ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48763

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 1, 3, 2, 2, 3, 4, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.003, 0.007, 0.010, 0.015 max_d=0.015 avg_d=0.007 std_dev=0.004
C5 A 0, 0.007, 0.011, 0.016, 0.023 max_d=0.023 avg_d=0.011 std_dev=0.004
N1 A 0, 0.005, 0.011, 0.017, 0.026 max_d=0.026 avg_d=0.011 std_dev=0.006
C4 A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C2 A 0, 0.005, 0.013, 0.021, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.008
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.016 std_dev=0.008
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.012 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.012, 0.029, 0.045, 0.065 max_d=0.065 avg_d=0.029 std_dev=0.017
O4 A 0, 0.005, 0.065, 0.125, 0.278 max_d=0.278 avg_d=0.065 std_dev=0.060
C2' A 0, 0.102, 0.191, 0.280, 0.323 max_d=0.323 avg_d=0.191 std_dev=0.089
O4' A 0, 0.094, 0.192, 0.290, 0.313 max_d=0.313 avg_d=0.192 std_dev=0.098
O2' A 0, 0.155, 0.285, 0.415, 0.558 max_d=0.558 avg_d=0.285 std_dev=0.130
C4' A 0, 0.135, 0.274, 0.414, 0.450 max_d=0.450 avg_d=0.274 std_dev=0.140
C3' A 0, 0.159, 0.306, 0.453, 0.500 max_d=0.500 avg_d=0.306 std_dev=0.147
OP2 B 0, 0.275, 0.442, 0.608, 0.684 max_d=0.684 avg_d=0.442 std_dev=0.166
O3' A 0, 0.256, 0.461, 0.666, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.461 std_dev=0.205
P B 0, 0.342, 0.579, 0.817, 0.909 max_d=0.909 avg_d=0.579 std_dev=0.237
C5' A 0, 0.231, 0.472, 0.712, 0.776 max_d=0.776 avg_d=0.472 std_dev=0.241
O3' B 0, 0.486, 0.737, 0.987, 1.174 max_d=1.174 avg_d=0.737 std_dev=0.251
O5' B 0, 0.410, 0.662, 0.913, 1.085 max_d=1.085 avg_d=0.662 std_dev=0.251
OP1 B 0, 0.367, 0.624, 0.881, 0.976 max_d=0.976 avg_d=0.624 std_dev=0.257
C3' B 0, 0.486, 0.752, 1.018, 1.232 max_d=1.232 avg_d=0.752 std_dev=0.266
O5' A 0, 0.291, 0.603, 0.914, 1.131 max_d=1.131 avg_d=0.603 std_dev=0.311
OP2 A 0, 0.283, 0.600, 0.917, 1.350 max_d=1.350 avg_d=0.600 std_dev=0.317
C5' B 0, 0.479, 0.798, 1.117, 1.312 max_d=1.312 avg_d=0.798 std_dev=0.319
C4' B 0, 0.528, 0.871, 1.214, 1.446 max_d=1.446 avg_d=0.871 std_dev=0.343
C2' B 0, 0.594, 0.942, 1.290, 1.566 max_d=1.566 avg_d=0.942 std_dev=0.348
C8 B 0, 0.475, 0.829, 1.183, 1.405 max_d=1.405 avg_d=0.829 std_dev=0.354
N7 B 0, 0.458, 0.821, 1.184, 1.398 max_d=1.398 avg_d=0.821 std_dev=0.363
P A 0, 0.313, 0.682, 1.051, 1.355 max_d=1.355 avg_d=0.682 std_dev=0.369
N9 B 0, 0.537, 0.930, 1.323, 1.582 max_d=1.582 avg_d=0.930 std_dev=0.393
O4' B 0, 0.555, 0.957, 1.360, 1.614 max_d=1.614 avg_d=0.957 std_dev=0.403
C1' B 0, 0.582, 0.987, 1.392, 1.678 max_d=1.678 avg_d=0.987 std_dev=0.405
C5 B 0, 0.517, 0.935, 1.352, 1.591 max_d=1.591 avg_d=0.935 std_dev=0.417
OP1 A 0, 0.324, 0.744, 1.164, 1.418 max_d=1.418 avg_d=0.744 std_dev=0.420
O2' B 0, 0.726, 1.146, 1.566, 1.906 max_d=1.906 avg_d=1.146 std_dev=0.420
C4 B 0, 0.561, 0.994, 1.428, 1.694 max_d=1.694 avg_d=0.994 std_dev=0.434
C6 B 0, 0.549, 1.016, 1.483, 1.712 max_d=1.712 avg_d=1.016 std_dev=0.467
O6 B 0, 0.539, 1.010, 1.481, 1.671 max_d=1.671 avg_d=1.010 std_dev=0.471
N3 B 0, 0.621, 1.109, 1.596, 1.882 max_d=1.882 avg_d=1.109 std_dev=0.487
N1 B 0, 0.617, 1.140, 1.663, 1.917 max_d=1.917 avg_d=1.140 std_dev=0.523
C2 B 0, 0.645, 1.173, 1.702, 1.983 max_d=1.983 avg_d=1.173 std_dev=0.528
N2 B 0, 0.713, 1.292, 1.871, 2.176 max_d=2.176 avg_d=1.292 std_dev=0.579

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.07 0.05 0.03
C2 0.01 0.00 0.02 0.03 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.04 0.03 0.01 0.03 0.06 0.11 0.07 0.06
C2' 0.00 0.02 0.00 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.03 0.00 0.02 0.04 0.01 0.02 0.05 0.05 0.02
C3' 0.01 0.03 0.00 0.00 0.07 0.00 0.08 0.01 0.07 0.04 0.05 0.03 0.01 0.00 0.07 0.01 0.03 0.03 0.06 0.03
C4 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.07 0.00 0.02 0.13 0.11 0.10 0.11
C4' 0.00 0.03 0.01 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.07 0.03 0.04 0.06 0.03 0.01 0.07 0.00 0.01 0.04 0.05 0.02
C5 0.01 0.00 0.04 0.08 0.01 0.08 0.00 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00 0.04 0.09 0.01 0.03 0.16 0.13 0.13 0.14
C5' 0.01 0.07 0.01 0.01 0.11 0.00 0.13 0.00 0.11 0.06 0.09 0.09 0.03 0.04 0.12 0.01 0.01 0.03 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.07 0.00 0.11 0.00 0.00 0.01 0.01 0.03 0.07 0.01 0.04 0.13 0.10 0.11 0.11
N1 0.00 0.01 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.06 0.00 0.00 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.01 0.06 0.06 0.06 0.04
N3 0.01 0.00 0.03 0.05 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.01 0.04 0.05 0.01 0.03 0.09 0.11 0.08 0.07
O2 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.01 0.01 0.00 0.06 0.02 0.01 0.07 0.09 0.18 0.11 0.12
O2' 0.01 0.04 0.00 0.01 0.04 0.03 0.04 0.03 0.03 0.02 0.04 0.06 0.00 0.05 0.05 0.03 0.05 0.09 0.07 0.06
O3' 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.01 0.09 0.04 0.07 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.08 0.01 0.06 0.04 0.07 0.06
O4 0.01 0.01 0.04 0.07 0.00 0.07 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.05 0.08 0.00 0.03 0.15 0.14 0.11 0.13
O4' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.02 0.00 0.03 0.01 0.04 0.01 0.03 0.07 0.03 0.01 0.03 0.00 0.01 0.08 0.06 0.04
O5' 0.01 0.06 0.02 0.03 0.13 0.01 0.16 0.01 0.13 0.06 0.09 0.09 0.05 0.06 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00
OP1 0.07 0.11 0.05 0.03 0.11 0.04 0.13 0.03 0.10 0.06 0.11 0.18 0.09 0.04 0.14 0.08 0.01 0.00 0.00 0.00
OP2 0.05 0.07 0.05 0.06 0.10 0.05 0.13 0.03 0.11 0.06 0.08 0.11 0.07 0.07 0.11 0.06 0.01 0.00 0.00 0.00
P 0.03 0.06 0.02 0.03 0.11 0.02 0.14 0.01 0.11 0.04 0.07 0.12 0.06 0.06 0.13 0.04 0.00 0.00 0.00 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.12 0.14 0.14 0.14 0.13 0.13 0.13 0.13 0.15 0.12 0.15 0.15 0.13 0.12 0.12 0.13 0.15 0.12 0.13 0.16 0.12 0.13 0.12
C2 0.11 0.14 0.13 0.14 0.13 0.12 0.14 0.12 0.15 0.11 0.15 0.15 0.13 0.13 0.12 0.13 0.15 0.11 0.13 0.17 0.12 0.13 0.12
C2' 0.11 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12 0.12 0.12 0.13 0.10 0.13 0.13 0.12 0.11 0.11 0.12 0.15 0.11 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12
C3' 0.09 0.10 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.10 0.08 0.10 0.10 0.09 0.08 0.08 0.10 0.12 0.09 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10
C4 0.10 0.11 0.12 0.13 0.10 0.12 0.09 0.13 0.09 0.08 0.10 0.12 0.11 0.08 0.09 0.13 0.16 0.10 0.14 0.10 0.16 0.13 0.14
C4' 0.10 0.11 0.11 0.11 0.10 0.11 0.10 0.11 0.12 0.10 0.12 0.11 0.10 0.09 0.10 0.11 0.13 0.10 0.11 0.13 0.11 0.11 0.10
C5 0.11 0.13 0.12 0.13 0.11 0.12 0.10 0.13 0.11 0.09 0.12 0.14 0.12 0.09 0.10 0.13 0.16 0.10 0.13 0.11 0.17 0.13 0.14
C5' 0.08 0.08 0.08 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.09 0.08 0.09 0.09 0.07 0.07 0.08 0.08 0.09 0.09 0.08 0.11 0.09 0.08 0.07
C6 0.11 0.13 0.13 0.13 0.11 0.12 0.11 0.12 0.12 0.09 0.13 0.14 0.12 0.09 0.10 0.13 0.15 0.10 0.13 0.13 0.15 0.13 0.13
N1 0.11 0.13 0.13 0.14 0.12 0.12 0.12 0.12 0.13 0.10 0.14 0.14 0.12 0.11 0.11 0.13 0.15 0.11 0.13 0.14 0.13 0.13 0.12
N3 0.10 0.12 0.13 0.13 0.11 0.12 0.11 0.13 0.12 0.10 0.13 0.13 0.12 0.11 0.10 0.13 0.15 0.10 0.13 0.13 0.12 0.13 0.12
O2 0.13 0.18 0.15 0.15 0.16 0.13 0.18 0.13 0.20 0.15 0.20 0.18 0.16 0.18 0.14 0.14 0.16 0.13 0.14 0.23 0.12 0.14 0.12
O2' 0.14 0.14 0.15 0.16 0.14 0.15 0.14 0.15 0.14 0.13 0.15 0.15 0.14 0.13 0.13 0.15 0.18 0.14 0.15 0.15 0.16 0.15 0.15
O3' 0.09 0.09 0.10 0.10 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.09 0.12 0.09 0.10 0.10 0.11 0.11 0.10
O4 0.13 0.15 0.14 0.15 0.13 0.15 0.13 0.15 0.13 0.12 0.14 0.16 0.15 0.12 0.13 0.15 0.17 0.13 0.16 0.12 0.18 0.15 0.16
O4' 0.12 0.15 0.14 0.14 0.14 0.13 0.15 0.13 0.16 0.13 0.16 0.16 0.14 0.14 0.13 0.13 0.15 0.12 0.13 0.18 0.12 0.13 0.12
O5' 0.09 0.09 0.08 0.07 0.08 0.07 0.08 0.07 0.09 0.09 0.10 0.09 0.08 0.08 0.08 0.08 0.08 0.10 0.08 0.10 0.09 0.08 0.08
OP1 0.11 0.12 0.12 0.13 0.11 0.13 0.12 0.15 0.13 0.12 0.13 0.13 0.11 0.12 0.11 0.11 0.14 0.12 0.14 0.14 0.14 0.14 0.14
OP2 0.12 0.11 0.12 0.13 0.11 0.13 0.11 0.15 0.12 0.12 0.12 0.11 0.10 0.11 0.11 0.12 0.14 0.13 0.14 0.13 0.15 0.14 0.14
P 0.09 0.10 0.09 0.10 0.08 0.10 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.10 0.08 0.09 0.09 0.09 0.11 0.10 0.10 0.11 0.12 0.11 0.11

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.00 0.05 0.01 0.06 0.08 0.05
C2 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.06 0.06 0.02 0.05 0.01 0.07 0.10 0.06
C2' 0.00 0.04 0.00 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.03 0.03 0.05 0.04 0.02 0.01 0.00 0.01 0.00 0.04 0.02 0.08 0.08 0.05
C3' 0.01 0.04 0.00 0.00 0.04 0.00 0.05 0.02 0.05 0.07 0.04 0.05 0.04 0.07 0.04 0.01 0.00 0.01 0.04 0.06 0.09 0.06 0.05
C4 0.01 0.00 0.02 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.03 0.04 0.01 0.06 0.01 0.07 0.09 0.06
C4' 0.00 0.02 0.01 0.00 0.03 0.00 0.04 0.00 0.04 0.06 0.03 0.03 0.02 0.06 0.03 0.02 0.01 0.00 0.02 0.05 0.05 0.03 0.02
C5 0.00 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.09 0.10 0.08
C5' 0.01 0.03 0.01 0.02 0.04 0.00 0.06 0.00 0.06 0.08 0.05 0.03 0.03 0.08 0.04 0.02 0.02 0.01 0.01 0.07 0.04 0.01 0.01
C6 0.01 0.00 0.02 0.05 0.00 0.04 0.00 0.06 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.03 0.06 0.01 0.07 0.00 0.09 0.11 0.08
C8 0.01 0.00 0.03 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.02 0.08 0.01 0.08 0.01 0.08 0.09 0.07
N1 0.01 0.00 0.03 0.04 0.00 0.03 0.00 0.05 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.05 0.05 0.01 0.06 0.00 0.08 0.11 0.08
N2 0.02 0.00 0.05 0.05 0.01 0.03 0.00 0.03 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.08 0.07 0.02 0.05 0.01 0.07 0.10 0.06
N3 0.01 0.00 0.04 0.04 0.00 0.02 0.00 0.03 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.01 0.06 0.05 0.02 0.05 0.01 0.07 0.09 0.06
N7 0.00 0.00 0.02 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.00 0.01 0.08 0.01 0.09 0.01 0.10 0.11 0.09
N9 0.00 0.01 0.01 0.04 0.00 0.03 0.00 0.04 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.04 0.01 0.05 0.01 0.07 0.08 0.05
O2' 0.01 0.06 0.00 0.01 0.03 0.02 0.02 0.02 0.03 0.02 0.05 0.08 0.06 0.01 0.01 0.00 0.02 0.02 0.04 0.02 0.08 0.06 0.04
O3' 0.01 0.06 0.01 0.00 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.08 0.05 0.07 0.05 0.08 0.04 0.02 0.00 0.01 0.04 0.07 0.12 0.08 0.07
O4' 0.00 0.02 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.01 0.05 0.09 0.06
O5' 0.05 0.05 0.04 0.04 0.06 0.02 0.07 0.01 0.07 0.08 0.06 0.05 0.05 0.09 0.05 0.04 0.04 0.05 0.00 0.08 0.01 0.01 0.00
O6 0.01 0.01 0.02 0.06 0.01 0.05 0.00 0.07 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.07 0.01 0.08 0.00 0.10 0.12 0.10
OP1 0.06 0.07 0.08 0.09 0.07 0.05 0.09 0.04 0.09 0.08 0.08 0.07 0.07 0.10 0.07 0.08 0.12 0.05 0.01 0.10 0.00 0.01 0.00
OP2 0.08 0.10 0.08 0.06 0.09 0.03 0.10 0.01 0.11 0.09 0.11 0.10 0.09 0.11 0.08 0.06 0.08 0.09 0.01 0.12 0.01 0.00 0.00
P 0.05 0.06 0.05 0.05 0.06 0.02 0.08 0.01 0.08 0.07 0.08 0.06 0.06 0.09 0.05 0.04 0.07 0.06 0.00 0.10 0.00 0.00 0.00