ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48762

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 7, 5, 1, 5, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.005, 0.007, 0.008 max_d=0.008 avg_d=0.005 std_dev=0.002
C5 A 0, 0.002, 0.005, 0.008, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.005 std_dev=0.003
N1 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.014 max_d=0.014 avg_d=0.007 std_dev=0.003
C2 A 0, 0.006, 0.011, 0.017, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C1' A 0, 0.005, 0.011, 0.016, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.011 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.004, 0.009, 0.015, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.009 std_dev=0.006
C6 A 0, 0.003, 0.009, 0.015, 0.024 max_d=0.024 avg_d=0.009 std_dev=0.006
O2 A 0, 0.011, 0.027, 0.042, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.027 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.009, 0.056, 0.102, 0.175 max_d=0.175 avg_d=0.056 std_dev=0.047
C3' A 0, 0.023, 0.076, 0.129, 0.174 max_d=0.174 avg_d=0.076 std_dev=0.053
O3' A 0, 0.056, 0.111, 0.166, 0.208 max_d=0.208 avg_d=0.111 std_dev=0.055
C2' A 0, 0.048, 0.110, 0.172, 0.219 max_d=0.219 avg_d=0.110 std_dev=0.062
O4' A 0, 0.043, 0.108, 0.174, 0.226 max_d=0.226 avg_d=0.108 std_dev=0.066
C4' A 0, 0.057, 0.140, 0.223, 0.318 max_d=0.318 avg_d=0.140 std_dev=0.083
O2' A 0, 0.101, 0.204, 0.307, 0.423 max_d=0.423 avg_d=0.204 std_dev=0.103
O5' B 0, 0.193, 0.335, 0.476, 0.565 max_d=0.565 avg_d=0.335 std_dev=0.141
C5' A 0, 0.088, 0.233, 0.377, 0.560 max_d=0.560 avg_d=0.233 std_dev=0.145
O5' A 0, 0.091, 0.241, 0.392, 0.580 max_d=0.580 avg_d=0.241 std_dev=0.150
C5 B 0, 0.209, 0.360, 0.511, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.360 std_dev=0.151
C4 B 0, 0.312, 0.464, 0.616, 0.778 max_d=0.778 avg_d=0.464 std_dev=0.152
N9 B 0, 0.328, 0.484, 0.639, 0.842 max_d=0.842 avg_d=0.484 std_dev=0.155
OP2 B 0, 0.177, 0.338, 0.499, 0.680 max_d=0.680 avg_d=0.338 std_dev=0.161
C8 B 0, 0.217, 0.380, 0.543, 0.860 max_d=0.860 avg_d=0.380 std_dev=0.163
N7 B 0, 0.143, 0.311, 0.480, 0.822 max_d=0.822 avg_d=0.311 std_dev=0.168
C6 B 0, 0.173, 0.341, 0.510, 0.752 max_d=0.752 avg_d=0.341 std_dev=0.169
P B 0, 0.120, 0.291, 0.462, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.291 std_dev=0.171
N1 B 0, 0.246, 0.421, 0.596, 0.711 max_d=0.711 avg_d=0.421 std_dev=0.175
OP1 A 0, 0.134, 0.312, 0.490, 0.653 max_d=0.653 avg_d=0.312 std_dev=0.178
N3 B 0, 0.367, 0.549, 0.731, 0.742 max_d=0.742 avg_d=0.549 std_dev=0.182
C1' B 0, 0.428, 0.612, 0.797, 0.912 max_d=0.912 avg_d=0.612 std_dev=0.184
C2 B 0, 0.331, 0.517, 0.703, 0.731 max_d=0.731 avg_d=0.517 std_dev=0.186
O4' B 0, 0.368, 0.558, 0.748, 0.896 max_d=0.896 avg_d=0.558 std_dev=0.190
O6 B 0, 0.106, 0.299, 0.491, 0.772 max_d=0.772 avg_d=0.299 std_dev=0.192
P A 0, 0.089, 0.282, 0.476, 0.700 max_d=0.700 avg_d=0.282 std_dev=0.194
OP1 B 0, 0.100, 0.301, 0.502, 0.887 max_d=0.887 avg_d=0.301 std_dev=0.201
C3' B 0, 0.414, 0.623, 0.833, 0.933 max_d=0.933 avg_d=0.623 std_dev=0.209
C4' B 0, 0.344, 0.555, 0.765, 0.864 max_d=0.864 avg_d=0.555 std_dev=0.211
C2' B 0, 0.499, 0.713, 0.926, 0.975 max_d=0.975 avg_d=0.713 std_dev=0.213
C5' B 0, 0.185, 0.406, 0.627, 0.788 max_d=0.788 avg_d=0.406 std_dev=0.221
N2 B 0, 0.362, 0.589, 0.815, 0.895 max_d=0.895 avg_d=0.589 std_dev=0.227
OP2 A 0, 0.095, 0.338, 0.581, 0.807 max_d=0.807 avg_d=0.338 std_dev=0.243
O3' B 0, 0.411, 0.660, 0.909, 1.089 max_d=1.089 avg_d=0.660 std_dev=0.249
O2' B 0, 0.630, 0.889, 1.148, 1.236 max_d=1.236 avg_d=0.889 std_dev=0.259

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.03 0.00 0.00 0.04 0.14 0.05 0.07
C2 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.06 0.16 0.08 0.08
C2' 0.00 0.03 0.00 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.02 0.01 0.03 0.04 0.00 0.01 0.03 0.01 0.04 0.13 0.04 0.06
C3' 0.01 0.02 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.10 0.03 0.03
C4 0.00 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.08 0.15 0.11 0.09
C4' 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.00 0.01 0.09 0.02 0.03
C5 0.01 0.00 0.02 0.01 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.03 0.00 0.02 0.08 0.14 0.11 0.09
C5' 0.01 0.03 0.02 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.04 0.03 0.03 0.02 0.02 0.02 0.05 0.01 0.00 0.03 0.03 0.00
C6 0.00 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.08 0.15 0.09 0.08
N1 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.00 0.00 0.06 0.15 0.07 0.08
N3 0.01 0.00 0.03 0.02 0.00 0.01 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.04 0.00 0.01 0.07 0.16 0.09 0.09
O2 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.01 0.00 0.02 0.00 0.01 0.00 0.00 0.07 0.05 0.01 0.02 0.06 0.16 0.07 0.08
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.04 0.07 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.14 0.05 0.07
O3' 0.03 0.04 0.01 0.00 0.03 0.02 0.03 0.02 0.02 0.03 0.04 0.05 0.03 0.00 0.04 0.03 0.03 0.10 0.04 0.03
O4 0.00 0.00 0.03 0.02 0.00 0.02 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.04 0.00 0.02 0.08 0.14 0.12 0.10
O4' 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.02 0.00 0.01 0.02 0.00 0.03 0.02 0.00 0.03 0.13 0.05 0.07
O5' 0.04 0.06 0.04 0.02 0.08 0.01 0.08 0.00 0.08 0.06 0.07 0.06 0.04 0.03 0.08 0.03 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.14 0.16 0.13 0.10 0.15 0.09 0.14 0.03 0.15 0.15 0.16 0.16 0.14 0.10 0.14 0.13 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.08 0.04 0.03 0.11 0.02 0.11 0.03 0.09 0.07 0.09 0.07 0.05 0.04 0.12 0.05 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.07 0.08 0.06 0.03 0.09 0.03 0.09 0.00 0.08 0.08 0.09 0.08 0.07 0.03 0.10 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.13 0.11 0.11 0.10 0.09 0.13 0.09 0.11 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.09 0.11 0.12 0.08 0.16 0.11 0.16 0.09 0.13 0.09
C2 0.12 0.09 0.11 0.10 0.08 0.12 0.09 0.11 0.13 0.09 0.12 0.09 0.08 0.08 0.09 0.11 0.08 0.15 0.10 0.17 0.08 0.12 0.08
C2' 0.13 0.10 0.12 0.11 0.10 0.13 0.09 0.11 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.12 0.09 0.16 0.11 0.13 0.09 0.14 0.09
C3' 0.12 0.11 0.11 0.09 0.10 0.11 0.10 0.10 0.12 0.11 0.12 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.08 0.15 0.11 0.14 0.09 0.14 0.09
C4 0.16 0.08 0.14 0.13 0.10 0.15 0.08 0.14 0.09 0.14 0.09 0.09 0.10 0.10 0.14 0.14 0.10 0.19 0.12 0.15 0.08 0.09 0.08
C4' 0.14 0.12 0.12 0.10 0.11 0.13 0.11 0.10 0.12 0.13 0.13 0.13 0.11 0.11 0.12 0.13 0.09 0.16 0.11 0.14 0.09 0.13 0.09
C5 0.19 0.11 0.17 0.14 0.15 0.17 0.13 0.15 0.10 0.19 0.10 0.11 0.14 0.17 0.18 0.17 0.11 0.21 0.13 0.12 0.08 0.09 0.08
C5' 0.16 0.13 0.14 0.12 0.13 0.14 0.12 0.12 0.12 0.16 0.13 0.13 0.12 0.14 0.15 0.15 0.10 0.18 0.12 0.13 0.09 0.12 0.10
C6 0.18 0.11 0.15 0.13 0.14 0.17 0.12 0.14 0.11 0.18 0.11 0.11 0.12 0.15 0.17 0.16 0.11 0.21 0.12 0.13 0.08 0.10 0.08
N1 0.14 0.10 0.12 0.11 0.10 0.14 0.09 0.12 0.11 0.13 0.11 0.10 0.10 0.10 0.12 0.13 0.09 0.18 0.11 0.15 0.08 0.11 0.09
N3 0.13 0.08 0.11 0.11 0.08 0.13 0.08 0.12 0.12 0.09 0.11 0.09 0.08 0.09 0.10 0.12 0.09 0.16 0.11 0.17 0.08 0.09 0.08
O2 0.11 0.10 0.09 0.09 0.09 0.11 0.11 0.09 0.15 0.09 0.13 0.10 0.09 0.11 0.09 0.10 0.08 0.14 0.10 0.19 0.09 0.14 0.09
O2' 0.13 0.09 0.12 0.11 0.09 0.12 0.09 0.10 0.11 0.10 0.11 0.10 0.09 0.09 0.11 0.12 0.09 0.15 0.11 0.14 0.10 0.16 0.09
O3' 0.09 0.12 0.08 0.08 0.09 0.09 0.10 0.08 0.14 0.08 0.14 0.13 0.10 0.09 0.08 0.09 0.07 0.11 0.11 0.17 0.12 0.15 0.10
O4 0.15 0.07 0.14 0.13 0.10 0.15 0.08 0.14 0.10 0.13 0.08 0.08 0.09 0.11 0.13 0.14 0.11 0.18 0.14 0.15 0.10 0.11 0.08
O4' 0.14 0.12 0.12 0.10 0.10 0.13 0.10 0.11 0.12 0.14 0.13 0.13 0.11 0.11 0.12 0.13 0.09 0.17 0.12 0.15 0.10 0.12 0.10
O5' 0.16 0.12 0.15 0.13 0.14 0.15 0.13 0.13 0.12 0.17 0.12 0.13 0.13 0.15 0.15 0.16 0.11 0.18 0.12 0.12 0.10 0.13 0.10
OP1 0.21 0.14 0.18 0.17 0.18 0.20 0.18 0.19 0.15 0.23 0.13 0.13 0.16 0.22 0.21 0.19 0.15 0.24 0.16 0.14 0.16 0.16 0.16
OP2 0.18 0.15 0.16 0.14 0.16 0.17 0.16 0.14 0.15 0.19 0.15 0.15 0.15 0.19 0.18 0.17 0.12 0.20 0.12 0.15 0.11 0.12 0.11
P 0.18 0.13 0.16 0.14 0.15 0.17 0.15 0.14 0.13 0.19 0.12 0.12 0.14 0.18 0.17 0.17 0.11 0.20 0.12 0.12 0.11 0.12 0.10

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.04 0.01 0.08 0.12 0.05
C2 0.01 0.00 0.06 0.07 0.00 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.08 0.01 0.08 0.00 0.13 0.20 0.12
C2' 0.00 0.06 0.00 0.00 0.03 0.01 0.03 0.01 0.04 0.03 0.05 0.07 0.06 0.03 0.02 0.00 0.01 0.01 0.03 0.04 0.11 0.16 0.07
C3' 0.01 0.07 0.00 0.00 0.05 0.00 0.06 0.01 0.06 0.07 0.06 0.08 0.06 0.07 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.11 0.16 0.08
C4 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.04 0.05 0.01 0.09 0.01 0.12 0.18 0.12
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.05 0.04 0.04 0.03 0.05 0.03 0.05 0.02 0.00 0.01 0.05 0.06 0.08 0.03
C5 0.01 0.00 0.03 0.06 0.00 0.04 0.00 0.07 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.04 0.07 0.01 0.12 0.01 0.16 0.22 0.15
C5' 0.01 0.05 0.01 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.08 0.09 0.06 0.05 0.04 0.09 0.05 0.05 0.01 0.01 0.00 0.09 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.00 0.04 0.06 0.00 0.04 0.00 0.08 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.05 0.07 0.01 0.13 0.00 0.17 0.23 0.17
C8 0.00 0.01 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.07 0.01 0.15 0.01 0.15 0.18 0.14
N1 0.01 0.00 0.05 0.06 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.08 0.01 0.10 0.00 0.15 0.22 0.15
N2 0.02 0.00 0.07 0.08 0.01 0.04 0.00 0.05 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.09 0.11 0.02 0.07 0.00 0.12 0.19 0.11
N3 0.01 0.00 0.06 0.06 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.07 0.07 0.01 0.07 0.01 0.11 0.18 0.10
N7 0.00 0.00 0.03 0.07 0.00 0.05 0.00 0.09 0.01 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.16 0.01 0.17 0.22 0.17
N9 0.00 0.01 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.09 0.01 0.11 0.16 0.10
O2' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.05 0.04 0.05 0.05 0.02 0.07 0.09 0.07 0.02 0.02 0.00 0.04 0.04 0.04 0.05 0.11 0.16 0.08
O3' 0.01 0.08 0.01 0.00 0.05 0.02 0.07 0.01 0.07 0.07 0.08 0.11 0.07 0.08 0.04 0.04 0.00 0.01 0.07 0.08 0.13 0.17 0.08
O4' 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.04 0.01 0.00 0.05 0.02 0.05 0.07 0.02
O5' 0.04 0.08 0.03 0.04 0.09 0.01 0.12 0.00 0.13 0.15 0.10 0.07 0.07 0.16 0.09 0.04 0.07 0.05 0.00 0.15 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.00 0.04 0.07 0.01 0.05 0.01 0.09 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.02 0.15 0.00 0.19 0.25 0.19
OP1 0.08 0.13 0.11 0.11 0.12 0.06 0.16 0.04 0.17 0.15 0.15 0.12 0.11 0.17 0.11 0.11 0.13 0.05 0.01 0.19 0.00 0.00 0.00
OP2 0.12 0.20 0.16 0.16 0.18 0.08 0.22 0.03 0.23 0.18 0.22 0.19 0.18 0.22 0.16 0.16 0.17 0.07 0.01 0.25 0.00 0.00 0.00
P 0.05 0.12 0.07 0.08 0.12 0.03 0.15 0.01 0.17 0.14 0.15 0.11 0.10 0.17 0.10 0.08 0.08 0.02 0.00 0.19 0.00 0.00 0.00