ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48736

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
N1 A 0, 0.000, 0.002, 0.005, 0.005 max_d=0.005 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C6 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O4 A 0, 0.000, 0.009, 0.017, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
O4' A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
C2' A 0, 0.000, 0.055, 0.110, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.055 std_dev=0.055
O2' A 0, 0.000, 0.067, 0.133, 0.133 max_d=0.133 avg_d=0.067 std_dev=0.067
C4' A 0, 0.000, 0.073, 0.145, 0.145 max_d=0.145 avg_d=0.073 std_dev=0.073
C3' A 0, 0.000, 0.084, 0.168, 0.168 max_d=0.168 avg_d=0.084 std_dev=0.084
O5' A 0, 0.000, 0.117, 0.233, 0.233 max_d=0.233 avg_d=0.117 std_dev=0.117
O3' A 0, 0.000, 0.122, 0.244, 0.244 max_d=0.244 avg_d=0.122 std_dev=0.122
C5' A 0, 0.000, 0.133, 0.265, 0.265 max_d=0.265 avg_d=0.133 std_dev=0.133
O2' B 0, 0.000, 0.159, 0.317, 0.317 max_d=0.317 avg_d=0.159 std_dev=0.159
O5' B 0, 0.000, 0.164, 0.328, 0.328 max_d=0.328 avg_d=0.164 std_dev=0.164
P A 0, 0.000, 0.166, 0.332, 0.332 max_d=0.332 avg_d=0.166 std_dev=0.166
C2' B 0, 0.000, 0.172, 0.345, 0.345 max_d=0.345 avg_d=0.172 std_dev=0.172
C3' B 0, 0.000, 0.174, 0.348, 0.348 max_d=0.348 avg_d=0.174 std_dev=0.174
O3' B 0, 0.000, 0.176, 0.353, 0.353 max_d=0.353 avg_d=0.176 std_dev=0.176
OP1 A 0, 0.000, 0.186, 0.372, 0.372 max_d=0.372 avg_d=0.186 std_dev=0.186
P B 0, 0.000, 0.203, 0.406, 0.406 max_d=0.406 avg_d=0.203 std_dev=0.203
OP2 A 0, 0.000, 0.203, 0.407, 0.407 max_d=0.407 avg_d=0.203 std_dev=0.203
OP2 B 0, 0.000, 0.214, 0.428, 0.428 max_d=0.428 avg_d=0.214 std_dev=0.214
C5' B 0, 0.000, 0.243, 0.485, 0.485 max_d=0.485 avg_d=0.243 std_dev=0.243
C4' B 0, 0.000, 0.248, 0.496, 0.496 max_d=0.496 avg_d=0.248 std_dev=0.248
OP1 B 0, 0.000, 0.249, 0.498, 0.498 max_d=0.498 avg_d=0.249 std_dev=0.249
C1' B 0, 0.000, 0.259, 0.518, 0.518 max_d=0.518 avg_d=0.259 std_dev=0.259
O4' B 0, 0.000, 0.285, 0.570, 0.570 max_d=0.570 avg_d=0.285 std_dev=0.285
C6 B 0, 0.000, 0.285, 0.571, 0.571 max_d=0.571 avg_d=0.285 std_dev=0.285
N1 B 0, 0.000, 0.296, 0.592, 0.592 max_d=0.592 avg_d=0.296 std_dev=0.296
C5 B 0, 0.000, 0.318, 0.635, 0.635 max_d=0.635 avg_d=0.318 std_dev=0.318
C2 B 0, 0.000, 0.350, 0.701, 0.701 max_d=0.701 avg_d=0.350 std_dev=0.350
C4 B 0, 0.000, 0.370, 0.741, 0.741 max_d=0.741 avg_d=0.370 std_dev=0.370
O2 B 0, 0.000, 0.375, 0.750, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.375 std_dev=0.375
N3 B 0, 0.000, 0.383, 0.766, 0.766 max_d=0.766 avg_d=0.383 std_dev=0.383
O4 B 0, 0.000, 0.407, 0.814, 0.814 max_d=0.814 avg_d=0.407 std_dev=0.407

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
C2 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.05 0.08 0.06
C2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00
C3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.00 0.02
C4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.08 0.07
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C5 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.01 0.02 0.05 0.06 0.05
C5' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01
C6 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.03 0.04 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.06 0.05
N3 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.09 0.07
O2 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.01 0.04 0.04 0.08 0.06
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.03 0.02 0.01
O3' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.07 0.02 0.04
O4 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.00 0.01 0.03 0.07 0.08 0.07
O4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01
O5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.04 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.00 0.02 0.03 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.01 0.05 0.02 0.03 0.06 0.02 0.05 0.00 0.03 0.03 0.06 0.04 0.03 0.07 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.04 0.08 0.02 0.00 0.08 0.01 0.06 0.01 0.04 0.06 0.09 0.08 0.02 0.02 0.08 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.06 0.00 0.02 0.07 0.01 0.05 0.01 0.04 0.05 0.07 0.06 0.01 0.04 0.07 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.02 0.04 0.02 0.01 0.05 0.02 0.05 0.01 0.05 0.04 0.04 0.04 0.04 0.03 0.05 0.00 0.02 0.04 0.02 0.03
C2 0.02 0.01 0.01 0.06 0.03 0.07 0.03 0.06 0.02 0.01 0.02 0.01 0.00 0.06 0.03 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01
C2' 0.03 0.05 0.04 0.00 0.05 0.00 0.05 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05 0.05 0.01 0.05 0.01 0.03 0.04 0.02 0.03
C3' 0.05 0.05 0.06 0.03 0.06 0.02 0.07 0.02 0.07 0.06 0.05 0.05 0.07 0.02 0.06 0.03 0.06 0.07 0.04 0.06
C4 0.06 0.03 0.05 0.09 0.01 0.10 0.01 0.10 0.02 0.04 0.02 0.03 0.04 0.08 0.01 0.08 0.05 0.03 0.03 0.04
C4' 0.06 0.06 0.06 0.03 0.07 0.03 0.07 0.03 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.01 0.07 0.04 0.06 0.08 0.05 0.07
C5 0.05 0.03 0.05 0.08 0.02 0.08 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.04 0.04 0.08 0.01 0.07 0.02 0.00 0.01 0.00
C5' 0.06 0.06 0.08 0.05 0.07 0.04 0.08 0.04 0.08 0.07 0.06 0.06 0.09 0.02 0.07 0.05 0.07 0.09 0.06 0.08
C6 0.03 0.01 0.02 0.05 0.00 0.05 0.01 0.03 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.02
N1 0.01 0.02 0.00 0.04 0.03 0.04 0.03 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.05 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.01
N3 0.04 0.01 0.04 0.08 0.01 0.09 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.08 0.01 0.07 0.04 0.02 0.04 0.03
O2 0.01 0.03 0.00 0.05 0.04 0.06 0.04 0.06 0.03 0.02 0.04 0.03 0.02 0.06 0.05 0.04 0.01 0.00 0.02 0.01
O2' 0.04 0.06 0.04 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.06 0.05 0.06 0.06 0.06 0.00 0.06 0.02 0.03 0.04 0.02 0.03
O3' 0.06 0.06 0.07 0.05 0.06 0.04 0.07 0.04 0.07 0.07 0.06 0.06 0.08 0.04 0.06 0.05 0.07 0.08 0.05 0.07
O4 0.08 0.05 0.07 0.09 0.03 0.11 0.03 0.12 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.09 0.02 0.10 0.07 0.06 0.06 0.07
O4' 0.04 0.06 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.07 0.06 0.06 0.05 0.06 0.01 0.06 0.03 0.05 0.07 0.05 0.06
O5' 0.03 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.02 0.04 0.04 0.03 0.02 0.05 0.01 0.03 0.02 0.05 0.06 0.04 0.05
OP1 0.02 0.03 0.00 0.00 0.03 0.02 0.02 0.01 0.02 0.02 0.03 0.05 0.02 0.01 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01
OP2 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01 0.02
P 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.04 0.01 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.02
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.01 0.02
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.01 0.02
C4 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.04
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.01
C5 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.04 0.04
C5' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.02 0.03
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.00 0.04 0.03 0.04
O2 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.04 0.01 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02
O3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.03 0.01 0.02
O4 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.01 0.05 0.04 0.04
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.01 0.01
O5' 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01
OP1 0.03 0.04 0.03 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.04 0.04 0.04 0.04 0.02 0.03 0.05 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.04 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00