ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48767

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 0, 2, 2, 0, 1, 1, 3, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.001, 0.003, 0.006, 0.007 max_d=0.007 avg_d=0.003 std_dev=0.002
N3 A 0, 0.000, 0.008, 0.015, 0.029 max_d=0.029 avg_d=0.008 std_dev=0.008
N1 A 0, -0.002, 0.008, 0.018, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.008 std_dev=0.010
C2 A 0, -0.003, 0.009, 0.020, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.009 std_dev=0.011
C6 A 0, -0.001, 0.010, 0.022, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.010 std_dev=0.012
C1' A 0, -0.002, 0.010, 0.022, 0.042 max_d=0.042 avg_d=0.010 std_dev=0.012
C4 A 0, -0.002, 0.011, 0.024, 0.041 max_d=0.041 avg_d=0.011 std_dev=0.013
O2 A 0, -0.003, 0.019, 0.041, 0.081 max_d=0.081 avg_d=0.019 std_dev=0.022
O4 A 0, -0.004, 0.040, 0.083, 0.165 max_d=0.165 avg_d=0.040 std_dev=0.044
P B 0, 0.185, 0.419, 0.653, 0.828 max_d=0.828 avg_d=0.419 std_dev=0.234
O5' B 0, 0.143, 0.385, 0.627, 0.845 max_d=0.845 avg_d=0.385 std_dev=0.242
OP1 B 0, 0.218, 0.463, 0.709, 0.859 max_d=0.859 avg_d=0.463 std_dev=0.246
C3' B 0, 0.220, 0.488, 0.756, 0.918 max_d=0.918 avg_d=0.488 std_dev=0.268
C4' B 0, 0.180, 0.458, 0.737, 0.858 max_d=0.858 avg_d=0.458 std_dev=0.279
O3' B 0, 0.249, 0.540, 0.832, 1.077 max_d=1.077 avg_d=0.540 std_dev=0.291
O4' B 0, 0.204, 0.500, 0.796, 0.962 max_d=0.962 avg_d=0.500 std_dev=0.296
OP2 B 0, 0.243, 0.550, 0.857, 0.972 max_d=0.972 avg_d=0.550 std_dev=0.307
C2' A 0, 0.089, 0.401, 0.712, 0.886 max_d=0.886 avg_d=0.401 std_dev=0.312
C5' B 0, 0.119, 0.438, 0.758, 1.098 max_d=1.098 avg_d=0.438 std_dev=0.319
C1' B 0, 0.242, 0.567, 0.892, 1.103 max_d=1.103 avg_d=0.567 std_dev=0.325
O4' A 0, 0.090, 0.421, 0.753, 0.947 max_d=0.947 avg_d=0.421 std_dev=0.331
N9 B 0, 0.260, 0.599, 0.937, 1.133 max_d=1.133 avg_d=0.599 std_dev=0.338
O3' A 0, -0.008, 0.333, 0.674, 1.095 max_d=1.095 avg_d=0.333 std_dev=0.341
C4 B 0, 0.275, 0.621, 0.967, 1.200 max_d=1.200 avg_d=0.621 std_dev=0.346
C3' A 0, 0.084, 0.433, 0.783, 1.063 max_d=1.063 avg_d=0.433 std_dev=0.350
C2' B 0, 0.280, 0.633, 0.986, 1.230 max_d=1.230 avg_d=0.633 std_dev=0.353
P A 0, 0.168, 0.526, 0.885, 1.304 max_d=1.304 avg_d=0.526 std_dev=0.359
N3 B 0, 0.230, 0.604, 0.977, 1.226 max_d=1.226 avg_d=0.604 std_dev=0.373
C5 B 0, 0.321, 0.696, 1.072, 1.261 max_d=1.261 avg_d=0.696 std_dev=0.375
C8 B 0, 0.284, 0.663, 1.043, 1.351 max_d=1.351 avg_d=0.663 std_dev=0.380
N7 B 0, 0.322, 0.726, 1.129, 1.439 max_d=1.439 avg_d=0.726 std_dev=0.403
C6 B 0, 0.353, 0.757, 1.162, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.757 std_dev=0.405
N1 B 0, 0.311, 0.731, 1.151, 1.397 max_d=1.397 avg_d=0.731 std_dev=0.420
C4' A 0, 0.141, 0.561, 0.981, 1.252 max_d=1.252 avg_d=0.561 std_dev=0.420
C2 B 0, 0.238, 0.659, 1.080, 1.400 max_d=1.400 avg_d=0.659 std_dev=0.421
OP1 A 0, 0.168, 0.605, 1.042, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.605 std_dev=0.437
O5' A 0, 0.220, 0.661, 1.101, 1.278 max_d=1.278 avg_d=0.661 std_dev=0.440
O6 B 0, 0.396, 0.844, 1.292, 1.440 max_d=1.440 avg_d=0.844 std_dev=0.448
OP2 A 0, 0.116, 0.602, 1.087, 1.843 max_d=1.843 avg_d=0.602 std_dev=0.485
N2 B 0, 0.173, 0.677, 1.182, 1.740 max_d=1.740 avg_d=0.677 std_dev=0.504
O2' A 0, 0.119, 0.630, 1.141, 1.580 max_d=1.580 avg_d=0.630 std_dev=0.511
O2' B 0, 0.279, 0.873, 1.467, 2.101 max_d=2.101 avg_d=0.873 std_dev=0.594
C5' A 0, 0.246, 0.934, 1.622, 2.088 max_d=2.088 avg_d=0.934 std_dev=0.688

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.00 0.09 0.00 0.00 0.01 0.02 0.03 0.06 0.01 0.01 0.30 0.24 0.43 0.22
C2 0.01 0.00 0.12 0.08 0.00 0.02 0.00 0.13 0.00 0.00 0.00 0.00 0.13 0.06 0.01 0.08 0.37 0.24 0.48 0.27
C2' 0.00 0.12 0.00 0.01 0.04 0.01 0.09 0.13 0.10 0.02 0.09 0.21 0.01 0.04 0.05 0.00 0.55 0.50 0.42 0.42
C3' 0.02 0.08 0.01 0.00 0.07 0.00 0.06 0.03 0.06 0.04 0.08 0.10 0.01 0.01 0.07 0.02 0.34 0.38 0.34 0.25
C4 0.01 0.00 0.04 0.07 0.00 0.05 0.01 0.19 0.01 0.01 0.00 0.01 0.15 0.03 0.00 0.04 0.40 0.28 0.51 0.32
C4' 0.01 0.02 0.01 0.00 0.05 0.00 0.07 0.01 0.07 0.03 0.03 0.04 0.12 0.02 0.05 0.01 0.03 0.18 0.40 0.07
C5 0.00 0.00 0.09 0.06 0.01 0.07 0.00 0.20 0.01 0.00 0.01 0.00 0.17 0.03 0.00 0.07 0.39 0.29 0.51 0.32
C5' 0.09 0.13 0.13 0.03 0.19 0.01 0.20 0.00 0.19 0.14 0.16 0.10 0.05 0.09 0.20 0.02 0.01 0.19 0.40 0.02
C6 0.00 0.00 0.10 0.06 0.01 0.07 0.01 0.19 0.00 0.00 0.01 0.01 0.16 0.03 0.01 0.09 0.40 0.26 0.50 0.30
N1 0.00 0.00 0.02 0.04 0.01 0.03 0.00 0.14 0.00 0.00 0.01 0.01 0.09 0.03 0.01 0.03 0.37 0.24 0.48 0.27
N3 0.01 0.00 0.09 0.08 0.00 0.03 0.01 0.16 0.01 0.01 0.00 0.00 0.14 0.05 0.01 0.07 0.39 0.26 0.50 0.30
O2 0.02 0.00 0.21 0.10 0.01 0.04 0.00 0.10 0.01 0.01 0.00 0.00 0.22 0.09 0.01 0.14 0.35 0.24 0.46 0.25
O2' 0.03 0.13 0.01 0.01 0.15 0.12 0.17 0.05 0.16 0.09 0.14 0.22 0.00 0.06 0.16 0.06 0.48 0.48 0.47 0.41
O3' 0.06 0.06 0.04 0.01 0.03 0.02 0.03 0.09 0.03 0.03 0.05 0.09 0.06 0.00 0.03 0.06 0.19 0.30 0.34 0.17
O4 0.01 0.01 0.05 0.07 0.00 0.05 0.00 0.20 0.01 0.01 0.01 0.01 0.16 0.03 0.00 0.04 0.39 0.30 0.49 0.33
O4' 0.01 0.08 0.00 0.02 0.04 0.01 0.07 0.02 0.09 0.03 0.07 0.14 0.06 0.06 0.04 0.00 0.08 0.17 0.52 0.21
O5' 0.30 0.37 0.55 0.34 0.40 0.03 0.39 0.01 0.40 0.37 0.39 0.35 0.48 0.19 0.39 0.08 0.00 0.02 0.01 0.01
OP1 0.24 0.24 0.50 0.38 0.28 0.18 0.29 0.19 0.26 0.24 0.26 0.24 0.48 0.30 0.30 0.17 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.43 0.48 0.42 0.34 0.51 0.40 0.51 0.40 0.50 0.48 0.50 0.46 0.47 0.34 0.49 0.52 0.01 0.01 0.00 0.01
P 0.22 0.27 0.42 0.25 0.32 0.07 0.32 0.02 0.30 0.27 0.30 0.25 0.41 0.17 0.33 0.21 0.01 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.10 0.19 0.15 0.14 0.11 0.10 0.11 0.11 0.11 0.13 0.15 0.26 0.17 0.13 0.10 0.12 0.11 0.18 0.14 0.11 0.16 0.17 0.12
C2 0.12 0.18 0.15 0.14 0.12 0.12 0.11 0.14 0.11 0.13 0.15 0.23 0.16 0.13 0.11 0.12 0.10 0.20 0.15 0.11 0.13 0.14 0.10
C2' 0.13 0.26 0.18 0.19 0.14 0.13 0.11 0.16 0.12 0.14 0.21 0.34 0.22 0.12 0.11 0.16 0.17 0.19 0.22 0.09 0.28 0.30 0.24
C3' 0.20 0.21 0.14 0.17 0.16 0.17 0.17 0.18 0.17 0.21 0.18 0.27 0.19 0.21 0.17 0.20 0.16 0.28 0.25 0.20 0.27 0.27 0.24
C4 0.14 0.15 0.15 0.19 0.11 0.12 0.10 0.16 0.10 0.13 0.12 0.20 0.15 0.12 0.11 0.22 0.14 0.18 0.18 0.11 0.14 0.16 0.16
C4' 0.13 0.23 0.13 0.14 0.13 0.11 0.12 0.13 0.13 0.14 0.18 0.31 0.20 0.14 0.11 0.14 0.09 0.20 0.16 0.14 0.17 0.19 0.13
C5 0.15 0.15 0.15 0.20 0.11 0.14 0.10 0.16 0.09 0.13 0.11 0.20 0.15 0.13 0.11 0.25 0.17 0.18 0.17 0.11 0.12 0.15 0.14
C5' 0.22 0.44 0.26 0.27 0.31 0.24 0.28 0.24 0.32 0.21 0.40 0.53 0.40 0.23 0.24 0.16 0.21 0.24 0.22 0.31 0.09 0.09 0.12
C6 0.12 0.14 0.12 0.17 0.08 0.11 0.06 0.12 0.06 0.11 0.09 0.21 0.14 0.11 0.08 0.20 0.14 0.17 0.14 0.08 0.10 0.12 0.10
N1 0.10 0.16 0.13 0.15 0.09 0.10 0.07 0.11 0.07 0.11 0.12 0.23 0.15 0.11 0.08 0.14 0.11 0.18 0.14 0.07 0.12 0.14 0.10
N3 0.11 0.17 0.14 0.15 0.11 0.11 0.10 0.13 0.11 0.12 0.14 0.21 0.16 0.11 0.10 0.13 0.10 0.20 0.16 0.11 0.10 0.12 0.11
O2 0.15 0.21 0.19 0.15 0.16 0.16 0.16 0.18 0.17 0.18 0.19 0.25 0.19 0.17 0.15 0.14 0.13 0.24 0.18 0.16 0.20 0.21 0.15
O2' 0.19 0.51 0.33 0.25 0.37 0.17 0.35 0.19 0.41 0.22 0.49 0.59 0.45 0.26 0.27 0.22 0.16 0.13 0.21 0.39 0.17 0.18 0.13
O3' 0.16 0.18 0.17 0.17 0.13 0.14 0.15 0.16 0.14 0.19 0.15 0.24 0.16 0.19 0.14 0.15 0.13 0.24 0.22 0.17 0.25 0.25 0.20
O4 0.17 0.17 0.18 0.22 0.15 0.16 0.15 0.21 0.14 0.17 0.14 0.19 0.17 0.16 0.16 0.26 0.16 0.19 0.22 0.14 0.22 0.23 0.22
O4' 0.11 0.15 0.14 0.14 0.07 0.08 0.08 0.10 0.06 0.14 0.10 0.23 0.13 0.14 0.09 0.13 0.08 0.18 0.13 0.09 0.16 0.19 0.13
O5' 0.37 0.53 0.42 0.42 0.46 0.38 0.46 0.42 0.48 0.42 0.51 0.59 0.50 0.44 0.42 0.31 0.31 0.36 0.43 0.47 0.38 0.38 0.38
OP1 0.23 0.18 0.16 0.15 0.20 0.16 0.24 0.15 0.24 0.28 0.20 0.21 0.17 0.29 0.23 0.33 0.16 0.22 0.18 0.28 0.25 0.25 0.22
OP2 0.41 0.30 0.37 0.36 0.37 0.37 0.41 0.34 0.39 0.49 0.32 0.29 0.31 0.49 0.42 0.48 0.38 0.39 0.35 0.43 0.49 0.45 0.45
P 0.22 0.21 0.19 0.19 0.22 0.19 0.26 0.18 0.25 0.30 0.22 0.25 0.20 0.31 0.24 0.29 0.18 0.21 0.19 0.28 0.28 0.27 0.24

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.01 0.00 0.02 0.01 0.01 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.05 0.02 0.12 0.01 0.13 0.29 0.14
C2 0.01 0.00 0.08 0.04 0.01 0.16 0.00 0.30 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.21 0.06 0.17 0.26 0.00 0.19 0.32 0.23
C2' 0.00 0.08 0.00 0.01 0.02 0.01 0.04 0.11 0.03 0.13 0.03 0.12 0.09 0.11 0.04 0.01 0.05 0.00 0.25 0.05 0.36 0.53 0.37
C3' 0.02 0.04 0.01 0.00 0.02 0.00 0.03 0.01 0.03 0.07 0.03 0.06 0.04 0.06 0.03 0.00 0.01 0.02 0.04 0.03 0.24 0.31 0.19
C4 0.01 0.01 0.02 0.02 0.00 0.09 0.00 0.21 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.06 0.05 0.08 0.20 0.01 0.15 0.30 0.19
C4' 0.01 0.16 0.01 0.00 0.09 0.00 0.04 0.02 0.07 0.06 0.12 0.20 0.16 0.04 0.02 0.14 0.06 0.00 0.03 0.04 0.10 0.15 0.05
C5 0.01 0.00 0.04 0.03 0.00 0.04 0.00 0.16 0.01 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.09 0.05 0.02 0.16 0.01 0.11 0.26 0.15
C5' 0.07 0.30 0.11 0.01 0.21 0.02 0.16 0.00 0.20 0.08 0.27 0.35 0.28 0.09 0.12 0.05 0.13 0.02 0.01 0.17 0.05 0.06 0.02
C6 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.07 0.01 0.20 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.06 0.04 0.03 0.18 0.00 0.11 0.26 0.16
C8 0.01 0.01 0.13 0.07 0.00 0.06 0.00 0.08 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.00 0.24 0.06 0.11 0.12 0.01 0.10 0.24 0.12
N1 0.01 0.00 0.03 0.03 0.01 0.12 0.00 0.27 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.01 0.01 0.12 0.05 0.10 0.23 0.00 0.15 0.30 0.20
N2 0.02 0.00 0.12 0.06 0.01 0.20 0.01 0.35 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.01 0.31 0.07 0.21 0.29 0.01 0.23 0.34 0.26
N3 0.01 0.00 0.09 0.04 0.00 0.16 0.00 0.28 0.00 0.00 0.00 0.01 0.00 0.00 0.00 0.22 0.06 0.19 0.25 0.00 0.20 0.33 0.23
N7 0.02 0.01 0.11 0.06 0.00 0.04 0.00 0.09 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.22 0.06 0.09 0.11 0.01 0.10 0.23 0.12
N9 0.01 0.01 0.04 0.03 0.00 0.02 0.00 0.12 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.00 0.08 0.05 0.02 0.15 0.01 0.13 0.28 0.16
O2' 0.02 0.21 0.01 0.00 0.06 0.14 0.09 0.05 0.06 0.24 0.12 0.31 0.22 0.22 0.08 0.00 0.09 0.09 0.19 0.10 0.30 0.60 0.36
O3' 0.05 0.06 0.05 0.01 0.05 0.06 0.05 0.13 0.04 0.06 0.05 0.07 0.06 0.06 0.05 0.09 0.00 0.03 0.07 0.04 0.20 0.26 0.13
O4' 0.02 0.17 0.00 0.02 0.08 0.00 0.02 0.02 0.03 0.11 0.10 0.21 0.19 0.09 0.02 0.09 0.03 0.00 0.08 0.02 0.08 0.11 0.06
O5' 0.12 0.26 0.25 0.04 0.20 0.03 0.16 0.01 0.18 0.12 0.23 0.29 0.25 0.11 0.15 0.19 0.07 0.08 0.00 0.15 0.02 0.01 0.01
O6 0.01 0.00 0.05 0.03 0.01 0.04 0.01 0.17 0.00 0.01 0.00 0.01 0.00 0.01 0.01 0.10 0.04 0.02 0.15 0.00 0.09 0.24 0.14
OP1 0.13 0.19 0.36 0.24 0.15 0.10 0.11 0.05 0.11 0.10 0.15 0.23 0.20 0.10 0.13 0.30 0.20 0.08 0.02 0.09 0.00 0.00 0.00
OP2 0.29 0.32 0.53 0.31 0.30 0.15 0.26 0.06 0.26 0.24 0.30 0.34 0.33 0.23 0.28 0.60 0.26 0.11 0.01 0.24 0.00 0.00 0.00
P 0.14 0.23 0.37 0.19 0.19 0.05 0.15 0.02 0.16 0.12 0.20 0.26 0.23 0.12 0.16 0.36 0.13 0.06 0.01 0.14 0.00 0.00 0.00