ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48727

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C4 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.010
N3 A 0, 0.006, 0.019, 0.032, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.019 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.001, 0.016, 0.030, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.016 std_dev=0.014
C5 A 0, 0.003, 0.019, 0.034, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.019 std_dev=0.015
C1' A 0, 0.002, 0.019, 0.037, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.019 std_dev=0.018
C6 A 0, -0.003, 0.025, 0.054, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.025 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.017, 0.050, 0.082, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.050 std_dev=0.032
N1 A 0, -0.003, 0.030, 0.063, 0.084 max_d=0.084 avg_d=0.030 std_dev=0.033
O4 A 0, 0.019, 0.052, 0.086, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.052 std_dev=0.033
O4' A 0, 0.038, 0.172, 0.306, 0.342 max_d=0.342 avg_d=0.172 std_dev=0.134
C2' A 0, 0.021, 0.186, 0.352, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.186 std_dev=0.166
C4' A 0, -0.008, 0.186, 0.381, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.186 std_dev=0.195
O2' A 0, 0.035, 0.276, 0.516, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.276 std_dev=0.240
C3' A 0, 0.031, 0.291, 0.552, 0.556 max_d=0.556 avg_d=0.291 std_dev=0.261
P B 0, 0.182, 0.479, 0.776, 0.816 max_d=0.816 avg_d=0.479 std_dev=0.297
OP2 B 0, 0.249, 0.592, 0.934, 0.836 max_d=0.836 avg_d=0.592 std_dev=0.343
C5' A 0, 0.024, 0.372, 0.719, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.372 std_dev=0.347
OP1 B 0, 0.282, 0.681, 1.081, 0.997 max_d=0.997 avg_d=0.681 std_dev=0.399
O3' A 0, 0.033, 0.452, 0.871, 0.911 max_d=0.911 avg_d=0.452 std_dev=0.419
O5' A 0, 0.285, 0.780, 1.276, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.780 std_dev=0.495
O5' B 0, 0.213, 0.845, 1.476, 1.470 max_d=1.470 avg_d=0.845 std_dev=0.631
P A 0, -0.007, 0.895, 1.798, 2.377 max_d=2.377 avg_d=0.895 std_dev=0.903
C3' B 0, 0.645, 1.553, 2.461, 2.227 max_d=2.227 avg_d=1.553 std_dev=0.908
O3' B 0, 0.370, 1.281, 2.192, 2.575 max_d=2.575 avg_d=1.281 std_dev=0.911
C5' B 0, 0.564, 1.580, 2.595, 2.526 max_d=2.526 avg_d=1.580 std_dev=1.015
OP1 A 0, 0.516, 1.533, 2.549, 2.840 max_d=2.840 avg_d=1.533 std_dev=1.016
C4' B 0, 0.686, 1.861, 3.036, 2.977 max_d=2.977 avg_d=1.861 std_dev=1.175
OP2 A 0, 0.472, 1.840, 3.209, 3.841 max_d=3.841 avg_d=1.840 std_dev=1.369
C2' B 0, 1.349, 3.220, 5.091, 4.515 max_d=4.515 avg_d=3.220 std_dev=1.871
O2' B 0, 1.359, 3.299, 5.239, 4.755 max_d=4.755 avg_d=3.299 std_dev=1.940
O4' B 0, 1.397, 3.453, 5.509, 5.158 max_d=5.158 avg_d=3.453 std_dev=2.056
C1' B 0, 1.725, 4.124, 6.522, 5.847 max_d=5.847 avg_d=4.124 std_dev=2.399
N1 B 0, 2.382, 5.680, 8.978, 7.971 max_d=7.971 avg_d=5.680 std_dev=3.298
C6 B 0, 2.388, 5.707, 9.026, 8.020 max_d=8.020 avg_d=5.707 std_dev=3.319
C5 B 0, 3.025, 7.202, 11.380, 10.029 max_d=10.029 avg_d=7.202 std_dev=4.178
C2 B 0, 3.078, 7.294, 11.511, 10.005 max_d=10.005 avg_d=7.294 std_dev=4.216
O2 B 0, 3.216, 7.611, 12.007, 10.249 max_d=10.249 avg_d=7.611 std_dev=4.396
N3 B 0, 3.666, 8.688, 13.711, 11.904 max_d=11.904 avg_d=8.688 std_dev=5.022
C4 B 0, 3.691, 8.764, 13.837, 12.103 max_d=12.103 avg_d=8.764 std_dev=5.073
O4 B 0, 4.300, 10.201, 16.102, 14.038 max_d=14.038 avg_d=10.201 std_dev=5.901

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.00 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.09 0.08 0.10
C2 0.03 0.00 0.06 0.05 0.01 0.02 0.03 0.05 0.03 0.01 0.01 0.01 0.06 0.06 0.02 0.03 0.23 0.26 0.35 0.35
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.05 0.01 0.08 0.02 0.07 0.01 0.04 0.10 0.00 0.01 0.05 0.01 0.26 0.05 0.21 0.24
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.10 0.01 0.16 0.02 0.16 0.05 0.04 0.09 0.01 0.00 0.10 0.00 0.39 0.22 0.29 0.36
C4 0.01 0.01 0.05 0.10 0.00 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.01 0.04 0.02 0.13 0.01 0.04 0.29 0.54 0.56 0.54
C4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.01 0.03 0.03 0.01 0.04 0.00 0.04 0.08 0.10 0.02
C5 0.03 0.03 0.08 0.16 0.01 0.07 0.00 0.12 0.01 0.01 0.03 0.04 0.03 0.20 0.02 0.07 0.29 0.59 0.56 0.55
C5' 0.03 0.05 0.02 0.02 0.09 0.01 0.12 0.00 0.13 0.07 0.05 0.04 0.04 0.02 0.09 0.02 0.01 0.19 0.19 0.03
C6 0.04 0.03 0.07 0.16 0.02 0.07 0.01 0.13 0.00 0.01 0.04 0.04 0.04 0.18 0.03 0.06 0.28 0.46 0.44 0.46
N1 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.01 0.01 0.23 0.27 0.31 0.33
N3 0.01 0.01 0.04 0.04 0.01 0.01 0.03 0.05 0.04 0.02 0.00 0.03 0.05 0.06 0.02 0.02 0.26 0.39 0.46 0.44
O2 0.06 0.01 0.10 0.09 0.04 0.03 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.00 0.10 0.13 0.05 0.07 0.21 0.17 0.28 0.28
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.01 0.05 0.10 0.00 0.03 0.03 0.03 0.16 0.20 0.10 0.08
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.13 0.01 0.20 0.02 0.18 0.04 0.06 0.13 0.03 0.00 0.13 0.00 0.45 0.25 0.39 0.40
O4 0.01 0.02 0.05 0.10 0.01 0.04 0.02 0.09 0.03 0.01 0.02 0.05 0.03 0.13 0.00 0.06 0.29 0.61 0.62 0.58
O4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.04 0.00 0.07 0.02 0.06 0.01 0.02 0.07 0.03 0.00 0.06 0.00 0.15 0.16 0.16 0.13
O5' 0.10 0.23 0.26 0.39 0.29 0.04 0.29 0.01 0.28 0.23 0.26 0.21 0.16 0.45 0.29 0.15 0.00 0.03 0.01 0.02
OP1 0.09 0.26 0.05 0.22 0.54 0.08 0.59 0.19 0.46 0.27 0.39 0.17 0.20 0.25 0.61 0.16 0.03 0.00 0.01 0.01
OP2 0.08 0.35 0.21 0.29 0.56 0.10 0.56 0.19 0.44 0.31 0.46 0.28 0.10 0.39 0.62 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.10 0.35 0.24 0.36 0.54 0.02 0.55 0.03 0.46 0.33 0.44 0.28 0.08 0.40 0.58 0.13 0.02 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.83 0.90 0.74 0.25 0.94 0.57 0.92 0.51 0.87 0.87 0.92 0.89 1.20 0.38 0.97 0.91 0.18 0.17 0.37 0.17
C2 0.71 0.94 0.49 0.27 0.86 0.29 0.75 0.16 0.68 0.77 0.95 1.08 0.98 0.68 0.90 0.76 0.10 0.14 0.25 0.05
C2' 0.66 0.67 0.62 0.16 0.68 0.39 0.68 0.34 0.66 0.66 0.67 0.67 1.13 0.54 0.70 0.70 0.07 0.09 0.30 0.08
C3' 0.59 0.55 0.60 0.16 0.55 0.34 0.57 0.29 0.58 0.57 0.53 0.52 1.09 0.60 0.56 0.61 0.15 0.18 0.22 0.16
C4 0.59 0.98 0.19 0.44 0.79 0.33 0.56 0.30 0.48 0.68 0.98 1.19 0.63 0.88 0.84 0.65 0.33 0.12 0.19 0.12
C4' 0.82 0.78 0.84 0.30 0.84 0.67 0.87 0.60 0.86 0.83 0.79 0.70 1.27 0.22 0.85 0.88 0.24 0.13 0.28 0.14
C5 0.60 0.92 0.21 0.42 0.78 0.27 0.60 0.19 0.53 0.69 0.92 1.07 0.61 0.87 0.82 0.70 0.21 0.09 0.24 0.07
C5' 0.82 0.75 0.86 0.33 0.81 0.68 0.84 0.56 0.86 0.82 0.76 0.67 1.27 0.15 0.80 0.85 0.24 0.27 0.18 0.20
C6 0.68 0.86 0.40 0.30 0.80 0.30 0.71 0.21 0.66 0.73 0.86 0.94 0.81 0.74 0.83 0.79 0.02 0.09 0.30 0.04
N1 0.73 0.90 0.54 0.25 0.86 0.36 0.78 0.26 0.73 0.78 0.90 0.97 1.00 0.63 0.89 0.81 0.01 0.11 0.29 0.06
N3 0.65 0.98 0.34 0.35 0.83 0.27 0.65 0.18 0.57 0.72 0.98 1.18 0.83 0.79 0.88 0.69 0.24 0.14 0.20 0.07
O2 0.73 0.95 0.55 0.24 0.89 0.32 0.79 0.19 0.72 0.79 0.96 1.07 1.06 0.63 0.94 0.77 0.08 0.16 0.26 0.07
O2' 0.68 0.67 0.71 0.19 0.75 0.50 0.77 0.48 0.74 0.70 0.69 0.62 1.19 0.37 0.78 0.75 0.15 0.18 0.39 0.19
O3' 0.45 0.34 0.54 0.21 0.36 0.30 0.43 0.27 0.45 0.41 0.32 0.30 1.00 0.63 0.35 0.47 0.20 0.24 0.22 0.20
O4 0.55 1.02 0.11 0.51 0.79 0.47 0.48 0.50 0.38 0.65 1.03 1.27 0.50 0.93 0.85 0.61 0.46 0.14 0.17 0.18
O4' 0.98 1.02 0.91 0.40 1.08 0.81 1.07 0.73 1.04 1.03 1.05 0.97 1.32 0.26 1.10 1.08 0.34 0.17 0.36 0.21
O5' 0.58 0.41 0.65 0.29 0.56 0.68 0.67 0.65 0.70 0.57 0.44 0.24 0.96 0.06 0.55 0.70 0.24 0.21 0.23 0.21
OP1 0.55 0.69 0.50 0.41 0.45 0.10 0.28 0.14 0.28 0.51 0.63 0.88 0.51 0.01 0.45 0.34 0.27 0.68 0.29 0.50
OP2 0.24 0.53 0.25 0.06 0.33 0.19 0.30 0.26 0.27 0.27 0.48 0.79 0.35 0.00 0.35 0.07 0.27 0.36 0.25 0.23
P 0.11 0.27 0.06 0.03 0.07 0.23 0.21 0.31 0.21 0.06 0.19 0.49 0.11 0.01 0.08 0.11 0.12 0.34 0.07 0.21

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.07 0.03 0.02 0.04 0.05 0.02 0.34 0.05 0.01 0.28 0.08 0.47 0.18
C2 0.03 0.00 0.06 0.09 0.04 0.04 0.05 0.14 0.03 0.02 0.02 0.01 0.30 0.35 0.04 0.02 0.58 0.36 0.81 0.52
C2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.04 0.02 0.04 0.18 0.04 0.02 0.06 0.11 0.01 0.07 0.05 0.03 0.17 0.58 0.26 0.35
C3' 0.01 0.09 0.01 0.00 0.32 0.01 0.41 0.02 0.39 0.19 0.19 0.10 0.01 0.00 0.33 0.02 0.22 0.47 0.26 0.35
C4 0.04 0.04 0.04 0.32 0.00 0.13 0.01 0.25 0.01 0.03 0.02 0.05 0.40 0.15 0.00 0.05 0.66 0.47 0.82 0.65
C4' 0.01 0.04 0.02 0.01 0.13 0.00 0.16 0.01 0.16 0.08 0.09 0.04 0.27 0.03 0.14 0.00 0.02 0.18 0.21 0.03
C5 0.04 0.05 0.04 0.41 0.01 0.16 0.00 0.28 0.01 0.04 0.02 0.07 0.37 0.34 0.01 0.08 0.59 0.41 0.71 0.60
C5' 0.07 0.14 0.18 0.02 0.25 0.01 0.28 0.00 0.25 0.15 0.20 0.09 0.10 0.21 0.27 0.01 0.01 0.21 0.12 0.03
C6 0.03 0.03 0.04 0.39 0.01 0.16 0.01 0.25 0.00 0.02 0.02 0.05 0.28 0.29 0.01 0.08 0.50 0.31 0.60 0.48
N1 0.02 0.02 0.02 0.19 0.03 0.08 0.04 0.15 0.02 0.00 0.02 0.03 0.22 0.15 0.03 0.02 0.48 0.19 0.63 0.40
N3 0.04 0.02 0.06 0.19 0.02 0.09 0.02 0.20 0.02 0.02 0.00 0.03 0.38 0.21 0.02 0.03 0.66 0.48 0.87 0.63
O2 0.05 0.01 0.11 0.10 0.05 0.04 0.07 0.09 0.05 0.03 0.03 0.00 0.30 0.63 0.04 0.03 0.55 0.41 0.89 0.53
O2' 0.02 0.30 0.01 0.01 0.40 0.27 0.37 0.10 0.28 0.22 0.38 0.30 0.00 0.09 0.43 0.19 0.20 0.40 0.40 0.12
O3' 0.34 0.35 0.07 0.00 0.15 0.03 0.34 0.21 0.29 0.15 0.21 0.63 0.09 0.00 0.18 0.21 0.25 0.28 0.30 0.25
O4 0.05 0.04 0.05 0.33 0.00 0.14 0.01 0.27 0.01 0.03 0.02 0.04 0.43 0.18 0.00 0.05 0.70 0.55 0.88 0.71
O4' 0.01 0.02 0.03 0.02 0.05 0.00 0.08 0.01 0.08 0.02 0.03 0.03 0.19 0.21 0.05 0.00 0.41 0.14 0.63 0.35
O5' 0.28 0.58 0.17 0.22 0.66 0.02 0.59 0.01 0.50 0.48 0.66 0.55 0.20 0.25 0.70 0.41 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.08 0.36 0.58 0.47 0.47 0.18 0.41 0.21 0.31 0.19 0.48 0.41 0.40 0.28 0.55 0.14 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.47 0.81 0.26 0.26 0.82 0.21 0.71 0.12 0.60 0.63 0.87 0.89 0.40 0.30 0.88 0.63 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.18 0.52 0.35 0.35 0.65 0.03 0.60 0.03 0.48 0.40 0.63 0.53 0.12 0.25 0.71 0.35 0.01 0.00 0.00 0.00