ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48765

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 2, 5, 2, 1, 1, 0, 0, 0, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, -0.001, 0.012, 0.025, 0.055 max_d=0.055 avg_d=0.012 std_dev=0.013
C5 A 0, -0.003, 0.013, 0.028, 0.066 max_d=0.066 avg_d=0.013 std_dev=0.016
N1 A 0, -0.004, 0.020, 0.045, 0.090 max_d=0.090 avg_d=0.020 std_dev=0.025
C4 A 0, -0.002, 0.025, 0.051, 0.088 max_d=0.088 avg_d=0.025 std_dev=0.027
C6 A 0, -0.003, 0.025, 0.053, 0.091 max_d=0.091 avg_d=0.025 std_dev=0.028
C1' A 0, -0.001, 0.027, 0.056, 0.100 max_d=0.100 avg_d=0.027 std_dev=0.029
C2 A 0, -0.003, 0.026, 0.054, 0.099 max_d=0.099 avg_d=0.026 std_dev=0.029
O2 A 0, 0.003, 0.054, 0.104, 0.191 max_d=0.191 avg_d=0.054 std_dev=0.050
O4 A 0, -0.030, 0.087, 0.205, 0.363 max_d=0.363 avg_d=0.087 std_dev=0.118
O4' A 0, 0.039, 0.159, 0.279, 0.416 max_d=0.416 avg_d=0.159 std_dev=0.120
C2' A 0, 0.024, 0.196, 0.368, 0.576 max_d=0.576 avg_d=0.196 std_dev=0.172
P B 0, 0.166, 0.346, 0.525, 0.755 max_d=0.755 avg_d=0.346 std_dev=0.180
C4' A 0, 0.042, 0.304, 0.566, 0.805 max_d=0.805 avg_d=0.304 std_dev=0.262
O2' A 0, 0.011, 0.273, 0.535, 0.888 max_d=0.888 avg_d=0.273 std_dev=0.262
OP2 B 0, 0.083, 0.367, 0.652, 1.090 max_d=1.090 avg_d=0.367 std_dev=0.284
C3' A 0, 0.064, 0.376, 0.688, 0.971 max_d=0.971 avg_d=0.376 std_dev=0.312
OP1 B 0, 0.133, 0.471, 0.808, 1.563 max_d=1.563 avg_d=0.471 std_dev=0.338
C5' A 0, 0.102, 0.451, 0.800, 1.055 max_d=1.055 avg_d=0.451 std_dev=0.349
O3' A 0, 0.083, 0.625, 1.168, 1.710 max_d=1.710 avg_d=0.625 std_dev=0.542
O5' A 0, 0.007, 0.609, 1.211, 2.396 max_d=2.396 avg_d=0.609 std_dev=0.602
O5' B 0, -0.096, 0.563, 1.223, 2.787 max_d=2.787 avg_d=0.563 std_dev=0.660
P A 0, -0.160, 0.816, 1.791, 3.772 max_d=3.772 avg_d=0.816 std_dev=0.975
C5' B 0, -0.230, 0.886, 2.003, 3.957 max_d=3.957 avg_d=0.886 std_dev=1.117
OP1 A 0, -0.359, 0.883, 2.124, 4.838 max_d=4.838 avg_d=0.883 std_dev=1.242
C4' B 0, -0.422, 0.923, 2.269, 5.318 max_d=5.318 avg_d=0.923 std_dev=1.346
O4' B 0, -0.360, 1.018, 2.395, 4.629 max_d=4.629 avg_d=1.018 std_dev=1.377
OP2 A 0, -0.373, 1.103, 2.579, 5.945 max_d=5.945 avg_d=1.103 std_dev=1.476
C3' B 0, -0.413, 1.131, 2.675, 6.083 max_d=6.083 avg_d=1.131 std_dev=1.544
C1' B 0, -0.416, 1.215, 2.846, 5.445 max_d=5.445 avg_d=1.215 std_dev=1.631
C2' B 0, -0.374, 1.340, 3.054, 5.571 max_d=5.571 avg_d=1.340 std_dev=1.714
N9 B 0, -0.624, 1.233, 3.090, 7.218 max_d=7.218 avg_d=1.233 std_dev=1.857
O2' B 0, -0.319, 1.622, 3.563, 6.417 max_d=6.417 avg_d=1.622 std_dev=1.941
O3' B 0, -0.750, 1.315, 3.380, 8.429 max_d=8.429 avg_d=1.315 std_dev=2.065
C8 B 0, -0.810, 1.313, 3.436, 8.492 max_d=8.492 avg_d=1.313 std_dev=2.123
C4 B 0, -0.718, 1.449, 3.616, 8.158 max_d=8.158 avg_d=1.449 std_dev=2.167
N3 B 0, -0.685, 1.752, 4.190, 7.843 max_d=7.843 avg_d=1.752 std_dev=2.438
C5 B 0, -1.001, 1.475, 3.952, 9.775 max_d=9.775 avg_d=1.475 std_dev=2.477
N7 B 0, -1.061, 1.436, 3.932, 9.990 max_d=9.990 avg_d=1.436 std_dev=2.497
C2 B 0, -0.838, 2.058, 4.954, 9.238 max_d=9.238 avg_d=2.058 std_dev=2.896
C6 B 0, -1.131, 1.774, 4.678, 11.108 max_d=11.108 avg_d=1.774 std_dev=2.904
N1 B 0, -1.003, 2.042, 5.088, 10.687 max_d=10.687 avg_d=2.042 std_dev=3.045
O6 B 0, -1.314, 1.955, 5.225, 12.656 max_d=12.656 avg_d=1.955 std_dev=3.269
N2 B 0, -0.973, 2.458, 5.889, 9.510 max_d=9.510 avg_d=2.458 std_dev=3.431

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.01 0.01 0.02 0.02 0.03 0.01 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.15 0.07 0.33 0.20
C2 0.03 0.00 0.09 0.13 0.03 0.04 0.02 0.09 0.01 0.01 0.01 0.01 0.12 0.16 0.06 0.03 0.30 0.14 0.39 0.32
C2' 0.00 0.09 0.00 0.01 0.10 0.01 0.12 0.02 0.11 0.05 0.09 0.15 0.00 0.04 0.12 0.01 0.16 0.09 0.34 0.09
C3' 0.01 0.13 0.01 0.00 0.24 0.01 0.26 0.03 0.22 0.13 0.19 0.14 0.02 0.01 0.27 0.02 0.18 0.20 0.35 0.08
C4 0.01 0.03 0.10 0.24 0.00 0.12 0.01 0.22 0.00 0.02 0.02 0.04 0.05 0.29 0.01 0.04 0.42 0.38 0.81 0.57
C4' 0.01 0.04 0.01 0.01 0.12 0.00 0.16 0.01 0.15 0.06 0.07 0.07 0.06 0.03 0.13 0.01 0.02 0.11 0.46 0.17
C5 0.02 0.02 0.12 0.26 0.01 0.16 0.00 0.26 0.00 0.01 0.02 0.03 0.05 0.30 0.01 0.05 0.44 0.45 0.89 0.62
C5' 0.02 0.09 0.02 0.03 0.22 0.01 0.26 0.00 0.21 0.11 0.15 0.05 0.06 0.05 0.24 0.01 0.01 0.20 0.23 0.02
C6 0.03 0.01 0.11 0.22 0.00 0.15 0.00 0.21 0.00 0.00 0.01 0.02 0.06 0.24 0.01 0.05 0.41 0.36 0.69 0.52
N1 0.01 0.01 0.05 0.13 0.02 0.06 0.01 0.11 0.00 0.00 0.01 0.02 0.04 0.13 0.03 0.02 0.31 0.19 0.41 0.34
N3 0.03 0.01 0.09 0.19 0.02 0.07 0.02 0.15 0.01 0.01 0.00 0.03 0.10 0.23 0.05 0.04 0.36 0.25 0.59 0.44
O2 0.05 0.01 0.15 0.14 0.04 0.07 0.03 0.05 0.02 0.02 0.03 0.00 0.22 0.18 0.08 0.04 0.23 0.06 0.27 0.22
O2' 0.02 0.12 0.00 0.02 0.05 0.06 0.05 0.06 0.06 0.04 0.10 0.22 0.00 0.05 0.07 0.05 0.06 0.27 0.66 0.27
O3' 0.02 0.16 0.04 0.01 0.29 0.03 0.30 0.05 0.24 0.13 0.23 0.18 0.05 0.00 0.33 0.02 0.10 0.27 0.68 0.27
O4 0.03 0.06 0.12 0.27 0.01 0.13 0.01 0.24 0.01 0.03 0.05 0.08 0.07 0.33 0.00 0.05 0.44 0.42 0.92 0.62
O4' 0.00 0.03 0.01 0.02 0.04 0.01 0.05 0.01 0.05 0.02 0.04 0.04 0.05 0.02 0.05 0.00 0.09 0.12 0.40 0.26
O5' 0.15 0.30 0.16 0.18 0.42 0.02 0.44 0.01 0.41 0.31 0.36 0.23 0.06 0.10 0.44 0.09 0.00 0.02 0.02 0.01
OP1 0.07 0.14 0.09 0.20 0.38 0.11 0.45 0.20 0.36 0.19 0.25 0.06 0.27 0.27 0.42 0.12 0.02 0.00 0.03 0.01
OP2 0.33 0.39 0.34 0.35 0.81 0.46 0.89 0.23 0.69 0.41 0.59 0.27 0.66 0.68 0.92 0.40 0.02 0.03 0.00 0.01
P 0.20 0.32 0.09 0.08 0.57 0.17 0.62 0.02 0.52 0.34 0.44 0.22 0.27 0.27 0.62 0.26 0.01 0.01 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.98 1.50 0.88 0.80 1.05 0.99 1.29 0.90 1.31 1.65 1.35 2.01 1.29 1.78 1.09 0.91 0.86 0.98 0.60 1.52 0.18 0.25 0.22
C2 0.65 1.23 0.56 0.55 0.62 0.77 0.71 0.78 0.75 1.19 1.00 1.70 1.03 1.18 0.66 0.58 0.54 0.74 0.51 0.87 0.18 0.24 0.19
C2' 1.10 1.51 0.93 0.83 1.17 1.03 1.44 0.91 1.46 1.75 1.42 1.95 1.32 1.89 1.23 0.99 0.88 1.08 0.65 1.69 0.23 0.32 0.30
C3' 0.98 1.53 0.83 0.73 1.10 0.94 1.42 0.86 1.49 1.72 1.46 2.05 1.28 1.90 1.14 0.89 0.78 0.98 0.58 1.78 0.31 0.38 0.32
C4 0.21 1.54 0.32 0.32 0.72 0.53 0.66 0.76 0.97 0.67 1.38 1.96 1.25 0.74 0.28 0.27 0.24 0.37 0.34 0.99 0.16 0.14 0.17
C4' 0.92 1.69 0.84 0.76 1.13 0.96 1.46 0.90 1.58 1.67 1.59 2.26 1.40 1.91 1.09 0.87 0.84 0.92 0.55 1.90 0.18 0.26 0.20
C5 0.26 1.63 0.29 0.34 0.70 0.59 0.67 0.80 1.00 0.80 1.45 2.14 1.28 0.87 0.30 0.25 0.26 0.47 0.36 1.06 0.17 0.15 0.17
C5' 0.75 1.69 0.70 0.64 1.00 0.86 1.35 0.85 1.51 1.56 1.58 2.33 1.33 1.81 0.94 0.73 0.71 0.79 0.46 1.86 0.24 0.31 0.22
C6 0.49 1.53 0.44 0.46 0.66 0.71 0.75 0.82 0.95 1.11 1.31 2.09 1.20 1.18 0.53 0.44 0.43 0.64 0.43 1.09 0.17 0.19 0.18
N1 0.71 1.40 0.63 0.60 0.75 0.82 0.89 0.84 0.95 1.33 1.18 1.93 1.15 1.38 0.76 0.65 0.60 0.79 0.51 1.11 0.18 0.23 0.20
N3 0.33 1.29 0.34 0.35 0.54 0.59 0.50 0.73 0.70 0.82 1.08 1.71 1.06 0.83 0.31 0.33 0.28 0.49 0.42 0.75 0.15 0.18 0.17
O2 0.87 1.11 0.74 0.70 0.74 0.88 0.86 0.80 0.80 1.36 0.90 1.52 0.99 1.32 0.88 0.78 0.73 0.92 0.58 0.92 0.22 0.28 0.22
O2' 1.29 1.74 1.14 1.03 1.45 1.21 1.69 1.02 1.74 1.84 1.69 2.11 1.58 2.04 1.43 1.21 1.14 1.24 0.79 1.96 0.12 0.24 0.30
O3' 1.09 1.65 0.92 0.81 1.25 1.03 1.57 0.91 1.66 1.79 1.61 2.14 1.41 2.00 1.25 0.99 0.88 1.07 0.64 1.98 0.33 0.42 0.37
O4 0.37 1.70 0.52 0.44 0.99 0.51 0.94 0.78 1.26 0.55 1.62 2.04 1.42 0.73 0.52 0.48 0.41 0.34 0.30 1.25 0.21 0.20 0.20
O4' 0.86 1.62 0.80 0.74 1.03 0.94 1.32 0.89 1.41 1.59 1.47 2.20 1.34 1.80 1.00 0.83 0.82 0.88 0.52 1.68 0.16 0.22 0.17
O5' 0.71 1.67 0.68 0.70 0.82 0.94 1.03 0.99 1.21 1.35 1.47 2.36 1.30 1.50 0.77 0.71 0.79 0.83 0.60 1.47 0.40 0.42 0.40
OP1 0.49 2.04 0.53 0.56 0.93 0.83 1.01 0.93 1.37 1.07 1.84 2.80 1.57 1.25 0.58 0.49 0.67 0.65 0.40 1.55 0.17 0.22 0.15
OP2 0.99 2.55 1.02 1.02 1.37 1.34 1.07 1.42 1.51 0.70 2.26 3.28 2.11 0.75 0.86 0.98 1.08 1.19 0.85 1.39 0.49 0.54 0.52
P 0.79 2.18 0.81 0.85 1.06 1.16 0.93 1.23 1.28 0.94 1.89 2.94 1.77 1.05 0.69 0.79 0.96 1.01 0.70 1.33 0.38 0.40 0.39

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.18 0.01 0.01 0.02 0.04 0.02 0.01 0.00 0.02 0.22 0.00 0.19 0.02 0.47 0.15 0.11
C2 0.03 0.00 0.51 0.17 0.01 0.52 0.00 0.93 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.01 0.85 0.06 0.69 0.43 0.02 0.81 0.85 0.61
C2' 0.00 0.51 0.00 0.00 0.28 0.03 0.15 0.24 0.25 0.22 0.40 0.60 0.49 0.09 0.03 0.00 0.02 0.01 0.18 0.20 0.84 0.37 0.43
C3' 0.02 0.17 0.00 0.00 0.17 0.01 0.21 0.03 0.23 0.18 0.20 0.16 0.14 0.22 0.14 0.02 0.01 0.03 0.22 0.25 0.55 0.29 0.31
C4 0.01 0.01 0.28 0.17 0.00 0.27 0.00 0.63 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.38 0.05 0.36 0.24 0.01 0.69 0.47 0.37
C4' 0.01 0.52 0.03 0.01 0.27 0.00 0.16 0.01 0.26 0.22 0.42 0.63 0.48 0.13 0.05 0.26 0.02 0.01 0.03 0.21 0.25 0.16 0.06
C5 0.01 0.00 0.15 0.21 0.00 0.16 0.00 0.56 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.19 0.10 0.17 0.37 0.01 0.73 0.50 0.41
C5' 0.18 0.93 0.24 0.03 0.63 0.01 0.56 0.00 0.69 0.28 0.87 1.05 0.85 0.35 0.35 0.13 0.20 0.04 0.01 0.65 0.22 0.30 0.01
C6 0.01 0.01 0.25 0.23 0.01 0.26 0.00 0.69 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.34 0.12 0.30 0.32 0.01 0.80 0.62 0.47
C8 0.01 0.01 0.22 0.18 0.00 0.22 0.01 0.28 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.47 0.09 0.34 0.72 0.02 0.58 0.62 0.52
N1 0.02 0.00 0.40 0.20 0.01 0.42 0.01 0.87 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.01 0.63 0.09 0.53 0.34 0.02 0.83 0.78 0.56
N2 0.04 0.00 0.60 0.16 0.01 0.63 0.00 1.05 0.01 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.02 1.07 0.08 0.82 0.59 0.02 0.85 1.04 0.75
N3 0.02 0.01 0.49 0.14 0.00 0.48 0.00 0.85 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.81 0.07 0.69 0.36 0.02 0.75 0.70 0.53
N7 0.01 0.00 0.09 0.22 0.00 0.13 0.00 0.35 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.31 0.13 0.17 0.66 0.02 0.70 0.64 0.55
N9 0.00 0.01 0.03 0.14 0.00 0.05 0.01 0.35 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.07 0.03 0.34 0.01 0.57 0.30 0.26
O2' 0.02 0.85 0.00 0.02 0.38 0.26 0.19 0.13 0.34 0.47 0.63 1.07 0.81 0.31 0.09 0.00 0.06 0.15 0.15 0.25 0.84 0.33 0.40
O3' 0.22 0.06 0.02 0.01 0.05 0.02 0.10 0.20 0.12 0.09 0.09 0.08 0.07 0.13 0.07 0.06 0.00 0.23 0.20 0.16 0.47 0.26 0.25
O4' 0.00 0.69 0.01 0.03 0.36 0.01 0.17 0.04 0.30 0.34 0.53 0.82 0.69 0.17 0.03 0.15 0.23 0.00 0.34 0.23 0.13 0.25 0.25
O5' 0.19 0.43 0.18 0.22 0.24 0.03 0.37 0.01 0.32 0.72 0.34 0.59 0.36 0.66 0.34 0.15 0.20 0.34 0.00 0.39 0.02 0.01 0.01
O6 0.02 0.02 0.20 0.25 0.01 0.21 0.01 0.65 0.01 0.02 0.02 0.02 0.02 0.02 0.01 0.25 0.16 0.23 0.39 0.00 0.84 0.64 0.51
OP1 0.47 0.81 0.84 0.55 0.69 0.25 0.73 0.22 0.80 0.58 0.83 0.85 0.75 0.70 0.57 0.84 0.47 0.13 0.02 0.84 0.00 0.01 0.00
OP2 0.15 0.85 0.37 0.29 0.47 0.16 0.50 0.30 0.62 0.62 0.78 1.04 0.70 0.64 0.30 0.33 0.26 0.25 0.01 0.64 0.01 0.00 0.00
P 0.11 0.61 0.43 0.31 0.37 0.06 0.41 0.01 0.47 0.52 0.56 0.75 0.53 0.55 0.26 0.40 0.25 0.25 0.01 0.51 0.00 0.00 0.00