ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48757

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 1, 1, 2, 2, 0, 2, 3, 16, 6, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.009, 0.016, 0.022, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C5 A 0, 0.014, 0.022, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.022 std_dev=0.007
C4 A 0, 0.012, 0.021, 0.029, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.013, 0.021, 0.029, 0.047 max_d=0.047 avg_d=0.021 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.018, 0.028, 0.038, 0.054 max_d=0.054 avg_d=0.028 std_dev=0.010
C2 A 0, 0.006, 0.015, 0.025, 0.045 max_d=0.045 avg_d=0.015 std_dev=0.010
O2 A 0, 0.014, 0.040, 0.066, 0.110 max_d=0.110 avg_d=0.040 std_dev=0.026
O4 A 0, 0.025, 0.058, 0.092, 0.154 max_d=0.154 avg_d=0.058 std_dev=0.034
P A 0, 0.386, 0.579, 0.772, 1.331 max_d=1.331 avg_d=0.579 std_dev=0.193
OP1 B 0, 0.308, 0.520, 0.732, 1.165 max_d=1.165 avg_d=0.520 std_dev=0.212
O4' A 0, 0.251, 0.485, 0.718, 0.721 max_d=0.721 avg_d=0.485 std_dev=0.234
O5' A 0, 0.438, 0.690, 0.941, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.690 std_dev=0.251
OP2 A 0, 0.405, 0.672, 0.939, 1.814 max_d=1.814 avg_d=0.672 std_dev=0.267
C2' A 0, 0.296, 0.579, 0.862, 0.851 max_d=0.851 avg_d=0.579 std_dev=0.283
OP1 A 0, 0.459, 0.781, 1.102, 1.647 max_d=1.647 avg_d=0.781 std_dev=0.322
OP2 B 0, 0.575, 0.926, 1.277, 1.608 max_d=1.608 avg_d=0.926 std_dev=0.351
P B 0, 0.607, 1.001, 1.396, 1.597 max_d=1.597 avg_d=1.001 std_dev=0.395
C5' A 0, 0.530, 0.933, 1.337, 1.436 max_d=1.436 avg_d=0.933 std_dev=0.404
C4' A 0, 0.441, 0.859, 1.276, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.859 std_dev=0.417
O2' A 0, 0.548, 1.071, 1.595, 1.496 max_d=1.496 avg_d=1.071 std_dev=0.524
C3' A 0, 0.528, 1.055, 1.582, 1.536 max_d=1.536 avg_d=1.055 std_dev=0.527
O3' A 0, 0.808, 1.856, 2.904, 2.756 max_d=2.756 avg_d=1.856 std_dev=1.048
O5' B 0, 1.319, 3.048, 4.778, 4.713 max_d=4.713 avg_d=3.048 std_dev=1.729
N7 B 0, 2.408, 4.523, 6.637, 6.549 max_d=6.549 avg_d=4.523 std_dev=2.114
C8 B 0, 2.480, 4.860, 7.240, 7.129 max_d=7.129 avg_d=4.860 std_dev=2.380
C5' B 0, 1.695, 4.269, 6.843, 6.392 max_d=6.392 avg_d=4.269 std_dev=2.574
O6 B 0, 2.817, 5.679, 8.541, 8.394 max_d=8.394 avg_d=5.679 std_dev=2.862
C5 B 0, 2.782, 5.875, 8.967, 8.649 max_d=8.649 avg_d=5.875 std_dev=3.093
C6 B 0, 2.944, 6.318, 9.691, 9.337 max_d=9.337 avg_d=6.318 std_dev=3.374
N9 B 0, 2.867, 6.362, 9.857, 9.470 max_d=9.470 avg_d=6.362 std_dev=3.495
C4' B 0, 2.507, 6.173, 9.839, 9.205 max_d=9.205 avg_d=6.173 std_dev=3.666
C2' B 0, 3.000, 6.797, 10.594, 10.190 max_d=10.190 avg_d=6.797 std_dev=3.797
C3' B 0, 2.901, 6.794, 10.687, 10.132 max_d=10.132 avg_d=6.794 std_dev=3.893
C4 B 0, 3.046, 6.990, 10.934, 10.431 max_d=10.431 avg_d=6.990 std_dev=3.944
O4' B 0, 2.861, 6.901, 10.942, 10.197 max_d=10.197 avg_d=6.901 std_dev=4.041
C1' B 0, 3.085, 7.201, 11.317, 10.731 max_d=10.731 avg_d=7.201 std_dev=4.116
N1 B 0, 3.339, 7.795, 12.252, 11.696 max_d=11.696 avg_d=7.795 std_dev=4.456
O2' B 0, 3.707, 8.349, 12.991, 12.469 max_d=12.469 avg_d=8.349 std_dev=4.642
O3' B 0, 3.795, 8.640, 13.485, 12.642 max_d=12.642 avg_d=8.640 std_dev=4.845
N3 B 0, 3.430, 8.459, 13.489, 12.703 max_d=12.703 avg_d=8.459 std_dev=5.030
C2 B 0, 3.555, 8.774, 13.994, 13.180 max_d=13.180 avg_d=8.774 std_dev=5.219
N2 B 0, 3.949, 10.193, 16.438, 15.454 max_d=15.454 avg_d=10.193 std_dev=6.245

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.27 0.02 0.01 0.18 0.18 0.34 0.19
C2 0.02 0.00 0.11 0.22 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.26 0.14 0.01 0.06 0.13 0.12 0.28 0.14
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.03 0.03 0.08 0.19 0.11 0.01 0.09 0.19 0.00 0.03 0.04 0.02 0.40 0.42 0.60 0.43
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.40 0.01 0.42 0.03 0.37 0.24 0.32 0.13 0.03 0.01 0.43 0.03 0.18 0.18 0.12 0.12
C4 0.02 0.01 0.03 0.40 0.00 0.15 0.01 0.13 0.01 0.01 0.01 0.01 0.38 0.24 0.00 0.03 0.20 0.17 0.25 0.16
C4' 0.01 0.05 0.03 0.01 0.15 0.00 0.19 0.01 0.18 0.09 0.09 0.05 0.33 0.02 0.16 0.00 0.02 0.07 0.18 0.04
C5 0.01 0.01 0.08 0.42 0.01 0.19 0.00 0.16 0.01 0.01 0.01 0.01 0.37 0.33 0.01 0.07 0.22 0.17 0.25 0.16
C5' 0.07 0.07 0.19 0.03 0.13 0.01 0.16 0.00 0.13 0.07 0.09 0.09 0.15 0.20 0.15 0.02 0.01 0.07 0.17 0.02
C6 0.01 0.01 0.11 0.37 0.01 0.18 0.01 0.13 0.00 0.00 0.01 0.01 0.30 0.24 0.01 0.08 0.17 0.13 0.27 0.14
N1 0.01 0.01 0.01 0.24 0.01 0.09 0.01 0.07 0.00 0.00 0.01 0.02 0.23 0.06 0.01 0.02 0.13 0.13 0.29 0.15
N3 0.02 0.00 0.09 0.32 0.01 0.09 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.34 0.11 0.01 0.04 0.15 0.13 0.26 0.14
O2 0.04 0.00 0.19 0.13 0.01 0.05 0.01 0.09 0.01 0.02 0.01 0.00 0.21 0.32 0.02 0.10 0.14 0.14 0.29 0.16
O2' 0.02 0.26 0.00 0.03 0.38 0.33 0.37 0.15 0.30 0.23 0.34 0.21 0.00 0.05 0.41 0.21 0.29 0.29 0.60 0.31
O3' 0.27 0.14 0.03 0.01 0.24 0.02 0.33 0.20 0.24 0.06 0.11 0.32 0.05 0.00 0.30 0.18 0.32 0.45 0.28 0.34
O4 0.02 0.01 0.04 0.43 0.00 0.16 0.01 0.15 0.01 0.01 0.01 0.02 0.41 0.30 0.00 0.03 0.22 0.20 0.27 0.18
O4' 0.01 0.06 0.02 0.03 0.03 0.00 0.07 0.02 0.08 0.02 0.04 0.10 0.21 0.18 0.03 0.00 0.10 0.09 0.27 0.12
O5' 0.18 0.13 0.40 0.18 0.20 0.02 0.22 0.01 0.17 0.13 0.15 0.14 0.29 0.32 0.22 0.10 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.18 0.12 0.42 0.18 0.17 0.07 0.17 0.07 0.13 0.13 0.13 0.14 0.29 0.45 0.20 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01
OP2 0.34 0.28 0.60 0.12 0.25 0.18 0.25 0.17 0.27 0.29 0.26 0.29 0.60 0.28 0.27 0.27 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.14 0.43 0.12 0.16 0.04 0.16 0.02 0.14 0.15 0.14 0.16 0.31 0.34 0.18 0.12 0.01 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.42 0.49 1.97 2.12 0.73 1.40 0.46 0.98 0.26 0.85 0.28 0.48 0.75 0.53 1.01 2.36 2.32 1.05 0.71 0.26 0.17 0.15 0.16
C2 0.85 0.21 1.33 1.36 0.37 0.80 0.30 0.60 0.28 0.60 0.27 0.20 0.30 0.41 0.60 1.57 1.33 0.54 0.47 0.36 0.16 0.15 0.14
C2' 1.94 0.89 2.59 2.77 1.12 1.87 0.73 1.27 0.44 1.14 0.55 0.92 1.22 0.73 1.42 3.10 3.11 1.47 1.02 0.20 0.32 0.31 0.31
C3' 2.04 1.08 2.73 2.82 1.28 1.86 0.88 1.27 0.59 1.26 0.72 1.12 1.39 0.87 1.55 3.33 3.18 1.50 1.08 0.31 0.41 0.41 0.39
C4 0.48 1.22 0.25 0.18 0.82 0.76 0.77 0.78 0.97 0.35 1.17 1.40 1.06 0.50 0.54 0.48 0.36 0.94 0.43 0.95 0.16 0.26 0.23
C4' 1.63 0.70 2.25 2.34 0.92 1.49 0.60 0.99 0.34 0.98 0.41 0.72 0.99 0.63 1.19 2.78 2.65 1.15 0.78 0.18 0.20 0.21 0.20
C5 0.29 1.20 0.49 0.35 0.75 0.52 0.75 0.60 1.00 0.28 1.20 1.39 0.98 0.47 0.43 0.84 0.30 0.79 0.32 1.02 0.16 0.25 0.21
C5' 1.24 0.27 1.93 1.97 0.55 1.07 0.29 0.68 0.16 0.71 0.14 0.25 0.55 0.39 0.85 2.49 2.22 0.71 0.56 0.35 0.16 0.20 0.14
C6 0.35 0.67 1.04 0.99 0.30 0.22 0.41 0.23 0.66 0.25 0.77 0.81 0.43 0.26 0.17 1.42 0.96 0.19 0.23 0.77 0.16 0.21 0.16
N1 0.86 0.20 1.45 1.49 0.30 0.79 0.23 0.53 0.31 0.54 0.32 0.24 0.24 0.32 0.56 1.79 1.53 0.47 0.44 0.44 0.16 0.16 0.13
N3 0.19 0.59 0.67 0.55 0.32 0.15 0.38 0.26 0.53 0.30 0.63 0.70 0.44 0.31 0.20 0.88 0.43 0.24 0.18 0.58 0.15 0.19 0.15
O2 1.37 0.62 1.71 1.84 0.82 1.45 0.64 1.18 0.47 0.95 0.48 0.60 0.81 0.69 1.05 1.87 1.87 1.18 0.81 0.39 0.16 0.15 0.21
O2' 1.90 0.87 2.45 2.76 1.00 1.92 0.51 1.17 0.29 0.86 0.45 0.98 1.20 0.43 1.27 2.98 3.32 1.50 0.73 0.35 0.28 0.44 0.30
O3' 2.28 1.50 2.92 3.00 1.55 2.00 1.07 1.26 0.82 1.32 1.06 1.64 1.78 0.93 1.74 3.63 3.51 1.69 0.98 0.48 0.16 0.22 0.17
O4 1.12 1.73 0.51 0.82 1.31 1.49 1.12 1.37 1.29 0.67 1.57 1.95 1.63 0.75 1.04 0.28 1.13 1.61 0.79 1.18 0.16 0.32 0.30
O4' 1.23 0.35 1.79 1.88 0.59 1.16 0.36 0.78 0.21 0.74 0.20 0.34 0.59 0.44 0.86 2.20 2.08 0.83 0.56 0.29 0.12 0.13 0.12
O5' 0.87 0.32 1.65 1.62 0.28 0.68 0.27 0.47 0.47 0.52 0.50 0.40 0.23 0.31 0.55 2.20 1.76 0.31 0.42 0.65 0.23 0.27 0.17
OP1 0.64 0.58 1.49 1.44 0.18 0.45 0.36 0.32 0.69 0.32 0.78 0.71 0.26 0.23 0.32 2.11 1.59 0.19 0.30 0.89 0.19 0.24 0.14
OP2 0.26 1.38 0.82 0.75 0.82 0.43 0.92 0.58 1.28 0.35 1.48 1.61 1.04 0.62 0.43 1.35 0.76 0.78 0.32 1.39 0.25 0.25 0.31
P 0.39 0.81 1.21 1.16 0.34 0.27 0.51 0.33 0.84 0.22 0.97 0.98 0.49 0.31 0.16 1.76 1.24 0.28 0.22 1.00 0.18 0.20 0.17

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.02 0.01 0.01 0.09 0.02 0.01 0.03 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.20 0.00 0.23 0.02 0.22 0.21 0.18
C2 0.03 0.00 0.23 0.07 0.01 0.29 0.01 0.46 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.57 0.35 0.37 0.32 0.01 0.34 0.37 0.31
C2' 0.00 0.23 0.00 0.01 0.11 0.02 0.05 0.14 0.09 0.16 0.17 0.28 0.22 0.11 0.03 0.00 0.06 0.02 0.32 0.07 0.39 0.25 0.28
C3' 0.02 0.07 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.02 0.04 0.11 0.04 0.10 0.07 0.10 0.04 0.02 0.01 0.01 0.15 0.06 0.24 0.30 0.16
C4 0.02 0.01 0.11 0.02 0.00 0.16 0.00 0.32 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.24 0.20 0.31 0.01 0.29 0.39 0.29
C4' 0.01 0.29 0.02 0.00 0.16 0.00 0.14 0.01 0.19 0.14 0.25 0.35 0.26 0.11 0.06 0.07 0.02 0.01 0.02 0.18 0.12 0.18 0.05
C5 0.01 0.01 0.05 0.05 0.00 0.14 0.00 0.33 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.17 0.18 0.10 0.38 0.01 0.37 0.52 0.39
C5' 0.09 0.46 0.14 0.02 0.32 0.01 0.33 0.00 0.39 0.30 0.45 0.52 0.39 0.31 0.21 0.08 0.09 0.02 0.01 0.40 0.15 0.22 0.03
C6 0.02 0.01 0.09 0.04 0.01 0.19 0.01 0.39 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.27 0.22 0.17 0.38 0.00 0.40 0.54 0.41
C8 0.01 0.01 0.16 0.11 0.01 0.14 0.01 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.08 0.19 0.45 0.02 0.44 0.52 0.44
N1 0.03 0.01 0.17 0.04 0.01 0.25 0.01 0.45 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.02 0.45 0.30 0.29 0.36 0.01 0.38 0.47 0.37
N2 0.04 0.00 0.28 0.10 0.01 0.35 0.02 0.52 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.70 0.41 0.45 0.32 0.03 0.37 0.32 0.32
N3 0.03 0.01 0.22 0.07 0.01 0.26 0.01 0.39 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.54 0.34 0.37 0.28 0.01 0.28 0.32 0.26
N7 0.01 0.01 0.11 0.10 0.00 0.11 0.00 0.31 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.16 0.10 0.10 0.44 0.02 0.45 0.61 0.47
N9 0.00 0.02 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.21 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.06 0.16 0.02 0.32 0.02 0.29 0.36 0.29
O2' 0.02 0.57 0.00 0.02 0.29 0.07 0.17 0.08 0.27 0.25 0.45 0.70 0.54 0.16 0.06 0.00 0.10 0.04 0.31 0.22 0.42 0.33 0.30
O3' 0.20 0.35 0.06 0.01 0.24 0.02 0.18 0.09 0.22 0.08 0.30 0.41 0.34 0.10 0.16 0.10 0.00 0.15 0.13 0.19 0.28 0.44 0.24
O4' 0.00 0.37 0.02 0.01 0.20 0.01 0.10 0.02 0.17 0.19 0.29 0.45 0.37 0.10 0.02 0.04 0.15 0.00 0.15 0.13 0.12 0.22 0.15
O5' 0.23 0.32 0.32 0.15 0.31 0.02 0.38 0.01 0.38 0.45 0.36 0.32 0.28 0.44 0.32 0.31 0.13 0.15 0.00 0.41 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.07 0.06 0.01 0.18 0.01 0.40 0.00 0.02 0.01 0.03 0.01 0.02 0.02 0.22 0.19 0.13 0.41 0.00 0.44 0.61 0.45
OP1 0.22 0.34 0.39 0.24 0.29 0.12 0.37 0.15 0.40 0.44 0.38 0.37 0.28 0.45 0.29 0.42 0.28 0.12 0.02 0.44 0.00 0.01 0.01
OP2 0.21 0.37 0.25 0.30 0.39 0.18 0.52 0.22 0.54 0.52 0.47 0.32 0.32 0.61 0.36 0.33 0.44 0.22 0.02 0.61 0.01 0.00 0.01
P 0.18 0.31 0.28 0.16 0.29 0.05 0.39 0.03 0.41 0.44 0.37 0.32 0.26 0.47 0.29 0.30 0.24 0.15 0.00 0.45 0.01 0.01 0.00