ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48731

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.005 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.000, 0.006, 0.012, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.006 std_dev=0.006
N1 A 0, -0.003, 0.013, 0.030, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.013 std_dev=0.016
C6 A 0, -0.004, 0.016, 0.036, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.016 std_dev=0.020
C4 A 0, -0.004, 0.017, 0.038, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.017 std_dev=0.021
C1' A 0, -0.004, 0.017, 0.039, 0.048 max_d=0.048 avg_d=0.017 std_dev=0.022
C2 A 0, -0.004, 0.018, 0.040, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.018 std_dev=0.022
O2 A 0, -0.011, 0.035, 0.081, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.035 std_dev=0.046
O4 A 0, -0.032, 0.106, 0.244, 0.301 max_d=0.301 avg_d=0.106 std_dev=0.138
P B 0, 0.053, 0.329, 0.606, 0.677 max_d=0.677 avg_d=0.329 std_dev=0.277
O2' A 0, -0.095, 0.313, 0.722, 0.891 max_d=0.891 avg_d=0.313 std_dev=0.409
OP2 B 0, 0.020, 0.530, 1.041, 1.220 max_d=1.220 avg_d=0.530 std_dev=0.511
C2' A 0, -0.141, 0.393, 0.926, 1.147 max_d=1.147 avg_d=0.393 std_dev=0.534
O4' A 0, -0.152, 0.459, 1.070, 1.322 max_d=1.322 avg_d=0.459 std_dev=0.611
C4' A 0, -0.201, 0.732, 1.665, 2.049 max_d=2.049 avg_d=0.732 std_dev=0.933
C3' A 0, -0.213, 0.724, 1.662, 2.048 max_d=2.048 avg_d=0.724 std_dev=0.937
OP1 B 0, -0.139, 0.843, 1.824, 2.219 max_d=2.219 avg_d=0.843 std_dev=0.981
O5' B 0, -0.204, 0.974, 2.153, 2.632 max_d=2.632 avg_d=0.974 std_dev=1.178
O3' A 0, -0.326, 1.078, 2.483, 3.062 max_d=3.062 avg_d=1.078 std_dev=1.405
O5' A 0, -0.295, 1.113, 2.522, 3.100 max_d=3.100 avg_d=1.113 std_dev=1.409
C5' A 0, -0.321, 1.157, 2.636, 3.245 max_d=3.245 avg_d=1.157 std_dev=1.479
C5' B 0, -0.308, 1.228, 2.764, 3.394 max_d=3.394 avg_d=1.228 std_dev=1.536
OP2 A 0, -0.373, 1.606, 3.584, 4.393 max_d=4.393 avg_d=1.606 std_dev=1.978
P A 0, -0.425, 1.599, 3.622, 4.454 max_d=4.454 avg_d=1.599 std_dev=2.024
O3' B 0, -0.432, 1.594, 3.620, 4.453 max_d=4.453 avg_d=1.594 std_dev=2.026
C3' B 0, -0.507, 1.780, 4.066, 5.008 max_d=5.008 avg_d=1.780 std_dev=2.287
C4' B 0, -0.542, 1.800, 4.141, 5.107 max_d=5.107 avg_d=1.800 std_dev=2.342
OP1 A 0, -0.569, 2.136, 4.841, 5.952 max_d=5.952 avg_d=2.136 std_dev=2.705
O4' B 0, -0.882, 2.577, 6.036, 7.466 max_d=7.466 avg_d=2.577 std_dev=3.459
C2' B 0, -0.882, 2.697, 6.276, 7.755 max_d=7.755 avg_d=2.697 std_dev=3.579
C6 B 0, -1.006, 3.059, 7.123, 8.803 max_d=8.803 avg_d=3.059 std_dev=4.065
C1' B 0, -1.071, 3.083, 7.237, 8.956 max_d=8.956 avg_d=3.083 std_dev=4.154
O2' B 0, -1.059, 3.177, 7.413, 9.164 max_d=9.164 avg_d=3.177 std_dev=4.236
C5 B 0, -1.188, 3.471, 8.129, 10.056 max_d=10.056 avg_d=3.471 std_dev=4.659
N1 B 0, -1.254, 3.478, 8.210, 10.168 max_d=10.168 avg_d=3.478 std_dev=4.732
C4 B 0, -1.634, 4.360, 10.355, 12.837 max_d=12.837 avg_d=4.360 std_dev=5.995
C2 B 0, -1.630, 4.377, 10.384, 12.870 max_d=12.870 avg_d=4.377 std_dev=6.007
N3 B 0, -1.783, 4.764, 11.312, 14.023 max_d=14.023 avg_d=4.764 std_dev=6.547
O2 B 0, -1.762, 4.856, 11.474, 14.213 max_d=14.213 avg_d=4.856 std_dev=6.618
O4 B 0, -1.822, 4.829, 11.479, 14.232 max_d=14.232 avg_d=4.829 std_dev=6.650

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.05 0.03 0.00 0.10 0.07 0.04 0.02
C2 0.02 0.00 0.20 0.26 0.01 0.05 0.01 0.11 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.34 0.02 0.12 0.35 0.24 0.28 0.19
C2' 0.00 0.20 0.00 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.14 0.03 0.16 0.33 0.00 0.08 0.06 0.01 0.01 0.10 0.07 0.04
C3' 0.01 0.26 0.01 0.00 0.17 0.00 0.02 0.01 0.05 0.10 0.26 0.34 0.02 0.02 0.18 0.00 0.07 0.13 0.06 0.03
C4 0.01 0.01 0.05 0.17 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.21 0.00 0.03 0.43 0.29 0.36 0.28
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.09 0.00 0.10 0.00 0.09 0.06 0.07 0.02 0.05 0.02 0.07 0.00 0.01 0.09 0.05 0.04
C5 0.01 0.01 0.09 0.02 0.00 0.10 0.00 0.22 0.00 0.01 0.01 0.02 0.10 0.03 0.00 0.07 0.37 0.22 0.16 0.22
C5' 0.02 0.11 0.00 0.01 0.19 0.00 0.22 0.00 0.19 0.12 0.15 0.07 0.04 0.09 0.17 0.01 0.01 0.08 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.14 0.05 0.00 0.09 0.00 0.19 0.00 0.01 0.00 0.02 0.12 0.06 0.00 0.12 0.29 0.16 0.04 0.12
N1 0.00 0.01 0.03 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.13 0.02 0.01 0.28 0.17 0.10 0.11
N3 0.02 0.01 0.16 0.26 0.01 0.07 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.34 0.02 0.10 0.42 0.29 0.38 0.26
O2 0.03 0.01 0.33 0.34 0.02 0.02 0.02 0.07 0.02 0.01 0.01 0.00 0.12 0.45 0.03 0.18 0.33 0.25 0.31 0.18
O2' 0.02 0.05 0.00 0.02 0.04 0.05 0.10 0.04 0.12 0.04 0.02 0.12 0.00 0.12 0.03 0.05 0.01 0.15 0.05 0.01
O3' 0.05 0.34 0.08 0.02 0.21 0.02 0.03 0.09 0.06 0.13 0.34 0.45 0.12 0.00 0.24 0.01 0.21 0.09 0.10 0.09
O4 0.03 0.02 0.06 0.18 0.00 0.07 0.00 0.17 0.00 0.02 0.02 0.03 0.03 0.24 0.00 0.07 0.43 0.28 0.41 0.30
O4' 0.00 0.12 0.01 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.10 0.18 0.05 0.01 0.07 0.00 0.08 0.03 0.08 0.06
O5' 0.10 0.35 0.01 0.07 0.43 0.01 0.37 0.01 0.29 0.28 0.42 0.33 0.01 0.21 0.43 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.24 0.10 0.13 0.29 0.09 0.22 0.08 0.16 0.17 0.29 0.25 0.15 0.09 0.28 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01
OP2 0.04 0.28 0.07 0.06 0.36 0.05 0.16 0.02 0.04 0.10 0.38 0.31 0.05 0.10 0.41 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.19 0.04 0.03 0.28 0.04 0.22 0.01 0.12 0.11 0.26 0.18 0.01 0.09 0.30 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.90 1.25 1.22 0.94 1.13 0.19 0.90 0.12 0.83 1.01 1.28 1.40 1.29 0.56 1.16 0.36 0.38 0.75 0.08 0.09
C2 0.04 0.20 0.45 0.31 0.31 0.49 0.25 0.57 0.16 0.13 0.28 0.18 0.30 0.13 0.36 0.49 0.09 0.53 0.12 0.12
C2' 0.58 0.87 0.78 0.63 0.69 0.02 0.47 0.22 0.43 0.64 0.87 1.05 0.78 0.27 0.69 0.16 0.18 0.85 0.31 0.26
C3' 1.11 1.36 1.21 1.07 1.00 0.54 0.73 0.17 0.74 1.08 1.28 1.64 1.28 0.80 0.97 0.72 0.37 0.86 0.29 0.22
C4 0.30 0.17 0.21 0.07 0.03 0.69 0.05 0.72 0.12 0.18 0.09 0.23 0.07 0.43 0.02 0.71 0.02 0.39 0.14 0.13
C4' 1.82 2.17 1.97 1.66 1.77 1.00 1.41 0.44 1.41 1.81 2.10 2.50 2.18 1.47 1.76 1.26 0.67 0.82 0.05 0.05
C5 0.42 0.54 0.81 0.56 0.51 0.09 0.42 0.27 0.39 0.46 0.56 0.58 0.66 0.08 0.51 0.03 0.26 0.63 0.12 0.11
C5' 2.39 2.67 2.46 2.15 2.12 1.55 1.73 0.85 1.78 2.29 2.53 3.07 2.71 2.09 2.08 1.84 0.91 0.76 0.07 0.07
C6 0.81 1.01 1.16 0.89 0.88 0.19 0.72 0.09 0.69 0.85 1.00 1.11 1.12 0.36 0.89 0.34 0.38 0.73 0.09 0.09
N1 0.55 0.81 0.94 0.70 0.77 0.06 0.61 0.27 0.55 0.65 0.85 0.88 0.89 0.25 0.79 0.06 0.28 0.68 0.10 0.10
N3 0.40 0.24 0.14 0.06 0.05 0.77 0.06 0.76 0.15 0.25 0.14 0.32 0.11 0.40 0.02 0.83 0.04 0.39 0.14 0.13
O2 0.17 0.07 0.33 0.23 0.22 0.60 0.18 0.64 0.08 0.02 0.17 0.03 0.17 0.17 0.29 0.64 0.05 0.50 0.12 0.13
O2' 0.60 0.97 0.80 0.64 0.83 0.02 0.59 0.25 0.51 0.71 1.00 1.15 0.82 0.31 0.85 0.14 0.20 0.84 0.24 0.22
O3' 1.14 1.39 1.14 1.04 0.95 0.61 0.65 0.23 0.68 1.07 1.28 1.72 1.22 0.83 0.90 0.80 0.34 0.90 0.39 0.27
O4 0.68 0.62 0.14 0.27 0.40 0.98 0.33 0.95 0.42 0.57 0.52 0.73 0.36 0.63 0.34 1.08 0.22 0.16 0.17 0.15
O4' 1.66 2.06 1.96 1.55 1.79 0.76 1.47 0.25 1.42 1.73 2.04 2.30 2.17 1.26 1.81 1.01 0.65 0.78 0.08 0.05
O5' 2.15 2.25 2.20 2.05 1.71 1.56 1.40 0.95 1.49 1.97 2.08 2.59 2.31 1.91 1.63 1.75 0.91 0.66 0.04 0.09
OP1 2.68 2.72 2.46 2.30 1.94 2.12 1.54 1.28 1.71 2.36 2.46 3.20 2.59 2.49 1.81 2.38 0.87 0.86 0.25 0.14
OP2 1.63 1.48 1.53 1.56 0.90 1.51 0.66 0.98 0.84 1.31 1.26 1.79 1.46 1.38 0.78 1.54 0.57 0.84 0.47 0.28
P 2.39 2.36 2.31 2.24 1.71 1.94 1.39 1.18 1.55 2.09 2.13 2.73 2.35 2.30 1.60 2.10 0.88 0.80 0.16 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.30 0.01 0.00 0.14 0.08 0.49 0.25
C2 0.02 0.00 0.03 0.10 0.00 0.06 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.28 0.01 0.05 0.02 0.08 0.48 0.22
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.08 0.01 0.10 0.18 0.08 0.03 0.05 0.06 0.00 0.00 0.12 0.01 0.39 0.15 0.44 0.41
C3' 0.00 0.10 0.00 0.00 0.34 0.00 0.44 0.00 0.42 0.20 0.20 0.07 0.01 0.00 0.38 0.02 0.03 0.29 0.14 0.11
C4 0.00 0.00 0.08 0.34 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.24 0.11 0.00 0.05 0.04 0.17 0.50 0.27
C4' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.09 0.06 0.06 0.05 0.27 0.04 0.07 0.00 0.02 0.13 0.21 0.01
C5 0.01 0.01 0.10 0.44 0.00 0.08 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.16 0.30 0.00 0.08 0.05 0.19 0.51 0.29
C5' 0.05 0.03 0.18 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.02 0.07 0.09 0.17 0.02 0.02 0.01 0.04 0.22 0.02
C6 0.01 0.01 0.08 0.42 0.00 0.09 0.00 0.03 0.00 0.00 0.01 0.02 0.12 0.25 0.00 0.08 0.02 0.16 0.53 0.29
N1 0.00 0.01 0.03 0.20 0.00 0.06 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.17 0.09 0.01 0.01 0.04 0.10 0.50 0.25
N3 0.02 0.00 0.05 0.20 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.29 0.13 0.00 0.02 0.02 0.12 0.49 0.24
O2 0.04 0.01 0.06 0.07 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.02 0.00 0.00 0.34 0.54 0.01 0.12 0.03 0.04 0.45 0.19
O2' 0.00 0.29 0.00 0.01 0.24 0.27 0.16 0.09 0.12 0.17 0.29 0.34 0.00 0.01 0.22 0.17 0.27 0.05 0.40 0.30
O3' 0.30 0.28 0.00 0.00 0.11 0.04 0.30 0.17 0.25 0.09 0.13 0.54 0.01 0.00 0.17 0.23 0.25 0.77 0.43 0.46
O4 0.01 0.01 0.12 0.38 0.00 0.07 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.01 0.22 0.17 0.00 0.07 0.05 0.20 0.49 0.28
O4' 0.00 0.05 0.01 0.02 0.05 0.00 0.08 0.02 0.08 0.01 0.02 0.12 0.17 0.23 0.07 0.00 0.01 0.03 0.47 0.12
O5' 0.14 0.02 0.39 0.03 0.04 0.02 0.05 0.01 0.02 0.04 0.02 0.03 0.27 0.25 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.08 0.08 0.15 0.29 0.17 0.13 0.19 0.04 0.16 0.10 0.12 0.04 0.05 0.77 0.20 0.03 0.01 0.00 0.03 0.01
OP2 0.49 0.48 0.44 0.14 0.50 0.21 0.51 0.22 0.53 0.50 0.49 0.45 0.40 0.43 0.49 0.47 0.01 0.03 0.00 0.01
P 0.25 0.22 0.41 0.11 0.27 0.01 0.29 0.02 0.29 0.25 0.24 0.19 0.30 0.46 0.28 0.12 0.00 0.01 0.01 0.00