ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48755

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 2, 2, 2, 4, 1, 5, 6, 4, 3, 1, 1, 6, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.020, 0.027, 0.035, 0.040 max_d=0.040 avg_d=0.027 std_dev=0.008
C5 A 0, 0.009, 0.020, 0.031, 0.076 max_d=0.076 avg_d=0.020 std_dev=0.011
N1 A 0, 0.014, 0.030, 0.047, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.030 std_dev=0.017
C6 A 0, 0.013, 0.031, 0.050, 0.063 max_d=0.063 avg_d=0.031 std_dev=0.018
C2 A 0, 0.035, 0.055, 0.074, 0.107 max_d=0.107 avg_d=0.055 std_dev=0.020
C4 A 0, 0.025, 0.045, 0.065, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.045 std_dev=0.020
C1' A 0, 0.019, 0.041, 0.063, 0.123 max_d=0.123 avg_d=0.041 std_dev=0.022
O2 A 0, 0.079, 0.118, 0.157, 0.217 max_d=0.217 avg_d=0.118 std_dev=0.039
O4 A 0, 0.055, 0.135, 0.215, 0.298 max_d=0.298 avg_d=0.135 std_dev=0.080
C2' A 0, 0.077, 0.370, 0.663, 1.149 max_d=1.149 avg_d=0.370 std_dev=0.293
O2' A 0, 0.180, 0.488, 0.796, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.488 std_dev=0.308
O4' A 0, -0.014, 0.298, 0.610, 1.152 max_d=1.152 avg_d=0.298 std_dev=0.312
P B 0, 0.351, 0.689, 1.026, 1.300 max_d=1.300 avg_d=0.689 std_dev=0.338
OP2 B 0, 0.301, 0.694, 1.087, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.694 std_dev=0.393
C4' A 0, 0.156, 0.564, 0.971, 1.680 max_d=1.680 avg_d=0.564 std_dev=0.408
OP1 B 0, 0.418, 0.827, 1.237, 1.672 max_d=1.672 avg_d=0.827 std_dev=0.409
C3' A 0, 0.203, 0.668, 1.134, 1.835 max_d=1.835 avg_d=0.668 std_dev=0.465
O3' A 0, 0.350, 1.078, 1.806, 2.628 max_d=2.628 avg_d=1.078 std_dev=0.728
C5' A 0, 0.103, 0.864, 1.625, 2.986 max_d=2.986 avg_d=0.864 std_dev=0.761
O5' B 0, 0.303, 1.223, 2.144, 3.402 max_d=3.402 avg_d=1.223 std_dev=0.920
O5' A 0, 0.067, 1.099, 2.132, 4.049 max_d=4.049 avg_d=1.099 std_dev=1.033
C5' B 0, 0.871, 2.047, 3.223, 4.235 max_d=4.235 avg_d=2.047 std_dev=1.176
C3' B 0, 0.735, 2.026, 3.317, 5.051 max_d=5.051 avg_d=2.026 std_dev=1.291
C4' B 0, 0.403, 1.695, 2.986, 5.268 max_d=5.268 avg_d=1.695 std_dev=1.291
C2' B 0, 1.860, 3.327, 4.793, 6.043 max_d=6.043 avg_d=3.327 std_dev=1.467
C1' B 0, 1.470, 3.068, 4.666, 6.185 max_d=6.185 avg_d=3.068 std_dev=1.598
O4' B 0, 0.910, 2.537, 4.163, 5.809 max_d=5.809 avg_d=2.537 std_dev=1.627
O3' B 0, 1.080, 2.713, 4.345, 6.651 max_d=6.651 avg_d=2.713 std_dev=1.632
P A 0, -0.186, 1.563, 3.312, 6.765 max_d=6.765 avg_d=1.563 std_dev=1.749
O2' B 0, 2.952, 4.737, 6.522, 7.202 max_d=7.202 avg_d=4.737 std_dev=1.785
OP1 A 0, -0.109, 1.888, 3.885, 7.814 max_d=7.814 avg_d=1.888 std_dev=1.997
N9 B 0, 2.251, 4.322, 6.392, 8.523 max_d=8.523 avg_d=4.322 std_dev=2.070
OP2 A 0, -0.053, 2.113, 4.280, 8.360 max_d=8.360 avg_d=2.113 std_dev=2.167
N3 B 0, 2.632, 5.074, 7.515, 9.656 max_d=9.656 avg_d=5.074 std_dev=2.442
C8 B 0, 2.761, 5.301, 7.841, 10.062 max_d=10.062 avg_d=5.301 std_dev=2.540
C4 B 0, 2.485, 5.076, 7.667, 10.256 max_d=10.256 avg_d=5.076 std_dev=2.591
C2 B 0, 3.406, 6.308, 9.211, 11.818 max_d=11.818 avg_d=6.308 std_dev=2.902
N2 B 0, 3.765, 6.742, 9.720, 11.565 max_d=11.565 avg_d=6.742 std_dev=2.977
N7 B 0, 3.035, 6.413, 9.791, 12.604 max_d=12.604 avg_d=6.413 std_dev=3.378
C5 B 0, 2.835, 6.241, 9.646, 12.749 max_d=12.749 avg_d=6.241 std_dev=3.405
N1 B 0, 3.768, 7.361, 10.954, 14.381 max_d=14.381 avg_d=7.361 std_dev=3.593
C6 B 0, 3.344, 7.387, 11.430, 15.031 max_d=15.031 avg_d=7.387 std_dev=4.043
O6 B 0, 3.517, 8.462, 13.407, 17.365 max_d=17.365 avg_d=8.462 std_dev=4.945

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.03 0.01 0.03 0.03 0.03 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.04 0.01 0.28 0.20 0.51 0.35
C2 0.02 0.00 0.17 0.18 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.15 0.21 0.02 0.12 0.42 0.27 0.68 0.46
C2' 0.01 0.17 0.00 0.01 0.13 0.01 0.14 0.02 0.14 0.07 0.16 0.24 0.00 0.04 0.15 0.01 0.19 0.19 0.38 0.20
C3' 0.01 0.18 0.01 0.00 0.27 0.00 0.27 0.03 0.23 0.15 0.24 0.17 0.02 0.01 0.29 0.01 0.18 0.26 0.28 0.16
C4 0.03 0.01 0.13 0.27 0.00 0.14 0.01 0.24 0.02 0.02 0.01 0.02 0.06 0.32 0.01 0.06 0.70 0.50 1.25 0.87
C4' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.14 0.00 0.18 0.01 0.17 0.08 0.10 0.10 0.05 0.05 0.15 0.00 0.02 0.23 0.41 0.16
C5 0.03 0.01 0.14 0.27 0.01 0.18 0.00 0.29 0.01 0.01 0.01 0.01 0.08 0.32 0.01 0.11 0.79 0.67 1.41 1.02
C5' 0.03 0.16 0.02 0.03 0.24 0.01 0.29 0.00 0.26 0.13 0.20 0.20 0.05 0.07 0.26 0.02 0.01 0.20 0.24 0.01
C6 0.03 0.01 0.14 0.23 0.02 0.17 0.01 0.26 0.00 0.00 0.01 0.01 0.10 0.25 0.02 0.14 0.73 0.55 1.16 0.88
N1 0.01 0.01 0.07 0.15 0.02 0.08 0.01 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.04 0.15 0.03 0.02 0.49 0.27 0.75 0.55
N3 0.02 0.01 0.16 0.24 0.01 0.10 0.01 0.20 0.01 0.02 0.00 0.02 0.12 0.28 0.02 0.09 0.54 0.31 0.92 0.63
O2 0.03 0.01 0.24 0.17 0.02 0.10 0.01 0.20 0.01 0.01 0.02 0.00 0.27 0.22 0.03 0.21 0.28 0.42 0.52 0.33
O2' 0.02 0.15 0.00 0.02 0.06 0.05 0.08 0.05 0.10 0.04 0.12 0.27 0.00 0.05 0.07 0.06 0.07 0.32 0.64 0.27
O3' 0.02 0.21 0.04 0.01 0.32 0.05 0.32 0.07 0.25 0.15 0.28 0.22 0.05 0.00 0.35 0.03 0.23 0.40 0.64 0.34
O4 0.04 0.02 0.15 0.29 0.01 0.15 0.01 0.26 0.02 0.03 0.02 0.03 0.07 0.35 0.00 0.07 0.73 0.56 1.38 0.95
O4' 0.01 0.12 0.01 0.01 0.06 0.00 0.11 0.02 0.14 0.02 0.09 0.21 0.06 0.03 0.07 0.00 0.25 0.24 0.54 0.38
O5' 0.28 0.42 0.19 0.18 0.70 0.02 0.79 0.01 0.73 0.49 0.54 0.28 0.07 0.23 0.73 0.25 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.20 0.27 0.19 0.26 0.50 0.23 0.67 0.20 0.55 0.27 0.31 0.42 0.32 0.40 0.56 0.24 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.51 0.68 0.38 0.28 1.25 0.41 1.41 0.24 1.16 0.75 0.92 0.52 0.64 0.64 1.38 0.54 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.35 0.46 0.20 0.16 0.87 0.16 1.02 0.01 0.88 0.55 0.63 0.33 0.27 0.34 0.95 0.38 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.64 2.92 1.38 0.96 2.48 1.25 2.98 1.11 3.30 2.68 3.20 3.15 2.52 3.20 2.16 1.47 0.95 1.55 0.74 3.68 0.24 0.28 0.22
C2 1.28 2.51 1.11 0.74 1.93 1.02 2.20 1.00 2.44 2.12 2.55 2.82 2.15 2.40 1.66 1.19 0.66 1.27 0.66 2.62 0.25 0.27 0.21
C2' 1.74 2.87 1.43 1.05 2.50 1.35 3.00 1.19 3.30 2.73 3.15 3.06 2.50 3.22 2.22 1.53 1.05 1.68 0.86 3.71 0.32 0.43 0.41
C3' 1.60 2.91 1.30 0.88 2.46 1.20 3.02 1.08 3.41 2.70 3.25 3.17 2.47 3.25 2.14 1.42 0.89 1.52 0.72 3.90 0.41 0.47 0.39
C4 0.85 2.51 0.87 0.51 1.64 0.66 1.78 0.84 2.15 1.50 2.49 2.99 2.05 1.76 1.21 1.03 0.42 0.84 0.36 2.27 0.33 0.21 0.17
C4' 1.57 3.10 1.30 0.86 2.58 1.17 3.20 1.04 3.65 2.75 3.48 3.37 2.61 3.40 2.19 1.41 0.89 1.47 0.64 4.21 0.29 0.34 0.21
C5 0.98 2.73 0.94 0.53 1.83 0.76 2.04 0.90 2.46 1.71 2.78 3.22 2.21 2.04 1.38 1.12 0.41 0.97 0.40 2.64 0.32 0.21 0.17
C5' 1.45 3.13 1.21 0.72 2.53 1.00 3.16 0.93 3.66 2.69 3.53 3.47 2.59 3.34 2.11 1.33 0.70 1.32 0.54 4.25 0.41 0.45 0.32
C6 1.19 2.81 1.06 0.63 2.02 0.93 2.34 0.98 2.73 2.05 2.93 3.24 2.31 2.44 1.63 1.22 0.50 1.17 0.52 2.99 0.28 0.24 0.18
N1 1.37 2.75 1.18 0.76 2.14 1.07 2.50 1.03 2.82 2.29 2.90 3.08 2.32 2.69 1.81 1.28 0.68 1.33 0.64 3.08 0.25 0.26 0.20
N3 0.96 2.35 0.91 0.54 1.61 0.78 1.76 0.88 2.04 1.64 2.31 2.77 1.96 1.86 1.28 1.01 0.42 0.97 0.50 2.16 0.27 0.24 0.17
O2 1.49 2.41 1.25 0.91 2.06 1.16 2.35 1.05 2.49 2.35 2.49 2.60 2.15 2.59 1.88 1.29 0.88 1.47 0.78 2.67 0.24 0.29 0.25
O2' 1.95 3.02 1.62 1.28 2.73 1.56 3.26 1.32 3.57 2.90 3.35 3.15 2.69 3.45 2.43 1.71 1.36 1.86 1.00 4.00 0.16 0.35 0.39
O3' 1.69 2.97 1.36 0.97 2.54 1.31 3.12 1.15 3.52 2.76 3.33 3.20 2.54 3.33 2.22 1.48 1.03 1.62 0.80 4.05 0.45 0.53 0.46
O4 0.76 2.45 0.88 0.59 1.59 0.54 1.71 0.77 2.09 1.33 2.43 2.91 1.99 1.59 1.12 1.03 0.61 0.68 0.27 2.19 0.37 0.19 0.19
O4' 1.55 3.07 1.32 0.86 2.54 1.13 3.12 1.03 3.54 2.70 3.42 3.35 2.59 3.31 2.15 1.43 0.85 1.43 0.63 4.02 0.31 0.32 0.22
O5' 1.46 3.11 1.32 0.94 2.38 1.23 2.86 1.19 3.35 2.43 3.38 3.55 2.57 2.98 1.97 1.48 0.98 1.42 0.80 3.83 0.48 0.49 0.47
OP1 1.38 3.39 1.13 0.72 2.52 1.00 3.00 1.00 3.57 2.42 3.67 3.88 2.76 3.03 1.99 1.26 0.70 1.29 0.62 4.06 0.43 0.39 0.39
OP2 1.64 3.56 1.51 1.27 2.49 1.65 2.66 1.65 3.22 2.01 3.61 4.16 2.98 2.46 1.93 1.63 1.35 1.73 1.12 3.47 0.67 0.70 0.69
P 1.50 3.40 1.33 1.03 2.45 1.40 2.80 1.38 3.35 2.22 3.56 3.95 2.82 2.76 1.93 1.48 1.12 1.55 0.87 3.75 0.40 0.40 0.42

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.02 0.02 0.17 0.02 0.02 0.03 0.04 0.03 0.02 0.01 0.02 0.28 0.01 0.32 0.02 0.61 0.38 0.25
C2 0.03 0.00 0.51 0.35 0.01 0.57 0.01 0.99 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.72 0.20 0.68 0.93 0.02 1.20 1.50 1.14
C2' 0.00 0.51 0.00 0.01 0.27 0.02 0.14 0.25 0.23 0.25 0.40 0.60 0.50 0.13 0.03 0.00 0.03 0.02 0.43 0.18 1.04 0.55 0.59
C3' 0.02 0.35 0.01 0.00 0.26 0.01 0.30 0.03 0.33 0.30 0.34 0.40 0.32 0.33 0.20 0.02 0.01 0.02 0.35 0.35 0.73 0.42 0.43
C4 0.02 0.01 0.27 0.26 0.00 0.27 0.00 0.58 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.34 0.14 0.35 0.57 0.01 0.89 0.91 0.64
C4' 0.02 0.57 0.02 0.01 0.27 0.00 0.17 0.01 0.26 0.32 0.44 0.72 0.54 0.24 0.09 0.27 0.03 0.01 0.03 0.21 0.30 0.26 0.09
C5 0.02 0.01 0.14 0.30 0.00 0.17 0.00 0.51 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.26 0.16 0.16 0.66 0.01 1.01 1.01 0.70
C5' 0.17 0.99 0.25 0.03 0.58 0.01 0.51 0.00 0.62 0.54 0.84 1.22 0.90 0.51 0.34 0.13 0.21 0.03 0.01 0.58 0.28 0.38 0.02
C6 0.02 0.01 0.23 0.33 0.01 0.26 0.01 0.62 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.19 0.29 0.69 0.01 1.08 1.19 0.82
C8 0.02 0.01 0.25 0.30 0.01 0.32 0.00 0.54 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.50 0.15 0.34 0.94 0.02 1.10 1.04 0.85
N1 0.03 0.00 0.40 0.34 0.01 0.44 0.01 0.84 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.54 0.19 0.52 0.81 0.02 1.14 1.39 1.00
N2 0.04 0.00 0.60 0.40 0.01 0.72 0.01 1.22 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.92 0.25 0.82 1.19 0.02 1.46 1.85 1.46
N3 0.03 0.01 0.50 0.32 0.00 0.54 0.01 0.90 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.69 0.21 0.68 0.82 0.02 1.05 1.25 0.97
N7 0.02 0.01 0.13 0.33 0.01 0.24 0.00 0.51 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.41 0.19 0.18 0.90 0.03 1.17 1.16 0.88
N9 0.01 0.01 0.03 0.20 0.01 0.09 0.01 0.34 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.17 0.11 0.02 0.53 0.02 0.81 0.65 0.46
O2' 0.02 0.72 0.00 0.02 0.34 0.27 0.26 0.13 0.34 0.50 0.54 0.92 0.69 0.41 0.17 0.00 0.06 0.18 0.35 0.32 1.01 0.62 0.54
O3' 0.28 0.20 0.03 0.01 0.14 0.03 0.16 0.21 0.19 0.15 0.19 0.25 0.21 0.19 0.11 0.06 0.00 0.26 0.30 0.23 0.59 0.47 0.33
O4' 0.01 0.68 0.02 0.02 0.35 0.01 0.16 0.03 0.29 0.34 0.52 0.82 0.68 0.18 0.02 0.18 0.26 0.00 0.38 0.21 0.26 0.47 0.34
O5' 0.32 0.93 0.43 0.35 0.57 0.03 0.66 0.01 0.69 0.94 0.81 1.19 0.82 0.90 0.53 0.35 0.30 0.38 0.00 0.74 0.02 0.02 0.01
O6 0.02 0.02 0.18 0.35 0.01 0.21 0.01 0.58 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.32 0.23 0.21 0.74 0.00 1.15 1.27 0.87
OP1 0.61 1.20 1.04 0.73 0.89 0.30 1.01 0.28 1.08 1.10 1.14 1.46 1.05 1.17 0.81 1.01 0.59 0.26 0.02 1.15 0.00 0.02 0.01
OP2 0.38 1.50 0.55 0.42 0.91 0.26 1.01 0.38 1.19 1.04 1.39 1.85 1.25 1.16 0.65 0.62 0.47 0.47 0.02 1.27 0.02 0.00 0.01
P 0.25 1.14 0.59 0.43 0.64 0.09 0.70 0.02 0.82 0.85 1.00 1.46 0.97 0.88 0.46 0.54 0.33 0.34 0.01 0.87 0.01 0.01 0.00