ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48758

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 3, 2, 7, 7, 7, 4, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.004, 0.006, 0.009, 0.012 max_d=0.012 avg_d=0.006 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.004, 0.007, 0.010, 0.017 max_d=0.017 avg_d=0.007 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.004, 0.014, 0.023, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.014 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C6 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.018 std_dev=0.013
C2 A 0, 0.004, 0.017, 0.030, 0.069 max_d=0.069 avg_d=0.017 std_dev=0.013
C4 A 0, 0.005, 0.018, 0.031, 0.070 max_d=0.070 avg_d=0.018 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.005, 0.034, 0.062, 0.136 max_d=0.136 avg_d=0.034 std_dev=0.028
O4' A 0, 0.036, 0.101, 0.166, 0.260 max_d=0.260 avg_d=0.101 std_dev=0.065
O4 A 0, 0.032, 0.110, 0.188, 0.380 max_d=0.380 avg_d=0.110 std_dev=0.078
C2' A 0, 0.084, 0.168, 0.252, 0.356 max_d=0.356 avg_d=0.168 std_dev=0.084
C4' A 0, -0.012, 0.112, 0.236, 0.770 max_d=0.770 avg_d=0.112 std_dev=0.124
C3' A 0, 0.087, 0.229, 0.370, 0.880 max_d=0.880 avg_d=0.229 std_dev=0.141
O5' A 0, 0.161, 0.319, 0.478, 0.689 max_d=0.689 avg_d=0.319 std_dev=0.158
P B 0, 0.232, 0.413, 0.595, 0.733 max_d=0.733 avg_d=0.413 std_dev=0.182
O2' A 0, 0.039, 0.268, 0.498, 1.374 max_d=1.374 avg_d=0.268 std_dev=0.229
O5' B 0, 0.282, 0.516, 0.751, 0.876 max_d=0.876 avg_d=0.516 std_dev=0.235
OP1 B 0, 0.176, 0.422, 0.668, 1.458 max_d=1.458 avg_d=0.422 std_dev=0.246
C5' A 0, 0.010, 0.263, 0.516, 1.514 max_d=1.514 avg_d=0.263 std_dev=0.253
OP2 A 0, 0.309, 0.572, 0.836, 1.096 max_d=1.096 avg_d=0.572 std_dev=0.263
C5' B 0, 0.250, 0.529, 0.807, 1.419 max_d=1.419 avg_d=0.529 std_dev=0.278
P A 0, 0.188, 0.487, 0.787, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.487 std_dev=0.299
O3' A 0, 0.074, 0.411, 0.748, 2.136 max_d=2.136 avg_d=0.411 std_dev=0.337
OP2 B 0, 0.133, 0.474, 0.815, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.474 std_dev=0.341
C4' B 0, 0.253, 0.685, 1.118, 2.523 max_d=2.523 avg_d=0.685 std_dev=0.432
C8 B 0, 0.392, 0.848, 1.303, 2.498 max_d=2.498 avg_d=0.848 std_dev=0.455
C3' B 0, 0.381, 0.843, 1.305, 2.535 max_d=2.535 avg_d=0.843 std_dev=0.462
N9 B 0, 0.470, 0.937, 1.404, 2.368 max_d=2.368 avg_d=0.937 std_dev=0.467
O4' B 0, 0.281, 0.761, 1.240, 2.857 max_d=2.857 avg_d=0.761 std_dev=0.479
C1' B 0, 0.396, 0.923, 1.451, 3.026 max_d=3.026 avg_d=0.923 std_dev=0.527
C4 B 0, 0.544, 1.072, 1.599, 2.607 max_d=2.607 avg_d=1.072 std_dev=0.528
C2' B 0, 0.426, 0.969, 1.512, 3.062 max_d=3.062 avg_d=0.969 std_dev=0.543
OP1 A 0, -0.003, 0.577, 1.157, 3.611 max_d=3.611 avg_d=0.577 std_dev=0.580
N7 B 0, 0.348, 0.930, 1.512, 3.470 max_d=3.470 avg_d=0.930 std_dev=0.582
C5 B 0, 0.476, 1.059, 1.642, 3.250 max_d=3.250 avg_d=1.059 std_dev=0.583
N3 B 0, 0.613, 1.207, 1.801, 2.928 max_d=2.928 avg_d=1.207 std_dev=0.594
C2 B 0, 0.677, 1.308, 1.939, 2.997 max_d=2.997 avg_d=1.308 std_dev=0.631
N1 B 0, 0.628, 1.295, 1.963, 3.493 max_d=3.493 avg_d=1.295 std_dev=0.667
O3' B 0, 0.237, 0.909, 1.580, 4.123 max_d=4.123 avg_d=0.909 std_dev=0.671
C6 B 0, 0.488, 1.185, 1.882, 4.030 max_d=4.030 avg_d=1.185 std_dev=0.697
N2 B 0, 0.758, 1.461, 2.164, 3.324 max_d=3.324 avg_d=1.461 std_dev=0.703
O2' B 0, 0.255, 1.035, 1.816, 4.852 max_d=4.852 avg_d=1.035 std_dev=0.781
O6 B 0, 0.347, 1.214, 2.081, 5.316 max_d=5.316 avg_d=1.214 std_dev=0.867

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.12 0.01 0.00 0.12 0.17 0.13 0.06
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.11 0.16 0.01 0.03 0.14 0.24 0.15 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.04 0.01 0.05 0.04 0.05 0.02 0.04 0.05 0.00 0.05 0.06 0.02 0.12 0.23 0.16 0.07
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.07 0.00 0.10 0.02 0.10 0.04 0.03 0.05 0.02 0.01 0.07 0.01 0.07 0.27 0.09 0.14
C4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.00 0.16 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.07 0.00 0.02 0.15 0.36 0.16 0.09
C4' 0.01 0.01 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.00 0.06 0.02 0.02 0.04 0.04 0.02 0.06 0.00 0.01 0.10 0.06 0.03
C5 0.01 0.00 0.05 0.10 0.00 0.07 0.00 0.18 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.07 0.01 0.03 0.15 0.38 0.17 0.10
C5' 0.03 0.08 0.04 0.02 0.16 0.00 0.18 0.00 0.16 0.09 0.12 0.05 0.03 0.07 0.18 0.02 0.01 0.06 0.10 0.01
C6 0.01 0.00 0.05 0.10 0.01 0.06 0.00 0.16 0.00 0.00 0.01 0.01 0.11 0.07 0.01 0.03 0.15 0.34 0.16 0.09
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.01 0.08 0.09 0.01 0.01 0.14 0.26 0.15 0.07
N3 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.12 0.01 0.01 0.00 0.01 0.14 0.13 0.01 0.03 0.15 0.30 0.15 0.08
O2 0.01 0.00 0.05 0.05 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.11 0.24 0.01 0.05 0.14 0.19 0.15 0.09
O2' 0.01 0.11 0.00 0.02 0.15 0.04 0.14 0.03 0.11 0.08 0.14 0.11 0.00 0.10 0.18 0.03 0.08 0.25 0.14 0.09
O3' 0.12 0.16 0.05 0.01 0.07 0.02 0.07 0.07 0.07 0.09 0.13 0.24 0.10 0.00 0.08 0.06 0.24 0.40 0.25 0.32
O4 0.01 0.01 0.06 0.07 0.00 0.06 0.01 0.18 0.01 0.01 0.01 0.01 0.18 0.08 0.00 0.03 0.15 0.38 0.16 0.10
O4' 0.00 0.03 0.02 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.03 0.06 0.03 0.00 0.14 0.07 0.15 0.13
O5' 0.12 0.14 0.12 0.07 0.15 0.01 0.15 0.01 0.15 0.14 0.15 0.14 0.08 0.24 0.15 0.14 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.17 0.24 0.23 0.27 0.36 0.10 0.38 0.06 0.34 0.26 0.30 0.19 0.25 0.40 0.38 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.15 0.16 0.09 0.16 0.06 0.17 0.10 0.16 0.15 0.15 0.15 0.14 0.25 0.16 0.15 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.06 0.08 0.07 0.14 0.09 0.03 0.10 0.01 0.09 0.07 0.08 0.09 0.09 0.32 0.10 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.23 0.17 0.13 0.08 0.16 0.14 0.11 0.08 0.10 0.12 0.12 0.19 0.19 0.09 0.18 0.20 0.11 0.26 0.10 0.10 0.14 0.08 0.07
C2 0.17 0.14 0.10 0.11 0.14 0.10 0.12 0.08 0.12 0.12 0.12 0.14 0.15 0.11 0.14 0.12 0.15 0.20 0.10 0.12 0.15 0.10 0.09
C2' 0.28 0.18 0.18 0.09 0.16 0.19 0.09 0.10 0.09 0.10 0.11 0.22 0.22 0.08 0.18 0.28 0.08 0.29 0.11 0.13 0.13 0.14 0.07
C3' 0.25 0.13 0.15 0.07 0.12 0.18 0.08 0.09 0.11 0.07 0.08 0.16 0.17 0.10 0.15 0.27 0.08 0.28 0.10 0.20 0.11 0.14 0.07
C4 0.08 0.07 0.08 0.11 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.07 0.08 0.08 0.08 0.09 0.07 0.09 0.13 0.09 0.08 0.10 0.08 0.10 0.08
C4' 0.23 0.15 0.12 0.09 0.14 0.14 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.17 0.18 0.08 0.16 0.20 0.13 0.25 0.09 0.12 0.13 0.10 0.08
C5 0.12 0.08 0.09 0.09 0.08 0.10 0.08 0.08 0.09 0.08 0.08 0.09 0.09 0.09 0.08 0.13 0.11 0.14 0.08 0.12 0.08 0.08 0.08
C5' 0.27 0.17 0.17 0.09 0.17 0.20 0.11 0.13 0.09 0.13 0.12 0.20 0.21 0.09 0.20 0.26 0.10 0.30 0.15 0.11 0.09 0.08 0.12
C6 0.17 0.11 0.11 0.08 0.11 0.12 0.08 0.08 0.08 0.08 0.09 0.13 0.13 0.08 0.12 0.17 0.10 0.19 0.09 0.11 0.08 0.07 0.08
N1 0.19 0.14 0.11 0.09 0.13 0.12 0.09 0.08 0.09 0.10 0.10 0.15 0.16 0.08 0.14 0.17 0.12 0.22 0.10 0.10 0.12 0.07 0.08
N3 0.11 0.10 0.09 0.12 0.10 0.08 0.09 0.09 0.10 0.09 0.10 0.10 0.10 0.09 0.10 0.09 0.16 0.13 0.08 0.11 0.12 0.11 0.09
O2 0.21 0.19 0.11 0.12 0.19 0.11 0.18 0.09 0.18 0.18 0.18 0.19 0.19 0.17 0.19 0.13 0.18 0.23 0.11 0.17 0.19 0.13 0.11
O2' 0.20 0.13 0.11 0.11 0.11 0.11 0.10 0.10 0.13 0.08 0.10 0.16 0.16 0.14 0.12 0.21 0.14 0.21 0.09 0.20 0.24 0.28 0.15
O3' 0.14 0.14 0.11 0.19 0.14 0.11 0.25 0.14 0.31 0.19 0.23 0.12 0.12 0.30 0.12 0.16 0.23 0.17 0.14 0.42 0.26 0.35 0.20
O4 0.09 0.11 0.11 0.14 0.10 0.10 0.12 0.13 0.12 0.11 0.11 0.10 0.10 0.12 0.10 0.11 0.15 0.09 0.08 0.13 0.11 0.11 0.08
O4' 0.22 0.18 0.12 0.10 0.17 0.13 0.13 0.08 0.12 0.14 0.14 0.20 0.20 0.11 0.18 0.17 0.14 0.24 0.11 0.11 0.14 0.08 0.09
O5' 0.15 0.10 0.09 0.15 0.09 0.10 0.10 0.13 0.12 0.09 0.09 0.12 0.12 0.13 0.09 0.15 0.20 0.16 0.09 0.18 0.21 0.16 0.12
OP1 0.58 0.45 0.49 0.37 0.44 0.51 0.32 0.39 0.27 0.36 0.34 0.49 0.50 0.27 0.47 0.62 0.34 0.61 0.41 0.18 0.30 0.25 0.36
OP2 0.11 0.10 0.10 0.17 0.11 0.11 0.14 0.17 0.16 0.13 0.13 0.10 0.10 0.17 0.10 0.12 0.20 0.13 0.12 0.21 0.20 0.15 0.13
P 0.23 0.15 0.14 0.07 0.14 0.14 0.08 0.08 0.08 0.09 0.10 0.19 0.19 0.08 0.15 0.24 0.10 0.25 0.09 0.12 0.11 0.08 0.07

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.05 0.06 0.03
C2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.06 0.09 0.02 0.05 0.01 0.07 0.12 0.07
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.02 0.05 0.06 0.05 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.05 0.04 0.06 0.08 0.05
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.00 0.05 0.01 0.07 0.03 0.08 0.08 0.06 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08
C4 0.01 0.01 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.06 0.01 0.04 0.01 0.06 0.11 0.06
C4' 0.01 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.03 0.00 0.04 0.03 0.04 0.04 0.03 0.03 0.02 0.03 0.01 0.00 0.01 0.05 0.06 0.03 0.02
C5 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.05 0.01 0.07 0.13 0.08
C5' 0.02 0.06 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.06 0.07 0.06 0.05 0.07 0.04 0.03 0.02 0.01 0.01 0.09 0.04 0.04 0.01
C6 0.01 0.01 0.04 0.07 0.01 0.04 0.01 0.08 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.04 0.09 0.02 0.06 0.00 0.09 0.15 0.09
C8 0.01 0.01 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.03 0.01 0.04 0.02 0.06 0.10 0.07
N1 0.02 0.00 0.05 0.08 0.01 0.04 0.01 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.10 0.02 0.05 0.00 0.08 0.14 0.08
N2 0.02 0.00 0.06 0.08 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.07 0.10 0.02 0.05 0.01 0.06 0.12 0.06
N3 0.02 0.00 0.05 0.06 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.05 0.07 0.02 0.04 0.01 0.06 0.11 0.06
N7 0.01 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.08 0.13 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.03 0.00 0.02 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.01 0.04 0.09 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.04 0.02 0.05 0.07 0.05 0.01 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.03 0.06 0.06 0.03
O3' 0.01 0.09 0.01 0.01 0.06 0.01 0.06 0.02 0.09 0.03 0.10 0.10 0.07 0.05 0.03 0.03 0.00 0.01 0.09 0.10 0.11 0.09 0.09
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.07 0.02 0.08 0.06 0.06
O5' 0.03 0.05 0.05 0.09 0.04 0.01 0.05 0.01 0.06 0.04 0.05 0.05 0.04 0.05 0.04 0.03 0.09 0.07 0.00 0.06 0.01 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.04 0.08 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.03 0.10 0.02 0.06 0.00 0.10 0.16 0.10
OP1 0.05 0.07 0.06 0.09 0.06 0.06 0.07 0.04 0.09 0.06 0.08 0.06 0.06 0.08 0.04 0.06 0.11 0.08 0.01 0.10 0.00 0.01 0.01
OP2 0.06 0.12 0.08 0.09 0.11 0.03 0.13 0.04 0.15 0.10 0.14 0.12 0.11 0.13 0.09 0.06 0.09 0.06 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00
P 0.03 0.07 0.05 0.08 0.06 0.02 0.08 0.01 0.09 0.07 0.08 0.06 0.06 0.09 0.05 0.03 0.09 0.06 0.00 0.10 0.01 0.00 0.00