ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48726

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C2 A 0, 0.003, 0.006, 0.010, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.006 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.005, 0.012, 0.020, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.012 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.016 std_dev=0.009
N1 A 0, 0.005, 0.015, 0.024, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.015 std_dev=0.010
C6 A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.008, 0.020, 0.032, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.020 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.017 std_dev=0.012
O4' A 0, 0.005, 0.017, 0.030, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.013
N3 A 0, 0.007, 0.022, 0.037, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.022 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.012, 0.033, 0.055, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.033 std_dev=0.021
C4' A 0, 0.013, 0.038, 0.062, 0.064 max_d=0.064 avg_d=0.038 std_dev=0.024
C5' A 0, 0.017, 0.048, 0.079, 0.079 max_d=0.079 avg_d=0.048 std_dev=0.031
C3' A 0, 0.016, 0.050, 0.084, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.050 std_dev=0.034
C2' A 0, 0.014, 0.049, 0.083, 0.082 max_d=0.082 avg_d=0.049 std_dev=0.035
P B 0, 0.024, 0.063, 0.102, 0.097 max_d=0.097 avg_d=0.063 std_dev=0.039
O5' A 0, 0.022, 0.063, 0.105, 0.113 max_d=0.113 avg_d=0.063 std_dev=0.042
O3' A 0, 0.021, 0.063, 0.105, 0.103 max_d=0.103 avg_d=0.063 std_dev=0.042
P A 0, 0.022, 0.065, 0.108, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.065 std_dev=0.043
C4' B 0, 0.028, 0.071, 0.114, 0.114 max_d=0.114 avg_d=0.071 std_dev=0.043
C5' B 0, 0.034, 0.084, 0.134, 0.132 max_d=0.132 avg_d=0.084 std_dev=0.050
O2' A 0, 0.024, 0.075, 0.126, 0.128 max_d=0.128 avg_d=0.075 std_dev=0.051
OP2 B 0, 0.036, 0.087, 0.139, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.087 std_dev=0.051
C3' B 0, 0.017, 0.068, 0.119, 0.120 max_d=0.120 avg_d=0.068 std_dev=0.051
O4' B 0, 0.037, 0.088, 0.140, 0.129 max_d=0.129 avg_d=0.088 std_dev=0.052
O3' B 0, 0.016, 0.072, 0.128, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.072 std_dev=0.056
C1' B 0, 0.042, 0.103, 0.164, 0.161 max_d=0.161 avg_d=0.103 std_dev=0.061
OP2 A 0, 0.020, 0.087, 0.153, 0.155 max_d=0.155 avg_d=0.087 std_dev=0.066
N1 B 0, 0.048, 0.117, 0.185, 0.173 max_d=0.173 avg_d=0.117 std_dev=0.068
C2' B 0, 0.023, 0.095, 0.167, 0.195 max_d=0.195 avg_d=0.095 std_dev=0.072
OP1 A 0, -0.004, 0.068, 0.141, 0.180 max_d=0.180 avg_d=0.068 std_dev=0.073
C6 B 0, 0.024, 0.099, 0.174, 0.179 max_d=0.179 avg_d=0.099 std_dev=0.075
OP1 B 0, 0.030, 0.105, 0.181, 0.182 max_d=0.182 avg_d=0.105 std_dev=0.076
C4 B 0, 0.047, 0.125, 0.203, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.125 std_dev=0.078
C5 B 0, 0.021, 0.102, 0.182, 0.186 max_d=0.186 avg_d=0.102 std_dev=0.081
O5' B 0, 0.050, 0.131, 0.211, 0.200 max_d=0.200 avg_d=0.131 std_dev=0.081
C2 B 0, 0.061, 0.145, 0.230, 0.213 max_d=0.213 avg_d=0.145 std_dev=0.085
N3 B 0, 0.060, 0.145, 0.230, 0.210 max_d=0.210 avg_d=0.145 std_dev=0.085
O4 B 0, 0.050, 0.137, 0.225, 0.239 max_d=0.239 avg_d=0.137 std_dev=0.087
O2' B 0, 0.023, 0.127, 0.231, 0.289 max_d=0.289 avg_d=0.127 std_dev=0.104
O2 B 0, 0.066, 0.172, 0.278, 0.287 max_d=0.287 avg_d=0.172 std_dev=0.106

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.02
C2' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.04 0.01 0.02 0.04 0.02 0.05 0.02
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.03
C5' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00
C6 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.03 0.02 0.01 0.05 0.03 0.05 0.04
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.05 0.02
N3 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.02 0.01 0.05 0.01
O2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.02 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02
O2' 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00
O3' 0.02 0.03 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.02 0.00 0.04 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O4 0.02 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
O5' 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.05 0.00 0.05 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.04 0.05 0.02 0.02 0.05 0.02 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.02 0.02 0.05 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02
C2 0.03 0.05 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04 0.02 0.01 0.04 0.03 0.06 0.03 0.01
C2' 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.11 0.01 0.02 0.05
C3' 0.03 0.02 0.04 0.03 0.04 0.02 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.04 0.06 0.01 0.11 0.02 0.01 0.05
C4 0.05 0.06 0.04 0.03 0.02 0.04 0.01 0.04 0.02 0.05 0.05 0.08 0.05 0.02 0.01 0.05 0.00 0.07 0.03 0.02
C4' 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.04
C5 0.04 0.05 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.04 0.03 0.07 0.03 0.01 0.02 0.04 0.03 0.05 0.03 0.01
C5' 0.02 0.01 0.03 0.03 0.04 0.02 0.04 0.02 0.02 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.06 0.01 0.11 0.03 0.01 0.05
C6 0.03 0.04 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.03 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.04 0.05 0.04 0.02 0.01
N1 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01
N3 0.04 0.06 0.04 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.05 0.08 0.05 0.03 0.02 0.05 0.01 0.07 0.03 0.02
O2 0.04 0.05 0.04 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.07 0.05 0.03 0.02 0.04 0.03 0.06 0.03 0.02
O2' 0.04 0.04 0.05 0.04 0.06 0.03 0.06 0.01 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.05 0.06 0.03 0.12 0.02 0.03 0.06
O3' 0.04 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.05 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.06 0.05 0.06 0.03 0.12 0.02 0.02 0.05
O4 0.06 0.07 0.05 0.04 0.03 0.05 0.02 0.04 0.03 0.06 0.06 0.09 0.06 0.03 0.02 0.06 0.04 0.08 0.04 0.04
O4' 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.01 0.02 0.03 0.02 0.07 0.02 0.02 0.02
O5' 0.03 0.02 0.04 0.04 0.05 0.03 0.05 0.03 0.04 0.03 0.04 0.01 0.05 0.05 0.07 0.03 0.13 0.05 0.02 0.06
OP1 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.04 0.03 0.09 0.04 0.03 0.03
OP2 0.04 0.04 0.03 0.03 0.04 0.04 0.04 0.06 0.04 0.04 0.03 0.04 0.02 0.02 0.05 0.05 0.09 0.03 0.03 0.04
P 0.02 0.02 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.02 0.03 0.06 0.03 0.10 0.05 0.02 0.05

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.08 0.02 0.04
C2 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.05
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.01 0.01
C3' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.04 0.01 0.01
C4 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.06 0.03 0.03 0.03
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.01 0.07 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.06 0.03 0.03 0.02
C5' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.07 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.02 0.02 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.08 0.06 0.02 0.04
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.09 0.08 0.03 0.05
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.06 0.02 0.04
O2 0.03 0.00 0.03 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.04 0.01 0.03 0.10 0.10 0.04 0.07
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.01
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.02 0.02 0.03
O4 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.02 0.05 0.02 0.05 0.03
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.08 0.09 0.02 0.04
O5' 0.07 0.09 0.01 0.03 0.06 0.01 0.06 0.00 0.08 0.09 0.08 0.10 0.00 0.08 0.05 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.08 0.08 0.05 0.04 0.03 0.07 0.03 0.07 0.06 0.08 0.06 0.10 0.06 0.02 0.02 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01
OP2 0.02 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.04 0.00 0.02 0.05 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.05 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.04 0.05 0.04 0.07 0.01 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.01 0.00