ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48728

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.007, 0.013, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.006
C2 A 0, -0.002, 0.013, 0.028, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.013 std_dev=0.015
N3 A 0, 0.006, 0.023, 0.041, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.023 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.004, 0.027, 0.050, 0.056 max_d=0.056 avg_d=0.027 std_dev=0.023
C6 A 0, 0.001, 0.025, 0.050, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.025 std_dev=0.024
O2 A 0, 0.003, 0.031, 0.060, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.031 std_dev=0.028
N1 A 0, -0.003, 0.027, 0.057, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.027 std_dev=0.030
C1' A 0, 0.004, 0.035, 0.066, 0.075 max_d=0.075 avg_d=0.035 std_dev=0.031
O4 A 0, 0.004, 0.052, 0.100, 0.116 max_d=0.116 avg_d=0.052 std_dev=0.048
O5' B 0, 0.095, 0.380, 0.666, 0.688 max_d=0.688 avg_d=0.380 std_dev=0.285
P B 0, 0.072, 0.418, 0.764, 0.848 max_d=0.848 avg_d=0.418 std_dev=0.346
OP2 B 0, 0.161, 0.553, 0.944, 0.850 max_d=0.850 avg_d=0.553 std_dev=0.391
C5' B 0, 0.109, 0.523, 0.936, 1.011 max_d=1.011 avg_d=0.523 std_dev=0.414
C4' B 0, -0.001, 0.610, 1.222, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.610 std_dev=0.612
O4' A 0, 0.239, 0.896, 1.553, 1.556 max_d=1.556 avg_d=0.896 std_dev=0.657
C2' A 0, 0.211, 0.896, 1.581, 1.663 max_d=1.663 avg_d=0.896 std_dev=0.685
OP1 B 0, 0.269, 1.003, 1.737, 1.734 max_d=1.734 avg_d=1.003 std_dev=0.734
O4' B 0, 0.318, 1.126, 1.934, 1.856 max_d=1.856 avg_d=1.126 std_dev=0.808
O3' A 0, 0.319, 1.167, 2.015, 1.990 max_d=1.990 avg_d=1.167 std_dev=0.848
C3' A 0, 0.306, 1.166, 2.027, 2.050 max_d=2.050 avg_d=1.166 std_dev=0.860
C4' A 0, 0.340, 1.224, 2.109, 2.059 max_d=2.059 avg_d=1.224 std_dev=0.885
C3' B 0, 0.318, 1.361, 2.404, 2.534 max_d=2.534 avg_d=1.361 std_dev=1.043
O2' A 0, 0.301, 1.350, 2.399, 2.558 max_d=2.558 avg_d=1.350 std_dev=1.049
C1' B 0, 0.529, 1.859, 3.190, 3.038 max_d=3.038 avg_d=1.859 std_dev=1.330
C6 B 0, 0.574, 1.966, 3.358, 3.034 max_d=3.034 avg_d=1.966 std_dev=1.392
C2' B 0, 0.615, 2.180, 3.744, 3.598 max_d=3.598 avg_d=2.180 std_dev=1.564
C5' A 0, 0.606, 2.170, 3.734, 3.628 max_d=3.628 avg_d=2.170 std_dev=1.564
O5' A 0, 0.645, 2.296, 3.948, 3.815 max_d=3.815 avg_d=2.296 std_dev=1.652
N1 B 0, 0.708, 2.427, 4.146, 3.755 max_d=3.755 avg_d=2.427 std_dev=1.719
C5 B 0, 0.725, 2.487, 4.249, 3.859 max_d=3.859 avg_d=2.487 std_dev=1.762
O3' B 0, 0.698, 2.542, 4.386, 4.317 max_d=4.317 avg_d=2.542 std_dev=1.844
P A 0, 0.858, 3.037, 5.215, 5.006 max_d=5.006 avg_d=3.037 std_dev=2.179
OP2 A 0, 0.915, 3.211, 5.508, 5.236 max_d=5.236 avg_d=3.211 std_dev=2.296
O2' B 0, 0.929, 3.236, 5.542, 5.207 max_d=5.207 avg_d=3.236 std_dev=2.306
C4 B 0, 1.049, 3.583, 6.117, 5.427 max_d=5.427 avg_d=3.583 std_dev=2.534
C2 B 0, 1.051, 3.599, 6.147, 5.552 max_d=5.552 avg_d=3.599 std_dev=2.548
N3 B 0, 1.201, 4.103, 7.005, 6.213 max_d=6.213 avg_d=4.103 std_dev=2.902
O4 B 0, 1.225, 4.185, 7.145, 6.374 max_d=6.374 avg_d=4.185 std_dev=2.960
OP1 A 0, 1.202, 4.188, 7.175, 6.751 max_d=6.751 avg_d=4.188 std_dev=2.986
O2 B 0, 1.230, 4.225, 7.220, 6.593 max_d=6.593 avg_d=4.225 std_dev=2.995

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.05 0.02 0.10 0.04 0.01 0.03 0.10 0.06 0.05
C2 0.04 0.00 0.16 0.14 0.01 0.02 0.00 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00 0.12 0.07 0.02 0.08 0.11 0.07 0.25 0.07
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.14 0.05 0.17 0.01 0.11 0.30 0.00 0.02 0.01 0.01 0.13 0.09 0.18 0.15
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.08 0.00 0.03 0.01 0.05 0.05 0.14 0.21 0.01 0.01 0.09 0.02 0.10 0.05 0.14 0.11
C4 0.03 0.01 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.02 0.00 0.01 0.12 0.05 0.01 0.03 0.15 0.06 0.38 0.13
C4' 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.01 0.02 0.01 0.00 0.04 0.11 0.01 0.01 0.01 0.02 0.06 0.02 0.03
C5 0.01 0.00 0.14 0.03 0.00 0.03 0.00 0.08 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.08 0.01 0.04 0.14 0.07 0.33 0.12
C5' 0.03 0.05 0.05 0.01 0.08 0.01 0.08 0.00 0.05 0.04 0.07 0.06 0.06 0.07 0.08 0.02 0.01 0.06 0.03 0.02
C6 0.01 0.01 0.17 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01 0.23 0.11 0.01 0.06 0.10 0.09 0.22 0.09
N1 0.01 0.00 0.01 0.05 0.02 0.01 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.02 0.02 0.08 0.09 0.19 0.07
N3 0.03 0.00 0.11 0.14 0.00 0.00 0.01 0.07 0.02 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.02 0.07 0.14 0.05 0.34 0.11
O2 0.05 0.00 0.30 0.21 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.00 0.32 0.12 0.02 0.12 0.09 0.07 0.23 0.06
O2' 0.02 0.12 0.00 0.01 0.12 0.11 0.23 0.06 0.23 0.06 0.07 0.32 0.00 0.02 0.12 0.06 0.10 0.02 0.22 0.12
O3' 0.10 0.07 0.02 0.01 0.05 0.01 0.08 0.07 0.11 0.05 0.08 0.12 0.02 0.00 0.05 0.06 0.07 0.04 0.14 0.06
O4 0.04 0.02 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.08 0.01 0.02 0.02 0.02 0.12 0.05 0.00 0.03 0.17 0.08 0.43 0.15
O4' 0.01 0.08 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.02 0.07 0.12 0.06 0.06 0.03 0.00 0.10 0.14 0.14 0.11
O5' 0.03 0.11 0.13 0.10 0.15 0.02 0.14 0.01 0.10 0.08 0.14 0.09 0.10 0.07 0.17 0.10 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.10 0.07 0.09 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.09 0.09 0.05 0.07 0.02 0.04 0.08 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.06 0.25 0.18 0.14 0.38 0.02 0.33 0.03 0.22 0.19 0.34 0.23 0.22 0.14 0.43 0.14 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.07 0.15 0.11 0.13 0.03 0.12 0.02 0.09 0.07 0.11 0.06 0.12 0.06 0.15 0.11 0.01 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 1.28 0.20 0.09 1.29 0.08 0.85 0.11 0.61 0.81 1.50 1.41 0.26 0.11 1.42 0.27 0.14 0.30 0.21 0.02
C2 0.19 0.95 0.20 0.12 1.17 0.07 0.71 0.09 0.42 0.54 1.26 1.01 0.59 0.14 1.40 0.14 0.12 0.26 0.21 0.04
C2' 0.21 1.09 0.02 0.20 1.11 0.28 0.64 0.45 0.38 0.58 1.31 1.26 0.21 0.20 1.28 0.05 0.29 0.65 0.20 0.33
C3' 0.22 1.00 0.14 0.12 1.00 0.22 0.61 0.36 0.38 0.56 1.18 1.16 0.07 0.12 1.14 0.02 0.20 0.38 0.22 0.12
C4 0.11 0.49 0.43 0.15 0.77 0.07 0.44 0.02 0.16 0.22 0.75 0.50 0.77 0.14 0.99 0.05 0.04 0.15 0.18 0.07
C4' 0.42 1.09 0.34 0.09 1.02 0.05 0.70 0.08 0.54 0.71 1.20 1.25 0.10 0.02 1.11 0.24 0.14 0.10 0.34 0.11
C5 0.15 0.57 0.41 0.14 0.79 0.07 0.50 0.03 0.24 0.31 0.79 0.56 0.69 0.12 0.93 0.10 0.04 0.16 0.19 0.07
C5' 0.29 0.78 0.35 0.11 0.74 0.04 0.55 0.02 0.42 0.52 0.85 0.87 0.17 0.06 0.80 0.16 0.15 0.21 0.43 0.23
C6 0.24 0.88 0.28 0.14 1.03 0.10 0.68 0.09 0.43 0.55 1.10 0.88 0.56 0.15 1.14 0.18 0.11 0.24 0.20 0.01
N1 0.28 1.06 0.17 0.12 1.20 0.09 0.77 0.11 0.49 0.64 1.32 1.11 0.48 0.14 1.35 0.20 0.14 0.27 0.20 0.03
N3 0.07 0.71 0.32 0.13 0.98 0.06 0.57 0.04 0.28 0.36 1.01 0.73 0.71 0.14 1.24 0.07 0.07 0.21 0.20 0.05
O2 0.22 1.04 0.14 0.11 1.23 0.07 0.75 0.11 0.45 0.59 1.35 1.12 0.54 0.15 1.49 0.16 0.13 0.29 0.21 0.05
O2' 0.37 1.30 0.17 0.13 1.27 0.23 0.75 0.46 0.49 0.74 1.53 1.53 0.10 0.12 1.46 0.13 0.31 0.83 0.37 0.48
O3' 0.29 1.07 0.24 0.07 1.03 0.19 0.63 0.36 0.41 0.61 1.24 1.26 0.11 0.05 1.18 0.06 0.22 0.42 0.20 0.15
O4 0.18 0.26 0.51 0.17 0.52 0.07 0.24 0.03 0.02 0.07 0.48 0.28 0.84 0.13 0.74 0.07 0.03 0.09 0.15 0.10
O4' 0.50 1.20 0.31 0.18 1.13 0.19 0.80 0.14 0.63 0.82 1.31 1.32 0.19 0.13 1.20 0.37 0.26 0.02 0.35 0.19
O5' 0.12 0.58 0.17 0.05 0.62 0.12 0.44 0.12 0.30 0.36 0.68 0.62 0.06 0.03 0.69 0.06 0.18 0.26 0.51 0.28
OP1 0.17 0.09 0.07 0.03 0.15 0.11 0.11 0.02 0.04 0.03 0.15 0.14 0.07 0.02 0.20 0.19 0.20 0.60 0.54 0.41
OP2 0.18 0.16 0.02 0.05 0.33 0.25 0.27 0.07 0.14 0.06 0.28 0.14 0.02 0.01 0.40 0.27 0.26 0.72 0.75 0.55
P 0.12 0.20 0.07 0.03 0.29 0.14 0.22 0.03 0.12 0.09 0.29 0.20 0.04 0.01 0.34 0.17 0.20 0.53 0.55 0.40

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.04 0.01 0.02 0.08 0.01 0.16 0.02 0.00 0.06 0.01 0.21 0.13
C2 0.03 0.00 0.10 0.19 0.02 0.06 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.12 0.07 0.04 0.07 0.15 0.17 0.24 0.14
C2' 0.00 0.10 0.00 0.01 0.05 0.00 0.14 0.10 0.16 0.02 0.06 0.21 0.00 0.01 0.05 0.00 0.20 0.09 0.26 0.21
C3' 0.01 0.19 0.01 0.00 0.20 0.00 0.16 0.01 0.11 0.12 0.22 0.20 0.01 0.01 0.22 0.01 0.06 0.17 0.12 0.08
C4 0.01 0.02 0.05 0.20 0.00 0.12 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.04 0.27 0.06 0.00 0.02 0.27 0.17 0.18 0.16
C4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.13 0.06 0.09 0.08 0.16 0.02 0.13 0.01 0.02 0.13 0.07 0.03
C5 0.03 0.02 0.14 0.16 0.00 0.15 0.00 0.20 0.00 0.01 0.01 0.03 0.28 0.06 0.01 0.08 0.23 0.07 0.16 0.05
C5' 0.02 0.09 0.10 0.01 0.19 0.01 0.20 0.00 0.14 0.07 0.15 0.08 0.04 0.08 0.22 0.01 0.01 0.10 0.03 0.01
C6 0.04 0.01 0.16 0.11 0.00 0.13 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.03 0.24 0.04 0.01 0.09 0.13 0.01 0.26 0.08
N1 0.01 0.01 0.02 0.12 0.01 0.06 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.03 0.14 0.05 0.01 0.01 0.07 0.06 0.22 0.10
N3 0.02 0.01 0.06 0.22 0.01 0.09 0.01 0.15 0.01 0.01 0.00 0.02 0.19 0.08 0.03 0.04 0.24 0.21 0.25 0.18
O2 0.08 0.02 0.21 0.20 0.04 0.08 0.03 0.08 0.03 0.03 0.02 0.00 0.07 0.14 0.05 0.14 0.13 0.19 0.28 0.17
O2' 0.01 0.12 0.00 0.01 0.27 0.16 0.28 0.04 0.24 0.14 0.19 0.07 0.00 0.01 0.29 0.14 0.16 0.01 0.30 0.18
O3' 0.16 0.07 0.01 0.01 0.06 0.02 0.06 0.08 0.04 0.05 0.08 0.14 0.01 0.00 0.09 0.12 0.15 0.43 0.30 0.27
O4 0.02 0.04 0.05 0.22 0.00 0.13 0.01 0.22 0.01 0.01 0.03 0.05 0.29 0.09 0.00 0.03 0.31 0.22 0.20 0.21
O4' 0.00 0.07 0.00 0.01 0.02 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.04 0.14 0.14 0.12 0.03 0.00 0.04 0.03 0.19 0.11
O5' 0.06 0.15 0.20 0.06 0.27 0.02 0.23 0.01 0.13 0.07 0.24 0.13 0.16 0.15 0.31 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01
OP1 0.01 0.17 0.09 0.17 0.17 0.13 0.07 0.10 0.01 0.06 0.21 0.19 0.01 0.43 0.22 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.24 0.26 0.12 0.18 0.07 0.16 0.03 0.26 0.22 0.25 0.28 0.30 0.30 0.20 0.19 0.01 0.01 0.00 0.00
P 0.13 0.14 0.21 0.08 0.16 0.03 0.05 0.01 0.08 0.10 0.18 0.17 0.18 0.27 0.21 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00