ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48732

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.003, 0.010, 0.018, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.010 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.021, 0.019 max_d=0.019 avg_d=0.012 std_dev=0.009
N3 A 0, 0.004, 0.014, 0.024, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.014 std_dev=0.010
C1' A 0, 0.003, 0.014, 0.025, 0.027 max_d=0.027 avg_d=0.014 std_dev=0.011
C5 A 0, 0.000, 0.012, 0.024, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.012 std_dev=0.012
C2 A 0, 0.004, 0.021, 0.038, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.021 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.005, 0.022, 0.039, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.022 std_dev=0.017
O4 A 0, 0.009, 0.031, 0.054, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.031 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.004, 0.033, 0.062, 0.071 max_d=0.071 avg_d=0.033 std_dev=0.029
C2' A 0, 0.016, 0.059, 0.101, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.059 std_dev=0.043
C3' A 0, 0.022, 0.077, 0.131, 0.124 max_d=0.124 avg_d=0.077 std_dev=0.055
O4' A 0, 0.022, 0.078, 0.135, 0.131 max_d=0.131 avg_d=0.078 std_dev=0.056
C4' A 0, 0.026, 0.090, 0.155, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.090 std_dev=0.064
O2' A 0, 0.029, 0.099, 0.169, 0.149 max_d=0.149 avg_d=0.099 std_dev=0.070
O3' A 0, 0.031, 0.107, 0.184, 0.169 max_d=0.169 avg_d=0.107 std_dev=0.076
O4 B 0, 0.032, 0.131, 0.229, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.131 std_dev=0.098
O5' A 0, 0.013, 0.112, 0.210, 0.240 max_d=0.240 avg_d=0.112 std_dev=0.099
C5' A 0, 0.040, 0.144, 0.247, 0.238 max_d=0.238 avg_d=0.144 std_dev=0.103
C4 B 0, 0.034, 0.145, 0.255, 0.268 max_d=0.268 avg_d=0.145 std_dev=0.110
P A 0, 0.046, 0.158, 0.271, 0.250 max_d=0.250 avg_d=0.158 std_dev=0.112
N3 B 0, 0.043, 0.165, 0.287, 0.291 max_d=0.291 avg_d=0.165 std_dev=0.122
C5 B 0, 0.046, 0.171, 0.296, 0.294 max_d=0.294 avg_d=0.171 std_dev=0.125
OP2 A 0, 0.050, 0.179, 0.307, 0.295 max_d=0.295 avg_d=0.179 std_dev=0.128
C2 B 0, 0.047, 0.182, 0.316, 0.321 max_d=0.321 avg_d=0.182 std_dev=0.134
C6 B 0, 0.051, 0.190, 0.329, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.190 std_dev=0.139
N1 B 0, 0.048, 0.191, 0.334, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.191 std_dev=0.143
OP1 A 0, 0.058, 0.203, 0.348, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.203 std_dev=0.145
O2 B 0, 0.063, 0.216, 0.368, 0.334 max_d=0.334 avg_d=0.216 std_dev=0.153
O5' B 0, 0.062, 0.236, 0.410, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.236 std_dev=0.174
C1' B 0, 0.069, 0.247, 0.425, 0.414 max_d=0.414 avg_d=0.247 std_dev=0.178
O4' B 0, 0.075, 0.264, 0.453, 0.433 max_d=0.433 avg_d=0.264 std_dev=0.189
C5' B 0, 0.079, 0.269, 0.460, 0.413 max_d=0.413 avg_d=0.269 std_dev=0.191
P B 0, 0.038, 0.233, 0.427, 0.476 max_d=0.476 avg_d=0.233 std_dev=0.194
C2' B 0, 0.080, 0.274, 0.469, 0.432 max_d=0.432 avg_d=0.274 std_dev=0.195
C4' B 0, 0.081, 0.277, 0.473, 0.427 max_d=0.427 avg_d=0.277 std_dev=0.196
C3' B 0, 0.082, 0.281, 0.480, 0.424 max_d=0.424 avg_d=0.281 std_dev=0.199
OP2 B 0, 0.001, 0.223, 0.445, 0.526 max_d=0.526 avg_d=0.223 std_dev=0.222
O2' B 0, 0.091, 0.316, 0.540, 0.499 max_d=0.499 avg_d=0.316 std_dev=0.224
O3' B 0, 0.095, 0.325, 0.555, 0.504 max_d=0.504 avg_d=0.325 std_dev=0.230
OP1 B 0, 0.049, 0.288, 0.527, 0.585 max_d=0.585 avg_d=0.288 std_dev=0.239

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.03 0.02
C2 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.03 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.01 0.01 0.02 0.00
C2' 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.03 0.01
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.00
C4 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.05 0.04 0.04 0.05 0.04
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.04 0.07 0.02 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
C5 0.01 0.03 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.03 0.02 0.01 0.03 0.02 0.02 0.04 0.02
C5' 0.01 0.03 0.00 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02 0.01 0.06 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03
N3 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.06 0.04 0.04 0.04 0.03
O2 0.05 0.00 0.02 0.03 0.01 0.07 0.03 0.05 0.03 0.02 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01 0.10 0.04 0.02 0.03 0.01
O2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.01
O4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.02 0.00 0.06 0.06 0.07 0.09 0.07
O4' 0.00 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.06 0.10 0.01 0.01 0.06 0.00 0.03 0.03 0.03 0.02
O5' 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.04 0.04 0.01 0.02 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.02 0.01 0.00 0.01 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.07 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.03 0.02 0.03 0.03 0.05 0.02 0.04 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.09 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.03 0.01 0.01 0.01 0.07 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.03 0.06 0.17 0.17 0.14
C2 0.07 0.06 0.07 0.06 0.06 0.06 0.05 0.02 0.04 0.05 0.06 0.06 0.07 0.06 0.08 0.09 0.01 0.11 0.08 0.07
C2' 0.02 0.03 0.03 0.04 0.02 0.03 0.04 0.07 0.04 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.01 0.01 0.10 0.19 0.21 0.17
C3' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.04 0.02 0.02 0.02 0.03 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.15 0.16 0.12
C4 0.08 0.06 0.08 0.07 0.07 0.07 0.05 0.03 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.08 0.10 0.04 0.08 0.03 0.04
C4' 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.03 0.03 0.04 0.02 0.02 0.02 0.02 0.05 0.14 0.13 0.11
C5 0.07 0.07 0.07 0.06 0.08 0.05 0.06 0.01 0.05 0.06 0.08 0.08 0.07 0.05 0.09 0.09 0.01 0.15 0.13 0.10
C5' 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.03 0.03 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.12 0.10 0.08
C6 0.06 0.07 0.06 0.04 0.08 0.04 0.05 0.01 0.04 0.05 0.08 0.08 0.06 0.03 0.10 0.08 0.03 0.17 0.17 0.13
N1 0.06 0.06 0.06 0.04 0.07 0.04 0.05 0.00 0.04 0.05 0.07 0.07 0.06 0.04 0.09 0.08 0.02 0.15 0.14 0.11
N3 0.08 0.07 0.08 0.08 0.07 0.07 0.06 0.04 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.08 0.08 0.10 0.04 0.07 0.03 0.04
O2 0.06 0.04 0.06 0.05 0.05 0.05 0.04 0.01 0.03 0.04 0.05 0.05 0.06 0.05 0.07 0.08 0.01 0.10 0.08 0.07
O2' 0.10 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.12 0.14 0.12 0.11 0.10 0.10 0.09 0.10 0.10 0.08 0.17 0.24 0.26 0.22
O3' 0.03 0.05 0.04 0.04 0.05 0.03 0.04 0.06 0.04 0.04 0.05 0.06 0.03 0.04 0.04 0.01 0.08 0.16 0.17 0.14
O4 0.07 0.06 0.08 0.07 0.06 0.07 0.05 0.04 0.04 0.05 0.06 0.07 0.07 0.08 0.07 0.09 0.06 0.05 0.05 0.01
O4' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.14 0.12 0.10
O5' 0.03 0.00 0.02 0.02 0.00 0.04 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.07 0.01 0.09 0.06 0.05
OP1 0.04 0.01 0.02 0.02 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.03 0.02 0.01 0.08 0.02 0.08 0.04 0.03
OP2 0.07 0.03 0.07 0.07 0.03 0.09 0.04 0.07 0.05 0.05 0.03 0.03 0.07 0.07 0.03 0.12 0.07 0.03 0.03 0.03
P 0.04 0.01 0.03 0.04 0.01 0.06 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.01 0.04 0.03 0.02 0.09 0.03 0.07 0.03 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.05 0.06 0.04
C2 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.13 0.09
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.05 0.03
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
C4 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.07 0.12 0.16 0.11
C4' 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00
C5 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.04 0.08 0.13 0.17 0.12
C5' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01
C6 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.02 0.03 0.10 0.12 0.15 0.12
N1 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.08 0.10 0.12 0.09
N3 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.07 0.10 0.14 0.10
O2 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.05 0.07 0.10 0.07
O2' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.02
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02
O4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.00 0.04 0.06 0.12 0.15 0.10
O4' 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.04 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.01 0.02 0.02
O5' 0.05 0.07 0.03 0.01 0.07 0.01 0.08 0.00 0.10 0.08 0.07 0.05 0.02 0.02 0.06 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.05 0.10 0.04 0.03 0.12 0.01 0.13 0.01 0.12 0.10 0.10 0.07 0.02 0.02 0.12 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP2 0.06 0.13 0.05 0.02 0.16 0.00 0.17 0.01 0.15 0.12 0.14 0.10 0.03 0.02 0.15 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.04 0.09 0.03 0.02 0.11 0.00 0.12 0.01 0.12 0.09 0.10 0.07 0.02 0.02 0.10 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00