ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48764

back

Distances from reference structure (by RMSD)

3, 2, 1, 1, 0, 2, 0, 1, 1, 1, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.008, 0.013, 0.018, 0.021 max_d=0.021 avg_d=0.013 std_dev=0.005
C4 A 0, 0.009, 0.014, 0.020, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.014 std_dev=0.005
C5 A 0, 0.004, 0.010, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.010 std_dev=0.006
C2 A 0, 0.009, 0.016, 0.023, 0.028 max_d=0.028 avg_d=0.016 std_dev=0.007
C6 A 0, 0.004, 0.012, 0.019, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.012 std_dev=0.007
C1' A 0, 0.008, 0.016, 0.024, 0.031 max_d=0.031 avg_d=0.016 std_dev=0.008
N1 A 0, 0.004, 0.012, 0.020, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.012 std_dev=0.008
O2 A 0, 0.014, 0.029, 0.044, 0.068 max_d=0.068 avg_d=0.029 std_dev=0.015
O4 A 0, 0.020, 0.051, 0.081, 0.117 max_d=0.117 avg_d=0.051 std_dev=0.030
C2' A 0, 0.021, 0.223, 0.424, 0.691 max_d=0.691 avg_d=0.223 std_dev=0.201
O4' A 0, 0.018, 0.228, 0.439, 0.681 max_d=0.681 avg_d=0.228 std_dev=0.211
P B 0, 0.076, 0.400, 0.724, 0.960 max_d=0.960 avg_d=0.400 std_dev=0.324
OP1 B 0, 0.102, 0.447, 0.792, 1.135 max_d=1.135 avg_d=0.447 std_dev=0.345
O5' A 0, 0.110, 0.476, 0.842, 1.287 max_d=1.287 avg_d=0.476 std_dev=0.366
P A 0, 0.173, 0.550, 0.927, 1.237 max_d=1.237 avg_d=0.550 std_dev=0.377
C5' A 0, 0.106, 0.498, 0.890, 1.308 max_d=1.308 avg_d=0.498 std_dev=0.392
C4' A 0, -0.018, 0.411, 0.839, 1.255 max_d=1.255 avg_d=0.411 std_dev=0.428
OP1 A 0, 0.217, 0.670, 1.123, 1.406 max_d=1.406 avg_d=0.670 std_dev=0.453
O2' A 0, -0.054, 0.477, 1.008, 1.473 max_d=1.473 avg_d=0.477 std_dev=0.531
OP2 B 0, 0.093, 0.667, 1.240, 1.848 max_d=1.848 avg_d=0.667 std_dev=0.573
OP2 A 0, 0.084, 0.751, 1.419, 2.226 max_d=2.226 avg_d=0.751 std_dev=0.668
C3' A 0, -0.088, 0.581, 1.250, 1.718 max_d=1.718 avg_d=0.581 std_dev=0.669
O3' A 0, -0.226, 1.016, 2.258, 3.009 max_d=3.009 avg_d=1.016 std_dev=1.242
O5' B 0, -0.224, 1.139, 2.502, 3.561 max_d=3.561 avg_d=1.139 std_dev=1.363
N7 B 0, -0.385, 1.766, 3.918, 5.383 max_d=5.383 avg_d=1.766 std_dev=2.152
C8 B 0, -0.476, 1.851, 4.179, 5.647 max_d=5.647 avg_d=1.851 std_dev=2.328
C5' B 0, -0.573, 1.787, 4.147, 5.872 max_d=5.872 avg_d=1.787 std_dev=2.360
O6 B 0, -0.520, 2.311, 5.142, 7.167 max_d=7.167 avg_d=2.311 std_dev=2.831
C5 B 0, -0.612, 2.295, 5.202, 7.168 max_d=7.168 avg_d=2.295 std_dev=2.907
C6 B 0, -0.654, 2.514, 5.683, 7.888 max_d=7.888 avg_d=2.514 std_dev=3.169
N9 B 0, -0.763, 2.437, 5.637, 7.578 max_d=7.578 avg_d=2.437 std_dev=3.200
C4' B 0, -0.935, 2.495, 5.925, 8.224 max_d=8.224 avg_d=2.495 std_dev=3.430
O4' B 0, -0.910, 2.608, 6.127, 8.453 max_d=8.453 avg_d=2.608 std_dev=3.519
C4 B 0, -0.837, 2.720, 6.278, 8.560 max_d=8.560 avg_d=2.720 std_dev=3.557
C2' B 0, -1.027, 2.702, 6.432, 8.996 max_d=8.996 avg_d=2.702 std_dev=3.729
C1' B 0, -0.976, 2.761, 6.499, 8.732 max_d=8.732 avg_d=2.761 std_dev=3.738
C3' B 0, -1.110, 2.788, 6.686, 9.232 max_d=9.232 avg_d=2.788 std_dev=3.898
N1 B 0, -0.910, 3.118, 7.147, 9.887 max_d=9.887 avg_d=3.118 std_dev=4.028
N3 B 0, -1.088, 3.344, 7.776, 10.620 max_d=10.620 avg_d=3.344 std_dev=4.432
O2' B 0, -1.279, 3.276, 7.830, 10.674 max_d=10.674 avg_d=3.276 std_dev=4.555
C2 B 0, -1.107, 3.506, 8.119, 11.171 max_d=11.171 avg_d=3.506 std_dev=4.613
O3' B 0, -1.475, 3.543, 8.562, 11.634 max_d=11.634 avg_d=3.543 std_dev=5.018
N2 B 0, -1.332, 4.125, 9.581, 13.187 max_d=13.187 avg_d=4.125 std_dev=5.457

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.09 0.01 0.00 0.01 0.03 0.02 0.24 0.01 0.01 0.21 0.21 0.37 0.21
C2 0.02 0.00 0.11 0.20 0.01 0.03 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.00 0.28 0.11 0.01 0.08 0.19 0.15 0.26 0.16
C2' 0.00 0.11 0.00 0.00 0.04 0.03 0.07 0.19 0.09 0.02 0.09 0.18 0.00 0.02 0.05 0.01 0.43 0.46 0.61 0.45
C3' 0.02 0.20 0.00 0.00 0.40 0.00 0.44 0.03 0.39 0.24 0.30 0.10 0.02 0.01 0.43 0.03 0.20 0.21 0.12 0.12
C4 0.01 0.01 0.04 0.40 0.00 0.15 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.27 0.00 0.02 0.27 0.18 0.19 0.16
C4' 0.01 0.03 0.03 0.00 0.15 0.00 0.20 0.01 0.18 0.08 0.08 0.06 0.31 0.03 0.16 0.00 0.02 0.07 0.24 0.04
C5 0.01 0.01 0.07 0.44 0.01 0.20 0.00 0.14 0.01 0.01 0.01 0.01 0.28 0.37 0.01 0.07 0.29 0.18 0.19 0.17
C5' 0.09 0.07 0.19 0.03 0.11 0.01 0.14 0.00 0.11 0.06 0.07 0.12 0.13 0.18 0.12 0.01 0.01 0.06 0.23 0.01
C6 0.01 0.01 0.09 0.39 0.01 0.18 0.01 0.11 0.00 0.01 0.01 0.01 0.23 0.29 0.01 0.09 0.23 0.14 0.22 0.14
N1 0.00 0.01 0.02 0.24 0.01 0.08 0.01 0.06 0.01 0.00 0.01 0.01 0.18 0.07 0.01 0.01 0.19 0.15 0.29 0.16
N3 0.01 0.00 0.09 0.30 0.00 0.08 0.01 0.07 0.01 0.01 0.00 0.01 0.32 0.09 0.01 0.06 0.21 0.14 0.20 0.14
O2 0.03 0.00 0.18 0.10 0.01 0.06 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.00 0.32 0.32 0.01 0.13 0.19 0.18 0.30 0.18
O2' 0.02 0.28 0.00 0.02 0.32 0.31 0.28 0.13 0.23 0.18 0.32 0.32 0.00 0.06 0.35 0.21 0.33 0.36 0.59 0.34
O3' 0.24 0.11 0.02 0.01 0.27 0.03 0.37 0.18 0.29 0.07 0.09 0.32 0.06 0.00 0.32 0.18 0.30 0.41 0.23 0.31
O4 0.01 0.01 0.05 0.43 0.00 0.16 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.35 0.32 0.00 0.03 0.30 0.22 0.23 0.20
O4' 0.01 0.08 0.01 0.03 0.02 0.00 0.07 0.01 0.09 0.01 0.06 0.13 0.21 0.18 0.03 0.00 0.09 0.07 0.32 0.13
O5' 0.21 0.19 0.43 0.20 0.27 0.02 0.29 0.01 0.23 0.19 0.21 0.19 0.33 0.30 0.30 0.09 0.00 0.01 0.02 0.00
OP1 0.21 0.15 0.46 0.21 0.18 0.07 0.18 0.06 0.14 0.15 0.14 0.18 0.36 0.41 0.22 0.07 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.37 0.26 0.61 0.12 0.19 0.24 0.19 0.23 0.22 0.29 0.20 0.30 0.59 0.23 0.23 0.32 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.21 0.16 0.45 0.12 0.16 0.04 0.17 0.01 0.14 0.16 0.14 0.18 0.34 0.31 0.20 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.18 0.49 1.82 1.95 0.69 1.22 0.51 0.90 0.33 0.81 0.35 0.46 0.68 0.57 0.90 2.09 2.07 0.81 0.46 0.22 0.23 0.18 0.14
C2 0.66 0.20 1.22 1.21 0.35 0.64 0.31 0.53 0.20 0.59 0.19 0.21 0.27 0.44 0.53 1.36 1.09 0.36 0.29 0.18 0.22 0.14 0.16
C2' 1.60 0.82 2.35 2.53 1.00 1.61 0.73 1.17 0.52 1.04 0.59 0.83 1.05 0.74 1.22 2.74 2.77 1.13 0.65 0.34 0.41 0.23 0.14
C3' 1.71 1.00 2.50 2.60 1.15 1.63 0.87 1.17 0.67 1.15 0.75 1.02 1.22 0.87 1.35 2.98 2.86 1.18 0.72 0.48 0.47 0.26 0.17
C4 0.60 1.01 0.21 0.28 0.67 0.84 0.49 0.76 0.62 0.21 0.86 1.22 0.94 0.22 0.48 0.39 0.56 1.01 0.60 0.52 0.20 0.19 0.30
C4' 1.37 0.69 2.08 2.17 0.86 1.32 0.64 0.92 0.46 0.92 0.50 0.69 0.89 0.67 1.06 2.47 2.39 0.90 0.49 0.32 0.25 0.15 0.11
C5 0.43 0.99 0.39 0.26 0.60 0.59 0.48 0.57 0.65 0.18 0.89 1.21 0.87 0.22 0.38 0.64 0.26 0.85 0.48 0.59 0.20 0.17 0.27
C5' 0.96 0.28 1.72 1.78 0.47 0.89 0.32 0.60 0.23 0.63 0.24 0.27 0.44 0.40 0.69 2.13 1.93 0.48 0.30 0.29 0.17 0.17 0.19
C6 0.26 0.54 0.92 0.86 0.22 0.20 0.21 0.27 0.38 0.28 0.53 0.70 0.38 0.16 0.18 1.17 0.72 0.33 0.28 0.39 0.20 0.13 0.22
N1 0.68 0.18 1.33 1.35 0.30 0.65 0.24 0.50 0.16 0.55 0.20 0.24 0.23 0.37 0.51 1.55 1.29 0.33 0.28 0.17 0.21 0.13 0.17
N3 0.18 0.48 0.58 0.43 0.22 0.27 0.17 0.30 0.26 0.27 0.41 0.62 0.40 0.20 0.15 0.70 0.24 0.44 0.34 0.23 0.19 0.14 0.24
O2 1.14 0.60 1.61 1.69 0.76 1.24 0.65 1.05 0.51 0.90 0.51 0.56 0.73 0.71 0.94 1.70 1.64 0.90 0.56 0.42 0.27 0.21 0.11
O2' 1.53 0.76 2.21 2.50 0.84 1.63 0.47 1.05 0.30 0.73 0.46 0.86 1.01 0.39 1.04 2.62 2.95 1.12 0.36 0.20 0.23 0.60 0.43
O3' 1.94 1.39 2.71 2.79 1.40 1.76 1.04 1.14 0.87 1.20 1.07 1.51 1.60 0.91 1.53 3.30 3.21 1.35 0.65 0.60 0.25 0.22 0.16
O4 1.17 1.45 0.60 0.95 1.09 1.52 0.80 1.28 0.89 0.48 1.21 1.70 1.44 0.44 0.92 0.61 1.38 1.58 0.89 0.71 0.24 0.26 0.35
O4' 1.04 0.39 1.67 1.76 0.58 1.03 0.42 0.72 0.26 0.72 0.28 0.36 0.56 0.49 0.78 1.97 1.87 0.66 0.37 0.19 0.17 0.21 0.22
O5' 0.75 0.31 1.51 1.49 0.32 0.63 0.25 0.43 0.28 0.54 0.36 0.39 0.29 0.34 0.53 1.92 1.55 0.36 0.39 0.35 0.27 0.21 0.26
OP1 0.44 0.57 1.28 1.26 0.19 0.32 0.28 0.29 0.54 0.28 0.67 0.73 0.32 0.16 0.24 1.75 1.30 0.24 0.28 0.65 0.19 0.17 0.26
OP2 0.41 1.31 0.58 0.51 0.81 0.45 0.81 0.54 1.08 0.33 1.31 1.56 1.07 0.51 0.50 1.00 0.43 0.87 0.50 1.11 0.20 0.25 0.43
P 0.30 0.75 1.04 1.00 0.35 0.20 0.39 0.26 0.64 0.22 0.81 0.94 0.52 0.21 0.19 1.45 0.98 0.40 0.33 0.71 0.15 0.17 0.30

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.05 0.00 0.01 0.02 0.02 0.02 0.05 0.03 0.01 0.04 0.06 0.05 0.01 0.00 0.01 0.16 0.01 0.23 0.02 0.23 0.23 0.22
C2 0.05 0.00 0.22 0.08 0.01 0.26 0.00 0.32 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.02 0.44 0.22 0.32 0.22 0.01 0.24 0.45 0.25
C2' 0.00 0.22 0.00 0.00 0.11 0.02 0.06 0.14 0.10 0.14 0.17 0.27 0.21 0.10 0.03 0.00 0.02 0.02 0.50 0.08 0.52 0.47 0.49
C3' 0.01 0.08 0.00 0.00 0.05 0.01 0.05 0.01 0.05 0.06 0.07 0.09 0.07 0.06 0.03 0.01 0.00 0.01 0.28 0.05 0.40 0.25 0.30
C4 0.02 0.01 0.11 0.05 0.00 0.12 0.00 0.15 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.21 0.17 0.17 0.28 0.01 0.30 0.48 0.33
C4' 0.02 0.26 0.02 0.01 0.12 0.00 0.06 0.01 0.11 0.14 0.20 0.33 0.24 0.09 0.02 0.11 0.03 0.01 0.02 0.08 0.17 0.15 0.04
C5 0.02 0.00 0.06 0.05 0.00 0.06 0.00 0.13 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.14 0.08 0.35 0.01 0.40 0.62 0.44
C5' 0.05 0.32 0.14 0.01 0.15 0.01 0.13 0.00 0.16 0.26 0.25 0.41 0.28 0.21 0.10 0.05 0.13 0.01 0.01 0.15 0.11 0.23 0.01
C6 0.03 0.01 0.10 0.05 0.01 0.11 0.01 0.16 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.21 0.16 0.14 0.31 0.00 0.38 0.63 0.41
C8 0.01 0.01 0.14 0.06 0.00 0.14 0.00 0.26 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.25 0.10 0.17 0.50 0.01 0.53 0.62 0.58
N1 0.04 0.00 0.17 0.07 0.01 0.20 0.01 0.25 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.34 0.19 0.24 0.25 0.01 0.29 0.55 0.32
N2 0.06 0.00 0.27 0.09 0.01 0.33 0.01 0.41 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 0.55 0.24 0.38 0.22 0.01 0.25 0.39 0.22
N3 0.05 0.01 0.21 0.07 0.00 0.24 0.01 0.28 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.42 0.21 0.31 0.21 0.01 0.23 0.39 0.23
N7 0.01 0.00 0.10 0.06 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.20 0.10 0.09 0.47 0.01 0.55 0.71 0.59
N9 0.00 0.02 0.03 0.03 0.01 0.02 0.01 0.10 0.01 0.00 0.02 0.02 0.01 0.00 0.00 0.08 0.13 0.01 0.34 0.02 0.33 0.44 0.37
O2' 0.01 0.44 0.00 0.01 0.21 0.11 0.15 0.05 0.21 0.25 0.34 0.55 0.42 0.20 0.08 0.00 0.06 0.06 0.44 0.19 0.54 0.53 0.48
O3' 0.16 0.22 0.02 0.00 0.17 0.03 0.14 0.13 0.16 0.10 0.19 0.24 0.21 0.10 0.13 0.06 0.00 0.13 0.15 0.15 0.42 0.25 0.24
O4' 0.01 0.32 0.02 0.01 0.17 0.01 0.08 0.01 0.14 0.17 0.24 0.38 0.31 0.09 0.01 0.06 0.13 0.00 0.09 0.11 0.08 0.23 0.12
O5' 0.23 0.22 0.50 0.28 0.28 0.02 0.35 0.01 0.31 0.50 0.25 0.22 0.21 0.47 0.34 0.44 0.15 0.09 0.00 0.34 0.02 0.01 0.00
O6 0.02 0.01 0.08 0.05 0.01 0.08 0.01 0.15 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.19 0.15 0.11 0.34 0.00 0.44 0.70 0.47
OP1 0.23 0.24 0.52 0.40 0.30 0.17 0.40 0.11 0.38 0.53 0.29 0.25 0.23 0.55 0.33 0.54 0.42 0.08 0.02 0.44 0.00 0.01 0.00
OP2 0.23 0.45 0.47 0.25 0.48 0.15 0.62 0.23 0.63 0.62 0.55 0.39 0.39 0.71 0.44 0.53 0.25 0.23 0.01 0.70 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.25 0.49 0.30 0.33 0.04 0.44 0.01 0.41 0.58 0.32 0.22 0.23 0.59 0.37 0.48 0.24 0.12 0.00 0.47 0.00 0.01 0.00