ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48761

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 5, 6, 7, 3, 1, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.006, 0.009, 0.013, 0.020 max_d=0.020 avg_d=0.009 std_dev=0.004
N3 A 0, 0.009, 0.013, 0.018, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.013 std_dev=0.004
C2 A 0, 0.007, 0.015, 0.023, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.015 std_dev=0.008
C4 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.033 max_d=0.033 avg_d=0.012 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.001, 0.009, 0.018, 0.049 max_d=0.049 avg_d=0.009 std_dev=0.009
C1' A 0, 0.007, 0.016, 0.025, 0.050 max_d=0.050 avg_d=0.016 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.003, 0.012, 0.022, 0.044 max_d=0.044 avg_d=0.012 std_dev=0.009
O4 A 0, 0.014, 0.034, 0.053, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.034 std_dev=0.019
O2 A 0, 0.024, 0.046, 0.069, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.046 std_dev=0.023
OP1 B 0, 0.273, 0.456, 0.639, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.456 std_dev=0.183
P B 0, 0.294, 0.505, 0.716, 1.123 max_d=1.123 avg_d=0.505 std_dev=0.211
C5' B 0, 0.400, 0.623, 0.847, 0.981 max_d=0.981 avg_d=0.623 std_dev=0.224
OP2 B 0, 0.282, 0.507, 0.733, 1.330 max_d=1.330 avg_d=0.507 std_dev=0.225
O5' B 0, 0.359, 0.646, 0.933, 1.631 max_d=1.631 avg_d=0.646 std_dev=0.287
O5' A 0, -0.030, 0.313, 0.655, 1.626 max_d=1.626 avg_d=0.313 std_dev=0.342
C2' A 0, -0.165, 0.180, 0.525, 1.464 max_d=1.464 avg_d=0.180 std_dev=0.345
O4' A 0, -0.170, 0.177, 0.525, 1.403 max_d=1.403 avg_d=0.177 std_dev=0.347
C4' B 0, 0.374, 0.771, 1.169, 2.319 max_d=2.319 avg_d=0.771 std_dev=0.398
OP2 A 0, 0.075, 0.499, 0.923, 2.281 max_d=2.281 avg_d=0.499 std_dev=0.424
P A 0, 0.002, 0.446, 0.890, 2.128 max_d=2.128 avg_d=0.446 std_dev=0.444
O4' B 0, 0.381, 0.834, 1.287, 2.517 max_d=2.517 avg_d=0.834 std_dev=0.453
O2' A 0, -0.218, 0.311, 0.840, 2.175 max_d=2.175 avg_d=0.311 std_dev=0.529
C3' A 0, -0.291, 0.267, 0.824, 2.283 max_d=2.283 avg_d=0.267 std_dev=0.558
C4' A 0, -0.290, 0.303, 0.895, 2.387 max_d=2.387 avg_d=0.303 std_dev=0.592
C1' B 0, 0.309, 0.916, 1.522, 3.677 max_d=3.677 avg_d=0.916 std_dev=0.607
OP1 A 0, -0.006, 0.623, 1.253, 2.903 max_d=2.903 avg_d=0.623 std_dev=0.629
C2' B 0, 0.291, 1.011, 1.731, 3.514 max_d=3.514 avg_d=1.011 std_dev=0.720
C3' B 0, 0.180, 0.929, 1.679, 4.082 max_d=4.082 avg_d=0.929 std_dev=0.750
O3' A 0, -0.412, 0.349, 1.109, 3.110 max_d=3.110 avg_d=0.349 std_dev=0.761
C5' A 0, -0.353, 0.452, 1.257, 3.290 max_d=3.290 avg_d=0.452 std_dev=0.805
O2' B 0, 0.195, 1.090, 1.985, 5.142 max_d=5.142 avg_d=1.090 std_dev=0.895
N9 B 0, 0.080, 0.989, 1.899, 5.377 max_d=5.377 avg_d=0.989 std_dev=0.909
C8 B 0, -0.013, 0.995, 2.004, 5.171 max_d=5.171 avg_d=0.995 std_dev=1.009
O3' B 0, -0.097, 1.076, 2.249, 6.385 max_d=6.385 avg_d=1.076 std_dev=1.173
C4 B 0, -0.175, 1.215, 2.605, 7.615 max_d=7.615 avg_d=1.215 std_dev=1.390
N7 B 0, -0.320, 1.160, 2.640, 7.081 max_d=7.081 avg_d=1.160 std_dev=1.480
N3 B 0, -0.245, 1.376, 2.996, 8.537 max_d=8.537 avg_d=1.376 std_dev=1.620
C5 B 0, -0.412, 1.295, 3.002, 8.654 max_d=8.654 avg_d=1.295 std_dev=1.707
C2 B 0, -0.573, 1.591, 3.754, 10.732 max_d=10.732 avg_d=1.591 std_dev=2.163
C6 B 0, -0.762, 1.528, 3.819, 11.024 max_d=11.024 avg_d=1.528 std_dev=2.290
N1 B 0, -0.809, 1.657, 4.123, 11.931 max_d=11.931 avg_d=1.657 std_dev=2.466
N2 B 0, -0.715, 1.800, 4.316, 11.948 max_d=11.948 avg_d=1.800 std_dev=2.516
O6 B 0, -1.036, 1.648, 4.333, 12.307 max_d=12.307 avg_d=1.648 std_dev=2.685

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.03 0.01 0.19 0.02 0.00 0.18 0.18 0.10 0.12
C2 0.02 0.00 0.13 0.19 0.01 0.03 0.00 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00 0.10 0.08 0.01 0.08 0.17 0.17 0.22 0.18
C2' 0.00 0.13 0.00 0.00 0.02 0.01 0.08 0.11 0.11 0.02 0.10 0.22 0.00 0.02 0.03 0.01 0.41 0.47 0.30 0.36
C3' 0.01 0.19 0.00 0.00 0.26 0.00 0.25 0.01 0.20 0.16 0.24 0.14 0.01 0.00 0.28 0.01 0.22 0.34 0.10 0.16
C4 0.01 0.01 0.02 0.26 0.00 0.14 0.00 0.25 0.01 0.01 0.00 0.01 0.25 0.11 0.00 0.02 0.14 0.28 0.34 0.28
C4' 0.01 0.03 0.01 0.00 0.14 0.00 0.20 0.00 0.19 0.08 0.08 0.07 0.17 0.02 0.15 0.00 0.01 0.14 0.19 0.02
C5 0.01 0.00 0.08 0.25 0.00 0.20 0.00 0.30 0.00 0.01 0.01 0.01 0.29 0.14 0.01 0.08 0.15 0.30 0.33 0.30
C5' 0.02 0.08 0.11 0.01 0.25 0.00 0.30 0.00 0.25 0.11 0.16 0.04 0.06 0.11 0.27 0.01 0.01 0.17 0.27 0.01
C6 0.01 0.01 0.11 0.20 0.01 0.19 0.00 0.25 0.00 0.00 0.01 0.01 0.25 0.09 0.01 0.10 0.15 0.22 0.24 0.23
N1 0.01 0.00 0.02 0.16 0.01 0.08 0.01 0.11 0.00 0.00 0.00 0.01 0.14 0.05 0.01 0.01 0.16 0.16 0.18 0.17
N3 0.01 0.00 0.10 0.24 0.00 0.08 0.01 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.17 0.06 0.01 0.06 0.15 0.20 0.29 0.22
O2 0.03 0.00 0.22 0.14 0.01 0.07 0.01 0.04 0.01 0.01 0.01 0.00 0.10 0.18 0.01 0.15 0.19 0.18 0.19 0.16
O2' 0.01 0.10 0.00 0.01 0.25 0.17 0.29 0.06 0.25 0.14 0.17 0.10 0.00 0.04 0.26 0.14 0.23 0.34 0.29 0.25
O3' 0.19 0.08 0.02 0.00 0.11 0.02 0.14 0.11 0.09 0.05 0.06 0.18 0.04 0.00 0.14 0.13 0.07 0.18 0.22 0.03
O4 0.02 0.01 0.03 0.28 0.00 0.15 0.01 0.27 0.01 0.01 0.01 0.01 0.26 0.14 0.00 0.02 0.14 0.32 0.37 0.30
O4' 0.00 0.08 0.01 0.01 0.02 0.00 0.08 0.01 0.10 0.01 0.06 0.15 0.14 0.13 0.02 0.00 0.09 0.09 0.20 0.12
O5' 0.18 0.17 0.41 0.22 0.14 0.01 0.15 0.01 0.15 0.16 0.15 0.19 0.23 0.07 0.14 0.09 0.00 0.02 0.02 0.00
OP1 0.18 0.17 0.47 0.34 0.28 0.14 0.30 0.17 0.22 0.16 0.20 0.18 0.34 0.18 0.32 0.09 0.02 0.00 0.01 0.01
OP2 0.10 0.22 0.30 0.10 0.34 0.19 0.33 0.27 0.24 0.18 0.29 0.19 0.29 0.22 0.37 0.20 0.02 0.01 0.00 0.00
P 0.12 0.18 0.36 0.16 0.28 0.02 0.30 0.01 0.23 0.17 0.22 0.16 0.25 0.03 0.30 0.12 0.00 0.01 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.25 0.21 0.29 0.19 0.30 0.52 0.14 0.53 0.67 0.26 0.49 0.25 0.83 0.24 0.26 0.43 0.15 0.13 0.77 0.08 0.20 0.13
C2 0.10 0.41 0.17 0.22 0.21 0.26 0.46 0.15 0.45 0.64 0.31 0.66 0.37 0.76 0.24 0.19 0.31 0.13 0.12 0.63 0.10 0.19 0.13
C2' 0.28 0.45 0.40 0.45 0.23 0.43 0.42 0.19 0.43 0.55 0.29 0.71 0.46 0.71 0.20 0.46 0.56 0.28 0.18 0.65 0.20 0.19 0.18
C3' 0.17 0.31 0.29 0.36 0.20 0.36 0.53 0.15 0.54 0.66 0.25 0.59 0.32 0.85 0.24 0.36 0.47 0.19 0.14 0.80 0.25 0.15 0.14
C4 0.21 0.80 0.12 0.12 0.53 0.15 0.71 0.20 0.80 0.72 0.80 1.02 0.66 0.86 0.42 0.12 0.26 0.14 0.13 0.93 0.14 0.16 0.12
C4' 0.13 0.09 0.19 0.26 0.32 0.26 0.70 0.18 0.72 0.83 0.36 0.32 0.09 1.02 0.39 0.23 0.38 0.14 0.18 1.00 0.10 0.33 0.18
C5 0.20 0.79 0.11 0.11 0.54 0.16 0.73 0.18 0.83 0.73 0.80 0.99 0.65 0.89 0.43 0.10 0.24 0.15 0.12 0.98 0.13 0.18 0.12
C5' 0.09 0.20 0.15 0.22 0.29 0.27 0.67 0.17 0.69 0.80 0.36 0.43 0.18 0.99 0.36 0.18 0.33 0.13 0.15 0.97 0.16 0.32 0.16
C6 0.15 0.62 0.09 0.13 0.41 0.21 0.62 0.16 0.68 0.69 0.61 0.83 0.52 0.85 0.34 0.10 0.24 0.14 0.12 0.86 0.12 0.19 0.12
N1 0.10 0.43 0.15 0.21 0.26 0.26 0.52 0.15 0.53 0.66 0.38 0.66 0.38 0.80 0.26 0.18 0.32 0.14 0.12 0.73 0.10 0.20 0.12
N3 0.13 0.60 0.09 0.12 0.36 0.19 0.53 0.17 0.56 0.67 0.53 0.83 0.51 0.77 0.31 0.09 0.20 0.11 0.12 0.69 0.12 0.18 0.12
O2 0.14 0.29 0.27 0.33 0.11 0.32 0.42 0.15 0.38 0.63 0.12 0.55 0.30 0.75 0.20 0.30 0.45 0.16 0.15 0.59 0.10 0.20 0.14
O2' 0.22 0.31 0.37 0.44 0.13 0.36 0.41 0.13 0.41 0.54 0.18 0.57 0.34 0.70 0.15 0.45 0.60 0.19 0.11 0.64 0.12 0.16 0.11
O3' 0.22 0.15 0.21 0.25 0.39 0.23 0.77 0.18 0.78 0.91 0.42 0.32 0.16 1.10 0.47 0.26 0.37 0.23 0.20 1.06 0.08 0.34 0.20
O4 0.28 0.97 0.21 0.22 0.66 0.14 0.83 0.23 0.96 0.76 0.99 1.18 0.80 0.92 0.51 0.23 0.38 0.17 0.16 1.08 0.16 0.14 0.14
O4' 0.16 0.10 0.23 0.30 0.33 0.28 0.70 0.27 0.71 0.83 0.37 0.28 0.08 1.01 0.41 0.24 0.42 0.17 0.27 0.97 0.14 0.39 0.27
O5' 0.17 0.38 0.13 0.17 0.45 0.15 0.80 0.24 0.84 0.90 0.57 0.49 0.30 1.09 0.48 0.12 0.27 0.11 0.19 1.10 0.14 0.32 0.21
OP1 0.33 0.70 0.23 0.12 0.66 0.13 0.96 0.16 1.05 0.97 0.86 0.79 0.59 1.19 0.61 0.18 0.10 0.23 0.14 1.31 0.22 0.23 0.14
OP2 0.40 0.90 0.31 0.21 0.69 0.28 0.88 0.16 0.99 0.83 0.94 1.08 0.78 1.02 0.58 0.26 0.14 0.35 0.25 1.17 0.33 0.12 0.21
P 0.32 0.70 0.21 0.11 0.63 0.16 0.90 0.13 0.99 0.91 0.82 0.82 0.60 1.11 0.57 0.17 0.10 0.24 0.14 1.22 0.23 0.16 0.13

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.01 0.01 0.02 0.04 0.03 0.01 0.00 0.02 0.15 0.00 0.14 0.02 0.17 0.11 0.08
C2 0.03 0.00 0.16 0.22 0.01 0.32 0.01 0.64 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.11 0.24 0.21 0.43 0.01 0.60 0.19 0.38
C2' 0.00 0.16 0.00 0.00 0.08 0.01 0.04 0.11 0.07 0.08 0.12 0.19 0.16 0.05 0.02 0.01 0.02 0.01 0.09 0.06 0.10 0.13 0.06
C3' 0.01 0.22 0.00 0.00 0.09 0.00 0.11 0.01 0.10 0.25 0.14 0.30 0.22 0.22 0.09 0.02 0.01 0.01 0.14 0.12 0.14 0.19 0.07
C4 0.01 0.01 0.08 0.09 0.00 0.14 0.00 0.30 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.08 0.13 0.11 0.11 0.01 0.35 0.16 0.13
C4' 0.01 0.32 0.01 0.00 0.14 0.00 0.06 0.01 0.11 0.20 0.23 0.41 0.31 0.14 0.04 0.13 0.02 0.00 0.01 0.07 0.10 0.32 0.13
C5 0.01 0.01 0.04 0.11 0.00 0.06 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.12 0.07 0.05 0.22 0.01 0.49 0.45 0.33
C5' 0.05 0.64 0.11 0.01 0.30 0.01 0.15 0.00 0.27 0.26 0.49 0.81 0.60 0.17 0.06 0.04 0.10 0.01 0.01 0.20 0.21 0.17 0.01
C6 0.01 0.01 0.07 0.10 0.01 0.11 0.01 0.27 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.10 0.09 0.14 0.00 0.48 0.41 0.24
C8 0.01 0.01 0.08 0.25 0.00 0.20 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.09 0.11 0.60 0.02 0.70 0.69 0.66
N1 0.02 0.00 0.12 0.14 0.01 0.23 0.01 0.49 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.10 0.18 0.16 0.26 0.01 0.51 0.14 0.19
N2 0.04 0.01 0.19 0.30 0.01 0.41 0.01 0.81 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.14 0.30 0.24 0.65 0.02 0.84 0.41 0.63
N3 0.03 0.01 0.16 0.22 0.00 0.31 0.01 0.60 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.23 0.20 0.37 0.01 0.50 0.21 0.35
N7 0.01 0.01 0.05 0.22 0.00 0.14 0.00 0.17 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.15 0.08 0.06 0.53 0.03 0.73 0.78 0.66
N9 0.00 0.01 0.02 0.09 0.01 0.04 0.00 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.08 0.06 0.01 0.26 0.02 0.36 0.27 0.26
O2' 0.02 0.11 0.01 0.02 0.08 0.13 0.12 0.04 0.12 0.14 0.10 0.14 0.10 0.15 0.08 0.00 0.03 0.10 0.14 0.13 0.15 0.16 0.05
O3' 0.15 0.24 0.02 0.01 0.13 0.02 0.07 0.10 0.10 0.09 0.18 0.30 0.23 0.08 0.06 0.03 0.00 0.12 0.15 0.09 0.23 0.31 0.09
O4' 0.00 0.21 0.01 0.01 0.11 0.00 0.05 0.01 0.09 0.11 0.16 0.24 0.20 0.06 0.01 0.10 0.12 0.00 0.08 0.08 0.11 0.20 0.05
O5' 0.14 0.43 0.09 0.14 0.11 0.01 0.22 0.01 0.14 0.60 0.26 0.65 0.37 0.53 0.26 0.14 0.15 0.08 0.00 0.19 0.02 0.02 0.00
O6 0.02 0.01 0.06 0.12 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.03 0.02 0.13 0.09 0.08 0.19 0.00 0.55 0.59 0.35
OP1 0.17 0.60 0.10 0.14 0.35 0.10 0.49 0.21 0.48 0.70 0.51 0.84 0.50 0.73 0.36 0.15 0.23 0.11 0.02 0.55 0.00 0.01 0.01
OP2 0.11 0.19 0.13 0.19 0.16 0.32 0.45 0.17 0.41 0.69 0.14 0.41 0.21 0.78 0.27 0.16 0.31 0.20 0.02 0.59 0.01 0.00 0.01
P 0.08 0.38 0.06 0.07 0.13 0.13 0.33 0.01 0.24 0.66 0.19 0.63 0.35 0.66 0.26 0.05 0.09 0.05 0.00 0.35 0.01 0.01 0.00