ClaRNA

Doublet Group distance statistics: 48770

back

Distances from reference structure (by RMSD)

1, 1, 1, 0, 0, 1, 0, 1, 0, 1, 0, 0, 0, 1, 1, 0, 0, 0, 0, 0,

RMS Distances matrix

Distances graph

Distances from reference structure (by atoms)

Atom Chain Distances
C5 A 0, 0.005, 0.010, 0.015, 0.016 max_d=0.016 avg_d=0.010 std_dev=0.005
N3 A 0, 0.003, 0.009, 0.016, 0.022 max_d=0.022 avg_d=0.009 std_dev=0.006
N1 A 0, 0.004, 0.013, 0.022, 0.032 max_d=0.032 avg_d=0.013 std_dev=0.009
C6 A 0, 0.002, 0.013, 0.024, 0.035 max_d=0.035 avg_d=0.013 std_dev=0.011
C4 A 0, 0.001, 0.012, 0.023, 0.036 max_d=0.036 avg_d=0.012 std_dev=0.011
C2 A 0, 0.005, 0.017, 0.029, 0.037 max_d=0.037 avg_d=0.017 std_dev=0.012
C1' A 0, 0.006, 0.019, 0.031, 0.038 max_d=0.038 avg_d=0.019 std_dev=0.013
O2 A 0, 0.012, 0.039, 0.065, 0.086 max_d=0.086 avg_d=0.039 std_dev=0.026
O4 A 0, -0.037, 0.052, 0.141, 0.276 max_d=0.276 avg_d=0.052 std_dev=0.089
P B 0, 0.151, 0.493, 0.835, 1.068 max_d=1.068 avg_d=0.493 std_dev=0.342
O4' A 0, -0.091, 0.264, 0.619, 0.906 max_d=0.906 avg_d=0.264 std_dev=0.355
P A 0, 0.049, 0.462, 0.875, 1.224 max_d=1.224 avg_d=0.462 std_dev=0.413
C2' B 0, 0.168, 0.586, 1.005, 1.302 max_d=1.302 avg_d=0.586 std_dev=0.418
C2' A 0, -0.125, 0.317, 0.759, 1.158 max_d=1.158 avg_d=0.317 std_dev=0.442
O5' A 0, -0.054, 0.419, 0.892, 1.336 max_d=1.336 avg_d=0.419 std_dev=0.473
C4' A 0, -0.155, 0.380, 0.916, 1.370 max_d=1.370 avg_d=0.380 std_dev=0.536
OP2 A 0, 0.062, 0.601, 1.139, 1.829 max_d=1.829 avg_d=0.601 std_dev=0.539
C1' B 0, 0.189, 0.730, 1.270, 1.537 max_d=1.537 avg_d=0.730 std_dev=0.541
O2' B 0, 0.077, 0.637, 1.198, 1.783 max_d=1.783 avg_d=0.637 std_dev=0.561
C3' A 0, -0.214, 0.372, 0.957, 1.549 max_d=1.549 avg_d=0.372 std_dev=0.586
O5' B 0, 0.072, 0.662, 1.252, 1.530 max_d=1.530 avg_d=0.662 std_dev=0.590
OP1 A 0, 0.011, 0.616, 1.221, 1.910 max_d=1.910 avg_d=0.616 std_dev=0.605
C5' A 0, -0.153, 0.487, 1.127, 1.630 max_d=1.630 avg_d=0.487 std_dev=0.640
OP1 B 0, 0.074, 0.715, 1.355, 1.634 max_d=1.634 avg_d=0.715 std_dev=0.640
OP2 B 0, 0.228, 0.903, 1.579, 1.972 max_d=1.972 avg_d=0.903 std_dev=0.675
O4' B 0, 0.133, 0.833, 1.532, 2.156 max_d=2.156 avg_d=0.833 std_dev=0.700
N9 B 0, 0.138, 0.845, 1.551, 2.340 max_d=2.340 avg_d=0.845 std_dev=0.707
C8 B 0, 0.087, 0.800, 1.513, 2.456 max_d=2.456 avg_d=0.800 std_dev=0.713
C5' B 0, 0.063, 0.809, 1.555, 2.344 max_d=2.344 avg_d=0.809 std_dev=0.746
O2' A 0, -0.213, 0.600, 1.413, 2.212 max_d=2.212 avg_d=0.600 std_dev=0.813
C4' B 0, 0.077, 0.937, 1.797, 2.551 max_d=2.551 avg_d=0.937 std_dev=0.860
O3' A 0, -0.305, 0.579, 1.464, 2.379 max_d=2.379 avg_d=0.579 std_dev=0.884
C3' B 0, 0.144, 1.060, 1.975, 2.587 max_d=2.587 avg_d=1.060 std_dev=0.915
N7 B 0, -0.125, 1.040, 2.205, 4.004 max_d=4.004 avg_d=1.040 std_dev=1.165
C4 B 0, 0.006, 1.201, 2.396, 3.993 max_d=3.993 avg_d=1.201 std_dev=1.195
C5 B 0, -0.131, 1.272, 2.676, 4.809 max_d=4.809 avg_d=1.272 std_dev=1.404
O3' B 0, 0.012, 1.539, 3.066, 4.485 max_d=4.485 avg_d=1.539 std_dev=1.527
N3 B 0, -0.044, 1.500, 3.044, 4.955 max_d=4.955 avg_d=1.500 std_dev=1.544
C6 B 0, -0.305, 1.631, 3.567, 6.553 max_d=6.553 avg_d=1.631 std_dev=1.936
C2 B 0, -0.164, 1.838, 3.839, 6.493 max_d=6.493 avg_d=1.838 std_dev=2.002
N1 B 0, -0.280, 1.889, 4.058, 7.204 max_d=7.204 avg_d=1.889 std_dev=2.169
O6 B 0, -0.492, 1.771, 4.034, 7.636 max_d=7.636 avg_d=1.771 std_dev=2.263
N2 B 0, -0.191, 2.214, 4.619, 7.648 max_d=7.648 avg_d=2.214 std_dev=2.405

Atoms distances (summary)

atom dist matrix

Atoms distances Chain-A - Chain-A

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6N1N3O2O2'O3'O4O4'O5'OP1OP2P
C1' 0.00 0.02 0.00 0.02 0.02 0.00 0.02 0.06 0.01 0.01 0.02 0.04 0.01 0.29 0.02 0.00 0.13 0.21 0.13 0.12
C2 0.02 0.00 0.14 0.14 0.00 0.04 0.01 0.09 0.01 0.01 0.00 0.00 0.07 0.22 0.01 0.09 0.12 0.16 0.20 0.16
C2' 0.00 0.14 0.00 0.00 0.05 0.01 0.13 0.19 0.17 0.03 0.11 0.27 0.00 0.02 0.06 0.02 0.40 0.60 0.52 0.49
C3' 0.02 0.14 0.00 0.00 0.24 0.00 0.24 0.01 0.19 0.13 0.19 0.09 0.02 0.01 0.26 0.01 0.05 0.32 0.10 0.15
C4 0.02 0.00 0.05 0.24 0.00 0.08 0.01 0.11 0.01 0.01 0.00 0.01 0.29 0.11 0.00 0.04 0.16 0.24 0.34 0.25
C4' 0.00 0.04 0.01 0.00 0.08 0.00 0.12 0.00 0.12 0.05 0.05 0.06 0.22 0.02 0.09 0.01 0.01 0.12 0.04 0.03
C5 0.02 0.01 0.13 0.24 0.01 0.12 0.00 0.12 0.00 0.00 0.01 0.01 0.38 0.12 0.01 0.06 0.18 0.25 0.34 0.26
C5' 0.06 0.09 0.19 0.01 0.11 0.00 0.12 0.00 0.10 0.08 0.10 0.10 0.04 0.18 0.12 0.01 0.01 0.04 0.03 0.01
C6 0.01 0.01 0.17 0.19 0.01 0.12 0.00 0.10 0.00 0.00 0.01 0.01 0.35 0.10 0.01 0.09 0.15 0.18 0.24 0.20
N1 0.01 0.01 0.03 0.13 0.01 0.05 0.00 0.08 0.00 0.00 0.01 0.02 0.18 0.17 0.01 0.03 0.12 0.16 0.17 0.14
N3 0.02 0.00 0.11 0.19 0.00 0.05 0.01 0.10 0.01 0.01 0.00 0.01 0.16 0.16 0.01 0.08 0.14 0.18 0.28 0.20
O2 0.04 0.00 0.27 0.09 0.01 0.06 0.01 0.10 0.01 0.02 0.01 0.00 0.18 0.32 0.01 0.14 0.11 0.18 0.17 0.13
O2' 0.01 0.07 0.00 0.02 0.29 0.22 0.38 0.04 0.35 0.18 0.16 0.18 0.00 0.05 0.30 0.14 0.33 0.59 0.64 0.48
O3' 0.29 0.22 0.02 0.01 0.11 0.02 0.12 0.18 0.10 0.17 0.16 0.32 0.05 0.00 0.12 0.19 0.13 0.16 0.18 0.11
O4 0.02 0.01 0.06 0.26 0.00 0.09 0.01 0.12 0.01 0.01 0.01 0.01 0.30 0.12 0.00 0.06 0.18 0.28 0.39 0.28
O4' 0.00 0.09 0.02 0.01 0.04 0.01 0.06 0.01 0.09 0.03 0.08 0.14 0.14 0.19 0.06 0.00 0.06 0.08 0.14 0.13
O5' 0.13 0.12 0.40 0.05 0.16 0.01 0.18 0.01 0.15 0.12 0.14 0.11 0.33 0.13 0.18 0.06 0.00 0.02 0.03 0.00
OP1 0.21 0.16 0.60 0.32 0.24 0.12 0.25 0.04 0.18 0.16 0.18 0.18 0.59 0.16 0.28 0.08 0.02 0.00 0.01 0.00
OP2 0.13 0.20 0.52 0.10 0.34 0.04 0.34 0.03 0.24 0.17 0.28 0.17 0.64 0.18 0.39 0.14 0.03 0.01 0.00 0.01
P 0.12 0.16 0.49 0.15 0.25 0.03 0.26 0.01 0.20 0.14 0.20 0.13 0.48 0.11 0.28 0.13 0.00 0.00 0.01 0.00

Atoms distances Chain-A - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.26 0.57 0.21 0.37 0.35 0.29 0.31 0.37 0.40 0.27 0.53 0.69 0.48 0.23 0.27 0.42 0.65 0.34 0.36 0.39 0.23 0.25 0.32
C2 0.26 0.53 0.19 0.36 0.35 0.30 0.30 0.36 0.38 0.25 0.50 0.63 0.46 0.22 0.27 0.39 0.63 0.36 0.35 0.36 0.20 0.20 0.29
C2' 0.40 0.73 0.24 0.38 0.56 0.34 0.58 0.41 0.68 0.49 0.75 0.81 0.63 0.52 0.47 0.47 0.61 0.45 0.52 0.70 0.33 0.57 0.58
C3' 0.49 0.86 0.31 0.44 0.62 0.44 0.60 0.48 0.73 0.46 0.86 0.99 0.75 0.47 0.51 0.57 0.70 0.56 0.51 0.74 0.27 0.40 0.48
C4 0.35 0.89 0.23 0.34 0.61 0.27 0.58 0.40 0.72 0.31 0.86 1.01 0.77 0.38 0.42 0.48 0.52 0.44 0.32 0.71 0.33 0.21 0.21
C4' 0.30 0.72 0.25 0.40 0.44 0.33 0.39 0.40 0.53 0.26 0.69 0.87 0.60 0.24 0.31 0.48 0.68 0.40 0.34 0.52 0.22 0.18 0.28
C5 0.35 0.98 0.24 0.35 0.66 0.26 0.63 0.40 0.80 0.32 0.97 1.13 0.84 0.41 0.44 0.51 0.51 0.43 0.32 0.80 0.28 0.19 0.22
C5' 0.29 0.82 0.31 0.44 0.48 0.34 0.45 0.45 0.63 0.25 0.81 1.00 0.67 0.25 0.31 0.55 0.68 0.38 0.28 0.63 0.26 0.16 0.22
C6 0.32 0.87 0.23 0.34 0.57 0.27 0.54 0.38 0.69 0.28 0.85 1.02 0.74 0.34 0.38 0.48 0.56 0.39 0.33 0.69 0.23 0.18 0.26
N1 0.28 0.67 0.21 0.35 0.43 0.28 0.39 0.37 0.50 0.26 0.64 0.79 0.57 0.25 0.30 0.43 0.61 0.36 0.35 0.49 0.21 0.21 0.29
N3 0.29 0.64 0.20 0.34 0.44 0.29 0.40 0.38 0.49 0.26 0.61 0.74 0.56 0.27 0.32 0.41 0.59 0.40 0.34 0.48 0.27 0.19 0.24
O2 0.24 0.33 0.17 0.38 0.23 0.31 0.19 0.34 0.21 0.27 0.29 0.41 0.30 0.23 0.23 0.32 0.66 0.33 0.36 0.19 0.25 0.25 0.33
O2' 0.14 0.31 0.18 0.34 0.17 0.24 0.20 0.33 0.26 0.26 0.32 0.40 0.23 0.24 0.16 0.30 0.51 0.16 0.27 0.29 0.25 0.50 0.40
O3' 0.16 0.56 0.26 0.39 0.27 0.28 0.26 0.40 0.43 0.14 0.57 0.70 0.42 0.08 0.12 0.40 0.56 0.23 0.13 0.45 0.30 0.18 0.14
O4 0.40 0.99 0.25 0.35 0.71 0.28 0.67 0.42 0.82 0.36 0.97 1.11 0.87 0.46 0.49 0.51 0.46 0.50 0.30 0.80 0.40 0.24 0.19
O4' 0.21 0.61 0.27 0.39 0.33 0.28 0.26 0.37 0.39 0.20 0.56 0.76 0.50 0.14 0.20 0.45 0.67 0.31 0.26 0.37 0.24 0.18 0.18
O5' 0.39 0.98 0.37 0.50 0.61 0.41 0.59 0.53 0.79 0.34 0.98 1.16 0.80 0.38 0.42 0.66 0.71 0.45 0.34 0.81 0.31 0.21 0.28
OP1 0.45 1.06 0.46 0.57 0.66 0.49 0.64 0.59 0.86 0.38 1.07 1.27 0.86 0.41 0.46 0.80 0.80 0.49 0.35 0.89 0.34 0.20 0.28
OP2 0.61 1.30 0.58 0.66 0.88 0.61 0.88 0.70 1.12 0.57 1.32 1.50 1.07 0.65 0.66 0.95 0.88 0.64 0.49 1.16 0.43 0.34 0.43
P 0.51 1.14 0.47 0.58 0.74 0.52 0.72 0.61 0.93 0.45 1.14 1.34 0.94 0.49 0.54 0.81 0.82 0.56 0.43 0.95 0.37 0.27 0.36

Atoms distances Chain-B - Chain-B

Atom C1'C2C2'C3'C4C4'C5C5'C6C8N1N2N3N7N9O2'O3'O4'O5'O6OP1OP2P
C1' 0.00 0.03 0.00 0.01 0.02 0.01 0.02 0.06 0.03 0.02 0.03 0.03 0.03 0.02 0.01 0.01 0.28 0.01 0.21 0.04 0.20 0.14 0.19
C2 0.03 0.00 0.27 0.24 0.01 0.05 0.01 0.07 0.01 0.01 0.01 0.00 0.00 0.01 0.01 0.07 0.29 0.16 0.17 0.02 0.18 0.22 0.19
C2' 0.00 0.27 0.00 0.00 0.14 0.02 0.07 0.19 0.12 0.14 0.20 0.33 0.26 0.08 0.02 0.00 0.03 0.02 0.37 0.09 0.34 0.38 0.36
C3' 0.01 0.24 0.00 0.00 0.23 0.00 0.28 0.01 0.29 0.22 0.28 0.23 0.21 0.27 0.18 0.01 0.01 0.01 0.27 0.31 0.17 0.08 0.18
C4 0.02 0.01 0.14 0.23 0.00 0.03 0.01 0.04 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.00 0.00 0.08 0.20 0.09 0.22 0.02 0.23 0.21 0.23
C4' 0.01 0.05 0.02 0.00 0.03 0.00 0.07 0.01 0.06 0.13 0.04 0.07 0.05 0.12 0.06 0.23 0.02 0.00 0.01 0.09 0.09 0.19 0.02
C5 0.02 0.01 0.07 0.28 0.01 0.07 0.00 0.06 0.01 0.01 0.01 0.01 0.01 0.00 0.02 0.20 0.18 0.05 0.27 0.02 0.30 0.29 0.30
C5' 0.06 0.07 0.19 0.01 0.04 0.01 0.06 0.00 0.07 0.10 0.06 0.08 0.07 0.10 0.04 0.09 0.18 0.01 0.01 0.10 0.11 0.27 0.02
C6 0.03 0.01 0.12 0.29 0.02 0.06 0.01 0.07 0.00 0.02 0.01 0.02 0.01 0.02 0.02 0.17 0.20 0.09 0.24 0.01 0.29 0.32 0.29
C8 0.02 0.01 0.14 0.22 0.00 0.13 0.01 0.10 0.02 0.00 0.02 0.01 0.00 0.01 0.01 0.30 0.11 0.09 0.38 0.04 0.36 0.26 0.37
N1 0.03 0.01 0.20 0.28 0.02 0.04 0.01 0.06 0.01 0.02 0.00 0.01 0.01 0.02 0.02 0.06 0.24 0.13 0.19 0.01 0.22 0.28 0.23
N2 0.03 0.00 0.33 0.23 0.01 0.07 0.01 0.08 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.01 0.18 0.35 0.18 0.16 0.02 0.16 0.20 0.17
N3 0.03 0.00 0.26 0.21 0.00 0.05 0.01 0.07 0.01 0.00 0.01 0.01 0.00 0.01 0.01 0.09 0.29 0.15 0.17 0.02 0.18 0.18 0.18
N7 0.02 0.01 0.08 0.27 0.00 0.12 0.00 0.10 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.00 0.01 0.31 0.16 0.05 0.35 0.03 0.38 0.35 0.39
N9 0.01 0.01 0.02 0.18 0.00 0.06 0.02 0.04 0.02 0.01 0.02 0.01 0.01 0.01 0.00 0.16 0.14 0.01 0.25 0.03 0.24 0.17 0.25
O2' 0.01 0.07 0.00 0.01 0.08 0.23 0.20 0.09 0.17 0.30 0.06 0.18 0.09 0.31 0.16 0.00 0.04 0.17 0.35 0.22 0.30 0.46 0.34
O3' 0.28 0.29 0.03 0.01 0.20 0.02 0.18 0.18 0.20 0.11 0.24 0.35 0.29 0.16 0.14 0.04 0.00 0.21 0.31 0.21 0.38 0.22 0.31
O4' 0.01 0.16 0.02 0.01 0.09 0.00 0.05 0.01 0.09 0.09 0.13 0.18 0.15 0.05 0.01 0.17 0.21 0.00 0.12 0.08 0.12 0.19 0.06
O5' 0.21 0.17 0.37 0.27 0.22 0.01 0.27 0.01 0.24 0.38 0.19 0.16 0.17 0.35 0.25 0.35 0.31 0.12 0.00 0.27 0.01 0.03 0.00
O6 0.04 0.02 0.09 0.31 0.02 0.09 0.02 0.10 0.01 0.04 0.01 0.02 0.02 0.03 0.03 0.22 0.21 0.08 0.27 0.00 0.34 0.38 0.32
OP1 0.20 0.18 0.34 0.17 0.23 0.09 0.30 0.11 0.29 0.36 0.22 0.16 0.18 0.38 0.24 0.30 0.38 0.12 0.01 0.34 0.00 0.01 0.00
OP2 0.14 0.22 0.38 0.08 0.21 0.19 0.29 0.27 0.32 0.26 0.28 0.20 0.18 0.35 0.17 0.46 0.22 0.19 0.03 0.38 0.01 0.00 0.00
P 0.19 0.19 0.36 0.18 0.23 0.02 0.30 0.02 0.29 0.37 0.23 0.17 0.18 0.39 0.25 0.34 0.31 0.06 0.00 0.32 0.00 0.00 0.00