0.845
O2' B 0, 0.124, 0.988, 1.853, 2.205 max_d=2.205 avg_d=0.988 std_dev=0.864
C1' B 0, 0.093, 0.969, 1.845, 2.192 max_d=2.192 avg_d=0.969 std_dev=0.876
C3' A 0, -0.094, 0.798, 1.690, 2.002 max_d=2.002 avg_d=0.798 std_dev=0.892
C3' B 0, 0.099, 0.992, 1.886, 2.127 max_d=2.127 avg_d=0.992 std_dev=0.893
O2 B 0, 0.089, 0.986, 1.883, 2.365 max_d=2.365 avg_d=0.986 std_dev=0.897
C5' A 0, -0.021, 0.877, 1.775, 2.015 max_d=2.015 avg_d=0.877 std_dev=0.898
O3' B 0, 0.064, 1.024, 1.985, 2.182 max_d=2.182 avg_d=1.024 std_dev=0.961
O4' B 0, 0.073, 1.073, 2.073, 2.366 max_d=2.366 avg_d=1.073 std_dev=1.000
C4' B 0, 0.079, 1.100, 2.121, 2.340 max_d=2.340 avg_d=1.100 std_dev=1.021
C5' B 0, 0.087, 1.148, 2.208, 2.457 max_d=2.457 avg_d=1.148 std_dev=1.061
P A 0, -0.011, 1.070, 2.151, 2.441 max_d=2.441 avg_d=1.070 std_dev=1.081
OP1 A 0, -0.035, 1.062, 2.159, 2.556 max_d=2.556 avg_d=1.062 std_dev=1.097
O5' A 0, -0.010, 1.094, 2.198, 2.468 max_d=2.468 avg_d=1.094 std_dev=1.104
OP2 A 0, -0.054, 1.188, 2.430, 2.806 max_d=2.806 avg_d=1.188 std_dev=1.242
O3' A 0, -0.178, 1.264, 2.707, 3.257 max_d=3.257 avg_d=1.264 std_dev=1.443

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.01 0.03 0.03 0.04 0.05 0.01 0.03 0.03 0.02 0.21 0.16 0.57 0.23
C2 0.04 0.00 0.07 0.09 0.01 0.05 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.33 0.02 0.02 0.05 0.52 0.30 0.27 0.26
C2' 0.01 0.07 0.00 0.03 0.11 0.03 0.23 0.04 0.24 0.08 0.01 0.23 0.01 0.04 0.11 0.02 0.29 0.26 0.40 0.18
C3' 0.03 0.09 0.03 0.00 0.39 0.01 0.54 0.04 0.53 0.25 0.21 0.14 0.05 0.01 0.40 0.02 0.30 0.37 0.19 0.18
C4 0.03 0.01 0.11 0.39 0.00 0.20 0.01 0.41 0.02 0.01 0.01 0.02 0.18 0.38 0.01 0.04 0.84 0.49 0.27 0.50
C4' 0.03 0.05 0.03 0.01 0.20 0.00 0.29 0.01 0.28 0.12 0.11 0.06 0.19 0.01 0.21 0.00 0.02 0.15 0.47 0.13
C5 0.03 0.01 0.23 0.54 0.01 0.29 0.00 0.51 0.00 0.01 0.01 0.02 0.07 0.56 0.01 0.04 0.93 0.52 0.28 0.53
C5' 0.01 0.16 0.04 0.04 0.41 0.01 0.51 0.00 0.46 0.23 0.27 0.03 0.17 0.04 0.44 0.02 0.00 0.26 0.34 0.04
C6 0.03 0.01 0.24 0.53 0.02 0.28 0.00 0.46 0.00 0.01 0.02 0.02 0.08 0.51 0.02 0.04 0.82 0.42 0.21 0.38
N1 0.03 0.01 0.08 0.25 0.01 0.12 0.01 0.23 0.01 0.00 0.01 0.02 0.11 0.20 0.01 0.03 0.54 0.29 0.34 0.24
N3 0.04 0.01 0.01 0.21 0.01 0.11 0.01 0.27 0.02 0.01 0.00 0.02 0.30 0.15 0.01 0.05 0.68 0.39 0.19 0.37
O2 0.05 0.01 0.23 0.14 0.02 0.06 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.00 0.52 0.26 0.04 0.08 0.38 0.24 0.35 0.21
O2' 0.01 0.33 0.01 0.05 0.18 0.19 0.07 0.17 0.08 0.11 0.30 0.52 0.00 0.06 0.20 0.15 0.26 0.33 0.38 0.14
O3' 0.03 0.02 0.04 0.01 0.38 0.01 0.56 0.04 0.51 0.20 0.15 0.26 0.06 0.00 0.41 0.01 0.22 0.50 0.12 0.20
O4 0.03 0.02 0.11 0.40 0.01 0.21 0.01 0.44 0.02 0.01 0.01 0.04 0.20 0.41 0.00 0.04 0.90 0.54 0.38 0.57
O4' 0.02 0.05 0.02 0.02 0.04 0.00 0.04 0.02 0.04 0.03 0.05 0.08 0.15 0.01 0.04 0.00 0.13 0.17 0.75 0.34
O5' 0.21 0.52 0.29 0.30 0.84 0.02 0.93 0.00 0.82 0.54 0.68 0.38 0.26 0.22 0.90 0.13 0.00 0.02 0.03 0.02
OP1 0.16 0.30 0.26 0.37 0.49 0.15 0.52 0.26 0.42 0.29 0.39 0.24 0.33 0.50 0.54 0.17 0.02 0.00 0.02 0.00
OP2 0.57 0.27 0.40 0.19 0.27 0.47 0.28 0.34 0.21 0.34 0.19 0.35 0.38 0.12 0.38 0.75 0.03 0.02 0.00 0.00
P 0.23 0.26 0.18 0.18 0.50 0.13 0.53 0.04 0.38 0.24 0.37 0.21 0.14 0.20 0.57 0.34 0.02 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.24 0.50 0.14 0.32 0.64 0.32 0.54 0.41 0.46 0.43 0.63 0.41 0.32 0.28 0.67 0.33 0.54 0.35 0.32 0.42
C2 0.24 0.16 0.43 0.25 0.26 0.18 0.22 0.11 0.11 0.13 0.14 0.26 0.61 0.33 0.39 0.16 0.38 0.24 0.24 0.28
C2' 0.25 0.59 0.14 0.24 0.64 0.24 0.46 0.27 0.36 0.41 0.71 0.62 0.27 0.26 0.70 0.28 0.29 0.15 0.12 0.13
C3' 0.20 0.54 0.14 0.19 0.46 0.18 0.28 0.16 0.20 0.31 0.60 0.68 0.25 0.28 0.51 0.19 0.16 0.50 0.42 0.29
C4 0.41 0.38 0.63 0.44 0.23 0.31 0.21 0.16 0.27 0.35 0.32 0.42 0.71 0.48 0.14 0.28 0.26 0.15 0.15 0.16
C4' 0.31 0.59 0.24 0.31 0.53 0.29 0.39 0.30 0.33 0.43 0.63 0.67 0.23 0.25 0.55 0.32 0.22 0.24 0.15 0.10
C5 0.26 0.17 0.56 0.37 0.11 0.19 0.10 0.06 0.07 0.16 0.10 0.23 0.66 0.45 0.18 0.13 0.29 0.19 0.21 0.23
C5' 0.14 0.31 0.18 0.19 0.24 0.21 0.14 0.16 0.11 0.14 0.33 0.43 0.37 0.30 0.27 0.17 0.20 0.54 0.50 0.37
C6 0.08 0.13 0.39 0.21 0.37 0.13 0.35 0.23 0.23 0.12 0.25 0.08 0.57 0.34 0.42 0.14 0.42 0.27 0.29 0.34
N1 0.09 0.19 0.31 0.20 0.45 0.16 0.39 0.23 0.25 0.16 0.34 0.12 0.53 0.29 0.52 0.15 0.44 0.28 0.28 0.35
N3 0.39 0.36 0.57 0.36 0.18 0.27 0.16 0.13 0.21 0.31 0.28 0.43 0.69 0.41 0.16 0.27 0.31 0.18 0.18 0.20
O2 0.23 0.17 0.37 0.24 0.31 0.19 0.25 0.14 0.15 0.14 0.19 0.27 0.57 0.31 0.45 0.17 0.40 0.26 0.25 0.31
O2' 0.42 0.89 0.22 0.30 1.00 0.32 0.77 0.36 0.63 0.66 1.08 0.89 0.17 0.25 1.10 0.43 0.43 0.20 0.23 0.31
O3' 0.44 0.84 0.33 0.24 0.65 0.24 0.40 0.18 0.34 0.54 0.87 1.06 0.25 0.23 0.69 0.36 0.14 0.61 0.48 0.34
O4 0.51 0.51 0.70 0.52 0.45 0.41 0.42 0.29 0.43 0.48 0.49 0.53 0.75 0.54 0.39 0.39 0.22 0.11 0.09 0.09
O4' 0.13 0.35 0.11 0.32 0.49 0.29 0.44 0.42 0.37 0.32 0.45 0.25 0.46 0.29 0.52 0.24 0.50 0.37 0.31 0.40
O5' 0.21 0.19 0.26 0.12 0.23 0.08 0.37 0.12 0.35 0.19 0.14 0.35 0.36 0.03 0.23 0.14 0.42 0.78 0.87 0.68
OP1 0.05 0.13 0.07 0.04 0.09 0.13 0.19 0.22 0.16 0.04 0.10 0.25 0.16 0.03 0.10 0.10 0.41 0.73 0.67 0.59
OP2 0.03 0.23 0.10 0.03 0.10 0.12 0.19 0.23 0.18 0.06 0.21 0.36 0.14 0.01 0.12 0.08 0.53 0.95 0.85 0.82
P 0.05 0.14 0.11 0.02 0.08 0.05 0.21 0.12 0.19 0.01 0.10 0.28 0.18 0.01 0.09 0.02 0.43 0.74 0.73 0.63

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.24 0.27 0.17 0.21
C2 0.02 0.00 0.03 0.10 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.10 0.02 0.04 0.36 0.28 0.21 0.27
C2' 0.01 0.03 0.00 0.03 0.09 0.02 0.17 0.04 0.18 0.06 0.03 0.14 0.01 0.03 0.09 0.01 0.04 0.12 0.37 0.12
C3' 0.02 0.10 0.03 0.00 0.07 0.01 0.14 0.03 0.14 0.03 0.09 0.17 0.05 0.01 0.07 0.01 0.12 0.21 0.37 0.20
C4 0.02 0.01 0.09 0.07 0.00 0.06 0.01 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.08 0.09 0.01 0.06 0.41 0.29 0.24 0.31
C4' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.06 0.00 0.10 0.00 0.10 0.03 0.05 0.05 0.06 0.01 0.06 0.00 0.02 0.20 0.17 0.02
C5 0.03 0.02 0.17 0.14 0.01 0.10 0.00 0.12 0.01 0.01 0.02 0.03 0.13 0.16 0.01 0.06 0.39 0.29 0.24 0.30
C5' 0.01 0.03 0.04 0.03 0.07 0.00 0.12 0.00 0.11 0.03 0.05 0.04 0.04 0.03 0.07 0.01 0.00 0.26 0.13 0.01
C6 0.03 0.02 0.18 0.14 0.02 0.10 0.01 0.11 0.00 0.01 0.02 0.02 0.12 0.15 0.02 0.06 0.36 0.30 0.22 0.29
N1 0.02 0.01 0.06 0.03 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.02 0.05 0.03 0.02 0.04 0.35 0.29 0.20 0.27
N3 0.02 0.01 0.03 0.09 0.00 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.00 0.01 0.05 0.10 0.02 0.05 0.41 0.29 0.22 0.30
O2 0.03 0.01 0.14 0.17 0.01 0.05 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.00 0.08 0.18 0.03 0.04 0.33 0.27 0.20 0.26
O2' 0.01 0.03 0.01 0.05 0.08 0.06 0.13 0.04 0.12 0.05 0.05 0.08 0.00 0.11 0.09 0.06 0.06 0.16 0.36 0.11
O3' 0.02 0.10 0.03 0.01 0.09 0.01 0.16 0.03 0.15 0.03 0.10 0.18 0.11 0.00 0.09 0.02 0.28 0.40 0.48 0.35
O4 0.01 0.02 0.09 0.07 0.01 0.06 0.01 0.07 0.02 0.02 0.02 0.03 0.09 0.09 0.00 0.05 0.41 0.27 0.25 0.30
O4' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.01 0.06 0.04 0.05 0.04 0.06 0.02 0.05 0.00 0.27 0.39 0.15 0.27
O5' 0.24 0.36 0.04 0.12 0.41 0.02 0.39 0.00 0.36 0.35 0.41 0.33 0.06 0.28 0.41 0.27 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.27 0.28 0.12 0.21 0.29 0.20 0.29 0.26 0.30 0.29 0.29 0.27 0.16 0.40 0.27 0.39 0.01 0.00 0.02 0.01
OP2 0.17 0.21 0.37 0.37 0.24 0.17 0.24 0.13 0.22 0.20 0.22 0.20 0.36 0.48 0.25 0.15 0.02 0.02 0.00 0.01
P 0.21 0.27 0.12 0.20 0.31 0.02 0.30 0.01 0.29 0.27 0.30 0.26 0.11 0.35 0.30 0.27 0.01 0.01 0.01 0.00