ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48766

back

Distances from reference structure (by RMSD)

2, 0, 0, 1, 2, 2, 2, 2, 1, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
N3 A 0, 0.007, 0.015, 0.024, 0.030 max_d=0.030 avg_d=0.015 std_dev=0.009
C5 A 0, 0.007, 0.017, 0.027, 0.034 max_d=0.034 avg_d=0.017 std_dev=0.010
C4 A 0, 0.011, 0.023, 0.035, 0.051 max_d=0.051 avg_d=0.023 std_dev=0.012
C6 A 0, 0.012, 0.025, 0.039, 0.052 max_d=0.052 avg_d=0.025 std_dev=0.014
C1' A 0, 0.011, 0.028, 0.044, 0.057 max_d=0.057 avg_d=0.028 std_dev=0.016
C2 A 0, 0.010, 0.027, 0.044, 0.058 max_d=0.058 avg_d=0.027 std_dev=0.017
N1 A 0, 0.010, 0.033, 0.056, 0.074 max_d=0.074 avg_d=0.033 std_dev=0.023
O2 A 0, 0.012, 0.052, 0.092, 0.135 max_d=0.135 avg_d=0.052 std_dev=0.040
O4 A 0, 0.029, 0.087, 0.146, 0.193 max_d=0.193 avg_d=0.087 std_dev=0.059
O4' A 0, 0.093, 0.213, 0.334, 0.429 max_d=0.429 avg_d=0.213 std_dev=0.120
C2' A 0, 0.057, 0.190, 0.322, 0.395 max_d=0.395 avg_d=0.190 std_dev=0.133
C4' A 0, 0.168, 0.358, 0.547, 0.605 max_d=0.605 avg_d=0.358 std_dev=0.189
P B 0, 0.175, 0.384, 0.594, 0.735 max_d=0.735 avg_d=0.384 std_dev=0.209
C5' A 0, 0.281, 0.588, 0.894, 0.988 max_d=0.988 avg_d=0.588 std_dev=0.306
OP1 B 0, 0.263, 0.594, 0.924, 1.106 max_d=1.106 avg_d=0.594 std_dev=0.330
OP2 B 0, 0.222, 0.575, 0.928, 1.153 max_d=1.153 avg_d=0.575 std_dev=0.353
O2' A 0, -0.040, 0.321, 0.681, 1.376 max_d=1.376 avg_d=0.321 std_dev=0.361
C3' A 0, 0.072, 0.460, 0.849, 1.598 max_d=1.598 avg_d=0.460 std_dev=0.388
O5' A 0, 0.199, 0.682, 1.165, 1.795 max_d=1.795 avg_d=0.682 std_dev=0.483
P A 0, 0.196, 0.833, 1.470, 2.468 max_d=2.468 avg_d=0.833 std_dev=0.637
O5' B 0, 0.044, 0.802, 1.559, 2.482 max_d=2.482 avg_d=0.802 std_dev=0.757
O3' A 0, -0.043, 0.742, 1.528, 3.146 max_d=3.146 avg_d=0.742 std_dev=0.785
OP1 A 0, 0.146, 0.963, 1.781, 2.875 max_d=2.875 avg_d=0.963 std_dev=0.818
OP2 A 0, 0.195, 1.033, 1.871, 3.319 max_d=3.319 avg_d=1.033 std_dev=0.838
C5' B 0, -0.156, 0.855, 1.867, 3.621 max_d=3.621 avg_d=0.855 std_dev=1.011
O4' B 0, -0.356, 1.276, 2.908, 5.218 max_d=5.218 avg_d=1.276 std_dev=1.632
C8 B 0, -0.194, 1.600, 3.393, 4.939 max_d=4.939 avg_d=1.600 std_dev=1.794
C4' B 0, -0.473, 1.322, 3.118, 6.042 max_d=6.042 avg_d=1.322 std_dev=1.796
N9 B 0, -0.533, 1.687, 3.907, 6.524 max_d=6.524 avg_d=1.687 std_dev=2.220
C1' B 0, -0.614, 1.739, 4.093, 7.142 max_d=7.142 avg_d=1.739 std_dev=2.353
N7 B 0, -0.208, 2.166, 4.539, 6.404 max_d=6.404 avg_d=2.166 std_dev=2.373
C3' B 0, -0.612, 1.789, 4.190, 8.020 max_d=8.020 avg_d=1.789 std_dev=2.401
C5 B 0, -0.458, 2.421, 5.299, 8.182 max_d=8.182 avg_d=2.421 std_dev=2.878
C4 B 0, -0.718, 2.180, 5.077, 8.427 max_d=8.427 avg_d=2.180 std_dev=2.897
O3' B 0, -0.745, 2.187, 5.119, 9.680 max_d=9.680 avg_d=2.187 std_dev=2.932
C2' B 0, -0.779, 2.288, 5.354, 9.458 max_d=9.458 avg_d=2.288 std_dev=3.067
N3 B 0, -0.891, 2.685, 6.262, 10.631 max_d=10.631 avg_d=2.685 std_dev=3.577
C6 B 0, -0.557, 3.029, 6.614, 10.217 max_d=10.217 avg_d=3.029 std_dev=3.585
O6 B 0, -0.466, 3.488, 7.443, 11.068 max_d=11.068 avg_d=3.488 std_dev=3.954
O2' B 0, -1.008, 2.979, 6.966, 11.392 max_d=11.392 avg_d=2.979 std_dev=3.987
N1 B 0, -0.907, 3.190, 7.287, 11.828 max_d=11.828 avg_d=3.190 std_dev=4.097
C2 B 0, -1.060, 3.059, 7.179, 12.059 max_d=12.059 avg_d=3.059 std_dev=4.120
N2 B 0, -1.181, 3.639, 8.459, 14.298 max_d=14.298 avg_d=3.639 std_dev=4.820

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.04 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.21 0.01 0.01 0.16 0.44 0.30 0.17
C2 0.03 0.00 0.09 0.14 0.01 0.05 0.02 0.07 0.02 0.01 0.00 0.01 0.24 0.21 0.02 0.05 0.27 0.61 0.41 0.20
C2' 0.01 0.09 0.00 0.00 0.05 0.01 0.06 0.12 0.06 0.02 0.08 0.14 0.01 0.04 0.06 0.01 0.26 0.42 0.34 0.31
C3' 0.01 0.14 0.00 0.00 0.24 0.00 0.27 0.01 0.25 0.14 0.18 0.14 0.02 0.01 0.25 0.02 0.13 0.19 0.33 0.19
C4 0.01 0.01 0.05 0.24 0.00 0.11 0.01 0.17 0.01 0.01 0.01 0.02 0.23 0.13 0.00 0.04 0.42 0.71 0.60 0.26
C4' 0.01 0.05 0.01 0.00 0.11 0.00 0.13 0.01 0.12 0.06 0.08 0.05 0.19 0.03 0.12 0.01 0.02 0.18 0.23 0.07
C5 0.01 0.02 0.06 0.27 0.01 0.13 0.00 0.19 0.00 0.01 0.02 0.02 0.16 0.16 0.01 0.06 0.44 0.69 0.61 0.25
C5' 0.04 0.07 0.12 0.01 0.17 0.01 0.19 0.00 0.15 0.07 0.11 0.05 0.07 0.14 0.19 0.02 0.02 0.23 0.25 0.03
C6 0.02 0.02 0.06 0.25 0.01 0.12 0.00 0.15 0.00 0.01 0.02 0.02 0.11 0.13 0.02 0.06 0.37 0.63 0.48 0.18
N1 0.01 0.01 0.02 0.14 0.01 0.06 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.02 0.13 0.10 0.01 0.02 0.25 0.57 0.39 0.17
N3 0.02 0.00 0.08 0.18 0.01 0.08 0.02 0.11 0.02 0.01 0.00 0.01 0.26 0.17 0.01 0.04 0.35 0.68 0.50 0.23
O2 0.05 0.01 0.14 0.14 0.02 0.05 0.02 0.05 0.02 0.02 0.01 0.00 0.29 0.34 0.02 0.09 0.22 0.56 0.37 0.21
O2' 0.02 0.24 0.01 0.02 0.23 0.19 0.16 0.07 0.11 0.13 0.26 0.29 0.00 0.06 0.25 0.13 0.19 0.34 0.32 0.25
O3' 0.21 0.21 0.04 0.01 0.13 0.03 0.16 0.14 0.13 0.10 0.17 0.34 0.06 0.00 0.15 0.15 0.34 0.45 0.43 0.37
O4 0.01 0.02 0.06 0.25 0.00 0.12 0.01 0.19 0.02 0.01 0.01 0.02 0.25 0.15 0.00 0.04 0.45 0.74 0.67 0.29
O4' 0.01 0.05 0.01 0.02 0.04 0.01 0.06 0.02 0.06 0.02 0.04 0.09 0.13 0.15 0.04 0.00 0.16 0.36 0.28 0.15
O5' 0.16 0.27 0.26 0.13 0.42 0.02 0.44 0.02 0.37 0.25 0.35 0.22 0.19 0.34 0.45 0.16 0.00 0.01 0.02 0.01
OP1 0.44 0.61 0.42 0.19 0.71 0.18 0.69 0.23 0.63 0.57 0.68 0.56 0.34 0.45 0.74 0.36 0.01 0.00 0.01 0.00
OP2 0.30 0.41 0.34 0.33 0.60 0.23 0.61 0.25 0.48 0.39 0.50 0.37 0.32 0.43 0.67 0.28 0.02 0.01 0.00 0.01
P 0.17 0.20 0.31 0.19 0.26 0.07 0.25 0.03 0.18 0.17 0.23 0.21 0.25 0.37 0.29 0.15 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 1.69 1.55 1.80 1.39 1.32 1.48 1.41 0.92 1.63 1.04 1.53 1.72 1.59 1.49 1.21 2.61 1.48 1.50 0.73 1.98 0.27 0.33 0.20
C2 1.08 0.92 1.12 0.93 0.81 1.20 1.08 0.81 1.27 0.84 1.06 0.97 0.89 1.27 0.71 1.79 1.06 1.16 0.76 1.59 0.23 0.32 0.22
C2' 1.70 1.64 1.88 1.43 1.34 1.49 1.41 0.90 1.67 1.02 1.59 1.88 1.67 1.49 1.19 2.84 1.64 1.45 0.71 2.06 0.19 0.44 0.19
C3' 1.79 1.85 1.95 1.45 1.47 1.47 1.47 0.86 1.74 1.04 1.73 2.13 1.87 1.47 1.30 2.88 1.61 1.49 0.69 2.11 0.16 0.40 0.16
C4 0.67 1.21 0.77 0.67 1.04 0.74 1.43 0.58 1.68 0.96 1.50 1.18 1.00 1.47 0.75 1.15 0.65 0.81 0.61 1.96 0.24 0.18 0.27
C4' 1.97 2.10 2.10 1.57 1.71 1.55 1.66 0.96 1.94 1.19 1.97 2.37 2.11 1.58 1.52 2.93 1.62 1.61 0.75 2.29 0.28 0.29 0.21
C5 0.86 1.29 0.88 0.72 1.08 0.86 1.49 0.64 1.81 0.95 1.60 1.28 1.08 1.51 0.80 1.36 0.65 0.97 0.63 2.19 0.24 0.18 0.26
C5' 1.96 2.15 2.03 1.51 1.75 1.52 1.68 0.98 1.97 1.21 2.03 2.42 2.14 1.54 1.56 2.78 1.50 1.64 0.76 2.32 0.30 0.24 0.23
C6 1.13 1.22 1.11 0.86 1.03 1.07 1.37 0.74 1.67 0.92 1.45 1.26 1.11 1.46 0.85 1.73 0.83 1.17 0.67 2.08 0.24 0.22 0.23
N1 1.30 1.17 1.32 1.04 1.01 1.25 1.26 0.82 1.49 0.92 1.29 1.25 1.15 1.41 0.89 2.02 1.10 1.29 0.72 1.86 0.24 0.28 0.22
N3 0.70 0.88 0.75 0.65 0.78 0.88 1.14 0.65 1.34 0.84 1.13 0.86 0.74 1.29 0.58 1.28 0.73 0.88 0.69 1.63 0.22 0.23 0.26
O2 1.20 0.94 1.32 1.14 0.82 1.36 1.00 0.89 1.14 0.82 0.98 1.04 0.97 1.19 0.77 2.05 1.37 1.21 0.79 1.42 0.24 0.41 0.20
O2' 1.82 1.92 2.13 1.59 1.54 1.51 1.56 0.83 1.81 1.13 1.80 2.20 1.93 1.58 1.35 3.17 1.83 1.44 0.61 2.15 0.36 0.59 0.29
O3' 1.73 2.04 1.95 1.38 1.58 1.29 1.60 0.62 1.89 1.15 1.91 2.38 2.01 1.61 1.33 2.94 1.58 1.31 0.53 2.26 0.39 0.56 0.34
O4 0.63 1.48 0.88 0.80 1.26 0.58 1.60 0.48 1.85 1.06 1.74 1.46 1.24 1.53 0.92 1.01 0.77 0.65 0.54 2.07 0.26 0.25 0.29
O4' 1.87 1.84 1.93 1.47 1.57 1.51 1.58 0.97 1.83 1.16 1.78 2.02 1.87 1.55 1.43 2.66 1.46 1.60 0.76 2.18 0.35 0.25 0.26
O5' 1.65 1.75 1.67 1.22 1.40 1.33 1.43 0.85 1.74 0.98 1.71 1.98 1.74 1.38 1.24 2.42 1.20 1.45 0.66 2.16 0.28 0.43 0.25
OP1 1.52 2.11 1.55 1.13 1.70 1.05 1.93 0.65 2.35 1.34 2.27 2.30 1.94 1.84 1.39 2.18 0.96 1.22 0.65 2.84 0.51 0.67 0.55
OP2 1.44 1.32 1.40 1.10 1.02 1.34 1.07 1.00 1.43 0.68 1.36 1.51 1.31 1.03 0.95 2.08 1.11 1.44 0.87 1.90 0.61 0.60 0.55
P 1.50 1.67 1.48 1.07 1.32 1.20 1.40 0.76 1.76 0.91 1.71 1.88 1.61 1.33 1.13 2.17 0.99 1.34 0.60 2.21 0.17 0.30 0.14

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.09 0.02 0.01 0.02 0.03 0.02 0.02 0.01 0.03 0.28 0.01 0.33 0.03 0.39 0.39 0.32
C2 0.02 0.00 0.30 0.30 0.01 0.07 0.01 0.14 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.40 0.13 0.15 0.54 0.02 0.64 0.81 0.61
C2' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.15 0.02 0.08 0.19 0.14 0.16 0.23 0.38 0.29 0.11 0.04 0.01 0.03 0.02 0.52 0.11 0.68 0.75 0.60
C3' 0.01 0.30 0.00 0.00 0.27 0.01 0.32 0.03 0.36 0.27 0.34 0.30 0.25 0.32 0.20 0.02 0.01 0.02 0.33 0.38 0.53 0.56 0.40
C4 0.01 0.01 0.15 0.27 0.00 0.06 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.30 0.07 0.09 0.58 0.02 0.63 0.80 0.63
C4' 0.01 0.07 0.02 0.01 0.06 0.00 0.09 0.01 0.09 0.12 0.08 0.10 0.06 0.12 0.06 0.31 0.03 0.00 0.03 0.11 0.26 0.23 0.07
C5 0.02 0.01 0.08 0.32 0.01 0.09 0.00 0.19 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.33 0.16 0.06 0.70 0.02 0.78 1.02 0.81
C5' 0.09 0.14 0.19 0.03 0.15 0.01 0.19 0.00 0.19 0.21 0.16 0.13 0.13 0.22 0.15 0.15 0.21 0.02 0.01 0.22 0.27 0.24 0.02
C6 0.02 0.01 0.14 0.36 0.02 0.09 0.01 0.19 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.01 0.02 0.37 0.19 0.09 0.72 0.01 0.84 1.10 0.85
C8 0.01 0.02 0.16 0.27 0.01 0.12 0.01 0.21 0.01 0.00 0.01 0.02 0.01 0.00 0.01 0.30 0.17 0.07 0.71 0.02 0.69 0.90 0.76
N1 0.02 0.01 0.23 0.34 0.01 0.08 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.38 0.14 0.13 0.64 0.02 0.76 0.98 0.74
N2 0.03 0.01 0.38 0.30 0.01 0.10 0.02 0.13 0.02 0.02 0.02 0.00 0.01 0.02 0.02 0.44 0.18 0.17 0.47 0.03 0.60 0.75 0.54
N3 0.02 0.01 0.29 0.25 0.01 0.06 0.01 0.13 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.01 0.36 0.14 0.14 0.48 0.03 0.56 0.69 0.52
N7 0.02 0.01 0.11 0.32 0.02 0.12 0.00 0.22 0.01 0.00 0.01 0.02 0.02 0.00 0.02 0.34 0.22 0.03 0.77 0.02 0.84 1.10 0.89
N9 0.01 0.01 0.04 0.20 0.01 0.06 0.01 0.15 0.02 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.00 0.21 0.08 0.02 0.55 0.03 0.55 0.68 0.57
O2' 0.03 0.40 0.01 0.02 0.30 0.31 0.33 0.15 0.37 0.30 0.38 0.44 0.36 0.34 0.21 0.00 0.04 0.20 0.29 0.39 0.54 0.65 0.42
O3' 0.28 0.13 0.03 0.01 0.07 0.03 0.16 0.21 0.19 0.17 0.14 0.18 0.14 0.22 0.08 0.04 0.00 0.22 0.30 0.25 0.61 0.46 0.36
O4' 0.01 0.15 0.02 0.02 0.09 0.00 0.06 0.02 0.09 0.07 0.13 0.17 0.14 0.03 0.02 0.20 0.22 0.00 0.19 0.08 0.19 0.26 0.12
O5' 0.33 0.54 0.52 0.33 0.58 0.03 0.70 0.01 0.72 0.71 0.64 0.47 0.48 0.77 0.55 0.29 0.30 0.19 0.00 0.78 0.03 0.03 0.01
O6 0.03 0.02 0.11 0.38 0.02 0.11 0.02 0.22 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.02 0.03 0.39 0.25 0.08 0.78 0.00 0.94 1.22 0.95
OP1 0.39 0.64 0.68 0.53 0.63 0.26 0.78 0.27 0.84 0.69 0.76 0.60 0.56 0.84 0.55 0.54 0.61 0.19 0.03 0.94 0.00 0.01 0.01
OP2 0.39 0.81 0.75 0.56 0.80 0.23 1.02 0.24 1.10 0.90 0.98 0.75 0.69 1.10 0.68 0.65 0.46 0.26 0.03 1.22 0.01 0.00 0.01
P 0.32 0.61 0.60 0.40 0.63 0.07 0.81 0.02 0.85 0.76 0.74 0.54 0.52 0.89 0.57 0.42 0.36 0.12 0.01 0.95 0.01 0.01 0.00