ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48754

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 0, 1, 1, 24, 25, 10, 5, 2, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.008, 0.013, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.012, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.007 std_dev=0.005
N1 A 0, 0.008, 0.014, 0.021, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.014 std_dev=0.007
C2 A 0, 0.009, 0.017, 0.026, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.009
C4 A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.009, 0.018, 0.027, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.018 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.010, 0.019, 0.028, 0.039 max_d=0.039 avg_d=0.019 std_dev=0.009
O2 A 0, 0.020, 0.042, 0.063, 0.115 max_d=0.115 avg_d=0.042 std_dev=0.022
O4 A 0, 0.025, 0.068, 0.112, 0.232 max_d=0.232 avg_d=0.068 std_dev=0.044
C2' A 0, 0.123, 0.233, 0.344, 0.629 max_d=0.629 avg_d=0.233 std_dev=0.110
O4' A 0, 0.097, 0.209, 0.320, 0.607 max_d=0.607 avg_d=0.209 std_dev=0.112
P B 0, 0.239, 0.405, 0.570, 0.784 max_d=0.784 avg_d=0.405 std_dev=0.165
OP2 B 0, 0.197, 0.427, 0.656, 1.065 max_d=1.065 avg_d=0.427 std_dev=0.229
C4' A 0, 0.603, 0.904, 1.205, 1.408 max_d=1.408 avg_d=0.904 std_dev=0.301
C5' A 0, 0.564, 0.873, 1.182, 1.650 max_d=1.650 avg_d=0.873 std_dev=0.309
OP1 B 0, 0.594, 0.929, 1.265, 1.603 max_d=1.603 avg_d=0.929 std_dev=0.336
O2' A 0, 0.865, 1.261, 1.658, 1.589 max_d=1.589 avg_d=1.261 std_dev=0.396
O5' A 0, 0.988, 1.472, 1.957, 2.090 max_d=2.090 avg_d=1.472 std_dev=0.485
C3' A 0, 1.095, 1.602, 2.110, 1.918 max_d=1.918 avg_d=1.602 std_dev=0.508
P A 0, 0.960, 1.481, 2.002, 2.338 max_d=2.338 avg_d=1.481 std_dev=0.521
O5' B 0, 1.245, 1.841, 2.437, 2.469 max_d=2.469 avg_d=1.841 std_dev=0.596
OP1 A 0, 1.411, 2.137, 2.863, 3.968 max_d=3.968 avg_d=2.137 std_dev=0.726
O3' A 0, 2.084, 3.062, 4.040, 3.610 max_d=3.610 avg_d=3.062 std_dev=0.978
C5' B 0, 2.000, 2.999, 3.998, 3.939 max_d=3.939 avg_d=2.999 std_dev=0.999
OP2 A 0, 1.924, 2.944, 3.965, 4.068 max_d=4.068 avg_d=2.944 std_dev=1.020
C8 B 0, 2.350, 3.577, 4.803, 5.358 max_d=5.358 avg_d=3.577 std_dev=1.227
C4' B 0, 2.871, 4.272, 5.673, 5.457 max_d=5.457 avg_d=4.272 std_dev=1.401
N7 B 0, 3.013, 4.431, 5.849, 5.629 max_d=5.629 avg_d=4.431 std_dev=1.418
O4' B 0, 2.689, 4.151, 5.613, 6.093 max_d=6.093 avg_d=4.151 std_dev=1.462
C1' B 0, 3.264, 4.909, 6.554, 7.781 max_d=7.781 avg_d=4.909 std_dev=1.645
N9 B 0, 3.079, 4.739, 6.400, 7.441 max_d=7.441 avg_d=4.739 std_dev=1.660
C3' B 0, 3.114, 5.090, 7.065, 7.246 max_d=7.246 avg_d=5.090 std_dev=1.975
C2' B 0, 3.512, 5.492, 7.472, 8.351 max_d=8.351 avg_d=5.492 std_dev=1.980
C5 B 0, 3.966, 5.955, 7.944, 8.060 max_d=8.060 avg_d=5.955 std_dev=1.989
C4 B 0, 4.073, 6.226, 8.379, 9.212 max_d=9.212 avg_d=6.226 std_dev=2.153
O2' B 0, 3.659, 6.045, 8.431, 9.531 max_d=9.531 avg_d=6.045 std_dev=2.386
C6 B 0, 4.937, 7.448, 9.959, 9.495 max_d=9.495 avg_d=7.448 std_dev=2.511
O3' B 0, 3.919, 6.482, 9.045, 9.341 max_d=9.341 avg_d=6.482 std_dev=2.563
O6 B 0, 5.082, 7.738, 10.393, 9.838 max_d=9.838 avg_d=7.738 std_dev=2.656
N3 B 0, 5.174, 7.873, 10.573, 11.619 max_d=11.619 avg_d=7.873 std_dev=2.700
N1 B 0, 5.833, 8.894, 11.955, 11.952 max_d=11.952 avg_d=8.894 std_dev=3.061
C2 B 0, 5.967, 9.101, 12.235, 12.920 max_d=12.920 avg_d=9.101 std_dev=3.134
N2 B 0, 7.132, 10.847, 14.562, 15.382 max_d=15.382 avg_d=10.847 std_dev=3.715

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.23 0.02 0.00 0.11 0.49 0.14 0.20
C2 0.01 0.00 0.06 0.11 0.01 0.04 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.20 0.19 0.02 0.02 0.18 0.61 0.40 0.23
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.04 0.01 0.04 0.12 0.04 0.02 0.05 0.10 0.00 0.02 0.05 0.01 0.28 0.48 0.16 0.33
C3' 0.01 0.11 0.00 0.00 0.25 0.00 0.30 0.02 0.27 0.15 0.18 0.08 0.02 0.01 0.27 0.01 0.11 0.16 0.10 0.10
C4 0.02 0.01 0.04 0.25 0.00 0.11 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.22 0.07 0.01 0.03 0.32 0.70 0.69 0.32
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.11 0.00 0.14 0.01 0.13 0.07 0.07 0.04 0.20 0.02 0.12 0.00 0.01 0.12 0.12 0.03
C5 0.01 0.01 0.04 0.30 0.01 0.14 0.00 0.18 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.16 0.01 0.03 0.36 0.70 0.69 0.33
C5' 0.04 0.07 0.12 0.02 0.16 0.01 0.18 0.00 0.15 0.07 0.11 0.05 0.08 0.14 0.17 0.01 0.01 0.13 0.25 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.27 0.01 0.13 0.00 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.13 0.13 0.01 0.03 0.30 0.66 0.49 0.27
N1 0.01 0.01 0.02 0.15 0.01 0.07 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.13 0.09 0.02 0.01 0.18 0.60 0.34 0.22
N3 0.01 0.00 0.05 0.18 0.01 0.07 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.23 0.10 0.01 0.02 0.25 0.66 0.56 0.28
O2 0.02 0.00 0.10 0.08 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.21 0.35 0.02 0.04 0.14 0.57 0.32 0.22
O2' 0.01 0.20 0.00 0.02 0.22 0.20 0.18 0.08 0.13 0.13 0.23 0.21 0.00 0.04 0.24 0.14 0.19 0.37 0.13 0.26
O3' 0.23 0.19 0.02 0.01 0.07 0.02 0.16 0.14 0.13 0.09 0.10 0.35 0.04 0.00 0.10 0.15 0.18 0.35 0.26 0.24
O4 0.02 0.02 0.05 0.27 0.01 0.12 0.01 0.17 0.01 0.02 0.01 0.02 0.24 0.10 0.00 0.03 0.35 0.71 0.78 0.35
O4' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.14 0.15 0.03 0.00 0.06 0.38 0.13 0.13
O5' 0.11 0.18 0.28 0.11 0.32 0.01 0.36 0.01 0.30 0.18 0.25 0.14 0.19 0.18 0.35 0.06 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.49 0.61 0.48 0.16 0.70 0.12 0.70 0.13 0.66 0.60 0.66 0.57 0.37 0.35 0.71 0.38 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.40 0.16 0.10 0.69 0.12 0.69 0.25 0.49 0.34 0.56 0.32 0.13 0.26 0.78 0.13 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.20 0.23 0.33 0.10 0.32 0.03 0.33 0.01 0.27 0.22 0.28 0.22 0.26 0.24 0.35 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.84 2.00 1.16 0.47 1.83 0.62 2.41 0.67 2.73 1.93 2.45 1.91 1.65 2.57 1.48 1.36 0.56 0.51 0.39 3.14 0.10 0.15 0.10
C2 0.63 1.38 1.12 0.46 1.23 0.42 1.54 0.55 1.72 1.33 1.61 1.37 1.16 1.64 1.02 1.35 0.23 0.32 0.35 1.92 0.09 0.14 0.10
C2' 0.87 2.06 1.08 0.49 1.86 0.73 2.44 0.75 2.81 1.92 2.54 1.98 1.69 2.56 1.49 1.24 0.69 0.64 0.43 3.26 0.10 0.18 0.12
C3' 0.84 2.17 1.13 0.46 1.91 0.63 2.52 0.67 2.95 1.91 2.69 2.10 1.76 2.59 1.50 1.34 0.61 0.51 0.38 3.46 0.10 0.20 0.10
C4 0.61 1.53 1.24 0.81 1.16 0.24 1.32 0.37 1.58 0.87 1.66 1.63 1.28 1.14 0.85 1.61 0.64 0.33 0.30 1.68 0.13 0.10 0.11
C4' 0.86 2.37 1.18 0.46 2.07 0.58 2.76 0.63 3.25 2.04 2.95 2.29 1.91 2.82 1.60 1.43 0.59 0.45 0.37 3.84 0.10 0.16 0.10
C5 0.64 1.71 1.28 0.75 1.33 0.24 1.59 0.41 1.92 1.08 1.93 1.79 1.41 1.45 0.98 1.68 0.51 0.29 0.30 2.14 0.12 0.10 0.10
C5' 0.83 2.36 1.23 0.47 2.01 0.54 2.68 0.62 3.21 1.92 2.95 2.31 1.88 2.67 1.53 1.56 0.49 0.40 0.35 3.82 0.10 0.17 0.08
C6 0.64 1.74 1.23 0.56 1.44 0.30 1.83 0.49 2.16 1.38 2.05 1.75 1.42 1.84 1.11 1.59 0.24 0.22 0.31 2.48 0.10 0.11 0.10
N1 0.68 1.67 1.17 0.46 1.49 0.44 1.92 0.57 2.18 1.56 2.01 1.64 1.38 2.04 1.20 1.44 0.26 0.32 0.34 2.49 0.09 0.13 0.10
N3 0.51 1.26 1.13 0.61 0.99 0.20 1.17 0.41 1.37 0.89 1.39 1.32 1.05 1.13 0.76 1.42 0.37 0.19 0.29 1.47 0.10 0.10 0.10
O2 0.77 1.37 1.09 0.50 1.30 0.61 1.61 0.67 1.74 1.47 1.60 1.33 1.19 1.74 1.14 1.21 0.46 0.54 0.44 1.91 0.12 0.18 0.11
O2' 0.95 2.30 0.99 0.49 2.07 0.72 2.72 0.68 3.12 2.09 2.84 2.20 1.89 2.81 1.64 1.08 0.84 0.70 0.37 3.61 0.35 0.29 0.24
O3' 0.78 2.34 0.97 0.25 2.02 0.43 2.69 0.51 3.17 2.00 2.90 2.26 1.87 2.73 1.56 1.13 0.53 0.32 0.35 3.73 0.41 0.23 0.33
O4 0.73 1.67 1.29 1.02 1.25 0.41 1.33 0.37 1.60 0.79 1.75 1.81 1.43 1.04 0.91 1.67 0.96 0.53 0.35 1.62 0.17 0.13 0.12
O4' 0.83 2.21 1.21 0.47 1.98 0.55 2.64 0.61 3.05 1.99 2.74 2.12 1.80 2.74 1.55 1.48 0.52 0.41 0.36 3.56 0.11 0.14 0.11
O5' 0.73 2.04 1.24 0.49 1.71 0.54 2.27 0.64 2.74 1.66 2.53 2.03 1.62 2.28 1.31 1.64 0.40 0.40 0.37 3.26 0.21 0.25 0.19
OP1 0.91 2.45 1.31 0.80 2.00 0.59 2.54 0.67 3.10 1.78 2.95 2.47 1.97 2.43 1.51 1.62 0.58 0.52 0.67 3.66 0.62 0.62 0.66
OP2 0.43 1.52 1.09 0.47 1.11 0.70 1.50 0.85 1.94 1.01 1.88 1.62 1.12 1.45 0.77 1.59 0.44 0.59 0.47 2.36 0.61 0.61 0.50
P 0.53 1.90 1.12 0.40 1.50 0.49 2.02 0.63 2.50 1.38 2.36 1.93 1.46 1.97 1.09 1.57 0.23 0.34 0.27 3.01 0.27 0.27 0.23

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.04 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.08 0.02 0.02 0.03 0.05 0.04 0.01 0.01 0.03 0.25 0.00 0.19 0.02 0.31 0.22 0.18
C2 0.04 0.00 0.39 0.32 0.01 0.20 0.01 0.33 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.52 0.28 0.26 0.48 0.01 0.92 0.83 0.68
C2' 0.00 0.39 0.00 0.00 0.21 0.01 0.12 0.17 0.18 0.18 0.30 0.46 0.38 0.10 0.04 0.00 0.03 0.03 0.48 0.14 0.65 0.76 0.58
C3' 0.02 0.32 0.00 0.00 0.24 0.00 0.25 0.04 0.29 0.19 0.32 0.36 0.29 0.23 0.15 0.02 0.01 0.02 0.31 0.30 0.79 0.55 0.48
C4 0.02 0.01 0.21 0.24 0.00 0.10 0.00 0.24 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.27 0.16 0.14 0.38 0.01 0.77 0.54 0.48
C4' 0.01 0.20 0.01 0.00 0.10 0.00 0.12 0.01 0.13 0.21 0.16 0.27 0.19 0.19 0.09 0.22 0.02 0.01 0.03 0.14 0.44 0.17 0.09
C5 0.01 0.01 0.12 0.25 0.00 0.12 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.12 0.06 0.44 0.01 1.07 0.60 0.61
C5' 0.08 0.33 0.17 0.04 0.24 0.01 0.29 0.00 0.31 0.35 0.32 0.39 0.29 0.36 0.20 0.12 0.16 0.02 0.01 0.35 0.37 0.32 0.02
C6 0.02 0.01 0.18 0.29 0.01 0.13 0.01 0.31 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.30 0.16 0.11 0.49 0.01 1.21 0.76 0.71
C8 0.02 0.01 0.18 0.19 0.01 0.21 0.01 0.35 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.36 0.11 0.17 0.41 0.03 0.90 0.39 0.50
N1 0.03 0.00 0.30 0.32 0.01 0.16 0.01 0.32 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.40 0.22 0.20 0.50 0.01 1.10 0.85 0.72
N2 0.05 0.01 0.46 0.36 0.01 0.27 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.65 0.36 0.32 0.52 0.02 0.95 0.93 0.75
N3 0.04 0.00 0.38 0.29 0.00 0.19 0.01 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.50 0.28 0.26 0.42 0.01 0.74 0.68 0.55
N7 0.01 0.01 0.10 0.23 0.00 0.19 0.01 0.36 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.12 0.09 0.47 0.03 1.19 0.54 0.65
N9 0.01 0.01 0.04 0.15 0.01 0.09 0.01 0.20 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.12 0.02 0.29 0.02 0.58 0.31 0.32
O2' 0.03 0.52 0.00 0.02 0.27 0.22 0.26 0.12 0.30 0.36 0.40 0.65 0.50 0.34 0.17 0.00 0.06 0.16 0.44 0.31 0.73 0.96 0.65
O3' 0.25 0.28 0.03 0.01 0.16 0.02 0.12 0.16 0.16 0.11 0.22 0.36 0.28 0.12 0.12 0.06 0.00 0.18 0.26 0.16 0.94 0.51 0.47
O4' 0.00 0.26 0.03 0.02 0.14 0.01 0.06 0.02 0.11 0.17 0.20 0.32 0.26 0.09 0.02 0.16 0.18 0.00 0.13 0.08 0.18 0.32 0.13
O5' 0.19 0.48 0.48 0.31 0.38 0.03 0.44 0.01 0.49 0.41 0.50 0.52 0.42 0.47 0.29 0.44 0.26 0.13 0.00 0.52 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.01 0.14 0.30 0.01 0.14 0.01 0.35 0.01 0.03 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.31 0.16 0.08 0.52 0.00 1.40 0.80 0.80
OP1 0.31 0.92 0.65 0.79 0.77 0.44 1.07 0.37 1.21 0.90 1.10 0.95 0.74 1.19 0.58 0.73 0.94 0.18 0.02 1.40 0.00 0.02 0.01
OP2 0.22 0.83 0.76 0.55 0.54 0.17 0.60 0.32 0.76 0.39 0.85 0.93 0.68 0.54 0.31 0.96 0.51 0.32 0.02 0.80 0.02 0.00 0.01
P 0.18 0.68 0.58 0.48 0.48 0.09 0.61 0.02 0.71 0.50 0.72 0.75 0.55 0.65 0.32 0.65 0.47 0.13 0.01 0.80 0.01 0.01 0.00