ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48738

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.000, 0.009, 0.018, 0.018 max_d=0.018 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C1' A 0, 0.000, 0.018, 0.036, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.038, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.019
N3 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.023, 0.046, 0.046 max_d=0.046 avg_d=0.023 std_dev=0.023
N1 A 0, 0.000, 0.026, 0.053, 0.053 max_d=0.053 avg_d=0.026 std_dev=0.026
O2 A 0, 0.000, 0.030, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.030 std_dev=0.030
O4 A 0, 0.000, 0.054, 0.108, 0.108 max_d=0.108 avg_d=0.054 std_dev=0.054
P B 0, 0.000, 0.334, 0.667, 0.667 max_d=0.667 avg_d=0.334 std_dev=0.334
OP2 B 0, 0.000, 0.358, 0.716, 0.716 max_d=0.716 avg_d=0.358 std_dev=0.358
O5' B 0, 0.000, 0.375, 0.750, 0.750 max_d=0.750 avg_d=0.375 std_dev=0.375
OP1 B 0, 0.000, 0.548, 1.095, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.548 std_dev=0.548
O4' A 0, 0.000, 0.695, 1.390, 1.390 max_d=1.390 avg_d=0.695 std_dev=0.695
O2 B 0, 0.000, 0.750, 1.499, 1.499 max_d=1.499 avg_d=0.750 std_dev=0.750
C2' A 0, 0.000, 0.844, 1.687, 1.687 max_d=1.687 avg_d=0.844 std_dev=0.844
C3' A 0, 0.000, 0.907, 1.814, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.907 std_dev=0.907
C4' A 0, 0.000, 0.923, 1.845, 1.845 max_d=1.845 avg_d=0.923 std_dev=0.923
N1 B 0, 0.000, 0.967, 1.934, 1.934 max_d=1.934 avg_d=0.967 std_dev=0.967
O3' A 0, 0.000, 0.988, 1.976, 1.976 max_d=1.976 avg_d=0.988 std_dev=0.988
C1' B 0, 0.000, 0.999, 1.998, 1.998 max_d=1.998 avg_d=0.999 std_dev=0.999
O4' B 0, 0.000, 1.133, 2.266, 2.266 max_d=2.266 avg_d=1.133 std_dev=1.133
C2 B 0, 0.000, 1.203, 2.407, 2.407 max_d=2.407 avg_d=1.203 std_dev=1.203
C5' B 0, 0.000, 1.260, 2.520, 2.520 max_d=2.520 avg_d=1.260 std_dev=1.260
O5' A 0, 0.000, 1.328, 2.655, 2.655 max_d=2.655 avg_d=1.328 std_dev=1.328
O2' A 0, 0.000, 1.355, 2.709, 2.709 max_d=2.709 avg_d=1.355 std_dev=1.355
C5' A 0, 0.000, 1.401, 2.803, 2.803 max_d=2.803 avg_d=1.401 std_dev=1.401
C4' B 0, 0.000, 1.651, 3.303, 3.303 max_d=3.303 avg_d=1.651 std_dev=1.651
C6 B 0, 0.000, 1.684, 3.367, 3.367 max_d=3.367 avg_d=1.684 std_dev=1.684
OP2 A 0, 0.000, 1.897, 3.795, 3.795 max_d=3.795 avg_d=1.897 std_dev=1.897
P A 0, 0.000, 1.941, 3.882, 3.882 max_d=3.882 avg_d=1.941 std_dev=1.941
C2' B 0, 0.000, 1.980, 3.961, 3.961 max_d=3.961 avg_d=1.980 std_dev=1.980
C3' B 0, 0.000, 2.283, 4.567, 4.567 max_d=4.567 avg_d=2.283 std_dev=2.283
OP1 A 0, 0.000, 2.288, 4.575, 4.575 max_d=4.575 avg_d=2.288 std_dev=2.288
N3 B 0, 0.000, 2.339, 4.678, 4.678 max_d=4.678 avg_d=2.339 std_dev=2.339
C5 B 0, 0.000, 2.842, 5.683, 5.683 max_d=5.683 avg_d=2.842 std_dev=2.842
O2' B 0, 0.000, 2.902, 5.805, 5.805 max_d=5.805 avg_d=2.902 std_dev=2.902
C4 B 0, 0.000, 3.242, 6.484, 6.484 max_d=6.484 avg_d=3.242 std_dev=3.242
O3' B 0, 0.000, 3.539, 7.079, 7.079 max_d=7.079 avg_d=3.539 std_dev=3.539
O4 B 0, 0.000, 4.319, 8.638, 8.638 max_d=8.638 avg_d=4.319 std_dev=4.319

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.00 0.00 0.02 0.02 0.01 0.23 0.02 0.00 0.15 0.10 0.24 0.17
C2 0.02 0.00 0.22 0.23 0.02 0.05 0.02 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.02 0.06 0.09 0.05 0.21 0.15
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.01 0.01 0.18 0.17 0.23 0.01 0.15 0.41 0.00 0.01 0.00 0.01 0.37 0.30 0.46 0.38
C3' 0.01 0.23 0.00 0.00 0.18 0.00 0.07 0.01 0.01 0.10 0.24 0.29 0.01 0.00 0.20 0.02 0.03 0.05 0.04 0.02
C4 0.01 0.02 0.01 0.18 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.01 0.02 0.26 0.01 0.00 0.01 0.15 0.22 0.37 0.28
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.04 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.06 0.07 0.22 0.01 0.04 0.01 0.00 0.07 0.02 0.02
C5 0.00 0.02 0.18 0.07 0.01 0.01 0.00 0.13 0.00 0.01 0.01 0.02 0.36 0.05 0.00 0.06 0.21 0.33 0.50 0.37
C5' 0.06 0.04 0.17 0.01 0.09 0.00 0.13 0.00 0.14 0.07 0.05 0.00 0.05 0.16 0.09 0.01 0.01 0.06 0.02 0.02
C6 0.00 0.01 0.23 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.00 0.01 0.02 0.01 0.34 0.11 0.01 0.08 0.24 0.31 0.47 0.36
N1 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.15 0.10 0.02 0.00 0.15 0.14 0.29 0.21
N3 0.02 0.01 0.15 0.24 0.01 0.06 0.01 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.10 0.03 0.02 0.04 0.09 0.09 0.25 0.18
O2 0.02 0.00 0.41 0.29 0.02 0.07 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.24 0.01 0.03 0.11 0.04 0.05 0.12 0.07
O2' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.26 0.22 0.36 0.05 0.34 0.15 0.10 0.24 0.00 0.01 0.26 0.12 0.28 0.21 0.53 0.32
O3' 0.23 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.05 0.16 0.11 0.10 0.03 0.01 0.01 0.00 0.04 0.15 0.15 0.42 0.28 0.29
O4 0.02 0.02 0.00 0.20 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.02 0.02 0.03 0.26 0.04 0.00 0.01 0.14 0.23 0.38 0.29
O4' 0.00 0.06 0.01 0.02 0.01 0.01 0.06 0.01 0.08 0.00 0.04 0.11 0.12 0.15 0.01 0.00 0.02 0.05 0.02 0.00
O5' 0.15 0.09 0.37 0.03 0.15 0.00 0.21 0.01 0.24 0.15 0.09 0.04 0.28 0.15 0.14 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01
OP1 0.10 0.05 0.30 0.05 0.22 0.07 0.33 0.06 0.31 0.14 0.09 0.05 0.21 0.42 0.23 0.05 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.24 0.21 0.46 0.04 0.37 0.02 0.50 0.02 0.47 0.29 0.25 0.12 0.53 0.28 0.38 0.02 0.00 0.02 0.00 0.01
P 0.17 0.15 0.38 0.02 0.28 0.02 0.37 0.02 0.36 0.21 0.18 0.07 0.32 0.29 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.43 0.18 0.20 0.30 0.45 0.35 0.24 0.31 0.01 0.06 0.45 0.12 0.14 0.49 0.59 0.71 0.25 0.03 0.23 0.11
C2 0.59 0.49 0.43 0.28 1.27 0.75 0.91 0.54 0.41 0.14 1.11 0.18 1.14 0.39 1.60 0.80 0.25 0.00 0.26 0.14
C2' 0.25 0.12 0.42 0.66 0.42 0.00 0.33 0.08 0.15 0.03 0.34 0.02 0.07 0.94 0.53 0.44 0.11 0.32 0.22 0.28
C3' 0.04 0.31 0.82 0.96 0.37 0.23 0.27 0.20 0.18 0.19 0.40 0.31 0.63 1.34 0.43 0.26 0.06 0.18 0.05 0.14
C4 0.47 0.74 0.51 0.40 1.81 0.88 1.49 0.57 0.83 0.43 1.44 0.34 1.39 0.72 2.20 0.73 0.19 0.07 0.24 0.11
C4' 0.30 0.46 1.15 1.17 0.31 0.44 0.22 0.30 0.21 0.33 0.43 0.58 1.11 1.56 0.31 0.06 0.09 0.19 0.01 0.13
C5 0.32 0.71 0.12 0.01 1.47 0.66 1.24 0.42 0.74 0.45 1.22 0.41 0.86 0.15 1.72 0.68 0.19 0.07 0.24 0.09
C5' 0.77 0.74 1.73 1.79 0.50 0.99 0.45 0.79 0.52 0.69 0.63 0.86 1.75 2.29 0.43 0.40 0.43 0.46 0.26 0.42
C6 0.32 0.58 0.14 0.28 1.07 0.48 0.84 0.34 0.47 0.31 0.96 0.38 0.48 0.28 1.25 0.70 0.22 0.02 0.24 0.10
N1 0.46 0.46 0.03 0.10 0.97 0.54 0.69 0.40 0.32 0.15 0.89 0.27 0.61 0.12 1.18 0.75 0.24 0.00 0.25 0.12
N3 0.58 0.64 0.62 0.48 1.69 0.89 1.29 0.60 0.66 0.29 1.38 0.24 1.48 0.76 2.12 0.79 0.22 0.03 0.26 0.13
O2 0.64 0.34 0.51 0.36 1.11 0.75 0.75 0.56 0.28 0.02 0.95 0.04 1.13 0.46 1.46 0.80 0.25 0.02 0.26 0.15
O2' 0.58 0.32 0.06 0.36 0.06 0.24 0.00 0.12 0.18 0.34 0.08 0.51 0.25 0.67 0.20 0.70 0.00 0.31 0.21 0.26
O3' 0.13 0.40 0.88 0.98 0.42 0.29 0.31 0.23 0.23 0.26 0.48 0.43 0.74 1.35 0.48 0.17 0.09 0.22 0.03 0.16
O4 0.45 0.77 0.66 0.59 2.02 0.96 1.71 0.62 0.96 0.48 1.53 0.33 1.57 1.06 2.52 0.67 0.16 0.11 0.22 0.10
O4' 0.07 0.53 0.82 0.76 0.47 0.04 0.28 0.07 0.17 0.27 0.59 0.64 0.62 0.99 0.52 0.35 0.16 0.02 0.28 0.11
O5' 0.79 0.91 1.71 1.91 0.83 1.00 0.77 0.87 0.77 0.85 0.89 0.92 1.49 2.38 0.82 0.42 0.53 0.57 0.35 0.53
OP1 1.16 0.98 2.08 2.48 0.83 1.69 0.89 1.62 0.99 1.06 0.88 0.99 2.01 3.25 0.75 0.94 1.08 1.10 1.02 1.10
OP2 1.11 1.25 1.86 2.32 1.41 1.45 1.41 1.51 1.35 1.27 1.34 1.12 1.44 2.75 1.43 0.85 1.15 1.20 1.01 1.19
P 1.17 1.14 2.06 2.46 1.07 1.58 1.08 1.49 1.12 1.17 1.09 1.10 1.84 3.10 1.02 0.90 1.02 1.01 0.83 1.00

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.16 0.10 0.19 0.14
C2 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.04 0.32 0.47 0.34 0.44
C2' 0.01 0.01 0.00 0.01 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.02 0.01 0.05 0.00 0.00 0.05 0.01 0.22 0.04 0.41 0.20
C3' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.12 0.00 0.11 0.05 0.04 0.04 0.02 0.01 0.09 0.00 0.29 0.10 0.60 0.28
C4 0.04 0.02 0.05 0.09 0.00 0.10 0.00 0.15 0.01 0.03 0.01 0.01 0.03 0.10 0.00 0.06 0.42 0.84 0.45 0.69
C4' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.10 0.00 0.12 0.00 0.11 0.05 0.06 0.00 0.01 0.01 0.10 0.01 0.00 0.29 0.22 0.08
C5 0.03 0.01 0.07 0.12 0.00 0.12 0.00 0.17 0.01 0.02 0.00 0.01 0.06 0.14 0.00 0.04 0.43 0.84 0.44 0.68
C5' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.15 0.00 0.17 0.00 0.15 0.08 0.11 0.04 0.01 0.01 0.16 0.01 0.00 0.28 0.34 0.01
C6 0.03 0.00 0.07 0.11 0.01 0.11 0.01 0.15 0.00 0.01 0.00 0.00 0.06 0.13 0.01 0.03 0.38 0.61 0.37 0.53
N1 0.01 0.01 0.02 0.05 0.03 0.05 0.02 0.08 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.05 0.03 0.02 0.31 0.41 0.32 0.39
N3 0.03 0.01 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.11 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.03 0.02 0.05 0.39 0.68 0.41 0.58
O2 0.01 0.00 0.05 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.02 0.04 0.26 0.34 0.29 0.33
O2' 0.01 0.02 0.00 0.02 0.03 0.01 0.06 0.01 0.06 0.01 0.01 0.07 0.00 0.00 0.03 0.03 0.02 0.32 0.18 0.10
O3' 0.01 0.00 0.00 0.01 0.10 0.01 0.14 0.01 0.13 0.05 0.03 0.06 0.00 0.00 0.10 0.00 0.18 0.39 0.65 0.14
O4 0.04 0.02 0.05 0.09 0.00 0.10 0.00 0.16 0.01 0.03 0.02 0.02 0.03 0.10 0.00 0.06 0.44 0.96 0.49 0.76
O4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.06 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.05 0.04 0.03 0.00 0.06 0.00 0.04 0.01 0.04 0.02
O5' 0.16 0.32 0.22 0.29 0.42 0.00 0.43 0.00 0.38 0.31 0.39 0.26 0.02 0.18 0.44 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.10 0.47 0.04 0.10 0.84 0.29 0.84 0.28 0.61 0.41 0.68 0.34 0.32 0.39 0.96 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01
OP2 0.19 0.34 0.41 0.60 0.45 0.22 0.44 0.34 0.37 0.32 0.41 0.29 0.18 0.65 0.49 0.04 0.01 0.02 0.00 0.01
P 0.14 0.44 0.20 0.28 0.69 0.08 0.68 0.01 0.53 0.39 0.58 0.33 0.10 0.14 0.76 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00