ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48740

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C6 A 0, 0.000, 0.013, 0.026, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C5 A 0, 0.000, 0.014, 0.029, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.014 std_dev=0.014
N3 A 0, 0.000, 0.017, 0.035, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.017 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.000, 0.018, 0.037, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.018 std_dev=0.018
C4 A 0, 0.000, 0.019, 0.039, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.019
C2 A 0, 0.000, 0.026, 0.051, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.026 std_dev=0.026
C1' A 0, 0.000, 0.036, 0.072, 0.072 max_d=0.072 avg_d=0.036 std_dev=0.036
O2 A 0, 0.000, 0.046, 0.092, 0.092 max_d=0.092 avg_d=0.046 std_dev=0.046
O4 A 0, 0.000, 0.103, 0.205, 0.205 max_d=0.205 avg_d=0.103 std_dev=0.103
C2' A 0, 0.000, 0.104, 0.209, 0.209 max_d=0.209 avg_d=0.104 std_dev=0.104
OP1 B 0, 0.000, 0.182, 0.363, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.182 std_dev=0.182
O4' A 0, 0.000, 0.230, 0.461, 0.461 max_d=0.461 avg_d=0.230 std_dev=0.230
O5' A 0, 0.000, 0.354, 0.707, 0.707 max_d=0.707 avg_d=0.354 std_dev=0.354
O2' A 0, 0.000, 0.440, 0.880, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.440 std_dev=0.440
P B 0, 0.000, 0.513, 1.026, 1.026 max_d=1.026 avg_d=0.513 std_dev=0.513
C3' A 0, 0.000, 0.667, 1.334, 1.334 max_d=1.334 avg_d=0.667 std_dev=0.667
C4' A 0, 0.000, 0.680, 1.359, 1.359 max_d=1.359 avg_d=0.680 std_dev=0.680
O5' B 0, 0.000, 0.859, 1.717, 1.717 max_d=1.717 avg_d=0.859 std_dev=0.859
P A 0, 0.000, 0.868, 1.735, 1.735 max_d=1.735 avg_d=0.868 std_dev=0.868
OP2 B 0, 0.000, 0.872, 1.745, 1.745 max_d=1.745 avg_d=0.872 std_dev=0.872
C5' A 0, 0.000, 0.975, 1.950, 1.950 max_d=1.950 avg_d=0.975 std_dev=0.975
OP1 A 0, 0.000, 1.046, 2.092, 2.092 max_d=2.092 avg_d=1.046 std_dev=1.046
O3' A 0, 0.000, 1.102, 2.205, 2.205 max_d=2.205 avg_d=1.102 std_dev=1.102
C5' B 0, 0.000, 1.103, 2.207, 2.207 max_d=2.207 avg_d=1.103 std_dev=1.103
OP2 A 0, 0.000, 1.536, 3.071, 3.071 max_d=3.071 avg_d=1.536 std_dev=1.536
C4' B 0, 0.000, 2.204, 4.409, 4.409 max_d=4.409 avg_d=2.204 std_dev=2.204
O4' B 0, 0.000, 2.260, 4.521, 4.521 max_d=4.521 avg_d=2.260 std_dev=2.260
C3' B 0, 0.000, 3.325, 6.651, 6.651 max_d=6.651 avg_d=3.325 std_dev=3.325
C1' B 0, 0.000, 3.409, 6.819, 6.819 max_d=6.819 avg_d=3.409 std_dev=3.409
C2' B 0, 0.000, 3.795, 7.591, 7.591 max_d=7.591 avg_d=3.795 std_dev=3.795
N1 B 0, 0.000, 3.842, 7.683, 7.683 max_d=7.683 avg_d=3.842 std_dev=3.842
C6 B 0, 0.000, 4.093, 8.186, 8.186 max_d=8.186 avg_d=4.093 std_dev=4.093
O2 B 0, 0.000, 4.162, 8.325, 8.325 max_d=8.325 avg_d=4.162 std_dev=4.162
C2 B 0, 0.000, 4.279, 8.558, 8.558 max_d=8.558 avg_d=4.279 std_dev=4.279
O3' B 0, 0.000, 4.284, 8.567, 8.567 max_d=8.567 avg_d=4.284 std_dev=4.284
O2' B 0, 0.000, 4.765, 9.530, 9.530 max_d=9.530 avg_d=4.765 std_dev=4.765
C5 B 0, 0.000, 4.979, 9.959, 9.959 max_d=9.959 avg_d=4.979 std_dev=4.979
N3 B 0, 0.000, 5.047, 10.093, 10.093 max_d=10.093 avg_d=5.047 std_dev=5.047
C4 B 0, 0.000, 5.531, 11.061, 11.061 max_d=11.061 avg_d=5.531 std_dev=5.531
O4 B 0, 0.000, 6.443, 12.886, 12.886 max_d=12.886 avg_d=6.443 std_dev=6.443

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.03 0.02 0.03 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.01 0.08 0.04 0.01 0.15 0.23 0.43 0.08
C2 0.04 0.00 0.02 0.15 0.01 0.03 0.02 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.04 0.01 0.07 0.15 0.05 0.68 0.25
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.01 0.04 0.02 0.01 0.29 0.20 0.50 0.14
C3' 0.01 0.15 0.00 0.00 0.26 0.00 0.25 0.01 0.20 0.15 0.22 0.08 0.02 0.00 0.28 0.00 0.28 0.17 0.32 0.11
C4 0.03 0.01 0.01 0.26 0.00 0.14 0.00 0.29 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.21 0.00 0.04 0.08 0.15 0.85 0.39
C4' 0.02 0.03 0.02 0.00 0.14 0.00 0.17 0.00 0.15 0.07 0.08 0.05 0.12 0.00 0.15 0.01 0.01 0.43 0.02 0.17
C5 0.03 0.02 0.01 0.25 0.00 0.17 0.00 0.33 0.00 0.02 0.01 0.02 0.12 0.24 0.00 0.02 0.05 0.19 0.85 0.42
C5' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.29 0.00 0.33 0.00 0.27 0.14 0.21 0.03 0.10 0.07 0.32 0.03 0.01 0.10 0.09 0.02
C6 0.02 0.01 0.02 0.20 0.00 0.15 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.02 0.08 0.17 0.00 0.01 0.09 0.10 0.75 0.35
N1 0.02 0.01 0.00 0.15 0.01 0.07 0.02 0.14 0.01 0.00 0.01 0.01 0.12 0.06 0.01 0.04 0.14 0.05 0.64 0.24
N3 0.04 0.00 0.02 0.22 0.01 0.08 0.01 0.21 0.00 0.01 0.00 0.00 0.23 0.13 0.01 0.06 0.12 0.04 0.78 0.32
O2 0.05 0.00 0.02 0.08 0.01 0.05 0.02 0.03 0.02 0.01 0.00 0.00 0.27 0.08 0.01 0.09 0.18 0.13 0.62 0.19
O2' 0.01 0.22 0.01 0.02 0.19 0.12 0.12 0.10 0.08 0.12 0.23 0.27 0.00 0.09 0.19 0.12 0.06 0.60 0.19 0.20
O3' 0.08 0.04 0.04 0.00 0.21 0.00 0.24 0.07 0.17 0.06 0.13 0.08 0.09 0.00 0.25 0.03 0.12 0.47 0.01 0.15
O4 0.04 0.01 0.02 0.28 0.00 0.15 0.00 0.32 0.00 0.01 0.01 0.01 0.19 0.25 0.00 0.05 0.06 0.20 0.88 0.43
O4' 0.01 0.07 0.01 0.00 0.04 0.01 0.02 0.03 0.01 0.04 0.06 0.09 0.12 0.03 0.05 0.00 0.03 0.32 0.20 0.06
O5' 0.15 0.15 0.29 0.28 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.14 0.12 0.18 0.06 0.12 0.06 0.03 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.23 0.05 0.20 0.17 0.15 0.43 0.19 0.10 0.10 0.05 0.04 0.13 0.60 0.47 0.20 0.32 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.43 0.68 0.50 0.32 0.85 0.02 0.85 0.09 0.75 0.64 0.78 0.62 0.19 0.01 0.88 0.20 0.03 0.01 0.00 0.00
P 0.08 0.25 0.14 0.11 0.39 0.17 0.42 0.02 0.35 0.24 0.32 0.19 0.20 0.15 0.43 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.33 0.46 0.58 1.24 1.52 1.02 1.45 0.59 0.83 0.34 1.02 0.11 0.76 2.18 1.94 0.52 0.43 0.08 0.20 0.03
C2 0.10 0.51 0.20 0.90 1.35 0.83 1.32 0.57 0.83 0.42 0.95 0.22 0.19 1.72 1.68 0.39 0.50 0.10 0.01 0.08
C2' 0.16 0.74 0.42 1.12 1.95 0.98 1.86 0.57 1.15 0.60 1.37 0.33 0.61 2.06 2.44 0.43 0.40 0.06 0.24 0.04
C3' 0.01 0.93 0.31 0.97 2.23 0.80 2.17 0.35 1.42 0.81 1.61 0.48 0.57 1.91 2.73 0.26 0.11 0.33 0.63 0.35
C4 0.14 0.54 0.21 0.48 1.09 0.57 1.09 0.47 0.77 0.49 0.83 0.34 0.36 1.16 1.30 0.21 0.49 0.12 0.18 0.14
C4' 0.24 0.68 0.62 1.20 1.90 0.88 1.83 0.34 1.11 0.54 1.32 0.26 0.96 2.17 2.38 0.36 0.06 0.34 0.67 0.38
C5 0.07 0.52 0.12 0.59 1.11 0.64 1.11 0.50 0.77 0.46 0.82 0.31 0.20 1.30 1.32 0.26 0.49 0.12 0.07 0.09
C5' 0.23 0.67 0.62 1.15 1.87 0.80 1.85 0.21 1.15 0.56 1.29 0.24 1.02 2.11 2.28 0.31 0.14 0.50 0.94 0.59
C6 0.10 0.49 0.18 0.89 1.27 0.83 1.26 0.55 0.80 0.41 0.90 0.22 0.19 1.71 1.55 0.39 0.48 0.10 0.09 0.03
N1 0.18 0.49 0.32 1.02 1.38 0.90 1.35 0.58 0.82 0.39 0.95 0.18 0.38 1.89 1.73 0.44 0.48 0.09 0.09 0.03
N3 0.05 0.54 0.04 0.66 1.23 0.68 1.21 0.52 0.81 0.47 0.90 0.30 0.14 1.40 1.49 0.28 0.50 0.11 0.12 0.12
O2 0.15 0.50 0.29 0.98 1.41 0.88 1.36 0.58 0.83 0.40 0.97 0.19 0.32 1.83 1.78 0.42 0.50 0.09 0.00 0.07
O2' 0.09 0.87 0.41 1.10 2.12 0.89 1.98 0.47 1.23 0.69 1.55 0.46 0.64 2.04 2.68 0.33 0.31 0.09 0.24 0.08
O3' 0.24 1.27 0.14 0.78 2.68 0.58 2.55 0.13 1.73 1.11 2.01 0.79 0.44 1.69 3.26 0.00 0.11 0.48 0.79 0.51
O4 0.25 0.53 0.40 0.26 0.95 0.42 0.95 0.42 0.71 0.50 0.75 0.38 0.62 0.85 1.10 0.13 0.48 0.13 0.30 0.18
O4' 0.47 0.34 0.80 1.41 1.40 1.08 1.33 0.57 0.70 0.20 0.91 0.01 1.05 2.37 1.83 0.58 0.36 0.12 0.32 0.11
O5' 0.42 0.51 0.75 1.33 1.57 1.01 1.49 0.39 0.85 0.34 1.09 0.14 1.13 2.30 1.96 0.51 0.12 0.17 0.53 0.30
OP1 1.29 0.10 1.62 2.06 1.23 1.85 0.98 1.13 0.18 0.37 0.67 0.52 2.08 2.78 1.80 1.38 0.72 0.63 0.01 0.35
OP2 0.54 0.53 0.85 1.48 1.36 1.30 1.06 0.80 0.47 0.19 1.08 0.31 1.12 2.18 1.72 0.68 0.71 0.70 0.40 0.50
P 1.05 0.04 1.40 1.98 1.12 1.67 0.89 0.99 0.20 0.23 0.68 0.28 1.75 2.83 1.56 1.12 0.70 0.53 0.07 0.33

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.03 0.05 0.00 0.21 0.02 0.00 0.44 0.56 0.86 0.53
C2 0.04 0.00 0.13 0.08 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.00 0.13 0.14 0.01 0.13 0.65 0.39 1.07 0.59
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.02 0.11 0.16 0.14 0.00 0.09 0.22 0.01 0.00 0.00 0.02 0.53 1.07 1.12 0.84
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.18 0.00 0.21 0.01 0.20 0.11 0.13 0.02 0.05 0.01 0.18 0.00 0.05 0.85 0.43 0.38
C4 0.02 0.01 0.00 0.18 0.00 0.06 0.01 0.05 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.00 0.00 0.00 0.65 0.21 1.25 0.57
C4' 0.01 0.07 0.02 0.00 0.06 0.00 0.17 0.00 0.20 0.05 0.03 0.17 0.07 0.03 0.05 0.01 0.00 0.35 0.17 0.14
C5 0.00 0.01 0.11 0.21 0.01 0.17 0.00 0.20 0.00 0.00 0.01 0.01 0.36 0.07 0.00 0.11 0.54 0.19 1.24 0.51
C5' 0.02 0.11 0.16 0.01 0.05 0.00 0.20 0.00 0.23 0.03 0.08 0.22 0.09 0.09 0.04 0.03 0.00 0.04 0.02 0.01
C6 0.00 0.01 0.14 0.20 0.00 0.20 0.00 0.23 0.00 0.01 0.01 0.02 0.38 0.04 0.00 0.16 0.49 0.28 1.15 0.51
N1 0.01 0.01 0.00 0.11 0.00 0.05 0.00 0.03 0.01 0.00 0.01 0.02 0.10 0.09 0.00 0.01 0.55 0.41 1.04 0.55
N3 0.03 0.00 0.09 0.13 0.01 0.03 0.01 0.08 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.08 0.01 0.09 0.69 0.31 1.18 0.60
O2 0.05 0.00 0.22 0.02 0.01 0.17 0.01 0.22 0.02 0.02 0.00 0.00 0.36 0.23 0.01 0.24 0.64 0.45 0.98 0.59
O2' 0.00 0.13 0.01 0.05 0.16 0.07 0.36 0.09 0.38 0.10 0.04 0.36 0.00 0.03 0.16 0.07 0.43 1.18 1.20 0.88
O3' 0.21 0.14 0.00 0.01 0.00 0.03 0.07 0.09 0.04 0.09 0.08 0.23 0.03 0.00 0.02 0.18 0.30 0.66 0.03 0.05
O4 0.02 0.01 0.00 0.18 0.00 0.05 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.02 0.00 0.01 0.67 0.17 1.29 0.57
O4' 0.00 0.13 0.02 0.00 0.00 0.01 0.11 0.03 0.16 0.01 0.09 0.24 0.07 0.18 0.01 0.00 0.25 0.21 0.44 0.23
O5' 0.44 0.65 0.53 0.05 0.65 0.00 0.54 0.00 0.49 0.55 0.69 0.64 0.43 0.30 0.67 0.25 0.00 0.00 0.01 0.00
OP1 0.56 0.39 1.07 0.85 0.21 0.35 0.19 0.04 0.28 0.41 0.31 0.45 1.18 0.66 0.17 0.21 0.00 0.00 0.00 0.01
OP2 0.86 1.07 1.12 0.43 1.25 0.17 1.24 0.02 1.15 1.04 1.18 0.98 1.20 0.03 1.29 0.44 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.53 0.59 0.84 0.38 0.57 0.14 0.51 0.01 0.51 0.55 0.60 0.59 0.88 0.05 0.57 0.23 0.00 0.01 0.00 0.00