ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48742

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.000, 0.002, 0.004, 0.004 max_d=0.004 avg_d=0.002 std_dev=0.002
C4 A 0, 0.000, 0.003, 0.006, 0.006 max_d=0.006 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C5 A 0, 0.000, 0.003, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.003
C6 A 0, 0.000, 0.004, 0.007, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.000, 0.004, 0.008, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.004 std_dev=0.004
C1' A 0, 0.000, 0.004, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.004 std_dev=0.004
O2 A 0, 0.000, 0.005, 0.009, 0.009 max_d=0.009 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O4' A 0, 0.000, 0.005, 0.010, 0.010 max_d=0.010 avg_d=0.005 std_dev=0.005
O4 A 0, 0.000, 0.013, 0.025, 0.025 max_d=0.025 avg_d=0.013 std_dev=0.013
C2' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
C4' A 0, 0.000, 0.022, 0.044, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.022 std_dev=0.022
O2' A 0, 0.000, 0.029, 0.059, 0.059 max_d=0.059 avg_d=0.029 std_dev=0.029
C3' A 0, 0.000, 0.033, 0.067, 0.067 max_d=0.067 avg_d=0.033 std_dev=0.033
C5' A 0, 0.000, 0.041, 0.081, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.041 std_dev=0.041
O3' A 0, 0.000, 0.043, 0.086, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.043 std_dev=0.043
P A 0, 0.000, 0.096, 0.192, 0.192 max_d=0.192 avg_d=0.096 std_dev=0.096
O5' A 0, 0.000, 0.098, 0.196, 0.196 max_d=0.196 avg_d=0.098 std_dev=0.098
OP1 A 0, 0.000, 0.107, 0.214, 0.214 max_d=0.214 avg_d=0.107 std_dev=0.107
OP2 A 0, 0.000, 0.124, 0.248, 0.248 max_d=0.248 avg_d=0.124 std_dev=0.124
N1 B 0, 0.000, 0.152, 0.303, 0.303 max_d=0.303 avg_d=0.152 std_dev=0.152
OP1 B 0, 0.000, 0.156, 0.313, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.156 std_dev=0.156
C4 B 0, 0.000, 0.162, 0.323, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.162 std_dev=0.162
O5' B 0, 0.000, 0.165, 0.330, 0.330 max_d=0.330 avg_d=0.165 std_dev=0.165
C2' B 0, 0.000, 0.169, 0.339, 0.339 max_d=0.339 avg_d=0.169 std_dev=0.169
P B 0, 0.000, 0.171, 0.343, 0.343 max_d=0.343 avg_d=0.171 std_dev=0.171
C1' B 0, 0.000, 0.176, 0.351, 0.351 max_d=0.351 avg_d=0.176 std_dev=0.176
OP2 B 0, 0.000, 0.176, 0.352, 0.352 max_d=0.352 avg_d=0.176 std_dev=0.176
C3' B 0, 0.000, 0.177, 0.355, 0.355 max_d=0.355 avg_d=0.177 std_dev=0.177
O2' B 0, 0.000, 0.192, 0.385, 0.385 max_d=0.385 avg_d=0.192 std_dev=0.192
O3' B 0, 0.000, 0.195, 0.390, 0.390 max_d=0.390 avg_d=0.195 std_dev=0.195
C5' B 0, 0.000, 0.197, 0.395, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.197 std_dev=0.197
C4' B 0, 0.000, 0.198, 0.396, 0.396 max_d=0.396 avg_d=0.198 std_dev=0.198
O4 B 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
O4' B 0, 0.000, 0.199, 0.398, 0.398 max_d=0.398 avg_d=0.199 std_dev=0.199
C2 B 0, 0.000, 0.281, 0.563, 0.563 max_d=0.563 avg_d=0.281 std_dev=0.281
N3 B 0, 0.000, 0.316, 0.631, 0.631 max_d=0.631 avg_d=0.316 std_dev=0.316
C5 B 0, 0.000, 0.318, 0.636, 0.636 max_d=0.636 avg_d=0.318 std_dev=0.318
C6 B 0, 0.000, 0.349, 0.697, 0.697 max_d=0.697 avg_d=0.349 std_dev=0.349
O2 B 0, 0.000, 0.493, 0.986, 0.986 max_d=0.986 avg_d=0.493 std_dev=0.493

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.05 0.03
C2 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.04 0.04 0.04
C2' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.03 0.07 0.04
C3' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.06 0.02
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.05 0.06
C4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.03 0.03 0.01
C5 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.06 0.06 0.05 0.06
C5' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.00
C6 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.05 0.04
N3 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.05 0.05 0.05 0.05
O2 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.03 0.03 0.04 0.03
O2' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.09 0.04
O3' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.07 0.02
O4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.05 0.06
O4' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.03 0.02 0.01
O5' 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.00 0.06 0.00 0.05 0.04 0.05 0.03 0.01 0.01 0.06 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.03 0.04 0.03 0.02 0.06 0.03 0.06 0.03 0.05 0.04 0.05 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.04 0.07 0.06 0.05 0.03 0.05 0.01 0.05 0.05 0.05 0.04 0.09 0.07 0.05 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.04 0.04 0.02 0.06 0.01 0.06 0.00 0.05 0.04 0.05 0.03 0.04 0.02 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.03 0.16 0.03 0.00 0.07 0.00 0.10 0.03 0.11 0.03 0.17 0.23 0.03 0.00 0.09 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
C2 0.05 0.16 0.04 0.03 0.10 0.02 0.05 0.00 0.05 0.06 0.18 0.21 0.04 0.02 0.12 0.04 0.01 0.01 0.00 0.00
C2' 0.03 0.15 0.04 0.02 0.07 0.01 0.07 0.02 0.09 0.04 0.16 0.22 0.04 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.01 0.01
C3' 0.01 0.16 0.02 0.00 0.06 0.02 0.11 0.04 0.13 0.02 0.17 0.25 0.02 0.01 0.08 0.00 0.01 0.04 0.02 0.03
C4 0.09 0.11 0.08 0.07 0.10 0.07 0.08 0.05 0.08 0.09 0.11 0.11 0.08 0.06 0.10 0.09 0.05 0.02 0.03 0.03
C4' 0.00 0.17 0.00 0.03 0.04 0.04 0.14 0.06 0.17 0.01 0.17 0.27 0.00 0.04 0.07 0.02 0.04 0.06 0.04 0.05
C5 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.05 0.07 0.09 0.10 0.10 0.09 0.07 0.07 0.08 0.05 0.00 0.01 0.02
C5' 0.00 0.16 0.00 0.04 0.04 0.05 0.13 0.07 0.16 0.01 0.15 0.25 0.01 0.05 0.05 0.03 0.05 0.07 0.05 0.06
C6 0.06 0.12 0.07 0.06 0.08 0.04 0.01 0.01 0.01 0.07 0.12 0.15 0.07 0.05 0.08 0.05 0.02 0.03 0.01 0.01
N1 0.05 0.15 0.05 0.03 0.08 0.02 0.06 0.00 0.06 0.05 0.16 0.20 0.05 0.02 0.10 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01
N3 0.07 0.14 0.06 0.05 0.11 0.05 0.01 0.03 0.01 0.08 0.15 0.17 0.06 0.04 0.12 0.07 0.03 0.01 0.02 0.02
O2 0.04 0.17 0.03 0.01 0.09 0.01 0.08 0.01 0.08 0.05 0.20 0.24 0.03 0.00 0.12 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01
O2' 0.04 0.15 0.04 0.03 0.08 0.02 0.05 0.00 0.06 0.05 0.16 0.21 0.04 0.02 0.10 0.03 0.03 0.00 0.01 0.01
O3' 0.01 0.17 0.01 0.01 0.05 0.02 0.12 0.04 0.14 0.02 0.17 0.26 0.00 0.02 0.08 0.01 0.01 0.03 0.02 0.02
O4 0.10 0.08 0.09 0.08 0.10 0.09 0.14 0.07 0.13 0.10 0.08 0.07 0.09 0.07 0.09 0.11 0.06 0.05 0.05 0.05
O4' 0.00 0.17 0.00 0.02 0.05 0.03 0.15 0.05 0.17 0.01 0.18 0.26 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.06 0.05 0.05
O5' 0.05 0.17 0.06 0.02 0.08 0.01 0.04 0.04 0.07 0.06 0.16 0.23 0.05 0.00 0.09 0.02 0.01 0.04 0.02 0.03
OP1 0.03 0.14 0.04 0.01 0.06 0.02 0.05 0.05 0.07 0.04 0.14 0.22 0.04 0.00 0.07 0.01 0.01 0.04 0.02 0.03
OP2 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.08 0.04 0.10 0.06 0.02 0.03 0.04 0.02 0.00 0.02 0.07 0.04 0.04 0.05 0.05
P 0.01 0.10 0.02 0.00 0.04 0.03 0.05 0.05 0.07 0.02 0.10 0.15 0.02 0.00 0.05 0.02 0.02 0.03 0.02 0.03

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01
C2 0.00 0.00 0.08 0.05 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.07 0.06 0.00 0.06 0.06 0.04 0.12 0.08
C2' 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
C3' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.04 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01
C4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01
C4' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.02 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00
C5 0.01 0.00 0.05 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.05 0.00 0.05 0.04 0.06 0.11 0.07
C5' 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.01 0.04 0.08 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00
C6 0.01 0.00 0.07 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.07 0.00 0.07 0.05 0.06 0.13 0.08
N1 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01
N3 0.00 0.00 0.06 0.04 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.06 0.06 0.00 0.04 0.06 0.03 0.12 0.07
O2 0.01 0.00 0.13 0.07 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.14 0.11 0.00 0.11 0.09 0.07 0.19 0.12
O2' 0.00 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.06 0.00 0.06 0.14 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00
O3' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.11 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01
O4 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.02
O4' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.04 0.11 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01
O5' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.02 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.06 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
OP1 0.00 0.04 0.00 0.00 0.01 0.00 0.06 0.01 0.06 0.00 0.03 0.07 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00
OP2 0.00 0.12 0.01 0.02 0.03 0.02 0.11 0.02 0.13 0.01 0.12 0.19 0.01 0.02 0.04 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00
P 0.01 0.08 0.00 0.01 0.01 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.12 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00